ひょんなことから、10年バズーカに当たってしまったリボーン。だが、何故か10年後の姿は現れず、そのまま行方不明になってしまう。獄寺たちにも協力してもらいリボーンを探すツナだったが、どこにも見当たらず......。原因である10年バズーカについて尋ねようにもランボでは心許無いと考えたツナは、大人ランボを召喚することを思いつく。早速、ランボに10年バズーカを出すよう頼みこむツナ。だが、ランボは渡すことを拒否、10年バズーカの取り合いになってしまう。そのまま二人で揉み合っていた、その時......！

リボーンは死んだ。ラル・ミルチにそう告げられ、動揺を隠せないツナ。ボンゴレのアジトに向かうラルに成り行きでついていくことになったが、道中もそのことが頭から離れない。獄寺に励まされ何とか気持ちを持ち直すものの、突然未来に来てしまい右も左もわからない状況は変わらず、常に不安がつきまとう。途中で日が暮れたため、野宿をすることになった三人。食糧を調達し一旦落ち着いたためか、そこで初めて、ラルは現状を口にし始める。語られた内容は、ツナたちにとって想像以上に厳しいものだった。

未来の並盛に来てしまったツナと獄寺。そこでは、ボンゴレファミリーが壊滅状態に陥る事態となっていた。敵は白蘭をボスとするミルフィオーレファミリー。ボンゴレを殲滅しようと動いている彼らは、ファミリーの人間だけでなくその関係者にまで手を伸ばしているらしい。ボンゴレアジトで無事合流できたリボーンと10年後の山本から聞いたその悲惨な状況に、ツナの混乱は頂点に達する。奈々や京子を心配して取り乱すツナに、リボーンは守護者探しを提案。10年後山本とともに捜索に出たツナたちだったが......。

漸く見つけた京子が、突如10年前の姿と入れ替わってしまった！慌てるツナに、ミルフィオーレの刺客、太猿が襲いかかる。その頃、京子とほぼ同時に、山本・ハル・ランボ・イーピンも10年前の姿になっていた。頼みの山本が肝心なところでいなくなり、焦る獄寺。一先ず逃げようとするが、敵の野猿が見逃すはずもなく攻撃を喰らってしまう。何とか直撃は避けたが、反撃をしようにも匣と死ぬ気の炎を使う未来の特殊な戦闘に、これまでの攻撃方法は通用しない。だが、絶体絶命のピンチに陥った時、獄寺の脳裏に10年後山本の残した言葉が浮かび...

太猿との戦闘によって負傷したツナ。更に、京子だけでなく山本やハルたちも10年前の姿と入れ替わってしまったことを知り、ツナの混乱はピークに達する。だが、10年後獄寺が所持していた手紙......そこに書かれていた指示の本当の意味に気づいたことにより、八方塞がりだった状況は一歩前進する。獄寺や山本、京子たちの前向きな姿勢にも勇気づけられ、ツナは今自分ができるだけのことをしよう、と心に決めた。その頃、写真の男・入江正一はミルフィオーレ日本基地で、第3部隊隊長であるγとの邂逅を果たしていた。

ラル・ミルチによる特訓が始まった。この時代の戦い方を習得するために欠かせない、匣とリング、波動についての説明を受けるツナたち。その後、実践練習として、まずリングに炎を灯すことを義務づけられる。獄寺と山本はすぐに実行に移せたのだが、ツナだけが何度やってもうまくいかない。炎をリングに灯すために必要な覚悟が足りないのか、と悩むツナ。だが、リボーンの言葉によって引き出された彼の飾らない思いに、リングは応え......。一方、イタリアでは、白蘭が驚くべき言葉を呟いていた。

京子がアジトの外に出てしまった。どうやら了平の安否を気遣うあまり起こしてしまった行動のようなのだが、外にはミルフィオーレが大勢うろついているため、一刻も早く京子を探し出さなければいけない状況に陥ってしまう。京子の不安に気付けなかったことを悔やむツナ。同時に起こったヒバードからの救難信号の件と合わせ、2つの事件をどう対処するか決断を迫られたツナは、動ける人間......ツナ・獄寺・山本・ラルの4人を二つのチームに分け、同時解決を目指した。しかし......。

山本を撥ねつけ、一人でγと戦うことに拘った獄寺。その頑なな様子に、さすがの山本も腹を立て見物を決め込む。だが、γとの力の差は想像以上で、獄寺はすぐに追い詰められてしまった。最大の危機が迫った獄寺の前に、それまで一切身動きを取らなかった山本が現れ......。同刻、京子の探索のため街を駆け回っていたツナとラルは、意外な人物によって匿われていた京子を発見した。無事を確認し、ほっとするツナ。しかしラルは、途中で見かけたγの進行方向から、今、獄寺たちが危険な状態になっている、と推測。2人は直ちに神社へと急ぐが......。

γの不意の攻撃に倒れる山本。特殊匣の力のお陰で獄寺と山本の攻撃を防いでいたγは、２人の会話に出てきた『ボンゴレ10代目』のことを聞き出すため、獄寺に迫る。しかし、痛めつけられても頑として口を割らない獄寺に見切りをつけ、γは山本諸共消し去ろうとするが......。「君はここで、咬み殺す」獄寺と山本のピンチに現れたのは、10年後の雲雀だった！並盛の風紀を乱す輩は許さない――。相変わらずな行動原理によって、雲雀はγに戦いを挑む。その頃、入江のところにボンゴレリングの反応に関する報告が入り......。

漸く並盛神社に辿り着いたツナたちを出迎えたのは、10年後の雲雀だった。頼もしい人物との再会に笑顔になるツナだったが、獄寺と山本の怪我の状態に言葉を無くす。未来に飛ばされ動揺していたのは自分だけではなかったことに気付き、己の未熟さを痛感するツナ。だが、そんなツナにリボーンは、励ましともとれる言葉を投げかけた。一方、花に匿ってもらっていた京子は、迎えにきたラルとともにアジトに戻る。同じ頃、情報収集に出ていたビアンキとフゥ太が帰ってきたとの知らせが入り......。

京子も無事戻り、ビアンキとフゥ太が集めてきた情報をもとに、当面の目標に向かって特訓を開始するツナ。そんな最中、イーピンが熱を出して倒れてしまった。発見した京子とハルは、ジャンニーニに薬を出してもらい看病するが、なかなか熱は下がらない。医者に診せるべきだ、と主張するハルに外は危ないと反対する京子だったが、良くならないイーピンの様子とハルの言い分に負け、外に出る手伝いをしてしまう。事態にいち早く気づいたビアンキが、ハルとイーピンの後を追うが......。

ランボが、ペロペロキャンディーが食べたいと騒ぎ始めた。アジトにある蓄えの中には、当然だがそんなものはない。ペロペロキャンディーのために脱走しようとまでしたランボに、一先ずは飴を与えてその場は乗り切ったのだが......。同日、外の様子を窺うためのモニターの１つが、配線の破損により使用できなくなってしまった。修理するにはアジトの外に出なければいけない。その任を引き受けたフゥ太は、この10年後の世界の人間である上、情報集めのため外に出ていることも多いため、安心だと思われていた。だが......。

γ戦から約２週間後、ツナに新しい特訓が課せられることとなった。獄寺と山本も、漸く傷が癒えたため特訓に参加。それぞれに家庭教師がつくこととなる。山本にはリボーン、獄寺にはビアンキ......。意外すぎる組み合わせに驚く一同だったが、更に、今まで通りツナを指導すると思われたラルが、ツナの家庭教師を降りると言い始めた。もっと飛躍的な成長を促すため――その理由によって新しくツナにつくことになった家庭教師は、何と雲雀だった！　個別の修業が始まって早々、ツナは雲雀の匣技によって、密閉空間に閉じ込められてしまい......。

雲雀によって密閉空間に閉じ込められたツナ。脱出を試みるがうまくいかず、球体の中の空気が先になくなりかけてしまう。ハイパー状態も解け、万事休すとなったツナだったが、意識を失いそうになったその時、ボンゴレリングが急に光り出した。その光は、ツナにボンゴレがこれまで行ってきた非道ともいえる行いを見せ......。一方、球体の外では、やめさせるように訴えるラルに、リボーンと雲雀が『ボンゴレの試練』について説明をしていた。

『ボンゴレの試練』を乗り越え、Xグローブの新しい形態、Ver.V.Rを得たツナ。球針態を壊したツナに、雲雀が容赦なく襲いかかる。威力を増したXグローブで挑むツナだったが、その能力を中々使いこなすことができず、雲雀に良い様にあしらわれてしまう。ピンチになったツナは、最後の手段として意外な行動に出る......！　その頃、イタリアのミルフィオーレ本部では、白蘭と主要メンバーである17部隊の隊長たちによる会議が開かれていた。

匣の謎とそれに纏わる諸説についての説明がなされ、雲雀・ラルとツナ、リボーンと山本、ビアンキと獄寺、それぞれの修業が本格化し始めた！　ハードな内容に毎日疲れ果てている三人だったが、その中、どうにもうまくいっていない獄寺は、日に日に一人で行動するようになってしまう。様子がおかしいことを心配するツナに、リボーンは獄寺の過去を語り始め......。同じ頃、ミルフィオーレのグロ・キシニアが日本に向かって旅立っていた。

ツナたちと同じように10年後の世界に飛ばされていたクロームは、一人状況のわからぬまま黒曜ランドで日々を過ごしていた。そこに、グロ・キシニアが単独で乗り込んでくる。10年後のクロームと何やら因縁があるらしいグロは、クロームへの歪んだ執着を見せる。10年後の骸を倒した、と告げる彼に、クロームは立ち向かうが、幻覚が効かずピンチに陥る。だが、突然、懐かしい声が頭に響き......。

グロの匣兵器である雨フクロウに憑依した骸の助言により、霧のボンゴレリングに炎を灯して戦うクローム。だが、パワーアップした幻術もグロには通用しなかった。打つ手なしかと思われたとき、骸がクロームに問いかける。「おまえの一番信じるものは何ですか？」二人の力が合わさり、出現したのは......！　その頃、ツナたちのアジトでは緊急暗号通信を知らせるサイレンが鳴り響いていた。コードは暗殺部隊のものだというのだが......。

ボンゴレのアジトが見つからず、焦る入江。そこに、グロが重傷を負ったという情報が入ってきた。タイミングよく繋がれた白蘭からの通信で、グロが倒された場所・黒曜ランドへ向かうよう指示したのが彼ではないことが判明する。待機しているはずのグロの行動を訝しんだ入江は、誰からの情報なのか、黒曜ランドで一体なにがあったのかを問い正すためグロの元へ向かったのだが...。同じ頃、ボンゴレのアジトに、あの男が足を踏み入れていた！

10年後の了平によってもたらされた大規模な作戦。それに参加するかどうかの決断を迫られたツナは、一日の猶予をもらう。思案しながら、一先ず修業に戻ろうとしたツナと獄寺たちだったが、廊下で出くわしたランボの手榴弾がひょんなことから爆発、アジト内に警報が鳴り響く。初めてのことに驚く一同だったが、ジャンニーニによるとアジト内のセキュリティは5段階に分けられているらしい。良い機会だからとツナたちが説明を受けていた矢先...。

ランボの起こした騒ぎも収まり、修業を再開したツナたち。だが途中、ツナはラルから急に他の面子の修業を見に行くよう指示される。首を傾げながらも、まずは山本のところに顔を出したツナ。調子はどうかと特訓場所である道場を覗くと、そこではリボーンと山本の激しい修業が行われていた。だが、成果はまだまだ出ておらず、山本はリボーンにあしらわれている状態。しかも、獄寺はどうかと彼の特訓場・ストームルームに足を運ぶと、そこにはビアンキしかおらず...。

クロームの容体が急変した。骸の幻覚によって補われていた内臓が壊れだしたのだ。骸に一体何があったのかも、どうすれば良くなるのかもわからず、苦しむクロームの前でただ焦ることしかできないツナ。そこに雲雀が現れ...。何とか持ち直したクロームだったが、彼女の病状悪化により5日後のミルフィオーレ日本基地への突入はより厳しい状態となった。更に、芳しくないラルの体調をリボーンが看破する。悪条件が重なる中、ツナが出した答えは...。

5日後の作戦決行のため、雲雀との特訓を続けるツナ。しかし雲雀は「いつまで草食動物の戦い方をするつもりだい？」と言い放ち、相手にしてられないとでも言うように自室に引き上げてしまう。取り残されたツナは思考を巡らすが、XグローブVer.V.R.を使いこなす方法が思いつかず行き詰ってしまう。そんな時、必殺技のアイディアを与えてくれたのは、いつもはウザイだけのランボと、ハルだった。支えがあるから力が出せる...ツナはその思いを新しい技に託す。

スィステーマＣＡＩの完成は見えた、と豪語する獄寺。だが問題は突然現れた謎の仔猫だ。仔猫は全く懐かず、獄寺から逃げまわり、アジト内での追いかけっこが始まってしまう。必死で追いかける獄寺。脳裏には今までに起こった様々なことが浮かんでは消える...だが、作戦決行を間近に控えた彼らに感傷に浸っている暇はない。「入江正一をぜってー倒す！」決意も新たに、獄寺はまた仔猫を追って走り出すのだった。

回線が復活し、やっと連絡が繋がった白蘭。心配していた入江は、いつものように飄々としている彼に半ば呆れつつ状況を訊く。ニコニコとマシュマロを頬張る緊張感のない白蘭の態度とは裏腹に、状況はかなり切迫していた。ボンゴレにミルフィオーレ日本支部のアジトの情報が漏れたのだ。それを聞かされた入江はマーレリングを取り出し「僕が直接やりますよ」——今までの頼りない態度とは一変して冷徹な表情を見せた...。

山本の修業もやっと次の段階に入った。だがリボーンは、これ以上の高度な剣技は自分が教えるには限界があると、代わりにＤＶＤ−ＢＯＸを取り出す。再生してみると...「う゛お゛ぉおい！」聞き覚えのある声が飛び出した。『剣帝への道』と題されたそれは、スクアーロが未来の山本に見せるために自分の100番勝負を記録したものだった。その姿に夢中になり、画面を食い入るように見つめる山本。映像を通して、スクアーロが山本に伝えたかったこととは...？

ミルフィオーレのアジト・メローネ基地への突入を明日に控えた夜。京子たちは明日の男子の大仕事に向けて、ご馳走をつくる準備をしていた。獄寺、山本も、それぞれの特訓の成果が出て、準備万端といったところだ。ところがツナは一人でアジト内を慌ただしく駆け回り、何かを探している。以前京子にもらったお守りを失くしてしまったのだ！一方、10年後の了平たちは雲雀のアジトで決戦前の最後の会議を開いていた。草壁がハイパーコンピューターにより算出した明日の作戦の成功率は、想像を絶する数値だった...。

ついに入江がボンゴレアジトへの侵攻命令を下した！その頃ツナたちは、ご馳走の後片付けの手伝いをしていた。京子たちに促され先にベッドへ向かうツナ、獄寺、山本。明日への気合も充分に眠りにつく。しかしミルフィオーレ強襲部隊は闇の中で徐々にその数を増やしながら、ボンゴレアジトとの距離を縮めていた。やがて、アジト内に響き渡る奇妙な音で目を覚ましたツナたちだったが...!?

ミルフィオーレ強襲部隊のボンゴレアジト突入は成功したかのように見えた——が、彼らを持ち受けていたのは巨大なトラップと、死ぬ気の炎を纏ったトンファーを構えてたたずむ雲雀だった。大勢を相手に一人では無理だと、助けに向おうとするツナだったが「雲雀の行動に報いたければ、殴りこみを成功させろ」とリボーンに制止され、敵アジトへの道のりを急ぐ。雲雀の強さを信じて...。

メローネ基地への侵入に成功したツナたち。無数に設置してあるセンサーを潜り抜け辿り着いた先で彼らが出くわしたのは、頭の悪そうな大男だった。男はツナたちを紛れ込んだ一般人だと思い込んだが、かまわず大砲のような武器を向けてきた！難なく攻撃をかわされ腹を立てた男は、今度は匣から巨大な槍を出して襲いかかる。——男の正体は『アラッタッコ（一番槍）』の異名を持った、ミルフィオーレ随一の突破力を誇るデンドロ・キラムだった。

デンドロ・キラムとの一戦でケガをしたツナの傷口を、晴属性の死ぬ気の炎で焼き、治す了平。晴属性の特徴である『活性』で、自然治癒力を数百倍に呼び起こしたのだ。一方、前回の戦いで雲雀に敗れたγは、アジトの片隅で酒に溺れる日々を送っていた。そんな彼のもとを幻騎士が訪れた。強張る空気の中、二人の間で交わされる会話とは...。その頃入江へと近づくツナたちの前には、魔法使いのような格好をした少年が立ちはだかっていた。

第8部隊副隊長・魔導師の人形（マジシャンズドール）ジンジャー・ブレッド。彼はどうやらアルコバレーノの謎について知っている様子だ。　匣兵器『晴クモ（ラーノ・チエル・セノーニョ）』の攻撃を受け、弱っているラル・ミルチの姿を見て、彼は楽しそうにコロネロの思い出話を始めた。コロネロの、最期の話を...。それを聞かされ、ラル・ミルチの脳裏にある記憶が蘇る。それは、アルコバレーノが生まれた日——運命の日の記憶だった。

突然メローネ基地内に鳴り響く警報。ジンジャー・ブレッドの通報により、ツナたちが侵入していることが入江に知られてしまったのだ！　巨大なモニターに映し出されるツナの画像を見つめ、立ち尽くす入江。モニターに細工をされていたことや、格納庫でのデンドロ・キラムとの対戦など、今まで見過ごしていた全ての情報が入江のもとに舞い込んでくる。焦りを募らせる入江がツナたちのもとに向かわせた刺客は、ブラックスペルのスパナだった。細身の彼の後ろにたたずむ巨大な4体の影とは...？

用水路でスパナの操作するストゥラオ・モスカの攻撃を受けて、水に沈められてしまうツナ。水中で必死に戦うも、息が続かない。どうにか水から脱出し、死ぬ気の零地点突破・初代エディションを使ってストゥラオ・モスカを凍らせるが、その腹部から噴射される炎は氷を突き破ってツナに襲い掛かる！　しかし、それを見たツナは小さく呟く「こいつを待っていたぜ」——そして死ぬ気の零地点突破・改を繰り出した。　一方スパナは戦いの勝敗よりも、ツナの繰り出す技に興味を持ち始め...。

ツナとの通信が途絶えたのは、通信機の故障ではなく位置が深すぎて電波が届かないためだと言うジャンニーニ。予定通りメローネ基地の深部まで侵入できたということだろうか、それとも何かアクシデントがあったのだろうか？アジトに残された者たちの心配は尽きない。一方その頃ツナは気を失い、平和な日々の夢を見ていた。お茶を淹れてくれる母親、笑顔の仲間たち……。辺りを包む芳しい日本茶の香りに目を覚ますと、そこには...。

バイシャナとの戦いを続ける了平。嵐蛇（セルペ・テンペスタ）や8匹の嵐クワガタ（チェルウォ・ヴォランテ・テンペスタ）を仕掛けてくるバイシャナに対して、了平は自分の匣兵器の支援を受けつつ、あくまでボクサーとして応戦していた。

不利に見えた戦いだったが、了平の晴の炎による攻撃が効果を現し始める！　追い詰められたバイシャナから緊急通信を受けた入江は、研究室の安全確保のため、ついに自らの匣兵器を使う決意をするのだった...。

入江の所業により、山本、ラル・ミルチと分断されてしまった獄寺、了平。壁に遮断されていまい、山本たちの救出へ向かうこともできない。混乱し苛立つ獄寺だったが、ほどなくして後方のドアが自動的に開いた。顔を見合わせる獄寺と了平——「罠か？」　匣兵器の瓜を偵察に向かわせようとするが、瓜は全く言うことを聞かない。しかたなく警戒しながら歩を進めていくと、通路の奥から不気味な笑い声が聞こえてきた。そこに待ち構えていたのは、ミルフィオーレの新たな刺客だった...！

獄寺、了平と分断されてしまった山本とラル・ミルチ。しかもラルはジンジャーとの戦いで気を失ったまま意識を取り戻す兆しが無い。ラルを背負い、基地内を彷徨う山本は、パイプの入り組んだ狭い空間に迷い込んでしまう。そこで突如として山本に襲いかかってきたのは死ぬ気の炎を纏ったブーメラン！待ち構えていたのは、入江によって配置されていた新たな刺客だった。容赦なく四方八方から襲いかかるブーメラン。だが狭い空間では時雨金時が使えない。追いつめられた山本は、ある策をひらめいた...。

入江により再びメローネのブロックが移動され、獄寺とγは、因縁の再会を果たした。獄寺の脳裏に、γに惨敗した記憶が蘇る。一方γは、メローネ基地のからくりに気づき、それを獄寺たちに語り始めた。余裕の表情のγだが、入江に対しての不信感がつのり、心中穏やかではない。だが「このバトルには感謝する」——そう呟き、彼は眼光を鋭くした。　真っ先に飛び出した獄寺だったが、了平の晴の炎で強化された縄で制されてしまう。了平は、ここは大人の自分が戦うと獄寺に言い聞かせ、γの前に歩み出る...！

圧倒的な強さを見せつけるγ。それでも了平は、高速自己治癒力でダメージを回復しながら戦いを続けていた。獄寺は、了平の晴の炎で強化された縄に自由を奪われつつもどうにか匣から瓜を出し、縄を噛み切るよう命令する。だが瓜は全く言うことを聞かず、γに向かって行ってしまった！それを止めて、瓜をγの攻撃から守る了平だが、直後にγの容赦ない攻撃を受け、倒れてしまう。γが了平にトドメの一撃を放ったその瞬間、獄寺がスィステーマＣ.Ａ.Ｉ.を起動した！

ボンゴレアジトの集中医療室で未だに昏睡状態のクロームは、夢の中で目覚めようと必死にもがいていた。雲雀も地下鉄構内に戦いの場を移し、ミルフィオーレの強襲部隊と新たに現れた別働隊との対戦を続けている。メローネ基地ではツナが、Xバーナー完成のためにスパナの協力を受け入れるかどうかの決断を迫られていた。そんな中、獄寺はスィステーマＣ.Ａ.Ｉ.でγを驚嘆させるに至る。しかし、スィステーマＣ．Ａ．Ｉ．の複雑なシステムを理解するまでには、苦悩の日々があったのだった...。

Xバーナー完成のため、スパナの協力を受けるかどうか悩むツナに、ジャンニーニは通信機から猛烈に反対をする。敵の技術者は信用できないというのだ。その頃、獄寺は5つの波動を使い分けた攻撃で、γを追い詰めていた。一時的に物陰に隠れたγは、懐から大切そうに、ある匣を取り出す。それは幻騎士が、ブラックスペルのボス・ユニに頼まれてγに渡したものだった。その直後、γを倒そうと追い立てる獄寺の頭上に現れたのは、ひときわ大きな雷の炎を纏った、黒い狐の匣兵器だった...！　

漢我流の腹から飛び出した巨大なヒョウのような匣兵器——　その正体は、晴の活性で成長した瓜だったのだ！γの匣兵器・黒狐（ネレ・ヴォールピ）は、さらに雷の炎を大きくして獄寺たちを威嚇する。どうやらまだ膨大な力を温存しているようだ。成長した瓜は負傷した獄寺を覆うように立ち、黒狐に向かっていく。その姿を見て獄寺は、瓜もまたスィステーマC.A.I.の一部だと確信する。ボンゴレの覚悟を胸に、獄寺の怒涛の反撃が始まった...！

獄寺の攻撃を受け、γは自らのボス、ユニと初めて会った日に思いを馳せる。それは、ブラックスペルの基盤となったジッリョネロ・ファミリーが、白蘭率いるジェッソ・ファミリーから攻撃を受けていたさなかのこと。敵から逃れジッリョネロの隠れ家にたどり着いたγは、先代ボスの訃報に接しショックに打ちのめされる。そんな彼の前に現れたのが、静かに微笑むユニだったのだ。そして、γの記憶はジッリョネロとジェッソの合併、ミルフィオーレ・ファミリーの忌まわしき結成の経緯に及ぶのだった...。

山本は、意識を失っているラル・ミルチを背負ったまま、メローネ基地の中をさまよい続けていた。通路のドアやハッチが自動的に開閉して、彼らをどこかへ誘導しているようだ。その時、背中のラル・ミルチが小さく唸り声をあげ、意識を回復した。長く昏睡していたため、状況を理解できないラル・ミルチは、山本に質問をしながら、今までの戦いを脳内で整理し始める。そして、メローネ基地に突入してからまだ数時間しか経っていないことを、彼女は改めて実感するのだった...。

未だツナの行方を掴めないことに焦燥し始める入江。その頃、ツナはコンタクトレンズに悪戦苦闘していた。なかなかコンタクトを着られないツナ。そのダメッぷりに呆れるリボーンだったが、スパナはコンタクトの素材を変えてみようと提言する。小一時間で済むらしいが、ただ待つのでは勿体ないというリボーン。スパナの提案で、キング・モスカの戦闘プログラムを作る際に使用したというシミュレーターでのツナの戦闘データの再収集が始まる。

ツナの居場所を突き止めるため、入江は強引にメローネ基地のブロックを移動させた。その影響でスパナのコンピューターは故障してしまい、ツナは暴走したシミュレーターの仮想空間に閉じ込められてしまう。そんな彼の前に現れたのは、入江が高校生の頃に作ったという『究極のロボット』のプログラムだった。危機的状況の中、ツナは逃げずに攻めることを選択した！一方、山本はブロックの組み替えに混乱している野猿と偶然にも遭遇する。10年後山本に負けたことを根に持っていた野猿は、問答無用で戦闘態勢に入る...！

誘導されるまま進んできた山本の前に現れたのは、γが最強の剣士と評する幻騎士だった。山本はスクアーロの戦いの記録のＤＶＤの中で、この人物が100人目の敗北者だったことを覚えていた。しかし幻騎士の口から、自分はスクアーロにわざと負けて見せたと言う衝撃的な言葉が告げられる。耳を疑う山本だが……！？その頃入江に、ボンゴレアジトから帰還した偵察部隊による「ミルフィオーレ優勢」との報告が入る。さらにアイリスとジンジャーの報告で、スパナが自室に戻っていないことが明白になってしまう！

山本の音声がツナの通信機とボンゴレ基地に届いた！一瞬だったが戦闘中であることが伺える。不安に駆られるツナだが、それ以降音声をキャッチできなくなってしまう。一方、山本は幻騎士との戦闘に集中していた。次々と時雨蒼燕流の技を浴びせるが、幻騎士は眉ひとつ動かさずにそれらをかわしていく。幻覚に乗じて攻撃を繰り出す幻騎士！どうにか時雨金時で幻騎士の剣を防いだ山本だが、なんと時雨金時の刀身にヒビが入ってしまう！ショックをうける山本だが……！？

時雨金時のヒビが、幻騎士の作った幻覚だと見破った山本は、スクアーロの技『鮫衝撃』（アタッコ・ディ・スクアーロ）に雨の鎮静の炎を足した強化版を幻騎士に打ちこんだ！　ボンゴレアジトでの修業の日々の間、毎日幾度となく振っていた自分の刀——　それにヒビが入り0.01グラムでも変化があれば感覚で分かる、と山本は静かに言ってみせる。体が痺れ、動けなくなる幻騎士。そんな幻騎士に山本はひとつ笑ってみせてから、表情を引き締め、切りかかった...！！

壮絶な炎と炎のぶつかり合いの後、入江のモニターからは消息が確認できなくなってしまったγと獄寺。衝撃が激しすぎて、二人の戦いの場であったトレーニングルームのカメラが機能しなくなってしまったのだ。二人は相撃ちになったのだろうか？　そんな中、あくまで冷静にボンゴレリングとマーレリングを回収するよう指示する入江。彼のもとに、ある報告が舞い込む。偵察部隊になりすました敵に、見張りがやられたというのだ。攻撃は、霧の幻術によるものだということだが……？

匣兵器実験場の壁を破り、姿を現したのは雲雀だった！ついに最強の守護者と言われる男と、この時代最強と評される剣士が接触した。「白い装置はこの先かい？」問う雲雀を尻目に、おもむろに自らの匣を開匣する幻騎士。匣から流れ出たのは幻覚の樹海だった。幻覚は倒れたラル・ミルチや山本を覆って行く。相手が幻術を使うと知った雲雀は、ゆっくりとリングを付け替え、微笑みを湛えながら宣戦布告をする。「術士が嫌いでね……這いつくばらせたくなる」——最強ＶＳ最強のバトルが幕を開けたのだ……！

ひとつの匣に、三つのリングの炎を注入する雲雀。圧倒的な炎の威力に耐えきれずひび割れ、崩れていく匣。中から現れたのは『裏・球針態』。それは闘う当人以外は全て排除される絶対遮断空間。「手っとり早く終わらせたくてね、スケジュールがつまってるんだ」　雲雀の意味深な言葉の真意とは……？　一方、ツナはアイリス率いる死茎隊に四方を囲まれていた。アイリスの雲の炎による肉体増殖で襲いかかる死茎隊。スパナは、アイリスと死茎隊誕生の経緯について語り始めた……。

崩壊する裏・球針態を見て勝利を確信する幻騎士。しかし粉塵の中から現れたのは10年前の雲雀だった！突然のことに戸惑いを隠せない幻騎士。戦いの最中に10年後雲雀が言っていた「スケジュール」とはこのことなのだろうか？10年前の雲雀は状況を分かっていないようだが、倒れている山本を発見し、その元凶が幻騎士であると知ると、おもむろにトンファーを構えた。「君の行為を並中への攻撃とみなし、僕が制裁を加えよう」　この時代のことは全く理解していないまま、雲雀は幻騎士に戦いを挑む！

激しい肉弾戦を繰り広げる雲雀だが、幻騎士の一撃で瓦礫の中に吹き飛ばされてしまう。10年前の雲雀では幻騎士に敵わないのだろうか...！？　一方ツナ達の前にはジンジャー・ブレッドが立ちはだかっていた。スパナを裏切り者と認めたジンジャーは、彼に容赦なく攻撃を仕掛け始める。しかしそれでも、スパナはプログラミングの手を止めない。淡々として見える彼だが、内には熱いメカニック魂が燃えているのだ。コンタクト完成——と思われた次の瞬間、ジンジャーの会心の一撃がスパナを襲う...！！

匣兵器実験場では雲雀と幻騎士の戦闘が続いている。優勢に見えた幻騎士だが、戦いの中で違和感を覚え始めていた。炎を練り込んだ攻撃が効かないのだ。１０年前の世界から来たばかりの雲雀は、匣はおろか、リングの炎のことすら知らないはずのに……。幻騎士は自らの匣を開匣し、幻海牛（スペットロ・ヌディブランキ）が紡ぎ出す幻覚で雲雀を取り囲む。１０年後雲雀は経験で目に見えない幻海牛を防いでいたが、果たして10年前の雲雀にはそれができるのだろうか...？

雲雀の匣から出現したのは...なんと、酔っぱらった様な状態の雲ハリネズミだった。起き上がろうとしてはへたり込み、ゲップを繰り返す雲ハリネズミ。注入された炎の量が多すぎて消化不良を起こしているようだ。10年前の雲雀が幻騎士に勝利するための最後の賭けが外れてしまった。しかし、雲雀は穏やかな表情で雲ハリネズミに手を差し伸べた。雲雀の匂いに気づいた雲ハリネズミが振り向いたその時、勢い余り、針で雲雀の手を刺してしまった。動揺した雲ハリネズミは思いもよらない反応をした...！

メローネ基地内を飛行するツナ。目的は入江正一と彼の実験室にあるという白くて丸い装置に絞られた！入江はモニターでツナの動きを確認しながら、メローネのブロックを移動させ、遠隔から行く手を阻もうとする。スパナを背後に、追尾ミサイルに追い立てられ為す術のないツナだったが、スパナの改良したチャフと火炎弾でどうにか事なきを得た。その状況を見てもなお、入江は不敵な笑みを浮かべる——「沢田綱吉、お前達を待つのは最終にして最強の防衛区画」……果たしてツナを待ち受けるものは！？

ダメージにより身動きが取れないツナに、幻騎士は追い打ちで非常事態・特別強襲用の『大戦装備』（アルマメント・ダ・グエーラ）を行使する……！これが彼の白蘭に対する忠誠心と、与えられた任務を遂行しようとする執念なのだ。圧倒的な戦力の差を見せつけ、無駄な抵抗はやめろと言い放つ幻騎士。その言葉を受け、ツナは傷ついた体を必死に起こす。幻騎士の強さを理解した上で、それでも闘うと宣言するツナは、静かにオペレーションＸ（イクス）を発動させた...！

ツナの強き意志を宿した眼にユニの面影を重ね、動揺する幻騎士。彼の脳裏に、ある記憶が甦る。白蘭への忠誠の証として、ジッリョネロファミリーを全滅させる命を受けたものの、ユニの眼に気圧されて実行できなかったのだ。彼の中で神にも等しい存在の白蘭の命を果たせなかったことは、深い悔恨を残していた。その失態を拭うべく、幻騎士はリングの力により、更なるパワーアップを図る。ヘルリングに己の精神を食らわせ、おぞましい姿に変化した幻騎士の戦闘力とはいかなるものなのか...！？

Tsuna unleashes a full powered X-Burner and defeats Genkishi. In the wreckage, Tsuna finds Irie Shouichi's white round machine. Irie appears and reveals he's holding all of Tsuna's friend's hostage in a tank. Irie reveals the white round machine holds the older Tsuna and the others. Irie reveals he sent them to the future in order to obtain the Vongola Rings. He demands Tsuna to hand over his Sky Ring or his friends will be killed. The Cervello counts down the time limit for Tsuna to make his decision.

ついに辿り着いた目的地——入江正一の研究室。　白くて丸い装置を眼前に見据えるツナの前に現れたのは、なんと入江正一本人だった。彼はツナに、捕らえた守護者たちと回収したボンゴレリングを見せつけた。　自分たちには構わず装置を破壊してくれ、と叫ぶ獄寺。しかし、入江は謎に包まれていた白くて丸い装置を開いてみせた。その中に隠されていた秘密に衝撃を受けるツナ達。　そして、とうとう入江の口から真実が語られる時が来たのだった……。

全世界的に、ミルフィオーレに一斉攻撃をしかけたボンゴレファミリー。もちろんボンゴレ独立暗殺部隊・ヴァリアーも参戦していた。一瞬にしてミルフィオーレの拠点を占拠した10年後ヴァリアーだったが、周囲をミルフィオーレの軍勢に囲まれ、籠城戦を強いられてしまう。しかし大人しくディフェンスに甘んずる彼らではない。ルッスーリア、レヴィ、ベル、スクアーロ、そして一癖ありそうなニューフェイス、フラン。スクアーロ作戦隊長の指示のもと、10年後ヴァリアーは再び動き出す！

6弔花　最後の一人は、かつてベルが自分の手で葬ったはずの双子の兄、ジルだった。

幻覚ではないかと疑うベルだったが、自分と左右対称にある腹のあざ、そして自分がつけた傷跡を見て、本物だと認めざるを得なくなる。二度と会うはずのなかった兄を前にして、ベルは幼いころ兄を手にかけた思い出を語り始めた。この世には存在しないハズの人物が何故生きているのか？　メローネ基地の入江は、それは白蘭の能力に起因するという。　しかし、その詳細に関しては重く口を閉ざしたままだった...。

ヴァリアーが占拠した古城を破壊したジルと執事のオルゲルト。余裕でヴァリアーを一網打尽にしたと悦に入るジルだったが、大破された城の一室にいたのは、無傷で椅子に座した10年後のXANXUSだった。目の前に敵がいるにも関わらず、XANXUSはあくびをして余裕の挑発。巨雨ゾウ（エレファンテ・フォルテ・ピオッジャ）で攻撃する執事のオルゲルトだが、XANXUSの強烈な一撃で、ゾウは粉々に！ 後ろで見え隠れする大きな動物のような影は、XANXUSの匣兵器なのか！？

XANXUSの匣兵器の正体——それは大空と嵐、２つの属性をもつ天空嵐ライガー（リグレ・テンペスタ・ディ・チエーリ）だった。匣を閉じ、ジルに白蘭を呼べと命ずるXANXUS。交渉をしてもいいとほのめかすジルだが、それは匣兵器がない状態のXANXUSに攻撃をしかけるための時間稼ぎだった。ジルの匣兵器、嵐コウモリ（ピピストレッロ・テンペスタ）で周囲をかこみ、見に見えない特殊な嵐の炎での攻撃を謀る。だが次の瞬間、閃光が嵐コウモリを打ち砕いた！それはXANXUSの二丁拳銃から発射された憤怒の炎だった。匣兵器無くしてもXANXUSの戦闘力は計り知れない！

入江から、ボンゴレの匣を受け取るツナ。しかし入江の口から驚くべき言葉が発せられた。ボンゴレリングの真の力を引き出し、ボンゴレ匣を開匣するためには、アルコバレーノの７つの印が必要だという。それを手に入れるためには、アルコバレーノの試練に打ち克たなければならないというのだが、１０年後の世界ではリボーン以外のアルコバレーノ達は死亡したと伝えられている。どうすればいいのか困惑するツナだが、入江は、印を得るためにツナ達を一旦過去に戻すと宣言した。