10年前の世界では、アルコバレーノ達がツナに試練を与えるために並盛へ向かっていた。一方、１０年後の世界のツナ達は、１０年前に戻る前に改めて入江に説明を受けていた。アルコバレーノの試練は一週間、その期間内で7つ全ての印を手に入れなくては、白蘭に対抗する手立てが失われてしまう。新たな決意を胸に、ツナ達は入江の装置で、１０年前の並盛に帰還する。久々の平和な並盛に感激するツナ達だったが、口を閉ざしていたリボーンが、ついにアルコバレーノの試練について語り始めた……。

10年前に戻ってから、試練がないまま1日が過ぎてしまった。リボーンは、アルコバレーノがいつどの順番で現れるか分からないという。ひとまず学校に行き、通常通りに過ごしているよう言われるツナだったが、休み時間の屋上でいきなりの襲撃を受ける！相手はゴーグルをした赤ん坊。その正体は——10年前のラル・ミルチだ。ラルはアルコバレーノの試練の立会人だという。最初の試練の相手は、青いおしゃぶりを持つコロネロだ。コロネロによる、ツナと獄寺の「戦闘力」の試練が開始される……！

圧倒的な強さを見せつけるコロネロ。未来で修業をつみ、戦いを経験してパワーアップしたツナ達でさえ、苦戦を強いられる。次々と繰り出されるコロネロの強力なパンチ、キック、そして必殺技「マキシマム・バースト」！　息をつかせぬコロネロの攻撃で、ツナはＸバーナーを撃てずにいた。しかし、獄寺の機転により、ようやく炎圧を調整する時間が与えられる。同時に放たれるツナのＸバーナーとコロネロのマキシマム・バースト——果たして押し勝つのは……！？

クロームが気がかりで黒曜ランドにやってきたツナ。そこに突如として現れたのは、雲雀と骸だった。過去に因縁のある二人は、目が合うなり戦闘を開始してしまう！困惑するツナだったが、この有り得ない状況は、紫のおしゃぶりを持つアルコバレーノ、スカルの企みによるものだと知る。このままでは雲雀と骸、どちらかが倒れるまでの戦いになってしまう。焦るツナに、ラルは試練の開始を言い渡した。かたやスカルとの試練、かたや雲雀と骸の激闘。さらに、騒ぎに気づいた犬や千種まで現れて場は大混乱！

霧の立ち込める朝、ツナは不可解な電話で並中に呼び出された。道すがら、山本、了平、獄寺に出会う。獄寺はツナを探しにきたようだが、山本と了平はツナと同じように電話で呼び出されたという。やはりこれはアルコバレーノの試練なのか…？　いぶかしがるツナ達の前に姿を現したのは、藍色のおしゃぶりを持つアルコバレーノ、マーモンことバイパーだった。なんと、マーモンは京子を人質に取ったと言う。取り乱すツナ達に、マーモンは冷たく謎解きゲームの開始を言い渡すのだった。

ツナのもとに届いた一通の手紙。中にはサングラスの人物の写真と「私を捕まえてみなさい」という一文が封入されていた。その写真を見て驚くイーピン。リボーンは、その写真の人物の正体は、イーピンの師匠であり、赤いおしゃぶりを持つアルコバレーノである風（フォン）だという。ツナを手伝いたいが、忠誠を誓った師匠を捕まえることに躊躇を隠せないイーピン。ツナはその気持ちを察し、イーピンを置いて試練に向かった。風（フォン）との試練は鬼ごっこ。果たしてツナは、武道の達人で動きの速い彼を捕まえることができるのか？

残るアルコバレーノの試練は、３つ。中には大空のアルコバレーノも含まれている。自分と同じ属性のアルコバレーノに興味を持つツナだが、リボーンから大空のアルコバレーノはずいぶん前に欠番になったと聞かされる。では、大空のアルコバレーノの試練はどのように行われるのか？　そんな時、京子とハルを連れて、ツナの家に訪ねてきた見知らぬ女性。なんと胸元にはオレンジのおしゃぶりがあった。この大人の女性と大空のアルコバレーノとの関係は？　謎が深まる中、その女性は、京子とハルと共に、並盛町を案内して欲しいとツナに頼む。果たして試練とは関係があるのだろうか…？

ついにリボーンの試練が巡ってきた。厳しい口調で、守護者全員を連れて並盛島に来いと言い残し、去っていくリボーン。いつもとは違う、突き放すような態度にツナは戸惑いを隠せずにいた。指定の場所へ到着したツナ達に対して、リボーンは全員参加のガチバトルを言い渡す。リボーンとは戦えないというツナに、リボーンは容赦なく蹴りを食らわせる。そして、気絶してしまったツナを気にもしていないかのように、他の守護者にかかってこいと言い放った。リボーンは本気でツナ達と戦おうとしているのだ……！

リボーンの試練は不合格だと言われてしまったツナ達。アルコバレーノ全員の印がないと、ボンゴレ匣は開かない。ボンゴレ匣がなければ、白蘭に対抗する手段が失われてしまう。2度目のチャンスはないのか？　未来は閉ざされてしまったのだろうか……？　落ち込むツナ達だが、どうにか心を奮い立たせ、リボーンに再戦を申し込む。それを受け、無言で黙り込んでしまうリボーン。しかしその時、爆発とともに兵器が襲来する。最後のアルコバレーノ、ヴェルデが現れたのだ！

ヴェルデの発明したメカで攻撃されるツナ達。力を振り絞って応戦するが、リボーンの試練での傷が癒えておらず、本来の力が出せない。弱っているツナ達を襲い、ボンゴレリングを奪う事こそがヴェルデの目的だったのだ。それはもはや試練ではない。必死で戦うツナ達に、リボーンは自分達アルコバレーノも参戦することを告げる。さらに追い討ちをかけるように未完成の匣兵器を使って襲ってくるヴェルデ。並盛町に戻っていた雲雀やランボもターゲットにされてしまう。ツナ達を援護するため、アルコバレーノ達が動き出す……！

リボーン達を人質に、ボンゴレリングを渡せと脅すヴェルデ。しかし、ボンゴレリングには未来がかかっている。ツナ達は抵抗し、リボーン達を救うため、未完成の匣兵器に向かっていく。その戦いを観察しながらヴェルデは、ボンゴレリングの発する死ぬ気の炎の威力によりいっそう魅せられていた。彼は新たな装置を登場させ、起動する。その瞬間、吸い寄せられるような力を感じるツナ、獄寺、山本、雲雀。一方、他の守護者達には変化がない。果たして、その装置の機能とは……？

未来に飛ばされ、メローネ基地に突入してから数々の戦いがあった。最終的に、強敵である幻騎士を倒し、白くて丸い装置に辿り着いたツナ。そこで彼らを待ち受けていたのは、入江から告げられた驚愕の真実だった。メローネ基地での戦いは一段落し、ツナはさらなる試練を経て、ボンゴレ匣を開匣する力を手に入れた。しかし、匣を使いこなせるかどうかは今後の修業にかかっている。次なる目標は、打倒・白蘭……！　本当の平和を取り戻し、10年前の並盛に戻るため、彼らは次なる戦いに立ち向かって行く。