目安箱に投書された一通の封筒を手にする黒神めだか。

差出人は、箱庭学園理事長の不知火袴だった。

「雲仙君は、風紀委員とは別に、私の主催するプロジェクトに参加してくれていましてね。しばらく静養する彼の代役を、黒神さんに務めて頂きたいのです。」

怪しく微笑む不知火袴より依頼されるプロジェクト“フラスコ計画”とは？

突如、現れた都城王土。

彼の言葉に跪いてしまう善吉・・・。

そこにやって来ためだかは、王土より投書を渡される。

王土の誘いを受けるべく、めだかは自身のバージョンアップを決意する。

箱庭学園の旧校舎“軍艦塔・ゴーストバベル“でめだか達を待ち受ける人物とは？

目安箱から溢れる投書の数々、全て十三組がらみの内容であった。

雲仙の負傷により、大きく動き始める“フラスコ計画”。

「それでは！目安箱への投書に基づき、生徒会を執行する！！」

阿久根と喜界島を残し、時計台へと向かうめだかと善吉。

二人を待ち受けるのは？

めだかと喜界島の機転により、迷宮を進む生徒会のメンバー達。

そこへ現れた一人の男が“フラスコ計画”の研究成果をまとめたという、ＵＳＢメモリを見せつける。

「俺はサーティン・パーティ最強の男！高千穂仕種だ！」

めだか達“生徒会”と“十三組の十三人”の戦いの火蓋が切られた。

時計台内の地下二階に辿り着いた生徒会一行の前に、日本庭園が広がる。

迷宮に続く実験施設で待ち構える、新たな“十三組の十三人”の一人、宗像形。

「僕は誰を殺せばいい？」

物腰こそ穏やかだが、アブノーマルさを滲ませる宗像の相手とは？

地下二階を突破した、生徒会と真黒達の前に現われた動物の檻の数々。

めだかと喜界島の女子二人が、動物を巡り喧嘩をする裏で、阿久根は一人捜索を進める。

「やっほー高貴くん。ちょっくら俺とトークしよーぜ」

元クラスメイトの名瀬夭歌と、その親友の古賀いたみが、阿久根の背後に迫る。

舞台を地下四階に移しながら繰り広げられる戦いの最中、阿久根は古賀の不意打ちを受けてしまう。

ピンチに陥った彼の危機に駆けつけたのは、黒神真黒だった。

「・・・お目にかかれて光栄だぜ、黒神先輩」

”フラスコ計画”の現統括者・名瀬夭歌は、前統括者・黒神真黒に強い対抗意識を示す。その理由とは・・・？

“フラスコ計画”の続行を宣言した名瀬夭歌こと黒神くじら。

そこに現れためだかは、くじらと六年ぶりの再会を果たす。

真黒、くじら、めだか。三人の思いが交差する中、めだかはくじらの策略により記憶をなくしてしまう。

「ところで、ここはどこで、私は誰で、何のために生まれてきた？」

記憶を失いながらも、現状を把握しためだかは、古賀に戦いを挑むのだが？

黒神めだか（改）の前に立ちはだかる善吉。

二人が熾烈な戦いを繰り広げる中、めだかは完全となるべく、自身の過去を振り返る。

「私は何のために生まれてきたのだろうか」

そう考えていた二歳のめだかは、とある病院の託児室で一人の男の子と出会う。

彼女にとっての全ての始まりが、そこにはあった…。

完全復活した黒神めだか。

「“フラスコ計画を今日中に叩き潰す！“確か私はそんな志を胸に抱いて、この地の底までやってきたはずだ！」

決意も新たに、打倒“フラスコ計画”を宣言するめだかを、王土はその最深部へと、自ら案内する。

“生徒会”めだかと、“十三組の十三人”王土による、最後の戦いが、今、始まる。

都城王土を撃破しためだかの前に、突如現れた球磨川禊。

その様子を、無人の教室でテレビ画面を通して見守る安心院なじみ。

「やはり今は彼の話をしよう。

混沌よりも這い寄るマイナス、球磨川禊くんの話を」

水槽学園に通う球磨川と、須木奈佐木咲を描く番外編。

グッドルーザー球磨川の活躍（？）はいかに！！