フロイライン・オイレ島。その孤島には、あるカルト教団が住みつく。ルパン三世は教祖フラフラ様が隠し持つ秘宝「フラフラの灰」を狙い、島に侵入していた。そこでルパンは美しくも危険な女と出会う。その女の名は峰不二子…。フラフラ様の花嫁として近づき、同じく秘宝を狙っている謎多き女怪盗だ。お宝を巡り峰不二子とルパン三世の危なすぎる戦いが今、幕を開ける！

高級カジノ。不二子は未亡人チッチョリーナとの賭けに負けてしまう。チッチョリーナは賭けに勝利した見返りとして不二子に「ある男の銃を盗み出し、その最後を見届ける」という依頼をする。ある男とは裏社会で怖れられている早撃ち０、３秒の天才ガンマン。かつてチッチョリーナの夫も殺害したというその男の名前は、次元大介。不二子は銃を狙い次元に近づくが…。

貴重な美術品がたくさん積まれている列車には、アストリア公国の国王と孫達が乗車していた。孫達の家庭教師マリアとして同乗する不二子の姿もあり、また何故か侍姿の東洋人もいる。国王の孫達と仲良くしているその侍の名は、石川五ェ門といい、実はアストリア公国の国王暗殺を依頼されていたのだった。そんな中、五ェ門も不二子も知らないある計画が裏で実行されようとしていた…。

銭形に逮捕される不二子。銭形は釈放の交換条件として、ルパン逮捕の協力を不二子にさせようとする。事前に届いていたルパンの予告状によると、次にルパンが狙っているのは「オペラ歌手アイヤーンの仮面」。不二子と銭形は、アイヤーンが公演を行う劇場へ向かう。その劇場には幽霊が住みつき仮面を狙う者に死をもたらす、という噂がある。そして、上演の最中ついにルパンが姿をあらわす。だが突然、天井の照明が落下しアイヤーンを襲う…。

ルパンはピラミッドに潜むと云われる紅い羽の孔雀「紅羽の笑孔雀（くれはのえみくじゃく）」を、不二子にプレゼントする約束をする。一方次元は、これからの人生の先が見えず途方にくれていた。なんとなくエジプトへやってきた次元は、持ち金をすべて盗まれ、しかたなく「紅羽の笑孔雀」を探す仕事をすることに。ピラミッドに侵入した次元は、ルパンと遭遇。そして、二人は自ずと銃を向けあい…。

牧歌的な雰囲気の女学園。教師の峰不二子先生は、女生徒すべての憧れと尊敬の的だった。女生徒の中のひとり イゾルテもまた、同じく不二子に夢中だった。不二子はそのイゾルテが持つ亡父の形見のペンダントを狙っていた。そのペンダントは未発表の幻の論文を読むアイテムとなる。不二子は大人の魅力で、イゾルテを翻弄していった…かにみえたが！？

中米の小国カリーブ。フィラデル・ケスト率いる革命組織が、新政権を樹立。国連演説へ向かうフィラデルに、ジャーナリストとして不二子も同行する。しかし、フィラデルの乗るプロペラ機が、旧政権の残党によりハイジャックされる。この事件がきっかけで、長年緊張状態が続いていた２つの超大国が大きく揺れ動き、ついには第三次世界大戦勃発の危機となる！そんな中、不二子は…。

人が死ぬ日＝「命日」を言い当てる占い師シトト。次元はシトトが持つ石版を破壊してほしいと依頼される。そして、その依頼人はシトトに告げられた「命日」どおりに死んでいった…。次元は依頼を果たすためシトトの屋敷に近づく。だが、そこにはオスカー警部補が待ち構えていた。シトトに命日を告げられ死んでいった人間は皆、実はルパンにお宝を盗まれた被害者達でもあった。そのためオスカーはルパンが現れるはず、と見張っていたのだ。

賑わいをみせる温泉街。そこにはルパンと次元の姿があった。街には全身に絵が描かれた女がいるという。その絵は、天才画家が女の身体をキャンバスとして描いたモノ。ルパン、次元は女を盗み出だそうとするが、そこに不二子が現れる。そして、ルパンたちと不二子の激しい争奪戦がはじまる！ ルパンは不二子の様子がいつもと違う事に気づいていた。不二子に一体何が…？

寝ていたルパンのもとに、梟の顔をした謎の人物が現れる。その人物は、以前ルパンに「峰不二子を盗んでほしい」と依頼してきた老伯爵の従者である。何故彼らは不二子を欲しているのか？そして、彼らが狙う「峰不二子」という女は一体何者なのか？…。ルパンはそれを知るために、老伯爵のもとへ向かう。だが、そこには銭形警部の姿もあった。老伯爵がルパンと接触した目的を探るためにやってきたのだ。

厳重な警備体制の中、貴重なお宝が次々に盗まれる事件が発生。その全ては峰不二子による犯行とみられる。再び不二子を名乗る犯行予告が届き、銭形とオスカーが警備にあたる。何百もの警官を配置した完璧な警備にもかかわらず、再びお宝は盗まれてしまうのだった…。その頃、五ェ門は雪山のログハウスにいた。何故か錯乱している不二子とともに…。そして、ルパンもこの不可解な事件の真相を探るために動き出し…。

巷を騒がす少女誘拐事件。身代金目的の誘拐であるとみて捜査が進む中、不二子だけは気づいていた。世界各地で多発している少女誘拐事件は、場所も状況も違うが、一連の事件をつなげるある法則性がある、と。そして、その事件に関わる人物の名前が浮き彫りになる…。その人物とは、峰不二子の過去を知る者。不二子は自分の過去に決着をつけるため、ある場所へと向かうのだった…。

峰不二子という女とは何者なのか…。その真実が今、明らかになる。そして、数奇な運命に導かれるかのように、ルパン三世、次元大介、石川五ェ門、銭形警部が集結する。やがて、全てを操っていた黒幕がついに姿を現す……。どの物語にも始まりがあり、必ず終わりがある。そして、例外なく峰不二子という女の物語も終焉を迎える時がやってきた…。