弗罗伊莱茵·奥伊勒岛。在这座孤岛上，住着一个邪教团体。鲁邦三世瞄准了教主弗拉弗拉大人所隐藏的秘宝“弗拉弗拉之灰”，潜入了该岛。在那里，鲁邦遇到了一位美丽却危险的女子。这名女子名叫峰不二子......作为弗拉弗拉大人的新娘接近，同样瞄准着秘宝的神秘女怪盗。围绕着宝物，峰不二子和鲁邦三世极其危险的战斗，此刻拉开帷幕！

高级赌场。不二子在与寡妇奇乔利娜的赌局中输了。奇乔利娜作为赌赢的回报，向不二子提出“偷出某个男人的枪，并见证他的结局”的请求。这个男人是在黑社会中令人畏惧的、射击速度仅 0.3 秒的天才枪手。曾经杀害奇乔利娜丈夫的这个男人，名字叫次元大介。不二子瞄准那把枪，向次元靠近，但是……

在堆满了许多贵重艺术品的列车上，阿斯托利亚公国的国王和他的孙子们正在乘车。作为孙子们的家庭教师一同乘车的不二子也在，而且不知为何还有身着武士装扮的东方人。与国王的孙子们关系很好的那位武士名叫石川五右卫门，实际上他被委托暗杀阿斯托利亚公国的国王。就在这种情况下，五右卫门和不二子都不知道的某个计划正在背后将要被执行……

被钱形逮捕的不二子。钱形试图以释放作为交换条件，让不二子协助逮捕鲁邦。根据事先收到的鲁邦的预告信，鲁邦接下来的目标是“歌剧歌手艾扬的面具”。不二子和钱形前往艾扬举行公演的剧院。据说那个剧院有幽灵出没，会给觊觎面具的人带来死亡。然后，在演出中途鲁邦终于现身。但是突然，天花板的照明掉落袭击了艾扬……

鲁邦承诺要把据说藏在金字塔里的红羽孔雀“红羽的笑孔雀（くれはのえみくじゃく）”送给不二子。另一方面，次元对未来的人生感到迷茫不知所措。不知怎么就来到埃及的次元，身上的钱全被偷了，无奈之下只好接下寻找“红羽的笑孔雀”的工作。闯入金字塔的次元，与鲁邦相遇。然后，两人自然而然地拿枪互指……

充满田园牧歌氛围的女子学园。教师峰不二子老师，是所有女学生憧憬和尊敬的对象。女学生中的一员伊佐尔蒂也同样痴迷于不二子。不二子觊觎着伊佐尔蒂所拥有的亡父的遗物吊坠。那个吊坠是阅读未发表的梦幻论文的关键物品。不二子凭借着成熟的魅力，似乎在玩弄着伊佐尔蒂……但真的是这样吗！

中美洲的小国卡里布。由菲拉德·凯斯特领导的革命组织建立了新政权。作为记者的不二子也陪同前往联合国发表演讲的菲拉德。然而，菲拉德乘坐的螺旋桨飞机被旧政权的残党劫持。以此事件为契机，长期处于紧张状态的两个超级大国大幅动摇，最终甚至面临第三次世界大战爆发的危机！在这种情况下，不二子……

能预言人死亡日期（“忌日”）的占卜师希托托。次元被委托想要破坏希托托持有的石板。然后，那个委托人正如希托托告知的“忌日”那样死去了……。为了完成委托，次元靠近希托托的宅邸。但是，奥斯卡警部补在那里守候着。被希托托告知忌日而死去的人，实际上都是被鲁邦偷走宝物的受害者们。因此，奥斯卡认为鲁邦应该会出现，所以一直在监视着。

热闹非凡的温泉街。那里有鲁邦和次元的身影。据说街上有个全身绘满画的女人。那幅画是天才画家以女人的身体为画布创作的。鲁邦、次元打算把女人偷出来，然而这时不二子出现了。接着，鲁邦他们和不二子激烈的争夺战开始了！鲁邦察觉到不二子的样子和往常不同。不二子到底怎么了......

在睡着的鲁邦面前，出现了一个长着猫头鹰脸的神秘人物。这个人是之前委托鲁邦“想要你偷走峰不二子”的老伯爵的随从。为什么他们想要不二子？而且，他们所瞄准的“峰不二子”这个女人到底是谁？......鲁邦为了弄清楚这一切，前往老伯爵那里。但是，那里也有钱形警部的身影。钱形警部是为了探寻老伯爵与鲁邦接触的目的而来的。

在严密的警备体制中，珍贵的宝物接连被盗的事件发生。这一切被认为是峰不二子的犯罪行为。再次收到以不二子名义的犯罪预告，钱形和奥斯卡负责警备。尽管部署了数百名警察的完美警备，宝物还是再次被盗……那时，五右卫门在雪山的木屋中。不知为何和错乱的不二子在一起……并且，鲁邦也为了探寻这个费解事件的真相而行动起来……

在巷子里引起骚乱的少女绑架事件。在认为是以赎金为目的的绑架而进行调查的过程中，只有不二子注意到了。世界各地频繁发生的少女绑架事件，虽然地点和情况都不同，但存在将一系列事件联系起来的某种规律性。然后，与该事件有关的人物的名字逐渐清晰......那个人，是了解峰不二子过去的人。不二子为了给自己的过去做个了断，前往了某个地方......

峰不二子这个女人究竟是什么人……。如今，其真相即将揭晓。并且，仿佛被坎坷的命运所引导，鲁邦三世、次元大介、石川五右卫门、钱形警部集结。不久，操纵一切的幕后黑手终于现身……。任何故事都有开始，必然有结束。而且，无一例外，峰不二子这个女人的故事迎来终结之时也到来了……