飞行强化服「IS」是唯有女性才能操作的装备，「IS学园」则是专门培育IS驾驶员的学校，来自世界各国的少女皆以代表候补生的身份进入这所女校就读。然而明明是男人的织斑一夏，却有办法启动IS，因而被强制安排到IS学园就读。在儿时玩伴箒，以及许多可爱又英勇的女孩围绕下，一夏即将展开他的校园生活！

一夏因故被迫与英国代表候补西西莉亚‧奥尔科特对决，争夺班级代表的职务。虽然一夏有箒帮忙特训，但他的实力却一直没有显著提升。直到比赛当天，一夏的专用IS「白式」才刚好送达。一夏正式启动这架纯白机体，而西西莉亚则是驾驶鲜豔的蓝色机体「蓝色之泪」应战！这场对决的结果究竟是……。

　自从与西西莉亚对战后，周围的女生们对一夏越来越感到兴趣。对此状况感到不爽的箒，还是一样无法坦承面对自己的心情。此时，隔壁班转进来一个中国代表候补生的新同学．凰铃音。以班级代表选手身分来向一夏的班级宣战的铃，原来是一夏的另一个儿时玩伴。据说以前他们曾做过重要的约定……。

班级对抗战的第一回合比赛是一夏VS铃。铃的专用IS「甲龙」的破坏力，让一夏陷入苦战。此时，比赛会场内突然闯进一架全身装甲的诡异IS，并对一夏与铃发动攻击。虽然两人试图合作击退这架神秘的IS……。

一名叫查理斯‧迪努亚的金发美少年，以法国代表候补生的身分转学进来。由於他是继一夏之後的第二名男性IS驾驶，女同学们也对他颇为好奇。一夏也因为能跟自己处境相同的男生当朋友而感到高兴，经常跟他混在一起。但是，查理斯似乎有某个重大的秘密…。另外，在IS的实习课上，属於愈疗系的山田老师也将露出她意外的一面。

身为德国代表候补生的萝拉‧博德维希，正式转学到IS学园。虽然她外表是个银发美少女，但跟一夏刚见面就赏他巴掌，之後也持续保持这种好战的态度。她如此这麼厌恶一夏的理由是…。另一方面，一夏室友的金发美少年「查理斯‧迪努亚」的重大秘密，即将在浴室揭晓！

「如果在各年级个人锦标赛获胜，就能跟一夏交往」，这个传闻被四处散播，女同学们也都雀跃不已。其他女主角们也都根据各自对一夏的情感，努力进行特训。此时，驾驶德国第三世代IS「黑雨」的萝拉，对铃与西西莉亚下战帖。当一夏得知这场骚动并赶到现场後，他看到的却是萝拉对铃与西西莉亚所做出的残虐行为。

各年级个人锦标赛第一场比赛的对战组合是一夏‧夏绿队VS箒‧萝拉队。虽然萝拉的专用IS「黑雨」装有第三世代的特殊装备，但一夏‧夏绿队仍靠著绝佳的默契将萝拉逼到无路可退。当萝拉对於力量的渴求达到最高点时，黑雨突然释放强烈的电流，并开始呈现危险的状态……。

为了迎接海洋夏令营的到来，一夏与夏绿相约来到购物中心买泳装。这种情境让夏绿觉得彷佛是出来约会似的，感到雀跃不已，没想到铃、西西莉亚、萝拉三人却在背後露出锐利眼神，紧紧跟踪著他们。另一方面，由於箒非常想得到自己的专用IS，於是打电话给一个跟她有深厚关系的人物。在众多思绪交错下，到处都是泳装美女的海洋夏令营即将展开！

一夏与箒奉命前往击落失控IS「银色福音」。但是刚得到专用IS「红桩」的箒误用了力量，让一夏身受重伤。此时箒已经搞不清楚得到力量的意义为何，因此决定再也不驾驶IS……。

在箒等人与银色福音展开激战的同时，陷入昏迷状态的一夏梦见一名不可思议的少女。少女问一夏「你想得到力量吗？」，就在一夏回答的同时，白式的第二型态「雪罗」突然启动！与福音的最终决战，结果究竟是……。