夏休みも残り僅かとなり、一夏との思い出作りに想いをはせるヒロインたち。 そんな中、街へと買い物に来たシャルロットとラウラは、とんでもない事件に巻き込まれ…!?そして｢夏の終わりに縁日デート｣という一枚のチラシから巻き起こるラブ・バトル! プールに水着に浴衣に縁日! 一夏をとりまく華やかでにぎやかなヒロインたちの繰り広げるハイスピード学園バトルラブコメ、堂々の再起動!

夏休みも終わりを告げたIS学園二学期、全校集会で壇上に立つは、ついに姿を現したIS学園最強の実力を誇る生徒会長、｢更識楯無｣! 一夏に近づく彼女の目的とは一体…!?一方で、一大行事｢学園祭｣の準備も始まり、波瀾万丈な新学期、スタート!

学園祭、開催!メイド服にチャイナドレスと、ヒロインズの麗しい姿が咲き乱れる中、一夏の前に新たなる敵の影が……!?そして始まる、生徒会の出し物、『観客参加型演劇』!王子様の王冠をめぐり、硝子少女達の透色和音が鳴り響く!

突然、何者かにさらわれ、見知らぬ部屋で目覚めた一夏。目の前には謎の特設ステージが広がり、そこには見たことのない姿のヒロインたちが……!?今宵、前代未聞の対決が、幕を開ける! はたして、優勝の栄冠に輝くのは誰なのか――!?

｢織斑マドカ｣と名乗る少女の出現、ファントム・タスクの影……。一夏の周りに不穏な空気が立ち込める中、白式の装備が呼び出せなくなるという事態が起こってしまう。自らの意志でボディーガードを買って出るシャルロットだったが、そんな彼女自身にも信じがたい異変が起こる……!?

楯無の妹、｢更識 簪｣登場! その物憂げな瞳の奥に秘められた複雑な思いとは……!?一方で、なりゆきで箒は一夏と雑誌の取材を受けることに! 初めてのインタビューに、初めてのモデル撮影……。大人のムード漂う撮影スタジオで、箒と一夏の距離は縮まるのか――!?

簪とタッグマッチトーナメントのペアを組むべく、近付く一夏。しかし、簪は頑なに心を開かない。そんな中、ひとり、打鉄弐式の飛行テストを試みる簪だったが、突然、空中で機体脚部から火花があがり――!?一方で、楯無は箒をトーナメントのペアに誘う。交錯する姉妹の想い、その行方は……!?

タッグマッチトーナメント、開催当日。 絶望の中の簪だったが、トーナメントへの参加だけはと、重い足取りでアリーナのピットへと向かう。そこに突如、何者かの襲撃を知らせる警告音が鳴り響き――!?専用機持ちVS襲撃者、その激戦の結末とは……!?

一夏を巡るライバルに簪が加わり、ますます激化するヒロインズの争い。そんな中、ISスーツの強化を計るための身体測定が行われ、その測定係に一夏が任命されてしまい……!?そして、ついにあの最恐兵器……｢セシリアの手料理｣が再びIS学園に恐怖をもたらす!

IS学園修学旅行、スタート! 紅葉舞い散る秋の京都を舞台に、ここでもヒロインたちの恋愛バトルが勃発!華やかな賑わいの中、一夏はひとり、自身の過去の記憶を振り返る。 一方、亡国機業が再び忍び寄り……。

カメラを探す一夏のもとに再びエムが現れる。そして一夏を心配して探す箒とセシリアには改良型アラクネが襲いかかり、一行のモノレールもジャックされる大ピンチ!紅葉の京都に、バトルと恋が真っ赤にもゆる怒涛の最終回!