Clark debe detener a un joven infectado con kriptonita que busca aliviar el sufrimiento de los ancianos y enfermos convirtiéndolos en cenizas. El padre enfermo de Whitney puede ser su próxima víctima. Mientras tanto, Lex está furioso cuando su padre envía a alguien a revisar los archivos financieros de LuthorCorp y este hombre revela la investigación secreta de Lex hacia Clark y su familia.

Clark y Lana corren contra el tiempo para encontrar a una secuestrada Chloe, después de que una explosión le dé a Lana la habilidad para 'ver' a través de los ojos del secuestrador; y ve a Chloe siendo enterrada viva. Mientras tanto, Lex descubre la evidencia de que una nave espacial aterrizó en Smallville durante la lluvia de meteoritos.

Clark Kent recibe la llamada desesperada de Ryan James, diciéndole que está siendo utilizado en un experimento en un hospital. Clark consigue salvarle pero es acusado por el tutor de Ryan, el doctor Garner, de secuestrar al niño.

Lana Lang intima cada vez más con Clark. El doctor Fredrick Walden recupera la conciencia y repite siempre la misma frase: “el día llegará y él reinará en el mundo”.

Cree que Clark es una amenaza para la humanidad y se escapa de la institución mental, utilizando el enorme poder que ha adquirido, con la intención de matar a Clark.

Clark Kent tiene una pesadilla con una chica llamada Sara Conroy, que es perseguida por una criatura llamada El Viajante y duerme treinta y seis horas consecutivas. Cuando se despierta, averigua que Sara Conroy se acaba de mudar con su tío y tutor, Nicholas Conroy, a la casa contigua a la de Lana. Intrigado por la situación, visita a Sara con Lana y observa a la chica, en coma desde hace seis años.

Cuando Jonathan Kent pasa una revisión médica en el Hospital de Smallville, el médico le diagnostica una arteria obstruida y recomienda una operación de corazón para instalar un triple bypass. Mientras tanto, el hermano mayor del amigo de Clark necesita un trasplante de hígado, pero no lo resiste y fallece. Su cuerpo será utilizado en un experimento y resucita.

Clark Kent decide contarle su secreto a Lana Lang, para intentar evitar que se marche a Paris. Mientras tanto, la peligrosa adolescente Emily Eve Dinsmore (que tenía seis años en – Accelerate – ), ha crecido y sigue obsesionada con Lana. Emily se escapa de la institución mental en la que permanecía recluida, mata al propietario del Talon y secuestra a Lana. Pete es secuestrado y torturado para revelar el secreto de Clark.

Lex es acusado del asesinato de una jóven, Clark se pone a investigar para probar su inocencia recurriendo a Lionel. Lionel jurando que ha cambiado ofrece su ayuda a Clark para llegar al fondo del asunto. Mientras tanto, Lana en uno de sus sueños sobre Isabelle Thoreaux ve a una mujer, que más tarde conocerá en persona y resulta ser la madre de Jason.

Mientras lleva a cabo un experimento con kriptonita caliente en las instalaciones de Luthorcorp, el laboratorio explota y el lado malvado de Lex Luthor se separa de él. El malvado Lex controla al bueno y lo encierra en una habitación con una máscara de hierro como en la novela de Alejandro Dumas. Su intención es extender el mal entre Lana, Clark, Chloe y Lionel.

Jor-Er le quita los poderes a Clark, convirtiéndole en un humano. Feliz por ser “normal”, Clark intenta continuar su relación con Lana, sin embargo, Jonathan y Martha son retenidos como rehenes por tres individuos y Clark se da cuenta de cuánto necesita a sus poderes.

Clark le salva la vida a un chico joven que resulta ser un asesino a sueldo con poderes camaleónicos que le convierten en invisible. Este chico, Graham, quiere concederle a Clark lo que quiera a cambio, incluida la oportunidad de que vuelva con Lana. Para alcanzar su propósito, intenta matar a Lex Luthor.

Cuando Lex descubre que la madre de Chloe, Moira, tiene el poder de controlar a los que han sido afectados por los meteoritos, decide desarrollar una droga para despertarla de su estado catatónico en el asilo y amenaza con matar a Chloe a menos que utilice su poder para ayudarle. Clark ayuda a Chloe a rescatar a su madre.