Под влиянием красного криптонита Кларк отправляется в Метрополис, в то время как друзья и родители отчаянно пытаются найти его. Лекс вынужден столкнуться лицом к лицу со своими страхами на необитаемом острове. Джонатан Кент должен заплатить огромную цену за возможность вернуть сына.

В то время как Кларк и Джонатан сражаются друг с другом, Лекс возвращается в Смолвиль. Кларк должен иметь дело с главой криминального мира Морганом Эджем. Лекс должен определить, кто пытался убить его — Лайонел или Хелен.

Кларк обнаруживает, что кто-то охотится на людей поражённых осколками метеорита. Он узнает, что следующая жертва — Лекс. Кларк использует свою силу, чтобы спасти Лекса, но убийца застает Кларка врасплох, узнав о его слабости и создаёт пули из криптонита.

Кларку снится молодая напуганная девушка, которой нужна помощь. Он обнаруживает, что эта девушка — его соседка, которая лежит в коме уже несколько лет. Кларк обращается за помощью к Лане, чтобы узнать причины этого. Тем временем Лайонел требует, чтобы Лекс прошел психологическую проверку, перед тем как он возьмёт его на работу.

Перри Уайт — многообещающий журналист, чья карьера была уничтожена Лайонелом Лютором, приезжает в Смолвиль в поисках историй о инопланетянах для бульварной газеты. Несмотря на опьянение, Перри верит, в то что видел, как Кларк использовал его супер-скорость, поэтому он разрабатывает опасный план раскрытия силы Кларка. К несчастью из-за вспышек на Солнце Кларк временно теряет контроль над своими способностями. Тем временем Лекс узнает, что у Перри есть информация о темном прошлом его отца, Лайонела.

Кларк узнает, что Джор-Эл был уже на земле 40 лет назад. Дядя Ланы, которому был вынесен приговор за убийство его жены 40 лет тому назад, показывает ей фотографию мужчины, он верит, что этот человек убил её тетю. Лана потрясена, увидев на фотографии скитальца, похожего на Кларка. Кларк уверен, что этот мужчина — Джор-Эл. Расследование Кларка приводит его к медальону с криптонитом, что позволяет ему видеть отрывки прошлого. Выясняется, что Джор-Эл начал здесь жить за долго до появления Кларка на земле.

Лана неожиданно сближается с школьным приятелем и начинает вести себя как бунтарка, что в конечном счете оборачивается для неё тюремной камерой. Подозрения Кларка подтверждаются, когда он обнаруживает, что у нового друга Ланы есть магнетические способности, которые позволяют ему передвигать предметы и изменять чувства людей. Тем временем Лекс обнаруживает, что Хлоя все больше углубляется в расследование прошлого его отца, он предлагает объединить их усилия против Лайонела.

Лекс определяет место нахождения Моргана Эджа и уговаривает его признаться в том, что у него были грязные делишки с Лайонелом. Лекс пытается передать Эджа властям, но кто-то пытается убить Лютора-младшего в особняке. Чудом спасшийся Лекс убегает и просит у Кларка помощи. Когда Кларк возвращается в особняк для расследования, он не находит ничего необычного и начинает сомневаться, было ли это в действительности, особенно после того, как Лайонел заявляет, что у Лекса был психический срыв и он должен быть помещен в больницу.

Трое бывших противников Кларка обращаются к Лексу, чтобы заручиться его помощью и заманить Кларка в больницу, после того как они узнают, что Лайонел потребовал лечить Лекса с помощью шокотерапии, чтобы стереть его память. Но дела идут скверно, злодеи обманывают Лекса и используют криптонит, чтобы украсть силы Кларка. Тем временем Лана встречает загадочного незнакомца Адама в больнице.

Кларк временно слепнет, когда пытается остановить ограбление, он использует термозрение. Но вскоре, чтобы компенсировать недостаток зрения, у него проявляется суперслух. Как и в других случаях при появлении различных способностей, Кларк сперва не может контролировать этот дар.

Кто-то пытается убить Хлою по неизвестным причинам после того, как приходит письмо из Института Саммерхолт. Кларк должен найти отправителя этого письма. Хлоя обнаружила доказательство того, что они проводят исследования контроля над разумом человека. Лана решает арендовать квартиру над кафе для Адама, несмотря на предположение, что он скрывает нечто опасное о своем прошлом.

Кларк обнаруживает, что его одноклассник Джордан может предвидеть будущее. Он ужасается когда Джордан говорит ему, что видит Лану погибающей на пожаре в ближайшие несколько дней. Хлоя расследует обстоятельства жизни Адама из-за его подозрительного поведения. Девушка обнаруживает несколько волнующих подробностей.

Пит выигрывает уличную гонку, хотя организаторы просят его проиграть. Теперь они угрожают его жизни, поэтому он просит Кларка использовать свою силу, чтобы остановить их. Кларк взбешен из-за того, что тот поставил его в такое положение. Он должен помочь ему и сохранить секрет. Тем временем Джонатан начинает сожалеть о последствиях сделки с Джор-Элом.

Кларк вынужден использовать свои силы перед Алисией, новой девочкой в школе. Он удивлен, обнаружив, что у неё есть свои собственные силы. Они создают союз. Но со временем выясняется, что у Алисии есть куда больше тайн, зачастую неприятных. Тем временем Лана просит Лекса получить сведения об Адаме.

Джонатан ожидает операции на сердце. В это время Кларк знакомится с Гарретом, старший брат которого, Винц, умирает из-за болезни печени. Вскоре Винц появляется в больнице, живой и невредимый, но через некоторое время он снова начинает умирать. Гаретт привязывает к себе криптонитовую бомбу и требует, чтобы Джонатан стал донором.

Лана звонит Кларку, и сообщает, что её преследуют. Однако встретившись с Ланой в Тэлоне, Кларк узнает, что на неё никто не нападал и она ему не звонила. Кларк берется за расследование. Узнав, что звонок произошел из будущего, он пытается предотвратить роковые события…

Джонатан начинает вести себя странно. Кларк думает, что Джор-Эл отправляет сообщения Джонатану с помощью ключа, и это становится причиной того, что отец уходит из семьи. Кларк спускается в пещеры, чтобы столкнуться лицом к лицу со своим биологическим отцом, но Лайонел ловит его там и начинает собирать кусочки мозаики воедино, поручая это дело надежному доктору Свонну. Два миллиардера сталкиваются между собой, и здесь открываются истинные мотивы поведения Лайонела.

Когда Хлоя случайно вдыхает пары необычного крипто-газа, она обнаруживает, что это действует как сыворотка правды для тех, кто с ней разговаривает. Хлоя решает использовать свою способность и открыть секрет Кларка. Но её новая сила может привести к фатальным результатам. Кларк должен найти противоядие прежде, чем он раскроет правду о себе.

Веря, что ключевая информация о прошлом отца Лекса, была потеряна после электрошока, Лекс решает присоединиться к экспериментальной программе доктора Гарнера, чтобы восстановить её. Вспомнив всё, он сможет выдать отца ФБР. Зная, что Лекс раскроет секрет, если вернет память, Кларк решает остановить его. Но Кларка ловит Лайонел и подвергает такому же радикальному лечению. Теперь Лайонел может выяснить секрет Кларка.

Когда индеец Ковачи крадёт мифический нож из пещеры, ему даруется супер сила, очень похожая на силу Кларка. Молодой человек верит, что он легендарный Наман — человек, упавший со звезды. Кларк узнает о легенде, которая предсказывает, что с помощью ножа можно определить Сагита — врага Намана. Он пытается исправить это, прежде чем молодой индеец сможет использовать нож на Лайонеле.

Кларк решает рассказать Лане свой секрет, чтобы они наконец-то смогли быть вместе. Тем временем агент ФБР похищает и пытает Пита, чтобы тот открыл ему секрет Кларка. Лекс паникует после того, как ФБР дает ему 24 часа чтобы передать информацию о его отце. Помощь приходит совершенно из неожиданного источника. В то время, из камеры сбегает Эмили и притворяется новой хозяйкой кафе по имени Эмма. Эмили/Эмма похищает Лану и запирает её в камере и никто не ищет её, потому что все думают что она уехала. Пит решает уехать из города с мамой.

Всё меняется, когда Кара — симпатичная девушка с суперсилой, которая прибыла с Криптона, пытается убедить Кларка выполнить своё предназначение. Кларк обращается к родителям за советом. Он шокирован, когда Кара заставляет Джонатана рассказать о его договоренности с Джор-Элом. Также Кларк делает открытие, которое предопределяет его отношения с Лексом. В конце сезона отношения Кларка и Ланы достигают последней стадии.

Кларк возвращается в Смолвиль, перепрогамированный в Кал-Эла. Полный решимости исполнить своё предназначение, Кал-Эл летит к небу, чтобы украсть мощный кристалл с Криптона. Тем временем Лоис Лейн приезжает в город, чтобы расследовать убийство своей кузины Хлои. Также Лана возвращается из Парижа с новыми планами и новым бойфрендом. Джонатан находится в коме. Лайонел сталкивается с новой страшной жизнью в тюрьме.

Кларк и Лоис расследуют мнимое убийство Хлои, но их останавливает армейский офицер, Генерал Сэм Лейн - отец Лоис. Кларк узнает, что Сэм недавно общался с Лексом. Джейсон приезжает из Парижа и уверяет Лану в необходимости продолжения их отношений. Подозревая, что Хлоя все еще жива, Лайнел отправляет наемного убийцу с способностью преобразовывать свои конечности в металическое оружие, чтобы Хлоя не смогла дать показания против него.

Кларк встречает нового противника в лице стеснительной ученицы, которая обращается к пластическому хирургу, чтобы улучшить свою внешность и поднять свою популярность. Криптонит улучшает красоту, но это наносит ущерб тем кого она целует. Тем временем Джейсон и Лана продолжают скрывать их взаимоотношения от Кларка.

Кларк вступает в школьную футбольную команду и немедленно занимает позицию защитника после того, как предыдущий защитник провоцирует драку с новым тренером Джейсоном. Заинтересовавшиеся изменениями в поведении своего бывшего партнера по команде, Кларк и Лоис начинают расследование и узнают, что группа поддержки отравляет питьевую воду для команды криптонитом.

После кражи бумажника Джонатана, Кларк использует суперскорость, чтобы догнать вора. Однако похититель ускользает от Кларка со скоростью, превосходящей скорость Кларка. Барт, известный также по кличке Импульс, позже появляется на ферме и пытается поговорить с Кларком и убедить его оставить Смолвиль для того, чтобы жить в дороге использовать их суперсилу. Тем временем Лекс покупает бесценный заключенный в раму манускрипт с Криптоническими символами. Кларк узнаёт, что в карте спрятано что-то таинственное.

Кларк слышит мощный звенящий звук, который исходит из тюрьмы, где находится Лайонел. Когда он видит Лайонела, пытающего нанести удар Лексу с помощью пылающего камня, он пытается схватить камень, в результате чего Кларк и Лайонел меняются телами. Лайонел понимает, что его новое тело обладает суперсилой. Пойманный в ловушку за решёткой без своей силы, Кларк должен найти выход, чтобы заполучить своё тело и силу обратно.

Хлоя вовлечена в подпольный азартный клуб в школе со студентом Микеллом Миксэлпитэлеком и теряет все свои сбережения во время футбольного матча, после того как Микел использует свои силы для контроля всех игроков, включая Кларка. Когда Хлоя узнает секрет Микела, он похищает её и угрожает убить, если Кларк не проиграет игру. Лекс угрожает Микелу депортацией, если тот не использует свои силы в пользу Лекса.

После того как Лана прикасается к кровавому следу в книге 1600 года, она, Лоис и Хлоя становятся одержимы ведьмами, которые были сожжены заживо. Три ведьмы вернулись, чтобы добиться отмщения и найти мощные криптонические кристаллы, нанося вред и ущерб в городе. Кларк пытается остановить ведьм, но они лишают его силы и заставляют раскрыть место положение кристала, который он спрятал в пещере.

После того как Лекс обвинен в убийстве, Кларк намеревается доказать его невиновность. Клянясь, что он изменился, Лайонел предлагает Кларку проникнуть в суть преступления, но он требует кое-что взамен. Тем временем Лана встречает мать Джейсона и видит яркое воспоминание происшествия в Париже, подтверждающий своё подозрение, что она была там, когда у Ланы появилась татуировка.

Тайный эксперимент Лекса в ЛюторКорп принимает скверный оборот и опасный токсин попадает в Смолвиль. Те кто инфицированы токсином, включая Кларка, Лану, Лекса и Джейсона, воображают, что их самые страшные страхи становятся правдой и затем впадают в кому. Отчаявшись найти лекарство, Кларк предлагает немного своей крови Лексу.

Убедив всех в своем окончательном выздоровлении, Алисия выписывается из больницы БеллеРив и приезжает в Смолвиль, чтобы вновь разжечь былые отношения с Кларком. В начале, к разочарованию Алисии, Кларк видит в ней только человека, который знает его секрет. Тогда она решает получить от него больше и использует красный криптонит. «Плохой Кларк» появляется и мгновенно забирает Алисию в Лас-Вегас, чтобы жениться на ней.

На Лану и Джейсона нападает неизвестный, и они оказываются на волоске от смерти. Алисия является главным подозреваемым. Кларк сначала защищает свою новую девушку, но когда доказательства постепенно набираются, он начинает смотреть на Алисию по новому. В результате причинённой боли Кларком, Алисия раскрывает его силы перед Хлоей. Алисию убивают. Тем временем мать Джейсона возвращается в город с предложением для Лекса.

Чтобы заполучить Кларка в футбольную команду, Мет Ю отправляет их звёздного игрока Джефа для того чтобы тот показал Кларку, как они заинтересованы в нём. Один из игроков Мет Ю умирает при загадочных обстоятельствах, и Лоис арестована по обвинению в этом убийстве. Кларк узнаёт, что Джеф обладает суперсилой и использует её для парализации тех, кто встанет на его пути — включая Лоис. Тем временем Хлоя продолжает наблюдать за Кларком и узнает все больше его секретов.

Ведя машину, Лоис случайно сбивает собаку. Она приносит её на ферму, чтобы вылечить. Кларк узнает, что эта собака необычная после того, как щенок тянет за собой на цепи трактор. Кларк и Лоис узнают, что собака — это результат неудачного эксперимента ЛюторКорп, и использовалась для совершения преступлений. Тем временем Лана озадачена участием Джейсона в делах его мамы.

Узнав, что Джейсон и Лекс находятся в Китае в поисках таинственного кристалла, Кларк и Лана следует за ними в надежде найти его первыми. Кларк находит артефакт, который приведет их к кристаллу, но на его пути встаёт ведьма Изобел, которая собирается снова завладеть телом Ланы, чтобы забрать кристалл себе.

Младшая сестра Лоис, Люси, с которой они не виделись долгое время приезжает в город и очаровывает каждого с кем встречается. Тем не менее Кларк раскрывает темную сторону Люси, после того как замечает её ворующей деньги из бара. Он вынуждает рассказать правду о её неожиданном появлении в Смолвиле. Тем временем кристалл исчезает из комнаты Ланы и Джейсон обвиняет Лайонела в этом преступлении.

Взрыв криптонита разделяет Лекса на двое, и мы знакомимся с его дьявольской половиной. Он немедленно запирает Лекса в особняке и начинает своё буйство — пытается убить Кларка и Хлою в лаборатории, сражается с Лайонелом и угрожает закрыть Тэлон, если Лана не переедет к нему.

Хлоя поражена тем, что её номинировали на звание Королевы Школьного Бала. Она пытается уговорить Кларка и Лану пойти с ней на танцы. После того как её конкурентка Дон, попадает в автомобильную аварию в ущелье заполненное криптонитом, появляется дух Дон и начинает вселяться в тела, и изменяет их поведение. Лекс приготовил для всех специальный подарок — группа «Lifehouse» будет играть на танцах.

Кевин — парень который может влиять на людей так, что они теряют память. Он использует свои силы на Кларке, и тот полностью теряет память. Хлоя рассказывает Кларку о произошедшем, и учит его использовать свои силы в тайне от других. Путешествуя по страницам памяти, Кларк встречает Лану и влюбляется в неё вновь. Пользуясь ситуацией, Лекс убеждает Кларка показать ему, где спрятаны три камня.

Кларк и Лана находят брошенного ребенка на кукурузном поле и приносят его на ферму Кентов. За несколько дней новорожденный вырастает в 7 летнего ребенка. Кларк и Лана понимают, что он быстро стареет. Они начинают искать выход, прежде чем болезнь убьёт его. Тем временем Женивьева просит Лайонела убить Лану, иначе он окажется в тюрьме снова.

Школьный фотограф хочет сделать копию школы с помощью своих способностей заморозки и начинает похищать одноклассников, в том числе Хлою. Делает он это для того чтобы увековечить память о славных днях школы навсегда. Лекс и Лайонел похищены. Их пытает Джейсон в надежде найти кристалл. После того как Женивьева осознает, что кристалл у Ланы, она решает покончить с охотой на кристалл раз и навсегда.

Кларк начинает понимать зачем он был послан на землю после ночного кошмара о том, что нечто ужасное должно произойти в Смолвиле. Кларк приходит в пещеру, чтобы найти ответы у Джор-Эла. Его биологический отец говорит, что он должен соединить три кристалла немедленно, иначе произойдет катастрофа на планете и даже Кларк не сможет остановить это. Тем временем Лекс отбирает один из кристаллов у Лайонела. Понимая, что кристаллы связаны с Кларком, Хлоя пытается остановить Лекса от раскрытия правды.

Кларк спасает Землю от уничтожения, но опасность не отступила: пара злодеев-криптонианцев прибывают на Землю в поисках Кларка. Джор-Эл использует их, чтобы вернуть Кларка в Арктику, в только что построенную Крепость Одиночества к концу сего же дня или последствия будут ужасны. Однако в конце эпизода Кларка ждут гораздо более серьёзные и интригующие испытания, чем парочка суперврагов.

Кларк теряет свои силы. Джор-Эл лишает его суперспособностей, и Кларк становится обычным человеком. Обрадованный этим, он возобновляет отношения с Ланой, теперь между ними нет тайн. Однако, когда Лану, Джонатана и Марту берут в заложники три головореза, Кларк должен выяснить, как спасти близких, не имея теперь суперсил.

Габриэль предупреждает Хлою, что он собирается выпустить ракету и стереть Смолвиль с лица земли. Все ещё без своих суперсил, Кларк пытается помешать Габриэлю и получает огнестрельную рану. В больнице Кларк находится в состоянии клинической смерти, его судьба теперь в руках Джор-Эла. Тем временем, Лекс уверен, что у Лайонела есть ключ, чтобы открыть космический корабль.

Отдых на кратерном озере заканчивается драматично, когда Лоис ударяется головой во время прыжка в озеро. Но Кларк не успевает спасти её, это делает за него загадочный пловец Эй Си - Аквамен. Профессор Файн рассказывает Кларку, что Лекс скрытно разрабатывает оружие. Эй Си пытается проникнуть в лабораторию Лекса, чтобы уничтожить оружие, но оказывается в руках Лекса.

Лана буквально в последнюю минуту решает поступить в Университет Метрополиса. Поскольку она опоздала с поступлением и общежития заняты, она пробует стать членом общины Университета, чтобы получить место в их доме. Однако её новые подруги предлагают ей больше чем место в доме. Они обращают её в вампира и приказывают убить Кларка. Тем временем Хлоя отправляется на собеседование в Дэйли Плэнет, желая проходить там практику. Но суровому главному редактору не легко угодить.

Кларк и Джонатан в волнении. Сенатор Джейк Дженнингс, старый друг Джонатана, прибывает к Кентам, в поисках поддержки в предвыборной кампании. Но тут погибает девушка из стрипклуба, выясняется, что она была любовницей Дженнингса. Это делает его первым подозреваемым. В поисках ответа, кто же убил девушку, Хлоя убеждает Лоис устроится в клуб в качестве стриптизерши.

Под влиянием серебряного криптонита Кларк начинает испытывать параноидальные галлюцинации. Он уверен, что Хлоя откроет его секрет, что Джонатан задумал что-то с Лайонелом против него, что у Лекса с Ланой тайные отношения. Хлоя и Кенты лихорадочно ищут средство излечения, но лишь доктор Файн приходит на помощь, однако преследуя свои собственные интересы.

Профессор Файн уговаривает Кларка разрушить Крепость Одиночества. После того, как Марта заболевает неизвестной болезнью, жить ей остаются считанные часы. Кларк обращается к профессору Файн, который убеждает Кларка, что именно Джор-Эл повинен в болезни матери, и что единственный способ спасти ей жизнь — уничтожить Крепость Одиночества. Но как только они вдвоем прибывают в Крепость, профессор Файн пытается освободить генерала Зода и уничтожить Кларка.

Лекс получает конверт с компроматом, который может уничтожить жизнь Джонатана. Он должен решить, будет ли использовать это, так как нанесёт ущерб Кларку и Марте. Прежде чем он успевает принять решение, в него стреляют и он впадает в кому. Ему снится, что его мать навещает его. И показывает ему какая была бы жизнь, если бы он был вдали от отца и ЛюторКорп. В другой жизнь у Лекса счастливый брак с Ланой, которая ожидает ребенка. Тем временем Хлоя просит Кларка использовать свои способности, чтобы отправить рождественские подарки нуждающимся детям.

Джонатан получает угрозы из таинственного источника, который убеждает его выйти из предвыборной гонки. Позже, когда Кларк находит отца окровавленным и избитым, он решает найти нападавшего. Он обнаруживает, что группа сторонников Лекса собирается сделать что угодно, чтобы Лекс выиграл выборы. Лоис похищена и её жизни угрожают, заставляя убить Джонатана во время его речи. Лайонел предлагает Марте деньги, чтобы помочь кампании Джонатана. Лана убеждена, что ответы, которые она ищет, лежат в расследовании первого метеоритного дождя.

Двое полицейских, которые видели, как приземлился космический корабль во время метеоритного дождя, захватывают Лекса и Лану. Они угрожают их убить, если Лекс не откроет им местоположение корабля. Они пытаются спрятаться в бункере в особняке, и Лекс получает пулю, предназначенную Лане. Испугавшись, что Лекс может умереть, Лана просит его рассказать полицейским, где находится корабль, но он утверждает, что корабль исчез несколько недель назад. Тем временем, Кларк узнает, что Лана исследовала космический корабль с Лексом, и боится, что она совсем близко, чтобы узнать его тайну.

Кларк наконец открывает свой секрет Лане. Джонатан и Лекс узнают результаты выборов в сенат. А во время автокатастрофы умирает тот, кого любит Кларк. В отчаянии он обращается за помощью к Джор-Элу.

На Марту нападают грабители, но её спасает таинственная женщина. Кларк узнает, что новый репортер Дэйли Плэнет неуклюжая Андреа, на самом деле мстительница, которая борется со злом по ночам.

Дух молодой девушки появляется после того как Хлоя Салливан находит труп в стенах Телона. Кларк и Хлоя должны последовать за духом и найти её убийцу, который мучает девушек в Смолвиле на протяжении 10 лет.

Полный сочувствия доктор отпускает на волю Виктора — получеловека, полумашину, над которым проводили эксперименты в ЛюторКорп, но как только он убегает, его сбивает Лана. Видя, что на Викторе нет и царапины, она обращается к Кларку, который быстро находит киборга. Вместе они пытаются найти девушку Виктора, но прежде чем им это удаётся, Лекс забирает пациента обратно в ЛюторКорп.

Лекс узнает, что профессор Файн, находится в Гондурасе, и хочет поквитаться с ним. Кларк встречается с красивой и соблазнительной девушкой Симоной, которая использует гипнотические чары, чтобы все исполняли каждое её желание. Кларк раскрывает свои способности Симоне, которая решает воспользоваться Кларком, чтобы убить Лекса.

Все ещё расстроенная расставанием с Кларком, Лана принимает опасную сыворотку и видит умерших родителей. Обеспокоенный Кларк торопится помочь Лане. В результате его укалывают криптонитовой сывороткой, и ему удается пообщаться с недавно погибшим Джонатоном, который предупреждает его, что Лайонел знает его секрет. А Лайонел тем временем продолжает сближаться с Мартой.

Кларк и Марта приютили маленькую девочку Медди после трагической смерти её приёмной матери. Когда выясняется, что у Медди есть сила разрушать стекло, она становится главной подозреваемой. Тем временем, Хлоя застала Лекса и Лану в неловкой ситуации.

Маньяк в маске берет Лайонела в заложники и организовывает серию тщательно спланированных игр. Лайонел должен выиграть, чтобы остаться в живых. Кларк сообщает Марте, что Лайонел знает его секрет, она собирается поговорить с ним, но неожиданно становится частью игры маньяка.

В Метрополисе Кларк спасает жизнь незнакомцу по имени Грехем, который обещает отплатить Кларку за его доброту. К несчастью Грехем оказывается наёмным убийцей с способностью становиться невидимым, и решает убить Лекса, потому что это было бы лучшим подарком для Кларка.

Кларк поражен, когда видит привидение своего отца на кладбище, но ещё больше его шокирует то, что он говорит ему убить Лайонела. Тем временем Лекс разрабатывает вакцину против смертельного вируса Файна, но тот вступает в дело и вводит вакцину, что вызывает своеобразную реакцию у Лекса.

Брэйниак (Файн) выпускает смертельный вирус, который может убить миллионы людей, и отказывается дать вакцину Кларку, пока тот не согласится выпустить Зода. Кларк обращается к Лайонолу, который однажды общался с Джор-Элом. Тем временем Лекс шокирован своими новыми способностями. Он рассказывает о них Лане, которая решает быть с ним, во что бы то не стало, ещё не зная какой оборот примет жизнь Лекса с помощью дьявольских махинаций Брэйниака.

Кларк в ловушке в фантомной зоне, в то время как в тело Лекса воплотился Зод, чтобы уничтожить Землю. В суматохе всеобщего хаоса Хлоя неожиданно сталкивается лицом к лицу с человеком из своего прошлого, которого она меньше всего ожидала увидеть снова — Джимми Олсеном. Заброшенный в фантомную зону Кларк оказывается без своих суперсил, в окружении бандитов, которые хотят отомстить Джор-Элу — биологическому отцу Кларка. Тем временем, получивший тело Лекса, Зод удерживает Лану, желая получить от неё наследника, чтобы начать изменение Земли по типу Криптона. Он хочет использовать жёсткий диск с корабля криптонцев. Самолёт Марты и Лоис терпит крушение рядом с Крепостью. Джор-Эл объясняет Марте, как убить Зода.

Беспрестанно работая над устранением последствий Чёрного Четверга, Кларк подрывает своё здоровье и впервые в жизни простужается. Его простуда ведёт к развитию новой сверхспособности — супердыхание. Лана переезжает жить к Лексу в особняк. Лексу кажется, что кто-то следит за ним. Его подозрения вскоре подтверждаются, его похищают.

Кларк, Хлоя и Джимми расследуют загадочные убийства людей, совершённые в лесах неподалёку от Смолвиля. Некое существо использует тела людей, чтобы поселять там свои семена. Тем временем Лекс проводит благотворительный бал в пользу жертв Чёрного Четверга. Лоис соглашается пойти с Оливером Куином на бал Лекса.

На мероприятии по сбору средств на благотворительность Лоис становится свидетелем, когда Зелёная Стрела крадёт редкостное алмазное ожерелье с шеи Марты. Она клянется разгадать, кто скрывается за зелёным костюмом. Кларк проводит собственное расследование и обнаруживает, что Оливер Куин и есть Зелёная Стрела, что именно он грабит богатых, отдавая награбленное бедным. Тем временем Лекс с помощью Лайонела устраивает проверку преданности Ланы.

Будучи подростком, Лекс и Оливер посещали одну и ту же частную школу. Оливер с друзьями третировали Лекса и его друга Дункана. Лекс обещает Дункану помочь выбраться наверх, к высотам бизнеса. Лекс и Оливер возвращаются в школу в наши дни для встречи с одноклассниками. Школьные друзья Оливера начинают гибнуть один за другим. Тем временем Кларк получает снимки со спутника, сделанные в день его возвращения из Фантомной Зоны, которые подтверждают, что вместе с ним на Землю прорвались заключённые из фантомной зоны.

Кларк поражён, узнав, что Райа смогла бежать из Фантомной Зоны. Они быстро сходятся, хорошо понимая друг друга. Райа объясняет Кларку, как восстановить Крепость. Однако Бэйрн, убийца, сбежавший из Фантомной Зоны, нападает на Райу и Кларка, ища мести за своё заключение в Зону.

Кларк узнает, что Зелёная Стрела был ранен, когда пытался спасти парочку от ограбления. Но Оливер уверяет, что всё в порядке. Позднее Оливер становится агрессивным, неуравновешенным, и Кларк с Хлоей проводят расследование, выясняя, что Оливер принимает суперлекарство, излечивающее моментально, но имеющее побочные эффекты. Тем временем Лана делает шокирующее открытие.

Кларк узнает, что один из беглецов из Фантомной Зоны оказался в Сиэтле и уничтожил экипаж корабля. Во время расследования Кларк сталкивается с ужасным монстром, который высасывает кости из тел людей. Тем временем пациент секретной лаборатории ЛюторКорп, обладающий способностью видоизменяться в различные волны и излучения, сбегает с целью мести Лексу. Он заключает Лекса в особое измерение, где Лекс может видеть и слышать всех, но его никто не замечает.

Кларк в шоке, когда узнает, что его сосед фермер Джед МакНэлли держит у себя незаконно эмигрантов, силой принуждая работать на себя. Сам себя считая нелегальным эмигрантом на Земле, Кларк ищет помощи у Марты, чтобы помочь мексиканскому парню и его матери.

После того как Лана признается Хлое в своих колебаниях по поводу брака с Лексом из-за старых чувств к Кларку, репортер колонки сплетен Линда Лэйк пишет заметку в деталях об их разговоре. Чтобы не дать истории ход, Хлоя берётся за Лэйк и узнаёт, что та имеет способность превращаться в воду и использует это, чтобы подслушивать и узнавать сплетни для своей колонки. Тем временем Лоис начинает подозревать Оливера в том, что он и есть Зелёная Стрела и просит Кларка помочь доказать это.

Зелёная Стрела посылает за подкреплением, и Барт, он же Флэш или Импульс, Аквамэн и Киборг возвращаются в Смолвиль, чтобы разрушить секретную лабораторию ЛюторКорп. Во время взлома ЛюторКорп Флэш пойман, Лекс пытает его, Кларк пытается спасти Барта, но оказывается без сил из-за криптонита. По тревоге Хлоя спешит за помощью к Оливеру, и вновь созданная Лига начинает действовать, чтобы вытащить Барта и Кларка. Позже Лоис разрывает отношение с Оливером.

На Кларка совершается нападение. Очнувшись, он оказывается в психиатрической лечебнице. Его врач, доктор Хадсон рассказывает, что Кларк здесь уже пять лет, предаваясь фантазиям насчёт своего внеземного происхождения. В этом мире Марта замужем за Лайонелом Лютором, Хлоя душевнобольная, Лана выбрала Кларка, а не Лекса. Она умоляет Кларка согласиться на процедуру доктора Хадсона, и тогда они могли бы быть вместе. Но один из пациентов Джон, он же Марсианин рассказывает Кларку, что «добрый» доктор на самом деле фантом, что Кларк должен убить его, чтобы вернуться в реальность. Кларку предстоит принять тяжёлое решение.

После того, как Лоис испробовала помаду, изготовленную на основе красного криптонита, её охватывает непреодолимая тяга к Кларку. После жарких поцелуев красный криптонит передаётся Кларку, и тот немедленно слетает с тормозов, превращаясь в «плохого Кларка». Под влиянием метеорита Кларк вламывается на свадебный обед к Лексу и Лане и похищает будущую невесту.

За Ланой кто-то следит, она пытается выяснить кто это, не при помощи Лекса, так как может быть раскрыт секрет Кларка. В это же время Кларк Кент и его подручные друзья Джимми и Хлоя расследуют это дело и выясняют, что здесь замешан один фотограф, но вскоре выясняется, что не всё так просто и здесь также замешан и один из охранников Лекса (помешанный на Лане Лэнг).

Кларк и Хлоя обнаруживают Тобиаса — молодого человека, ослепленного метеоритным дождем, у парня появилась способность видеть людей заражённых метеоритами. Лекс с его помощью находит людей со способностями и ставит эксперименты над ними. Лана узнает о даре Тобиаса, и боится, что тот увидит Кларка как заражённого, поскольку один из них, предлагает ему пересадку глазной роговицы в обмен на его молчание. Однако Лана не готова узнать, что Кларк заражён.

В день своей свадьбы с Ланой Лекс получает звонок от доктора Лэнгстона, который угрожает рассказать Лане правду о её ребёнке. Лана начинает смотреть на свадьбу с другой стороны, а Кларк приходит ко мнению, что он не может позволить Лане выйти замуж за Лекса и решает раскрыть ей свой секрет. Тем не менее, никто не ожидал вмешательства Лайонела Лютора.

Кларк и Хлоя обнаруживают, что Титан, фантомник, является звездой секретного клуба борьбы, кровавые смертельные сражения которого передаются в Интеренет. Лоис чувствует запах истории и решает расследовать это дело самостоятельно, но захвачена и вынуждена участвовать в поединке с Атэной, как её первый противник. Кларк показывает силу, таким образом он может бороться с Титаном, но ошеломлён, когда вместо Титана на ринг выходит Лоис.

Лекс находит мать Хлои, Мойру, которая имеет способность управлять метеоритными фриками. Он разрабатывает лекарство, чтобы пробудить Мойру от её неподвижного состояния в психиатрической лечебнице, а затем угрожает убить Хлою, если она не использует свои способности, чтобы помочь ему. Кларк помогает Хлое ворваться в психиатрическую лечебницу, чтобы спасти Мойру и, наконец, узнать её мать.

После того, как Джоди, жена спецсолдата, устанавливает самодельную бомбу в одной из лаборатории Лекса — Лайонел сильно ранен, а Лекс взят в заложники разъярённой супругой. Лекс похитил её мужа, поэтому Джоди угрожает взорвать всю лабораторию с Лексом внутри, если он не скажет ей, где её муж. Кларк отправляется, чтобы спасти Лекса, но тотчас же сбит с ног криптонитом, которым покрыты глиняные стены. Лекс и Кларк понимают, что единственный способ спастись — это помочь друг другу.

После секретной встречи с Лайонелом Лана ранена в «Дэйли Плэнет» таинственным бандитом. Джимми лезет из кожи вон, изучая фотографии места преступления, и видит сон «Смолвиль в 40-х годах», в котором Лана является роковой женщиной, которая организовала убийство своего мужа, магната Лекса, Кларк работает в «Дэйли Плэнет» репортером, а Лоис — певица, работающая в баре, принадлежащим Лайонелу. Тем временем, в 2007 году, Кларк обнаруживает, почему Лана вышла замуж за Лекса.

Сенатор Берк выделяет миллиарды ЛексКорп на проект «Арес». Берк узнает, что Лекс хочет размножить Арес вместо производства прототипа. Он угрожает закрыть проект, на что в ответ Лекс угрожает поведать миру какая сумма у сенатора на счёте в Кайманах. Позже, Лоис говорит с сенатором перед рестораном о его кайманском счёте, и его и его охрану убивает кто-то незамеченный. Кажется прототип сбежал.

Кларк хочет убить Лайонела, когда узнал, что тот угрожал убить его, если Лана не выйдет замуж за Лекса. Лана говорит Лексу, что уходит от него, и Марсианин возвращается чтобы помочь Кларку остановить Лекса, который пытается найти последнего призрака из Фантомной Зоны, чтобы использовать его ДНК для создания всемогущей армии супер солдат. Тем временем Лоис направляется в Дамбу Надсмотрщиков в поисках информации о секретной лаборатории Лекса, где получает жестокий удар от охранника. Секретная сила Хлои раскрывается.