Clark descubre y empieza a probar su visión de rayos x, siendo primero testigo de cómo su amigo Lex roba un banco y, después, descubriendo a una chica con una interesante habilidad para cambiar de forma que parece que pretende atacar a Lana.

Clark conoce a una mujer, Cassandra Carpenter, que tiene visiones del futuro, y Lex trata de utilizarla para conocer el suyo y para averiguar algo más del secreto de su amigo; mientras, un anciano descubre una fuente de juventud que le transforma en un adolescente y decide vengarse de los descendientes del jurado que hace años le mandó a la cárcel.

Earl Jenkis, antiguo empleado de Luthor Corp's, intenta demostrar que la extraña enfermedad que padece fue producida por los tóxicos que inhaló cuando trabajaba en el Nivel 3 de la fabrica utilizando unos potentes fertilizantes. Como quiera que Luthor niega la existencia del citado Nivel 3, Jenkisse encierra en la fabrica con Clark y sus compañeros como rehenes, circunstancia que el joven Kent aprovechará para descubrir la verdad.

La identidad secreta de Clark está en peligro cuando Sam Phelan, un policía corrupto, le ve usando sus poderes y le obliga a colaborar con él. Cuando Clark le traiciona, no está preparado para las consecuencias que su acción tendrá sobre él y su familia. Mientras, Lex recibe una sugerente oferta de su ex novia.

Durante una tormenta eléctrica, Clark rescata a su compañero Eric Sumers de ella, pero les alcanza un rayo que transfiere todos los poderes de uno al otro. Al principio, Clark está contento de poder ser por fin un adolescente normal, pero después empieza a preocuparse cuando Eric empieza a utilizar sus nuevos dones para divertirse, poniendo a otros en peligro. Mientras, Lex está seguro de tener las pruebas definitivas de los superpoderes de Clark

Lex sufre, cuando regresa a Smallville un antiguo enemigo, las consecuencias de un escándalo de su pasado.

Clark y Lana corren contra el tiempo para encontrar a una secuestrada Chloe, después de que una explosión le dé a Lana la habilidad para 'ver' a través de los ojos del secuestrador; y ve a Chloe siendo enterrada viva. Mientras tanto, Lex descubre la evidencia de que una nave espacial aterrizó en Smallville durante la lluvia de meteoritos.

Clark rescata a Lana del tornado, y luego irá en busca de Jonathan y Nixon con la ayuda de Chloe y Pete. El estado de Lionel es severo, por lo cual Lex lo somete a una operación muy peligrosa.

Una ola de calor llega a Smallville, causando que Clark obtenga una nueva habilidad: La Visión de Calor. Lex contrae matrimonio con una hermosa mujer llamada Desiree Atkins (Krista Allen) que apenas conoce, ya que ella tiene el poder de controlar a los hombres mediante una dosis de feromonas mediante un beso. Lana toma una decisión importante con respecto a Whitney.

Lana conoce a un admirador secreto llamado Byron Moore (Sean Faris), quien oculta algo que lo aleja del día; por eso acude a Clark por ayuda. Martha acepta un trabajo como asistente personal de Lionel.

Rachel Dunleavy llega a Smallville y reclama que Clark Kent es su hijo biológico con Lionel Luthor, por lo tanto el hermano de Lex Luthor y pide una comprobación de ADN. Mientras tanto, Lana Lang visita a Henry tratando de hallar a su padre biológico.

Clark Kent recibe la llamada desesperada de Ryan James, diciéndole que está siendo utilizado en un experimento en un hospital. Clark consigue salvarle pero es acusado por el tutor de Ryan, el doctor Garner, de secuestrar al niño.

Mientras practica motocross con Pete, Clark se cae en una cueva y se encuentra con Kyla Willowbrook. La chica investiga algunas pinturas antiguas y misteriosas que hay en las paredes de la cueva. Ambos se enamoran de inmediato. Su abuelo y algunos ecologistas luchan contra la construcción de un edificio que destruirá las cuevas. Un lobo amenaza a un constructor y Clark cree que el jefe Indio es un mutante con el poder de transformarse en lobo. Lana recibe los resultados de la prueba de ADN.

Lionel Luthor es disparado dos veces en la mansión de los Luthor. Cuando encuentran a Jonathan Kent, borracho, con un arma en su mano y una botella de tequila en la otra, se convierte en el principal sospechoso. Todas las pruebas le acusan, pero Clark Kent cree en su inocencia y está dispuesto a demostrar que su padre no le disparó a Lionel.