クリスマスムード一色の東京・原宿にやってきた雪泉と飛鳥。プレゼント用のネコ耳を探しながら、両手いっぱいに紙袋を抱え休日の買い物を楽しんでいた。一方、焔たち焔紅蓮隊メンバーは七面鳥を食べるためにアルバイト、斑鳩、葛城、柳生、雲雀は街に出かけるなどそれぞれのクリスマス準備にいそしんでいた。忍の使命を課せられた少女たちにとって、忍務の合間のちょっとした幸せな時間。だがそんな時間は長くは続かなかった。少女たちの前に現れたのは妖魔、そして謎の忍集団だった…。

雪泉はスマートフォンを持っていないために飛鳥に連絡することができず、落とした大事なネコ耳を返せなかったことを気に病んでいた。そんな雪泉たち月閃女学館メンバーのもとに、スパリゾートへの招待券が矢文で届く。怪しすぎる招待に罠を疑いつつ、おっぱいじゃんけんの結果、スパリゾートへ向かうことに。そこには蛇女子学園と焔紅蓮隊のメンバーも招待されていたが、なぜか飛鳥たち半蔵学院は一人もいなかった。胸騒ぎのする雪泉だったが、焔の挑発でピーチビーチスプラッシュ・スケスケver.対決が開始された。

雪泉を一人呼び出した飛鳥は、「忍に正義なんかない」と言い放ち雪泉をシノビマスターに参加させまいと襲い掛かる。二人の秘伝忍法がぶつかり合い、雪泉は右腕にキズを負うが飛鳥の姿は消えていた。翌日、飛鳥が気がかりな雪泉は飛鳥の祖父半蔵の寿司屋を訪ねるが、「しばらく休みます」と貼り紙が。同じように訪ねてきていた焔と飛鳥の様子を話し合い、おかしな態度が気懸りなものの、半蔵学院のみんなを救うためシノビマスターへの参加を告げる。雪泉の怪我を心配した焔は、キズに効く温泉を紹介する。

「シノビマスターズ」へ神楽を参加させるため、かぐら、奈楽、蓮華、華毘、華風流たち巫神楽の前にあらわれる雪不帰。かぐらは神楽へと転身し、雪不帰との闘いが始まる。神楽の攻撃に無抵抗なまま雪不帰の服が切り刻まれていく中、いつの間に攻撃されたのか神楽の服も吹き飛ぶ。そして「私が何者か知りたければ、シノビマスターズに参加することです。」と言葉を残し、月光、閃光とともに雪不帰は消えていった。一方、月光と閃光が月閃女学館の中等部生徒だと夜桜から知らされた雪泉、叢、四季、美野里は調査へと向かうのだった。。。

最強の忍チームを決める「シノビマスターズ」が司会席の雪不帰の発声とともに、開幕した。参加者の中には月閃、蛇女、かぐらをはじめとした巫神楽もいた。更に会場に姿を現した飛鳥に雪泉は動揺する。一方、飛鳥に傷を負わされた焔はいつもと違う様子だった飛鳥を心配していた。「シノビマスターズ」は焔が負傷したため不参加とした焔紅蓮隊メンバーだったが、あらためて焔とともに抜忍らしく大会へ無理矢理参加する事を画策する。その頃、闘技場では月光・閃光から第一試合の種目「禅羅怒ッ血暴流！（全裸ドッヂボール）」が発表された。

雪不帰を倒さんとする雪泉、飛鳥の前に月光、閃光が立ちはだかる。黒影の信念「悪のない善だけの世界」のために雪泉を倒すという月光に過去の自分を重ねる雪泉。一方、閃光の口ぶりに違和感を抱く飛鳥…。各々の想いを胸に「シノビマスターズ」決勝戦の戦いの火蓋が切って落とされた。

辛うじて月光と閃光を倒した雪泉と飛鳥。しかし、飛鳥の体は限界に達していた。最後の決着をつけるべく雪不帰のもとに向かう雪泉。「新たな正義を示す」という雪泉に対し、雪不帰は不敵な笑みを浮かべながら黒い鉄扇を構えた。一方、闘技場の観客席ではかぐらが奈楽、巫神楽三姉妹に黒影の過去を語る。それは意外な過去だった。

「忍は善も悪も等しく妖魔と共に滅ぼす！」と雪不帰は宣戦布告する。妖魔「羅刹」とともに並び立つ雪不帰の姿に動揺する雪泉たち。妖魔は人に仇なす存在ではなく、妖魔に対して先に仕掛けてきたのは忍の方だと説く雪不帰。その証拠を見せようとした瞬間、飛鳥に遮られる。宣戦布告という目的を果たした雪不帰と羅刹は、月光と閃光をその場に残し姿を消していった…。

異界の扉が開き、街中に現れた妖魔と戦いを繰り広げる忍たち。その様子を見てこのままでは多くの人々が巻き込まれてしまうと感じたかぐらは奥の手、「超忍結界」を張り巡らした。すると妖魔と戦っていた詠が下着姿に、斑鳩は靴下だけの姿になってしまう。かぐらの超忍結界は忍を強制的に「命駆状態」にしてしまうのだった。一方、結界の外にいる雪不帰が攻撃に参加しようとしたその時、眼の前に現れたのは月光と閃光であった…。

新しい異界の扉が開くのを感じたかぐらの言葉に従って温泉街へとやってきた忍たち。異界の扉の詳しい場所までは分からないため、一旦宿で待機する事になる。風情のある温泉宿に入っていくと驚いた事に雪不帰もそこにいた。睨み合う雪不帰と一同。しかし雪泉は皆を制止し、雪不帰と話し合いをしたいと言い出す。雪泉の言葉を受け、納得した月閃メンバーたちは妖魔が出現するまで温泉街で遊ぶことに決める。

異界への扉が開き続々と這い出て来る妖魔。集結する月閃、半蔵、蛇女、焔紅蓮隊の忍たち。「忍」と「妖魔」の最終決戦が幕を開ける。葛城の奇想天外な発想で妖魔を一箇所に集め飛鳥が「封魔光輪」で封印するものの、その力は飛鳥の体を蝕んでいく。そこに現れた雪不帰と羅刹に立ち向かう飛鳥だったが…。

雪不帰のために命を賭けて「忍」を滅ぼすのだという羅刹。倒れていた飛鳥も立ち上がり､命を賭けてでも羅刹を封印すると決意の言葉を吐く。「封魔光輪」で羅刹を封印しようとするが、羅刹が力を解放し封印を断ち切ってしまった。一方、激しい戦いを繰り広げる雪泉と雪不帰だったが、雪不帰の一撃に吹き飛ばされ雪泉は湖の中に沈んでいってしまう。「忍」と「妖魔」の壮絶な戦い。果たしてこの戦いの結末は…。