La tercera temporada empieza con Jack, Kate y Sawyer trasladados al campamento principal de los misteriosos Otros y, allí, son retenidos en tres áreas diferentes: mientras el doctor está encerrado en una habitación aislada, Kate y Sawyer son encarcelados en jaulas.

La vida de Sun y Jin se ponen en peligro cuando Sayid intenta localizar a Jack y a los otros supervivientes desaparecidos. Para ello, el iraquí desarrolla un plan para atraer la atención de los Otros en la playa.

Los destinos de Locke, Eko y Desmond se revelan en el momento en el que la escotilla vuela por los aires y ellos se encuentran dispersos por la misteriosa isla. Por su parte, Hurley llega al campamento base e informa de la captura de Kate, Jack y Sawyer.

Los Otros previenen a Sawyer y a Kate de lo que les puede pasar si escapan y dejan al estafador perplejo por las excesivas medidas de seguridad que esta tribu manejan para mantenerles presos.

Un delirante Eko empezará un viaje metafísico en el que deberá luchar con los demonios de su pasado. Por su parte, Jack no sabe en quién confiar cuando Los Otros empiezan a discutir entre sí.

Después de meditarlo, Jack toma una decisión ante la oferta de Ben. Quizás a esa decisión le ayuda una visita que le brinda Kate, en la que le suplica que opere a Ben, ya que la vida de Sawyer depende de ello.

Jack tiene a los Otros en una situación desesperada, pues la vida de Ben está en sus manos. Mientras tanto, Kate y Sawyer intentan escapar de sus captores, y son ayudados por Juliet, quien recuerda su pasado como investigadora médica.

Después de que Desmond la rescate de morir ahogada en el mar, Charlie, celoso, convence a Hurley para que le ayude a descubrir porque Desmond parece que prediga el futuro.

Mientras Kate y Sawyer están de camino a su campamento junto con Karl, que está empezando a dar síntomas del lavado de cerebro que le hicieron los Otros, empiezan a discutir si deben ir a rescatar a Jack o dejarlo en manos de esta misteriosa tribu.

Kate aún se resiste a dejar a Jack en manos de Los Otros, mientras ella y Sawyer vuelven al campamento base. Mientras tanto, Hurley está desolado por la trágica muerte de Libby, y, creyendo que está maldito, intenta alejarse de todo sus compañeros.

Kate, Sayid, Rousseau y Locke siguen buscando a Jack. Durante su incursión por la selva, se topan con una misteriosa antena parabólica gigante que está situada en una aparente granja de animales. La exploración del terreno les hará conocer a un extraño habitante.

Cuando ve a unas gaviotas con marcas en las patas, Claire deduce que son observadas por biólogos. Así, a la chica se le ocurre una idea para enviar un mensaje al exterior. Charlie se muestra reticente; mientras Desmond trata por todos modos de sabotear el plan.

Kate y Locke llegan al campamento de Los Otros. Por una parte, Locke se encuentra con Ben. El jefe de Los Otros quiere detener al superviviente de su destructiva misión. Por otro lado, Kate no para hasta que encuentra a Jack. Su cara a cara no va como ella esperaba.

Las aventuras de los supervivientes dan un pequeño alto para explicar la historia de Nikki y Paulo. Cuando se los encuentran muertos, el resto de los pasajeros intentan reconstruir qué ha podido suceder para que la pareja haya terminado con este trágico final.

Kate es forzada a quedarse en la selva con Juliet. Hurley le advierte a Sawyer de que deberá cambiar sus formas de actuar y su carácter o se verá destinado al destierro.

Jack vuelve al campamento, pero nadie está para celebraciones cuando ven que el médico va acompañado de Juliet. Mientras la ex integrante de Los Otros busca una manera de integrarse con sus nuevos compañeros, va recordando cómo acabó viviendo en la isla.

Charlie pisa la cuerda de una trampa Rousseau y se le dispara una flecha que le atraviesa el cuello, Desmond trata de salvarlo pero muere en sus brazos. El escocés tenido otra visión sobre la muerte de Charlie y parece que esta vez quiere que se cumpla.

Sun descubre lo que pasa a las mujeres que se han quedado embarazadas en la isla, por lo que accede a ser examinada por Juliet. Mientras tanto, en medio de la jungla, la mujer del paracaídas se está muriendo y Desmond y Charlie discuten sobre qué deben hacer.

Después de abandonar a Los Otros, Locke coge a Sawyer y empiezan un viaje por la jungla que tiene un objetivo: eliminar a un enemigo común. Mientras tanto, en la playa, la chica del paracaídas tiene una información crucial sobre el vuelo 815.

Locke se enfrenta a Ben y le pide que le lleva hasta Jacob, uno de los misterios más escalofriantes de la isla. En el campamento de los sobrevivientes, Sawyer hace escuchar a Sayid la grabación de Juliet, y quieren explicaciones de la médico.

Charlie realiza una lista de los mejores momentos de su vida, mientras Desmond, otra vez, tiene una visión sobre la defunción del músico británico. Esta vez, no obstante, Charlie no piensa huir y se plantea plantar cara a la muerte.

La emboscada de Los Otros no va tal y como se había planeado y termina con la captura de Sayid, Jin y Bernard. Por otro lado, Ben ha sido informado de la presencia de Charlie en la estación del espejo y, por eso, envía a Mikhail para que acabe con esta intromisión.

En la estación subacuática del Espejo, Charlie y Desmond tratan de encontrar una manera de desmantelar el bloqueo de la señal que evita que los habitantes puedan mantener comunicaciones con el mundo exterior.

Después de 93 días viviendo en esta misteriosa isla, los supervivientes ven que el rescate es casi una realidad, pero lo miran con cierta desconfianza, ya que no saben si creer o no el mensaje final que Charlie hizo llegar a Desmond antes de morir.

Cuatro extraños llegan a la isla y los supervivientes se preguntan si realmente ellos han venido para rescatarles o tienen otra misión diferente.

La rehén de Locke, Charlotte Lewis, puede ser la clave para salir de la isla, así que Sayid y Kate van en su búsqueda en un intento de negociar un trato de manera pacífica.

La necesidad de Kate de conseguir información del rehén del grupo del campamento de Los Otros, podría causar problemas con el nuevo líder de la aldea, Locke, y también con Sawyer.

Desmond y Sayid viajan hacia el carguero, cuando una turbulencia causa extraños efectos en el escocés. Éste descubre que los viajes en el tiempo que experimenta podrían incluso matarlo si no encuentra una constante que una su pasado con el presente.

Juliet recibe una visita no deseada de alguien de su pasado que le ordena vigilar a Charlotte y Faraday, con el objetivo de impedirles el cumplimiento de su misión.

Juliet es forzada a revelar ciertas noticias alarmantes a Jin cuando Sun amenaza con moverse al campo de Locke. Mientras tanto, Sayid y Desmond tienen una idea de la misión del equipo del carguero cuando conocen al capitán de la nave.

Después del encuentro entre Michael y Sayid, la historia de cómo el espía de Ben llegó hasta el carguero finalmente es revelada. Mientras, en el campamento de Locke, Ben envía a su hija a un lugar más seguro para que sobreviva a un posible ataque de la gente de Widmore.

Jack intenta descubrir la identidad del cuerpo que ha aparecido en la playa arrastrado por el mar. Mientras tanto, el campamento de Locke es atacado por los enemigos de Ben.

Kate y Juliet deben trabajar juntas cuando la salud de Jack empeora y peligra la vida del doctor. En el otro grupo de supervivientes, algo va mal y Sawyer, Claire, Aaron y Miles, huyen del campamento y se dirigen de nuevo a la playa.

Locke, Hurley y Ben siguen buscando la cabaña de Jacob cuando John tiene un sueño revelador que les permitirá llegar a ella. En el carguero, el mercenario Keamy regresa enfurecido por su fracaso en el asalto a las barracas de la isla.

Jack y Kate siguen la señal del teléfono que el piloto ha dejado caer desde el helicóptero. Por el camino se encuentran con Sawyer, Aaron y Miles, que huyen de las barracas. Mientras tanto, Sayid llega a la playa con la zodiac para empezar a llevar gente al carguero.

Jack y Sawyer se dirigen a la estación La Orquídea, donde se encuentran con Locke y Hugo. Por otro lado, Ben se entrega al mercenario Keamy, quien lo mantiene prisionero. Mientras regresan a la playa, Kate y Sayid son capturados por los hombres de Linus.

La quinta temporada empieza con los supervivientes que se quedaron en la isla comenzando a sufrir los efectos de que esta se moviera. Por su parte, Jack y Ben quieren reunir a los seis del Oceanic con el fin de regresar a la isla.

Hurley lleva al inconsciente Sayid a su casa tratando de huir de la policía. Mientras tanto, Kate y Aaron continúan su huída de los abogados y visitan a Sun. Los supervivientes de la isla son atacados en la playa por fuerzas desconocidas.

Desmond busca a una misteriosa mujer, la madre de Daniel Faraday, quien puede parar los viajes a través del tiempo que está realizando la isla. En su búsqueda, descubre que Faraday -financiado por Charles Widmore- estaba experimentando con los viajes en el tiempo.

Kate descubre que alguien sabe el secreto de Aaron. Preocupada por el hecho de que alguien le quite la custodia del pequeño retoño de Claire. Mientras tanto, unos efectos secundarios de los viajes en el tiempo amenazan la salud de los supervivientes de la isla.

Locke asume la responsabilidad de detener los cada vez más violentos saltos de tiempo en la isla. Por eso, quiere llevar a Sawyer, Juliet, Miles, Charlotte y Daniel Faraday a la estación La Orquídea.

Eloise Hawking muestra a los seis de Oceanic la forma de volver a la isla, pero no todos quieren regresar.

La misión que Locke debe realizar fuera de la isla es revelada. Para ello, adoptará el nombre de Jeremy Bentham.

Los saltos en el tiempo se han parado y Sawyer, Juliet, Miles, Jin y Faraday se han quedado en 1974. Mientras traspasan uno de los bosques de la isla, se topan con una pareja de la iniciativa Dharma que está a punto de ser ejecutada.

Tras el encuentro con Jack, Kate y Hugo, Sawyer les explica que están en 1977 y que ahora son miembros de la Iniciativa Dharma. Para arropar a sus antiguos compañeros, el ex convicto decide crear una tapadera para que ellos puedan integrarse también al grupo.

Todos los supervivientes del vuelo Oceanic se encuentran en peligro cuando uno de ellos decide ir por su cuenta y tomarse la justicia por su mano.

Jin se despierta y ve a Ben inconsciente y cubierto de sangre. El coreano lo mete dentro la caravana y lo lleva hacia el campamento de la Dharma. Allí, Kate, Sawyer y Juliet arriesgarán su estable vida para salvar la vida de Ben, ya que Jack se niega a operarle.

Para expiar los pecados del pasado, Ben debe intentar invocar al monstruo de humo para ser juzgado.

Tras el secuestro del joven Ben, quien ha sido llevado al campamento de los hostilos por Kate y Sawyer, empiezan las sospechas por parte de los miembros de la Dharma de que ha sido un golpe desde dentro y de que hay un topo entre ellos.

Daniel Faraday desvela por fin qué es lo que sabe sobre la isla.

Jack y Kate se encuentran solos a la hora de defender su postura sobre qué hacer para salvar a sus compañeros supervivientes de la isla. Sawyer y Juliet se tendrán que someter al juicio de los jefes de la Iniciativa Dharma al haber roto las reglas de convivencia.

Jack encontrará una fuerte oposición que no querrá tirar adelante su plan para que todo vuelva a la normalidad en la isla.

Jack encontrará una fuerte oposición que no querrá tirar adelante su plan para que todo vuelva a la normalidad en la isla.

La serie de culto "Perdidos" empieza su sexta y última temporada con este episodio que empieza a aclarar las dudas de los espectadores y muestra las consecuencias de la detonación, por parte de Juliet, de la bomba de hidrógeno.

El falso Locke prosigue la búsqueda de Desmond con la intención de utilizarle para destruir la isla y marcharse por fin. Jack también busca al australiano, pero en su caso, para utilizarlo como arma en el inminente enfrentamiento final contra el humo negro.