高藤学園に通う大島裕樹は、幼なじみの住吉千里や木場美冬らとともに食品研究部に所属し楽しい日々を過ごしていた。ある日の朝、普段通りショッケン部室に登校すると、衝撃の事実が明らかになる。ショッケンが廃部になるかもしれないというのだ。次期生徒会長選挙の最有力候補、東雲皐月が活動実績のないクラブを整理するというマニフェストを発表していた。裕樹たちは皐月を当選させないために対立候補を探すのだが…。

ショッケンメンバー全員の指名によって千里から生徒会長選挙への立候補を命じられた裕樹は、次の日の朝、起こしに来た千里にショッケンを辞めると言い放つ。それを聞いたショッケンメンバーたちはショックを受け、裕樹が辞めない方法を考えるのだった。一方、裕樹は昨日拾ったキーホルダーを遺失物センター届けようと高藤学園に向かう。その途中で、皐月をはじめ何人もの美少女に出くわし、恋の予感に胸を膨らませるのだが…。

正式に裕樹の立候補が受理され、選挙対策本部も設置し、本格的に選挙戦に突入したショッケンだったが、選挙のノウハウを持っている部員がいないため、早々に行き詰ってしまう。そんな時、現生徒会長で治安部部長の毛利夜雲が現れる。治安部は事件で会長選への出馬を自粛しているため、代わりに裕樹の選挙戦をバックアップしたいと申し出る。これを聞いた千里は、何か裏があるのではないかと警戒するのだが…。

ショッケンの選挙戦は順調にスタートしたが、チラシ等を配布するために必要な資金が不足している問題に直面する。これを解決するため、予備選挙会場で開催される物販で売れる力のある商品を出そうと、裕樹の手作りロールケーキ「大島ロール」を販売することに。また裕樹の名前を覚えてもらえる印象に残るパンフレットを作るため、部員たちは頭を悩ませる。そんな時、未散がショッケンならではのあるものを使おうと言い出す…。

裕樹は予備選挙会場で販売する「大島ロール」を20本つくるため、授業をさぼって部室にこもっていた。同じく部室で演説文を作成していた美冬は、思いがけず裕樹と二人きりの時間を過ごすことになり、心が動かずにはいられず、秘密の日記を記すのだった。しかし、幸せな気分もつかの間、裕樹の作業を邪魔する部員や来客が続々とやってきて、美冬は気が気でならない。そしていよいよ予備選挙当日を迎えるのだが…。

裕樹が演説に向かったあと、美冬は演説原稿と間違えて印刷した秘密の日記を裕樹に渡してしまったことに気づく。秘密の日記が裕樹に読まれてしまうことだけは避けたい。慌てた美冬は、日記を取り戻そうと裕樹のもとへ急ぐ。一方、控室で演説の順番を待っていた裕樹は茂平治や皐月の演説に気を取られ、自分の演説原稿を頭に入れることに集中できなかった。ようやく原稿を読みなおそうと手に持っている原稿に目を落とすのだが…。

予備選挙を通過したショッケンは本選へ向けて合宿に突入した。予選突破に浮かれるショッケン一同に対し、夜雲は実際の数字を示して厳しい現実を再認識させる。合宿は順調に進むが、調理場で、はたまた露天風呂で起きるハプニングに裕樹は振り回され続けるのだった。そしてその夜、泥酔した葉月を介抱していた裕樹は思いがけず女子合宿棟に足を踏み入れてしまう…。

女子合宿棟で痴漢に間違えられ女子生徒たちに追われていた裕樹は、皐月が滞在するVIPルームにかくまわれる。皐月は女子生徒たちがいなくなるまで、部屋で将棋を指してやりすごすよう提案する。皐月は、姉の葉月と仲が良い裕樹に、葉月が実家を出て行った理由を聞いたことはないかと尋ねるのだった。次の日の夜、裕樹に家を出た理由を質問された葉月は、皐月に裕樹を賭けた直接対決を申し入れる…。

選挙戦が進むにつれ、各部各派閥の水面下の動きが活発化していた。裕樹たちショッケンメンバーは、ビラまき、街頭演説など順調に活動を進めていく。しかし、その一方で千里は普段と違う様子を見せていた。裕樹が街頭演説をしている最中、ビラ配りを手伝っていた衣更が女子生徒にからまれる。その様子を目にした裕樹はおもわずステージを降りて駆け寄る。熱くなる裕樹を千里は制止するが…。

裕樹は購買部の車にぶつかる事故にあったが、奇跡的に怪我はなかった。しかしその事故以来、千里は裕樹にしがみついたまま離れようとしなった。病院で、部室で、裕樹の家で…。裕樹は困惑するが、千里のわがままな態度に我慢できなくなり、ついに長年のうっ屈した気持ちを吐露する。一方、ショッケンの選挙戦は順調で裕樹の支持率は上昇、トップ争いを繰り広げていた。しかし、千里は事故の日以来登校していなかった…。

扇橋香奈の病室に足を踏み入れて治安部に捕縛された裕樹は、夜雲から高藤学園の裏の実態を聞かされ、未散が治安部のS特であることを知る。その頃、登校してこない千里を心配した美冬は、部屋にひきこもる千里に立ち直るきっかけを与えようとするが、あるものを見つけてしまう。すべてを話し終えた夜雲は、裕樹への協力をやめると宣言し、裕樹に対し選挙その他一切から手を引くように要求する。しかし裕樹はあきらめていなかった…。

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投票日前日の夜に裕樹と千里は謎の男たちに襲われる。翌朝、裕樹はさらわれた千里を救うため、犯人からの電話に振り回され街中を走りまわっていた。最終演説が迫っているのに姿を現さない裕樹をショッケンメンバーは不審に思うが、なすすべがなかった。そんな時、裕樹に関するデマ記事が突然ネットに流れ、支持率が下がり始める。偶然入手した裕樹の目撃情報から、異常事態を把握した夜雲は治安部を動かす。裕樹は千里を救い、最終演説に間に合うことができるのか!?

Unaired 13th episode released on the 7th DVD/BD.