Alors que le service est sous le choc de la mort brutale de Kate, l'équipe de Gibbs doit impérativement mettre la main sur le responsable, Ari Haswari. Tom Morrow est remplacé à la direction par Jenny Shepard, une ancienne conquête de Gibbs. La traque de l'agent double, Ari, va mettre tous les membres de l'équipe à rude épreuve. D'ailleurs, un agent spécial est détaché du Mossad pour remplacer Kate, Ziva David...

Alors que Gibbs reste contrarié par la mort de Kate, il est surpris lorsqu'il apprend que Ducky a été kidnappé par Ari. En planque ensemble, Gibbs et Jethro sont victimes d'une fusillade et ressortent plus déterminés que jamais à coincer leur pire ennemi. Justement, la relation qu'entretient Ziva avec son demi-frère Ari va particulièrement les aider...

Sur l'ordre du secrétaire d'Etat, Gibbs s'entretient avec Kyle Boone, un tueur en série qui doit être prochainement exécuté. Celui-ci a promis de révéler avant de mourir où se trouvent les corps de ses vingt-deux victimes. Paula Cassidy est dépêchée sur place pour la réouverture du dossier, vieux de dix ans.

Le corps d'un homme est retrouvé dans une tombe datant de la Guerre Civile. Un fois exhumé et identifié, l'équipe découvre que la victime, un sergent, a été enterré vivant. Durant l'enquête Abby décèle son dernier appel téléphonique. Pendant ce temps, le nouveau directeur, Jenny Sheppard, informe Gibbs de la récente nomination de Ziva David comme agent à part entière du NCIS.

Un marin du nom de Jerry Smith est abattu au volant de sa voiture alors qu'il se disputait avec sa femme au téléphone. En interrogeant son responsable, l'équipe découvre un autre Jerry Smith, toujours en vie. Les empreintes du cadavre révèlent pourtant qu'il s'agit bien du " vrai " Jerry Smith. Le " faux " s'appelle en fait John Kirby ; les deux hommes ont servi ensemble dans le passé et auraient échangé leur poste et leur identité...

Dans le quartier résidentiel de la Navy, la femme d'un caporal, détaché en Irak, a disparu suite à la diffusion de son meurtre en direct via le site porno qu'elle alimentait. Lorsque le corps d'une autre femme de militaire, esseulée et adepte du même site, est retrouvée la gorge tranchée, les soupçons se portent sur le webmaster. Pour cette enquête, la directrice nomme un assistant circonspect pour seconder Abby, Charles Sterling.

Le capitaine Tanner est kidnappé en plein jour sous les yeux de son fils de six ans qui prévient immédiatement le NCIS. Tanner travaillait sur un projet Secret-Défense nommé Honneur dont lui seul possédait les codes de protection. Pendant que Gibbs se prend d'affection pour le garçon surdoué, son équipe découvre que le projet honneur est piraté, menaçant ainsi la sécurité du pays. Et au fur et à mesure de l'enquête, Tanner incarne de moins en moins le profil de la victime.

Tony et Ziva agissent sous couverture en se faisant passer pour un couple de tueurs à gages. Morts dans un accident de voiture, les tueurs devaient se rendre au Gala des Marins en présence des plus hauts chefs militaires et directeurs d'agences. La mission du NCIS consiste alors à identifier le commanditaire et la cible du couple, mais l'équipe s'aperçoit qu'ils ne sont pas les seuls sur cette affaire...

Tous les indices prélevés sur les deux jambes d'une femme retrouvées à l'orée d'une rivière, indiquent que Tony Dinozzo est le coupable. Bien que le NCIS considère leur agent victime d'un piège aux allures de vengeance, l'enquête est mise ente les mains du FBI. Pendant la garde à vue de Tony, Gibbs mobilise toute son équipe pour passer en revue les nombreuses affaires traitées par son agent et déceler le responsable. Ils ne sont au bout de leurs surprises !

L'équipe du NCIS escorte le chef des opérations navales, qui a reçu des menaces de mort par un groupe de défenseurs des droits de l'homme. Au cours de cette mission, McGee abat un homme qui semblait le menacer, seulement aucune arme n'est retrouvée. Par ailleurs, l'homme abattu se révèle être un policier en mission d'infiltration auprès d'un trafiquant de drogue. Alors que Jenny Shepard collabore avec la police pour déterminer s'il y a eu une bavure, Gibbs et son équipe font leur possible pour prouver l'innocence de McGee.

Pour le tournage d'une émission de télé-réalité, trois célèbres top models intègrent un camp de la Marine dans lequel elles subissent un entraînement militaire sous la direction du sergent McMannis. L'une d'entre elles est retrouvée morte, pendue à des barbelés. D'après l'autopsie, la jeune femme serait morte d'overdose, mais l'enquête révèle qu'elle avait cessé de se droguer depuis des années. Suspecté de lui avoir fourni la drogue, son ex petit-ami est recherché et retrouvé mort d'overdose lui aussi; une injection mortelle administrée alors qu'il était inconscient...

Pistant des marchandises suspectes, Tony et Ziva sont pris dans les feux d'une fusillade sur le port de Norfolk et se réfugient dans un container que les terroristes referment sur eux. Comme leurs GPS sont inefficaces, les deux agents tentent d'être repérés autrement. Gibbs se met à leur recherche avec la collaboration du chef de la sécurité.

Les membres du NCIS sont convoqués un dimanche pour une affaire d'enlèvement. Amanda Wilkerson, un officier des forces de protection responsable d'un chargement de combustibles nucléaires, appelle le NCIS et dit avoir été enlevée. Enfermée dans un coffre de voiture, la femme ne peut survivre que quelques heures, ce qui laisse très peu de temps à l'équipe pour identifier l'agresseur et localiser la victime...

Le NCIS enquête sur le meurtre de deux épouses de Marines, toutes deux d'origine asiatique. Un double homicide ressemblant à une exécution. L'un des maris, alcoolique notoire, est suspecté puis retrouvé avec l'arme du crime. Pourtant, l'homme est innocent. Gibbs pressent un règlement de comptes communautaire...

En démantelant un trafic de voitures fomenté par un Marines, les hommes de Gibbs tombent sur une tête humaine parfaitement conservée, appartenant au quartier maître Wayne, décédé et incinéré quatre mois auparavant. Le NCIS mène l'enquête du côté des pompes funèbres, dont un employé a disparu...

Gibbs et son équipe enquêtent sur l'explosion d'une ambulance qui transportait le corps d'un Marine décédé lors d'un accident de voiture. Mécanicienne chevronnée, Abby démontre que l'explosion n'était pas accidentelle. Plus encore, les prélèvements ADN révèlent qu'il ne s'agit pas du caporal en question. Le meilleur ami du Marine, qui a identifié le corps le soir de l'accident, est alors suspecté, de même que le père de la victime.

Des Rangers ont trouvé un marin tué avant d'être dévoré par un ours dans un parc national. Le NCIS recherche également la femme qui était en sa compagnie. Apparemment, le coupable serait un connaisseur des lieux, aguerri en matière d'arme blanche et camouflerait ses crimes par des morts accidentelles. Le NCIS a mis le doigt sur un tueur en série...

Le NCIS intervient sur une prise d'otage dans un lycée alors qu'un étudiant, enfermé dans une classe avec d'autres élèves, menace de faire exploser une bombe qu'il détient sur lui. Pour venir au secours d'une élève qui fait une crise d'asthme, Gibbs pénètre dans la salle et devient otage à son tour, laissant alors Dinozzo en charge des opérations.

En jouant sur une mare gelée, deux jeunes garçons découvrent le cadavre d'un homme sous la glace : celui d'un sergent chef, porté déserteur depuis son retour de la guerre en Irak. A la recherche d'indices sur les lieux, le NCIS découvre trois autres cadavres...

En enquêtant sur une affaire d'espionnage au sein du département de cryptologie du Pentagone, Tony et Ziva découvrent le cadavre d'une cryptologue à son domicile. L'équipe tente de déterminer s'il s'agit d'un suicide et si la femme était la taupe en question, avant de découvrir qu'elle n'était pas seule au moment de sa mort.

En travaillant sur un dossier en cours du NCIS, Abby manque d'être tuée en expertisant une des preuves. Plus tard, il apparaît clairement que cet accident a été mis en scène et que quelqu'un veut la mort d'Abby. Alors, ses coéquipiers listent le nombre de ses potentiels ennemi(e)s en sondant son passé...

Après l'arrestation musclée d'un dealer, pris avec 5 millions de dollars d'héroïne, celui-ci meurt brutalement, alors qu'il était escorté par Ziva dans l'ascenseur du NCIS. L'enquêtrice avoue lui avoir donné un coup de poing dans la jugulaire parce qu'il n'obtempérait pas, mais elle est certaine de ne pas l'avoir tué. L'affaire se complique lorsque le frère du dealer kidnappe la directrice Jenny Shepard et menace de la tuer s'il ne récupère pas la drogue ainsi que son petit frère.

Lors d'une enquête sur des terroristes proches d'Al Qaeda, Gibbs est sérieusement blessé dans l'explosion d'une bombe. Après quelques jours de coma, ce dernier se réveille avec une sérieuse perte de mémoire et se croit dix ans en arrière, au sortir de la guerre du Golfe. Son état de santé plonge ses coéquipiers dans l'expectative et compromet l'enquête que Tony reprend.

Le NCIS doit poursuivre son enquête, sans l'aide précieuse de Gibbs qui souffre toujours d'amnésie. Jenny Shepard contacte Muse Watson, l'ancien patron et mentor de Gibbs, qui lui apprend les événements importants de cette dernière décennie, comme l'attaque du 11 septembre 2001. L'enquête du NCIS révèle que Gibbs est le seul à avoir des informations sur la prochaine attaque terroriste ; il doit absolument retrouver la mémoire pour éviter un nouveau drame.

Gibbs ayant quitté le NCIS, Tony reprend les rennes de l'équipe, MacGee n'est plus le bleu car une nouvelle recrue est intégré au NCIS. Alors que Ziva circule en voiture, elle part a la poursuite d'un couple de motard. Au moment de leur passage vers une restaurant, celui ci explose et Ziva est accusé d'avoir laissée filer les terroristes. Ziva appelle alors un renfort de poids : Leroy Jethro Gibbs...

L'évasion de Derrick Paulson oblige Gibbs a revenir temporairement au NCIS. Gibbs et Fornell l'avaient arrêtés auparavant et maintenant il menace Fornell et sa fille. En réouvrant ce dossier, Gibbs et le NCIS découvre que la vengeance n'est pas le seul motif de l'évasion...

Deux femmes circulent en voiture quand elles sont doublées par un 4x4. C'est alors que les deux jeunes aperçoivent à l'arrière du véhicule, le visage ensanglanté d'une femme. Gibbs qui reprend les reines de l'équipe, mène l'enquête sur la disparition de cette femme...

En interpellant un conducteur téléphonant au volant, une patrouille de police est percutée par un véhicule dont le chauffeur est mort assassiné par balle avant de pouvoir joindre le N.C.I.S. En menant l'enquête, l'équipe de Gibbs, revenu au N.C.I.S, découvre que l'interpellé, un espion russe à la solde de la CIA, et la victime, un quartier-maître, sont liés par une affaire de trafic d'armes remontant à une quinzaine d'années. Lorsque la Sécurité Nationale tente de s'accaparer le dossier, Gibbs rappelle Mike Franks, l'enquêteur en faction à l'époque.

Lors d'une visite d'une maison à vendre, un couple ainsi que l'agent immobilier découvre avec effroi le cadavre d'un homme assit sur un fauteuil. Le NCIS découvre que ce marine devrait être en mission en Irak et surtout que l'homme était marié à deux femmes en même temps...

Le soir d'halloween, le sergent Miles est grièvement blessé tandis que sa petite fille est portée disparue. Le NCIS apprend alors que la fillette a été enlevée et les ravisseurs demande une rançon. Se remémorant sa fille, Gibbs fait la promesse de retrouver la petite Sarah vivante...

Alors qu'il jouait au golf avec son fils, le colonel Frederik Cooper est tué suite à une explosion. Pendant que son fils s'engage dans les marines pour tenter de venger son père, les premières conclusions de l'enquête montreraient qu'il s'agirait d'une attaque terroriste. Gibbs est aidé par une lieutenant qui ne le laisse pas indifférent...

La directrice du NCIS, Jen Shépard assiste a un cocktail politique quand tout un coup un cadavre atterri sur le buffet. L'équipe de Gibbs apprend que l'homme est un héros de guerre mais les circonstances de son décès sont très troublantes. Après quelques recherches, le NCIS apprend que l'ancien marine vivait dans l'hôtel et lors de la fouille de la chambre, une jeune asiatique est retrouvée morte...

Pendant une nuit, l'agent MacGee s'adonne à son plaisir favori : l'écriture de son roman. C'est alors que quelqu'un frappe à la porte. Et là, Timothy reste figé en voyant son "invitée" qui est couverte de sang. Cette jeune femme est la jeune de sœur de MacGee. Elle pense avoir tué quelqu'un mais elle ignore qui, quand et comment elle est arrivée chez son frère. Tandis que le NCIS enquête sur la mort d'un marine, Gibbs et son équipe trouve une relation entre le marin et la jeune sœur de Tim...

Un équipe travaillant sur un chantier d'une base militaire fait une terrible découverte dans la cheminée. Le corps brulé d'un homme qui n'est autre qu'un tueur en série recherché depuis près de 12 ans. Le NCIS, en collaboration avec le FBI enquête sur ce crime et fait une trouvaille des plus étranges. Pendant ce temps, Jenny Shépard confie une mission en solo à Tony Dinozzo.

Travaillant sur un projet de robot pouvant piloter un véhicule, un lieutenant de la Navy est tué. Au départ de l'enquête, les indices démontrent qu'il s'agirait d'un suicide mais alors qu'Abby tente d'analyser l'ordinateur de bord de la voiture, le véhicule s'en prend à Abby en menaçant sa vie. C'est à ce moment là que Gibbs et son équipe songe alors à un meurtre. Pendant ce temps, Ziva est très préoccupée par le comportement de Tony qui est sans cesse en visite dans un hôpital...

Une jeune femme, lieutenant de la Marine, est retrouvée sans vie dans la chambre d'un motel d'une petite ville. Une fois sur place, Gibbs et son équipe apprennent que la scène de crime a été nettoyée et que l'autopsie du corps a déjà été pratiquée par le médecin local. Selon le shérif de la ville, un problème de communication serait à l'origine de cela. Malgré tout, Gibbs reprend l'enquête comme il peut. Au fil des jours, le NCIS émet l'hypothèse que le meurtre soit lié à l'action d'une cellule terroriste...

Après que 10 Kg d'armes chimiques hautement toxiques aient disparu, Gibbs et son équipe mettent tout en œuvre pour les retrouver. Le NCIS est sous le choc lorsqu'il découvre que ces armes chimiques mortelles sont entre les mains du terroriste Mamoun Sharif . Sharif prend un malin plaisir à passer des coups de fil au NCIS afin de narguer les agents spéciaux. L'équipe du NCIS joint ses forces à celles du Lieutenant Colonel Hollis Mann pour tenter de l'arrêter. Sharif prévoit en effet d'attaquer les plus grandes villes des États-Unis avec ces armes chimiques. Gibbs se retrouve dans une situation similaire à celle qui l'avait décidé à quitter le NCIS...

Après avoir capturé un trafiquant d'armes international, impliqué dans le trafic de diamants contre des armes - notamment des missiles de croisière - le NCIS découvre que le système d'armes top secret de la Navy (Ares) est sur le point d'être vendu à un autre trafiquant d'armes d'envergure internationale appelé "La Grenouille". L'équipe de Gibbs fait appel aux compétences de Ducky : celui-ci va travailler sous couverture et tenter d'entrer en relation avec "La Grenouille" qui souhaite acheter le logiciel d'espionnage Ares. Mais alors que le NCIS est prêt à passer à l'action, ils découvrent qu'une autre agence gouvernementale a changé les plans concernant le trafiquant. Gibbs devient suspicieux lorsqu'il se rend compte que Jen Shepard semble mener une vendetta personnelle envers "La Grenouille"...

Un marin est retrouvé mort dans un restaurant abandonné. Gibbs et son équipe enquêtent sur l'affaire avec l'aide d'une personnalité de Washington et des agents de police locaux. Au début, les agents pensent à un décés par overdose accidentelle, mais quand ils découvrent une mystérieuse carte, Abby y trouve un sinistre message écrit en lettre de sang faisant comprendre que le marin a été assassiné. Les membres du NCIS interrogent un sans-abri. Un des policiers ressemble beaucoup à Tony de part son caractère, professionnellement et personnellement, et cette alchimie entre eux deux pousse Tony à se confier au policier sur sa relation avec Jeanne dont il est très clairement amoureux. L'affaire amène les agents à se rendre dans un night club...

Un inspecteur de l'Agence Internationale de l'Energie Atomique arrive au quartier général du NCIS et demande aux agents de l'aider à résoudre un meurtre : le sien. En effet, l'homme est malade et mourrant, il sait qu'il a été empoisonné et veut retrouver son meurtrier. Ziva est certaine de connaitre cet homme, mais elle n'arrive pas à se souvenir où ils ont bien pu se rencontrer. Elle développe des liens avec lui au fur et à mesure de l'enquête. Les agents du NCIS et l'inspecteur tente de recréer les dernières heures de celui-ci afin de savoir où et comment il a pu être contaminé. Gibbs est persuadé que la personne qui a empoisonné l'inspecteur voulait par tous les moyens empêcher celui-ci de procéder à l'une des prochaines inspections qui étaient planifiées. Les investigations s'orientent vers les deux plus proches collègues de l'inspecteur car d'après lui ils étaient les seuls à être au courant de son planning. Tony est étonné de voir un côté plus doux de Ziva...

Une explosion se produit dans une crypte d'un cimetière militaire au cours des funérailles d'un marine. Lorsqu'Abby et Ducky affirment qu'ils ont identifié les restes de cinq corps, le NCIS commence à informer les familles des victimes en espérant trouver une connection entre ces personnes qui ne semblaient pourtant rien avoir en commun. La liste des suspects se rétrécie et même Gibbs est surpris du résultat final. Le Colonel Hollis Mann participe à l'enquête et Gibbs n'en semble pas particulièrement ravi. Au moins un des secrets de Tony est révélé durant cet épisode et Abby se confie à Gibbs au sujet d'un problème personnel...

Gibbs et son équipe enquêtent sur la tentative d'assassinat d'un marine retrouvé complètement gelé. Alors que Ducky commence son autopsie, le marine se réveille. Les enquêteurs fouillent dans son passé et suivent la piste d'un voyage que le marine aurait effectué secrètement vers Bagdad à bord d'un avion cargo privé. Il semble qu'il y ait un lien avec le passé de Gibbs.

Paula Cassidy et deux de ses agents enquêtent suite à une info sur un groupe terroriste. Ils les surveillent mais les choses tournent mal : le bâtiment où étaient les terroristes explose et Gibbs et son équipe viennent alors prêter main forte à leurs collègues. McGee prend assez mal la nouvelle...

Les pompiers de la base de Norfolk pénètrent dans une maison et trouvent un oiseau brûlé dans le four. Alors qu'ils sont sur le point de quitter les lieux, ils font une découverte ahurissante. L'équipe de Gibbs enquête. Mc Gee est horrifé lorsqu'il apprend qu'un Quartier Maitre sur lequel il a basé un des personnages de son dernier roman est découvert assassiné. Une personne pense apparemment que tout ce qui est écrit dans le livre de McGee est vrai. Ayant peu d'éléments pour enquêter, l'équipe incite leur écrivain de collègue à découvrir qui aurait pu avoir accès à son manuscrit secret. Tout cela met Abby en danger...

Gibbs et son équipe sont après un homme qui leur a échappé. Tony dine avec Jeanne et sa mère - qu'il rencontre pour la première fois - et la conversation ne prend pas du tout la tournure que Tony espérait. En effet, la mère de Jeanne s'adresse de façon hostile et inappropriée envers Tony. Jen Shepard est impliquée dans une fusillade alors qu'elle cherche à tout prix à mettre la main sur La Grenouille...

Un photographe découvre un cadavre sur une de ses photographies alors qu'il procède à leur developpement. Le NCIS est appelé pour enquêter. Jeanne demande via un SMS à Tony de venir la voir. John Billingsley, vu très récemment dans "The Nine" et peut-être plus connu comme Docteur Phlox de Star Trek apparait en guest dans cet épisode. Il interprétera un photographe à la vision diminuée mais avec un sens très développé de l'odorat que le NCIS mettra à contribution pour l'aider à résoudre l'enquête sur un Quartier-maître découvert mort dans la chambre noire, sur l'une de ses photos récentes. Tony et Gibbs ont des problèmes dans leurs vies personnelles.

Shepard poursuit sa vendetta contre la Grenouille et se rend en Russie afin de rencontrer un général qui fut un ennemi de son père. Elle apprend un secret sur son passé. Elle pourrait être impliquée avec Tony sur une affaire concernant des personnes transportant de la drogue, aussi appelées "mules". Gibbs prend les fonctions de Directeur du NCIS en son absence. Peu intéressé par le côté paperasse du job, il décide de diriger l'enquête sur la mort d'un Marine qui se rendait en taxi au QG du NCIS. Jeanne a un patient dont les membres de sa famille ne sont pas exactement du genre attentionnés...

Un intru semble s’être introduit dans la maison de Jen Shepard qui rentre d'un voyage en Europe aux frais de la princesse. De son côté, la Grenouille discute avec Trent Kort de Tony. Quant à Gibbs, il partage quelques moments avec Fornell. L'équipe du NCIS est guère ravie lorsqu'elle apprend qu'elle est choisie pour tester un nouveau détecteur de mensonges de Homeland Security (Sécurité du Territoire) : les secrets de l'équipe se dévoilent, dont le plus important de cette saison. DiNozzo, désarmé, est tenu en otage avec Jeanne par un dealer de drogue sans pitié.

Le NCIS navigue en eaux troubles. Jenny Shepard est obsédée par son désir de faire payer à La Grenouille la mort de son père. Pourtant, de récentes empreintes retrouvées chez elle supposent qu’il est toujours vivant. Par ailleurs, l’équipe est confrontée à la disparition de Tony, dont la couverture en tant que professeur de cinéma a été dévoilée par La Grenouille, qui n’est autre que le père de Jeanne… Alors que les membres du NCIS retrouvent la trace de Tony et le pistent via des caméras de surveillance, ils assistent, impuissants, à l’explosion de sa voiture…

Un quartier-maître est abattu après avoir eu un accident de voiture. Sur place, le NCIS trouve un autre corps, celui d’une femme qui était dans le second véhicule accidenté. En procédant à son autopsie, Ducky découvre que la femme était morte avant l’accident et qu’elle venait juste d’accoucher. Trouver le tueur devient alors l’unique moyen de retrouver le bébé. Pendant ce temps, Tony lutte contre les sentiments qu’il éprouve toujours pour Jeanne...

Pour résoudre le meurtre d’un Marine tué sur une base militaire, Gibbs doit collaborer avec le Colonel Hollis Mann, la femme qu’il fréquente. L’affaire devient encore plus personnelle pour le chef du N.C.I.S lorsqu’un des témoins s’avère être Stéphanie Flynn, l’une de ses ex-femmes… De son côté, Abby doit supporter la présence d’un agent avec qui elle va finalement devenir très complice, ce que déplaît fortement à McGee…

Lors d’une autopsie sur un corps donné à la science, Ducky découvre que l’homme a été victime d’un meurtre par injection de mercure dans le cerveau. L’enquête permet d’identifier cet homme, un ancien détenu qui servait d’appât au FBI pour trouver « l’effaceur », un dangereux criminel fournissant de fausses identités aux terroristes du monde entier.

Un Marine menace de sauter du haut d’un immeuble avant d’être abattu sous les yeux du NCIS. L’homme, qui travaillait pour les services secrets au Moyen-Orient, était drogué à son insu. Par ailleurs, une rumeur circule sur le possible départ d’Abby, qui aurait accepté un poste dans un laboratoire spécialisé en biomécanique…

Les agents du NCIS sont héliportés sur un bateau de recherches navales top-secret afin d'enquêter sur un décès. Sur place, ils découvrent que le navire a été abandonné par l'équipage. Ducky examine le défunt, un biologiste marin qui a succombé à une fièvre hémorragique virale très contagieuse. La directrice du NCIS tente d'en savoir plus sur les travaux de la victime mais se heurte au secret défense.

Gibbs reçoit la visite de Maddie Tyler, la meilleure amie de sa fille Kelly, décédée il y a quinze ans. Harcelée par un marine de retour d'Irak, elle lui demande de l'aide. En acceptant, Gibbs replonge dans de douloureux souvenirs. Lorsque la jeune femme est enlevée, il en fait une affaire personnelle...

Un amiral du Pentagone et son chauffeur de taxi sont retrouvés morts, abattus par balles. Le NCIS découvre que le chauffeur était la cible des tueurs et que trois meurtres similaires relient cette affaire. L’enquête détermine que le chauffeur n’était pas l’homme recherché : un réfugié politique burundais traqué par des extrémistes de son pays.

Un groupe de scouts fait une visite au NCIS. Abby fait tester les empreintes d'un des garçons pour leur expliquer le fonctionnement de l'AFIS. La recherche donne curieusement un résultat et il s'avère que le scout est recherché pour enlèvement : son père, un vétéran commando, aurait dérobé sa garde. L'enfant se lie rapidement avec Gibbs et bat même Tony aux jeux vidéos. L'équipe de Gibbs tente de remonter dans son passé, de retracer son histoire et de trouver comment il en est arrivé là. Il s'avère que le père du garçon pourrait avoir commis quelque chose de beaucoup plus grave que l'enlèvement de son fils. Pendant ce temps, le colonel Hollis Mann décide de prendre sa retraite. Commentaires :D'après un journal télé, dans cet épisode il y aurait une séances de baby sitting mené par Mc Gee, Jenny et Gibbs. Et comment réagiront Jenny et Gibbs chacun de leur côté face à la retraite du Colonel Hollis Mann ?

Le Caporal des Marines Damon Werth, décoré pour héroïsme en Irak, mais souffrant depuis de stress post-traumatique, s'évade de l'hôpital de Bethesda où il était enfermé, kidnappant en même temps un psychiatre. L'équipe du NCIS est chargée de l'enquête, ce qui s'avère vite dangereux lors d'une confrontation, car Werth se croit encore en Irak : son esprit est torturé et il a un comportement dangereux même s'il lui arrive d'avoir des moments de lucidité. Gibbs finit par penser que l'Irak pourrait ne pas être la cause de sa folie et l'équipe du NCIS découvre que le Marine est en réalité la victime d'une expérimentation secrète dont le but est de faire de lui un super soldat. Le super soldat réussit même à mettre toute l'équipe à terre -sauf Ziva. Abby et Ziva ont une petite altercation au sujet de Werth, que Ziva défend.

L'équipe du NCIS est chargée d'enquêter sur le décès d'un Marine de confession musulmane, retrouvé assassiné près d'une Mosquée. Les membres de l'équipe en viennent à interroger le père du jeune homme, qui se trouve être également l'imam de la Mosquée. McGee découvre alors que le FBI est lié à l'affaire : en effet, en installant secrètement un micro dans la Mosquée, il fait apparaitre un autre micro de l'agence fédérale, caché préalablement sur les lieux. Le FBI suspectait l'imam de la Mosquée de recruter des terroristes. Les investigations du NCIS se voient arrêtées lorsque Ducky refuse l'autopsie du jeune Marine, par respect envers les convictions religieuses de la famille de ce dernier.

L'épisode débute montrant l'équipe en planque face à un garde-meubles qui abrite un nouveau et coûteux radar que la Marine compte tester d'ici peu mais qui a été volé quelques jours auparavant. Le NCIS espère coincer le voleur en lui tendant un piège suite à un email anonyme reçu quatre jours avant. Lors de la planque, McGee et Tony sont attirés par un deal de drogue qui a lieu sous leurs yeux depuis quelques jours. C'est alors qu'un des protagonistes de la transaction est retrouvé mort dans une ruelle tandis que le radar si précieux disparaît du hangar. Gibbs doit alors faire face aux assaults de ses supérieurs tandis que DiNozzo souhaiterait prendre une plus large part dans l'enquête sur le mystérieux homicide de la ruelle.

Envoyé sur une base navale où un maître-chien a trouvé la mort, le NCIS doit déterminer si l'animal est responsable du décès du Marine. Parallèlement, Gibbs lance son équipe sur la piste d'un trafic de cocaïne entre la base navale et le Panamá.

Le corps de "La Grenouille" a été retrouvé dans le port de Baltimore. Du coup, le NCIS fait l'objet d'une enquête menée par le FBI. Tandis que Gibbs est interrogé par l'agent Fornell, la directrice du NCIS Jenny Shepard, soupçonnée du meurtre, est relevée de ses fonctions. Leon Vance assure son remplacement.

Alors que l'opinion américaine s'émeut des nombreuses pertes subies en Irak par l'armée des Etats-Unis, une équipe du NCIS est envoyée à Bagdad afin d'enquêter sur le mystérieux décès d'un officier. En effet, une récente attaque au mortier dans la zone internationale, pourtant sécurisée, semble avoir été utilisée pour masquer un meurtre. Pour le directeur adjoint Leon Vance, il s'agit d'une affaire de première importance, qui doit être réglée rapidement afin d'éviter toute polémique. Gibbs décide de tout entreprendre pour que ce crime puisse être jugé. Les compétences de Nikki Jardine, une scientifique du NCIS, s'avèrent très utiles...

Gibbs est inquiet. Ziva travaille sous couverture pour démasquer un tueur en série particulièrement intelligent. Lorsque l'équipe perd le contact avec l'intrépide Israélienne, Gibbs met au point une opération d'intervention afin de la sauver coûte que coûte, quitte à perdre le bénéfice de l'enquête...

Le corps d'un homme est découvert sur le chantier du parking de l'US Navy. Sur place, Gibbs et son équipe relèvent des traces de lutte. Puis Jimmy Palmer repère un passeport étranger, tombé de la poche du défunt, identifié sous le nom de Rick Baxter. Mais le document disparaît, volé par un homme qui tire sur Palmer. L'assistant légiste devient alors un témoin clé de l'enquête et la cible d'un tueur anonyme.

Ziva et Tony ont pour mission de protéger Jenny qui se rend à Los Angeles pour assister à l'enterrement de William Decker, un ex-agent du NCIS. Alors que tout le monde s'accorde à dire que ce dernier s'est suicidé, Jenny découvre peu après la cérémonie que son ami a bel et bien été tué. Et cette mort pourrait être liée à une opération spéciale ayant eu lieu il y a des années en Europe..

Ziva et Tony arrivent trop tard sur les lieux de la fusillade et découvrent le corps sans vie de Jenny. Ils sont bientôt rejoints par Leon Vance puis par Gibbs. Très touché par la mort de la directrice, ce dernier décide de partir sur la piste des meurtriers avant que d'autres membres de l'équipe ne soient eux aussi abattus...

Gibbs enquête sur l'assassinat d'un ancien officier du NCIS proche d'un groupe terroriste. Il découvre alors un lien entre cette affaire et le renvoi de sa précédente équipe. L'agent spécial se rend également compte que l'un des nouveaux membres sous ses ordres est un traître. Une véritable course contre la montre commence pour Gibbs.

Alors qu'il est affecté sur le porte-avions USS Seahawk, DiNozzo découvre que le suicide apparent d'un lieutenant de la Navy pourrait bien être lié à d'autres meurtres. Partis à Washington pour prévenir la femme du défunt, des membres du NCIS la retrouvent morte. Elle a été tuée peu de temps avant le départ de son mari.

Deux étudiants tombent, lors d'une balade à vélo dans un parc, sur le cadavre d'une femme, qui se révèle être un Officier de la Marine. C'est alors que Gibbs reçoit un appel d'une vieille connaissance avec qui il avait servi autrefois, et qui est devenu depuis Sénateur. L'enquête l'amène alors lui et son équipe dans les locaux du Sénat des Etats-Unis.

Suite à une bagarre dans un bar, un marine est jeté dehors par le videur ainsi que deux de ses collègues. Ayant oublié sa carte de crédit à l'intérieur, il laisse ses amis seuls à l'entrée quelques minutes. A son retour, il les retrouve tous deux gravement blessés ; l'équipe du NCIS est ainsi appelée afin de mener l'enquête, qui les conduira par ailleurs dans la ville natale de Gibbs, ceci donnant lieu à des scènes...inédites.

Gibbs et son équipe enquêtent sur le meurtre de Rob Brewer, qui a été retrouvé torturé dans son garage. Les empreintes relevées sur les outils qui ont servi à son calvaire mènent les agents sur la piste de Jack Kale, l'ancien chef de section de Brewer. Lors de son interrogatoire, Kale révèle qu'il a été placé sous protection du FBI car il doit témoigner dans un important procès. De plus, Fornell fournit un alibi solide au suspect. Peu de temps après, Kale échappe à la surveillance de ses gardes du corps et se rend chez un autre soldat qui était autrefois sous ses ordres, Michael Strauss. C'est là qu'il est arrêté par Gibbs. Strauss vient d'être à son tour torturé puis assassiné...

Un cadavre est retrouvé dans une citerne d'une base de la marine. Dans sa bouche, une capsule contenant un papier sur lequel est inscrit une adresse web. Celle-ci mène à un second cadavre et un second papier. Au recto de ce second papier, une seconde adresse. Au verso un message: "Hello Agent Gibbs".

Dwayne Wilson, une nouvelle recrue, rejoint Gibbs pour l'aider à résoudre une affaire de vol dans une banque de Quantico. Au cours du braquage, l'agent de sécurité Rudy Vittorio a été abattu. Les agents estiment tout naturellement que Vittorio a été la victime malheureuse d'une attaque qui a mal tourné. Pourtant, lorsqu'ils découvrent un véhicule rempli de l'argent pris dans la banque, ils en arrivent à penser que le vol n'était pas le mobile du crime. Il semble que des gangsters aient procédé au braquage d'une bijouterie en utilisant la même méthode six mois plus tôt. L'un des voleurs n'était autre que Joey Vittorio, le fils de Rudy...

Un corps vient d'être livré sur une base militaire de la marine. L'endroit abrite les fichiers stratégiques de Domino, un plan d'action top secret qui pourrait être utilisé en cas d'attaque au Moyen-Orient. Sur ordre de leur hiérarchie, les membres du NCIS sont chargés d'investir la base pour en vérifier la sécurité.

L'agent Lee est utilisée comme appât pour intercepter le maître-chanteur qui détient sa fille et qui l'utilise pour avoir des informations militaires. Il s'agit d'un ancien collaborateur de la NSA déjà accusé d'avoir volé des données secrètes. Lors de l'interrogatoire, ce dernier confie au NCIS que sa femme a également été enlevée.

Greg Collins, un officier de la marine, meurt dans un accident après que sa voiture a quitté la route. Le corps couvert d'hématomes du quartier-maître ainsi que le témoignage de ses voisins, qui signalent un raffut de plus en plus courant chez Collins, amènent l'équipe du NCIS à conclure qu'il participait à des combats clandestins. Supposant qu'un de ses adversaires devait lui en vouloir, les enquêteurs interrogent Sam Bennett. Celui-ci, un ami proche de Greg Collins, promet de venger le disparu. Parallèlement, Tony participe à un concours d'Air Guitar sur Internet, ce qui lui attire les moqueries de Ziva...

C'est bientôt Noël, mais les agents du NCIS n'ont pas le temps de se reposer. Ils sont amenés à enquêter sur un double homicide. Des empreintes ont été retrouvées. Elles correspondent en tout point à celles de Ned Quinn, un vétéran du Viêtnam que Ducky avait déclaré mort vingt ans auparavant. Toute l'équipe met les bouchées doubles pour retrouver Quinn avant Noël. Gibbs pense toutefois que quelque chose se cache encore derrière cette affaire. Gibbs apprend que Quinn était revenu toxicomane du Viêtnam. Il aurait tenté de se faire passer pour mort en pensant faciliter la vie de son ex-femme et de sa fille, qui percevraient sa pension militaire...

Lors de la découverte du corps d'un marine, décédé depuis plusieurs années, Gibbs reconnaît le mode opératoire de Celia Roberts, une prostituée déjà incarcérée pour des crimes similaires. McGee est envoyée dans la prison où elle purge sa peine afin d'obtenir une confession. Sur place, il se retrouve pris dans une émeute, déclenchée après l'assassinat d'un employé et ses représailles immédiates sur les détenus. Les prisonnières exigent que l'agent du NCIS négocie en leur nom avec les autorités. Elles réclament l'ouverture d'une enquête concernant le meurtre de l'employé et souhaitent que le coupable soit clairement identifié...

Les agents du NCIS enquêtent sur la mort d'un quartier-maître. Ils sont très surpris de retrouver la fiancée de la victime couverte de sang près de la scène de crime. Alors qu'il recueille des indices sur le lieu du drame, Ducky est agressé par une femme qui lui donne un coup de couteau. Il souffre d'une grave blessure à la main. La poursuite commence pour arrêter la criminelle. Il s'agit d'Ezmaray, une Afghane qui s'est engouffrée dans l'ambassade de son pays après avoir commis son acte insensé. Après l'avoir retrouvée, Gibbs découvre qu'elle accuse Ducky de crime de guerre. Il aurait commis ces atrocités lors de son service en Afghanistan dans les années 80...

La Navy informe le NCIS de la disparition du capitaine Jennings, qui travaillait au laboratoire de recherches du contre-espionnage. Après avoir retrouvé son corps mutilé, les services secrets pensent que le gradé aurait pu trahir sa patrie. Gibbs, de son côté, oriente ses recherches sur la vie privée du capitaine.

Un première classe, marine depuis quatre mois, est découvert mort, criblé de balles et suspendu par les pieds sur le chantier d'un immeuble. Sur place, l'équipe découvre le numéro de matricule militaire de Gibbs écrit avec du sang sur le sol à côté du corps. De toute évidence, l'agent spécial est personnellement impliqué dans cette affaire, ce qui ne manque pas d'intriguer ses collaborateurs.

Un homme étranglé et poignardé en plein cœur est découvert enfermé dans un sac de marin, au fond d'une poubelle d'hôtel. C'est Renny Grant qui a jeté le corps, après s'être fait passer pour Tony DiNozzo auprès de la réceptionniste. Renny avait, il y a trois ans, été accusé de détournement de fonds. A l'époque, Tony, chargé de l'affaire, avait envoyé Renny en prison. Or, il semblerait que ce dernier était innocent.

L'agent spécial Jack Patterson, membre du NCIS, se fait descendre dans la rue alors qu'il venait de glisser un paquet dans une boîte aux lettres. Il était destiné à Abby, avec laquelle Patterson entretenait une relation téléphonique étrange, basée sur des échanges de données scientifiques. Le colis contient un tableau réalisé par une certaine Dina Risi. Gibbs et Tony partent à sa recherche.

A Chicago, un boxeur d'origine afro-américaine est retrouvé assassiné. La victime, la cinquantaine, était un ancien ami de Vance. Celui-ci refuse que Gibbs s'occupe de cette affaire et se rend à Chicago avec McGee et Ziva pour mener une enquête informelle. De vieux souvenirs refont surface de l'époque où il côtoyait un patron du crime organisé. Gibbs en profite pour creuser dans le passé de son patron.

Un pistolet est trouvé sous le lit de Noah, 12 ans, fils d'un marine en mission. Après avoir effectué des tests, Abby déclare que l'arme a été utilisée récemment et fait le rapprochement avec une affaire de meurtre non élucidée. Noah affirme qu'il l'a trouvée dans un parc avec ses amis, Zane et Travis. Persuadé qu'il ment, Gibbs obtient des aveux de Zane : le pistolet était posé près d'un cadavre.

Gibbs est appelé sur un chantier par Trent Kort, un agent de la CIA infiltré auprès d'un trafiquant d'armes français. Sur place, deux gangsters à la solde de Jonathan Siravo, un baron du crime recherché depuis des années, se sont entre-tués. Perry Sterling, le comptable de Siravo, arrive peu après. Gibbs tente d'obtenir de lui des informations, en vain. Il décide alors de se servir de Sterling pour piéger Siravo.

Alors qu'elle sort de chez le dentiste, Abby est emmenée par des agents du FBI dans un endroit tenu secret. Elle est chargée de reprendre les travaux du docteur Phillip Heller, qui a disparu, et qui pilotait un projet spécial. Il s'agit de trouver un traitement pour sauver des soldats revenant d'Afghanistan et qui souffrent d'un mal inconnu. Très vite, Abby découvre que le projet cache autre chose.

Alors que l'équipe enquête sur le meurtre d'un première classe, Vance demande à Gibbs de se rendre à Los Angeles pour collaborer sur cette affaire avec l'OPS, le bureau du NCIS spécialisé dans les opérations sous couverture. Tout porte à croire que le meurtre est lié à un trafic d'armes. Arrivé sur place avec McGee, Gibbs retrouve Clara Macy, qu'il a connue dix-huit ans plus tôt et qui dirige désormais l'OPS.

G. Callen se fait passer pour Liam Coyle, un trafiquant d'armes, afin de tenter d'infiltrer la cellule terroriste. Il se retrouve face à Michael Rivkin, un membre du Mossad, les services secrets israéliens, que Ziva connaît intimement. Rivkin traque les mêmes terroristes que l'OPS, mais de manière plus expéditive : il en a déjà tué deux ! Clara Macy essaie d'obtenir son renvoi en Israël.

Au cours d'une partie de poker qui se déroulait dans la villa du ministre de la Marine en compagnie de représentants des services secrets et de la défense américains, un agent fédéral de l'ICE est tué. Dans cette affaire, Gibbs et son équipe doivent collaborer avec l'agent Julia Foster-Yates, de l'ICE. Mais sa présence suscite des tensions. Très vite, l'enquête permet de remonter jusqu'à Michael Rivkin.

Après l'affrontement musclé entre Tony et Michael Rivkin, Gibbs se rend dans l'appartement de Ziva avec McGee. Mais une bombe explose juste avant leur arrivée. Dans les décombres, ils découvrent un ordinateur portable qu'ils confient à Abby. Accompagnée de Gibbs, Tony et Vance, Ziva s'envole pour Tel Aviv et rencontre son père, le puissant chef du Mossad. Celui-ci décide d'interroger lui-même Tony.

En Somalie, DiNozzo, prisonnier, est interrogé par le leader d'une organisation terroriste, Saleem Ulman. Ce dernier, conscient que l'agent du NCIS ne parlera que sous la contrainte, lui administre un sérum de vérité extrêmement puissant. DiNozzo, sous l'effet de la mixture, explique alors qui il est et les raisons de sa présence. A la recherche de sa collègue disparue Ziva, il est venu pour tuer Saleem.

Une strip-teaseuse invitée à animer un enterrement de vie de garçon dans une chambre d'hôtel découvre ses trois clients morts, assassinés. L'un d'eux était un marine anciennement posté en Corée du Sud. L'équipe du NCIS est chargée de l'enquête. Pendant ce temps, Ziva, qui souhaite obtenir sa réintégration, cette fois en tant qu'agent à part entière, demande la bénédiction de Gibbs. Celui-ci l'envoie vers Vance.

Matt Burns, blogueur habitué à enquêter sur des scandales d'Etat, se fait assassiner. L'équipe de Gibbs souhaite enquêter sur sa mort, mais se heurte à l'inspecteur de police chargé de l'affaire. En effet, Burns venait tout juste d'accuser le NCIS d'avoir fait passer le meurtre d'un officier de la marine pour un accident. Il était sur le point de rencontrer un informateur pouvant lui en apporter la preuve.

Au large de la Tanzanie, deux pêcheurs trouvent dans leurs filets les restes d'un homme tué par balles. Le NCIS est alerté, car la dépouille appartient à Daniel Cryer, un marine déserteur devenu un mercenaire. Peu avant de disparaître, il avait été vu sur le cargo Damoclès, un navire dont Ziva fut l'une des rares à réchapper lors de son naufrage. Leon Vance décide d'interroger Ziva pour découvrir la vérité.

Le soir d'Halloween, trois adolescents découvrent l'un de leurs voisins, James Korby, mort dans sa voiture. Il a apparemment été asphyxié par du gaz d'échappement. Arrivé sur les lieux, le NCIS comprend que la victime, un marine récemment revenu d'Afghanistan, ne s'est pas suicidé, comme le laissent croire les apparences. Connu pour être un farceur, Korby s'était en effet fait beaucoup d'ennemis.

Dans le port de San Diego, un voilier dans lequel gisent les cadavres de deux ex-militaires tués par balles, s'approche d'un navire de guerre de la Navy. L'esquif appartenait à Gibbs, avant qu'il ne l'offre à son mentor, Mike Franks. Alerté par l'armée, le NCIS se voit obligé de soupçonner Franks, qui, depuis, a disparu avec sa belle-fille et sa petite-fille et n'est plus reparu dans sa maison mexicaine.

Sur un terrain de la Navy, deux apprentis soldats découvrent le corps sans vie d'un médecin. Il a été abattu d'une balle dans l'épaule et d'une autre à la base du crâne. Le mode opératoire est familier au directeur Leon Vance, qui y voit celui d'une tueuses à gages nord-coréenne qu'il traque depuis presque vingt ans. Il donne à Gibbs et à son équipe tous les moyens pour mettre fin à ses agissements.

Trois individus masqués et lourdement armés attaquent les locaux d'un fournisseur d'accès à Internet. Ils engagent une fusillade avec les deux agents de sécurité, et finissent par provoquer une coupure d'électricité dans tout Washington. Le NCIS doit se rendre sur les lieux, car l'un des braqueurs, une femme membre de la Navy, a été retrouvée morte sur place, menottée et abandonnée par ses deux comparses.

Le corps du marine Trevor Lozada est retrouvé au milieu d'un champ de maïs, planté comme un épouvantail. L'équipe pense d'abord à un règlement de comptes, Lozada ayant appartenu à un gang pendant un certain temps. Mais Gibbs et ses hommes changent d'avis après avoir visité un centre militaire employant des enfants surdoués, dans lequel travaillait la victime. Angela Kelp, 12 ans, semble cacher quelque chose.

A l'approche de Noël, un jeune couple arpente la forêt à la recherche d'un sapin mais découvre un cadavre congelé par le froid et agenouillé sur un tapis de prière. Il s'agit d'un lieutenant des marines, converti à l'islam durant la guerre en Irak. Son père avait quitté la Navy pour devenir pasteur. Dans le même temps, Gibbs reçoit son père pour les fêtes et la cohabitation commence sur de mauvaises bases.

Au cours de leur tournée d'inspection, deux rangers aperçoivent un corps calciné, vêtu d'une combinaison de pilote d'essai. Gibbs et ses adjoints découvrent, éparpillés autour du cadavre, les restes d'un appareil à propulsion individuelle ainsi que le cadavre d'un écureuil. Alors que l'enquête s'oriente vers les fabricants du prototype, Duck ne tarde pas à découvrir que le pilote avait été empoisonné.

Le factotum d'un prince saoudien, en stage de pilotage, meurt dans l'explosion de la voiture de son employeur sur le parking de la base de Pax River. Aussitôt après, l'attentat est revendiqué par un groupe terroriste. Dans le même temps, DiNozzo est surpris, et perturbé, par l'arrivée de son père dans les bureaux du service. Cette visite, apparemment privée, ne doit en réalité rien au hasard…

Une femme de ménage découvre le cadavre d'un marine dans une baignoire remplie de litière pour chat. Pendant que Gibbs et McGee inspectent les lieux, Ziva et Tony sont à Paris afin de rapatrier un témoin vers les Etats-Unis. En fouillant l'appartement du militaire décédé, Gibbs comprend que les deux affaires sont en réalité étroitement liées et que le vol-retour vers les Etats-Unis risque d'être animé.

Poursuivie par la police sous l'oeil des caméras de télévision, une voiture explose en pleine rue. A son bord, se trouvait un marine dont le corps a été totalement carbonisé. Les premiers éléments de l'enquête révèlent que le militaire préparait une série d'attentats à la bombe. Gibbs et ses collègues craignent qu'il ait confectionné un engin artisanal contenant des déchets nucléaires radioactifs ?

Après une soirée très arrosée, Damon Werth, une vieille connaissance du service, se réveille dans une ruelle crasseuse. En essayant de réveiller son compagnon de beuverie, il se rend compte que celui-ci a eu la gorge tranchée. Il sollicite Gibbs afin d'élucider ce meurtre qui semble lié à un trafic de marchandises. Ils conviennent que la meilleure solution pour y parvenir est une mission d'infiltration.

Dans une zone résidentielle huppée, des coups de feux retentissent dans la nuit. Un vieil officier de la marine, qui venait de faire sa demande en mariage, a été tué. Lorsque Gibbs se rend sur les lieux pour débuter son enquête, il est confronté à son passé : la compagne de la victime n'est autre que son ex-belle-mère, Joann Fielding. A mesure que ses recherches progressent, les souvenirs remontent à la surface.

Dans un parc de Washington, un gardien s'isole dans sa voiture de patrouille afin de déguster une pâtisserie. Il est interrompu par une fusillade et croit même être pris pour cible, mais lorsqu'il sort de son véhicule, un homme ensanglanté surgit des fourrés et s'écroule. Il s'agit d'un ancien marine... porté disparu en Afghanistan depuis six ans ! Il vivait depuis lors sous une fausse identité.

Un peloton de marines, au cours de son footing matinal sur la plage, découvre le corps d'un plongeur. Sa combinaison permet de l'identifier : il s'agit d'un lieutenant de la Navy. Alors qu'ils inspectent sa maison, Gibbs et DiNozzo font la rencontre de deux de leurs homologues des gardes-côtes. Les deux services vont devoir apprendre à travailler ensemble mais la collaboration s'annonce houleuse.

Des étudiants heurtent un lieutenant de la Navy avec leur voiture. L'homme disparaît sous le capot. Il est mort et couvert de sang, alors que le choc n'avait rien de violent. L'examen de Mallard révèle immédiatement la vraie cause du décès : plusieurs coup de poignard lui ont été assénés dans le dos. L'équipe découvre que le militaire sortait juste d'un rendez-vous avec une prostituée dans un motel.

Un quartier-maître est abattu d'une balle en pleine tête sur les quais après avoir entendu un appel au secours. Quand Gibbs et ses collègues inspectent les alentours, ils trouvent une autre victime sous l'eau. Il s'agit d'un mafieux repenti qui faisait partie du programme de protection des témoins. Après une discussion avec un correspondant du bureau fédéral, il apparaît qu'une taupe sévit au sein du FBI.

Des secouristes sont en train de remettre un patient à l'équipe des urgences lorsqu'une voiture surgit en trombe sur le parking de l'hôpital et percute l'ambulance. Le conducteur de ce véhicule fou, un agent du service des opérations secrètes de la Navy, est mort. Duck et Palmer ont toutes les peines du monde à déterminer la cause du décès. La soeur du défunt, une journaliste, est quant à elle introuvable.

Un enfant et son grand-père découvrent un cadavre dans le coffre d'une voiture qu'ils allaient broyer pour le compte d'une casse. L'homme, un marine traduit récemment devant la cour martiale, a eu les deux pieds coupés. Parallèlement, Abby, escortée par McGee, se rend à un symposium au Mexique. En examinant à nouveau une affaire classée depuis une vingtaine d'années, elle exhume le douloureux passé de Gibbs.

Les fêtes étudiantes se préparent à Annapolis, où se situe l'académie de la marine. Sur la plage, sous un feu de camp géant, est retrouvé un corps calciné. Malgré l'état du cadavre, Duck parvint à identifier la victime. La révélation glace le sang des enquêteurs : il s'agit de leur collègue du NCIS de Los Angeles, Lara Macy. Elle semble liée à un passé qui ne cesse de tourmenter Gibbs.

Au Mexique, où il tente de prévenir ses amis des dangers qui pèsent sur eux, Gibbs est enlevé par les hommes de main du cartel Reynosa. Paloma, qui dirige le cartel, lui annonce qu'elle souhaite se servir de lui en menaçant ceux qui lui sont chers. Il est relâché alors que son équipe est résolue à aller le récupérer sur place. Ziva, elle, annonce qu'elle a réussit les tests nécessaires à sa naturalisation.

Quelques mois après avoir attenté à la vie du père de Gibbs, Pamela Raynosa est de retour aux États-Unis, cette fois pour consolider la distribution de sa marchandise le long de la côte Est. Gibbs est de nouveau la cible de la reine du cartel mexicain qui mène une vendetta contre lui. En plus de son instinct légendaire, l’agent peut compter sur le directeur du NCIS, son équipe et Mike Franks.

Sur la base de Quantico, une lycéenne, dont les parents viennent d’hériter d’un petit pactole, a été enlevée. Lorsqu’une demande de rançon est formulée, le grand-père de l’adolescente, un ancien agent spécial, prend les choses en main pour la retrouver et double le NCIS.

Une démineuse, qui a servi en d’Irak, appelle les secours après avoir tué un intrus entré chez elle par effraction. L’homme était un tueur à gages et la Marine était en compagnie d’un responsable du FBI le soir des faits. Le NCIS et le FBI mènent l’enquête pour savoir lequel des deux amants était la cible du tueur.

Le corps d'un officier américain est découvert dans la piscine d'un pavillon. L'autopsie révèle qu'il est mort noyé après avoir reçu un coup sur la tempe avec un boulon semblable à ceux que l'on trouve sur les navires britanniques. L'épouse de la victime révèle à Gibbs que son époux était en mission spéciale depuis plusieurs semaines. Très vite, l'affaire se transforme en incident diplomatique.

Un animateur, son régisseur et un commandant de la Navy, interviewé dans une station radio locale, ont été assassinés en direct. L’animateur avait reçu les menaces d’un auditeur patriote se targuant d’être en possession d’une bombe, mais en le cherchant, le NCIS trouve finalement plusieurs suspects potentiels.

Quand le lieutenant de la Navy Clea Thorson est retrouvé mort après avoir été renversé par un bus dans la rue, Ducky découvre des symboles chimiques et des codes écrits à l'encre noire sur tout le corps. L'autopsie révèle que Clea était lentement empoisonnée, la rendant malade mais aussi paranoïaque.

Gibbs fait appel au père de DiNozzo pour l'aider dans une enquête sur la mort d'un retraité de la marine qui travaillait pour une compagnie minière et maritime internationale. Son corps a été découvert dans une poubelle, au sein d'une prestigieuse école navale, alors qu'il venait d'arriver de Suisse. Anthony DiNozzo Sr., qui était à bord du même avion, semble être la dernière personne à avoir vu la victime vivante.

Le NCIS questionne une femme qui a volé des informations sur des cartes de crédits. Il s'avère que parmi les numéros de cartes en sa possession, l'un d'eux est répertorié comme appartenant à un homme signalé comme terroriste. Le NCIS découvre alors que cette femme est un agent du Mossad. Gibbs enquête sur la mort de trois passeurs au large de la côte de Floride. Les contrebandiers semblent avoir un rapport avec la présence de cette femme ainsi que d'autres agents du Mossad qui sont aux Etats-Unis pour une conférence. Gibbs découvre que des terrorristes sont en ville pour assassiner le directeur du Mossad, David Eli, le père de Ziva...

Les agents du NCIS ont découvert le corrs de Amit Hadar, qui travaille pour le Mossad. Vance veut à tout prix que le directeur de l'agence d'espionage israéliene, Eli David, soit localisé. Vance et Eli David se connaissent bien. Ils se sont rencontré pour la première fois en 1991, lorsque Vance avait été envoyé en mision à Amsterdam pour saboter une opération russe. A l'époque, Eli David avait fourni à Vance des informations capitales, qui lui avaient permis d'éviter un piège. Aujourd'hui, Tony pense que McCallister, un ancien agent du NCIS, était à l'origine du traquenard organisé pour nuire à Vance. La cible russe de Vance était payée par McCallister...

Jerry Neisler, un officier de marine, témoin capital dans une affaire de meurtre, a disparu. Le NCIS opère une fouille méthodique de son appartement et étudie son passé avec attention, mais rien n'explique cette disparition soudaine. Le jeune homme avait d'excellents états de service. Il s'avère plus tard qu'il était régulièrement muté. Au cours de l'enquête, Ziva et McGee sont surpris du zèle de DiNozzo.

Jeremy Nolan, un jeune lieutenant de marine, est abattu au cours d'une soirée sur un bateau. Présente lors du drame, Abigail Borin, une enquêtrice des garde-côtes, propose son aide à Gibbs. Les agents du NCIS découvrent que l'officier était le seul héritier d'une famille fortunée. Son père le destinait à prendre les rennes de l'entreprise familiale, mais Jeremy avait préféré joindre le corps des marines.

Le corps de Simon Craig, un quartier-maître de 27 ans, est retrouvé dans la cage d'escalier d'un lycée. L'homme travaillait pour un centre de recrutement des forces armées américaines. En interrogeant la sœur de Simon, Gibbs découvre que celui-ci était homosexuel et fréquentait secrètement un professeur d'anglais. Pendant ce temps, Walter Magnus, un retraité du NCIS, rend visite au Dr Mallard.

Un marine réserviste est retrouvé mort dans son jardin grâce à son chien. Le corps porte des traces de coups provenant d'un objet contondant, à l'arrière et sur le côté du crâne. L'homme a manifestement tenté de résister à son agresseur. Sa femme et son fils restent introuvables, ce qui inquiète Jethro et son équipe. Ils débutent leur enquête dans un bar où la victime avait ses habitudes.

Alors que l'équipe enquête sur le meurtre du commandant d'un navire, retrouvé une balle dans le corps par un membre de l'équipage, une psychiatre arrive dans le service. Il s'agit de Rachel Cranston, chargée d'évaluer l'équilibre psychique des différents agents. Sa présence pendant l'enquête perturbe les membres du NCIS, autant qu'elle ravive de vieux souvenirs, notamment de l'époque où l'agent Todd était parmi eux.

Un marine est tué en sauvant la vie d'Andor Gorgova, le Premier ministre d'une république étrangère venu signer un important traité avec un secrétaire d'Etat américain. Gibbs et son équipe sont chargés de protéger la fille de Gorgova, Adriana, qui fait ses études aux Etats-Unis depuis six ans. La jeune femme tombe vite sous le charme de McGee. Mais alors qu'elle est sous sa protection, Adriana se fait enlever.

L'équipe enquête sur le meurtre de Troy Amstrong, un caporal de marine dont le cadavre a été retrouvé amputé de morceaux de doigts et les dents arrachées. Leurs recherches les mènent à un jeu vidéo qui dissimulerait des codes secrets représentant une menace pour la sécurité nationale. Au cours de ses investigations, McGee tombe sous le charme de l'ex-petite amie de la victime, Maxine Edwards.

Un des anciens membres de l'équipe du NCIS a été tué, sauvagement poignardé. Tout laisse à penser que l'homme détenait de précieuses informations qui devaient servir au cambriolage d'un entrepôt rempli de biens de valeur. L'enquête amène Gibbs à passer un accord avec une receleuse actuellement en détention. Parallèlement, EJ Barrett, une recrue, rejoint l'équipe. DiNozzo est immédiatement sensible à son charme.

Un marine à la retraite est découvert mort chez lui, assassiné à coup de hache. Le principal suspect n'est autre que son fils, Nick, âgé de 18 ans Vance demande à Gibbs de l'interroger. Les preuves sont minces et seuls les aveux du suspect pourraient permettre sa condamnation. Au cours de l'enquête, Gibbs découvre que Nick se drogue, et qu'il a des problèmes d'addiction médicamenteuse depuis plusieurs années.

Gibbs et son équipe enquêtent sur le meurtre d'un commandant de la Navy qui pourrait être en rapport avec un livre sur le point d'être publié. L'ouvrage contient des informations sensibles sur une affaire d'armes volées en Afghanistan. Tandis que le NCIS tente d'en trouver l'auteur, un second meurtre a lieu. Parallèlement, grâce à une indiscrétion, Tony apprend que Gibbs est invité au mariage de son ex-femme.

Le NCIS mène l'enquête sur un tueur en série qui enveloppe ses victimes dans du plastique transparent. L'agent Barrett, qui tente de l'identifier depuis longtemps, participe aux investigations, ce qui déplaît fortement à Gibbs. Ziva présente Ray Cruz, son petit ami, à l'équipe. Celui-ci confie à DiNozzo qu'il est très épris de la jeune femme mais leurs relations se tendent lorsque Ziva découvre qu'il lui a menti.

L'équipe enquête sur un meurtre survenu au Pentagone. Le crime a été filmé par une caméra de sécurité. La victime est une jeune femme, lieutenant de la marine. L'affaire se complique lorsque le tueur identifié sur la vidéo est retrouvé mort après un accident de voiture. Ducky affirme qu'il était mort avant le premier assassinat. Gibbs pense que la relation qu'entretient Tony avec EJ affecte son travail.

Danny Price, un ancien coéquipier de Tony, qui travaillait à Baltimore, est retrouvé mort. Il semble être la dernière victime d'un tueur en série. Pour élucider le crime, Tony se replonge dans son passé. Il semblerait en effet que ce meurtre soit lié à une ancienne enquête que les deux policiers menaient à l'époque. Tony avait alors découvert que Price trempait dans des affaires louches.

De nouvelles preuves permettent de comprendre que le tueur de port-à-port a infiltré le NCIS. L'équipe de Gibbs et celle de l'agent Barett poursuivent leurs investigations et se lancent dans une course contre la montre pour l'arrêter. Tourmenté à l'idée d'être relégué au second plan dans cette affaire, Gibbs appelle son vieux complice Mike Franks à la rescousse. Ensemble, ils réexaminent l'historique de cette enquête.

L'identité du tueur de port-à-port est enfin connue. Il s'agit de Jonas Cobb, un lieutenant qui a été entraîné quelques années auparavant pour participer à une opération secrète. Après avoir enlevé EJ Barrett, sauvée in extremis par Gibbs, il réussit à tendre un guet-apens à Ziva. Toute l'équipe se mobilise pour la retrouver. Parallèlement, Gibbs apprend que EJ a un lien de parenté très étroit avec le secrétaire de la Navy.

Blessé et partiellement amnésique, DiNozzo est hospitalisé. Rachel Cranston l'aide à recouvrer la mémoire. L'agent se rappelle bientôt que, quelques mois plus tôt, Clayton Jarvis a fait appel à lui pour une mission secrète dont étaient exclus ses partenaires, y compris Gibbs. Au cours de cette opération, il avait été en contact avec l'agent EJ, activement recherchée après qu'elle a subtilisé une puce dissimulée sous la peau d'un défunt.

Un jeune marine, revenu récemment d'Afghanistan, est assassiné alors qu'il se rendait à la fête organisée pour son retour. La trace d'une injection dans son bras laisse soupçonner une tentative d'enlèvement. Abby découvre que ce jeune homme sans histoire et aimé de tous avait récemment tenté de pirater le site internet de l'Etat de Virginie. Parallèlement, DiNozzo tente de retrouver un ancien camarade de classe.

En enquêtant sur le meurtre d'un lieutenant, l'équipe fait une étonnante découverte. En effet, Penelope Langston, qui n'est autre que la grand-mère de McGee, pourrait être impliquée dans ce crime. Elle était en contact secret avec la victime à propos de renseignements confidentiels concernant une entreprise de recherche, consacrée aux innovations militaires. Gibbs demande à McGee de faire parler Penelope.

The Cooler, un tueur à gages redoutable, est hospitalisé dans un état grave après avoir été renversé par une camionnette. Le détective Danny Sportelli, qui enquêtait sur lui, découvre qu'il s'apprêtait à éliminer un lieutenant de la marine, Geoffrey Brett. L'affaire est alors confiée au NCIS. Ziva est chargée d'escorter Brett vingt-quatre heures sur vingt-quatre. Parallèlement, Abby fait une découverte bouleversante...

L'équipe enquête sur l'assassinat d'un officier des gardes-côtes. Le drame s'est produit sur un cargo que la victime inspectait. Avec l'aide d'Abigail Borin, Gibbs recherche le meurtrier et découvre des clandestins à bord. Il s'agit d'une famille de Libanais qui demande l'asile politique aux Etats-Unis. Ziva éprouve beaucoup de compassion pour la mère Mariam Bawali, qui semble prête à tout pour protéger les siens.

L'équipe enquête sur la mort d'un lieutenant de la marine, qui a été percuté par un camion sur une route. L'autopsie révèle qu'il a été drogué avec de l'ecstasy et que son décès a été provoqué par une hyper hydratation forcée. Quelques jours plus tard, le mari d'une membre des forces navales est retrouvé inanimé dans des circonstances similaires. Dans le même temps, Mary Courtney, la nouvelle petite amie de Ducky, intrigue toute l'équipe.

Lorsque son nouvel époux Victor disparaît, Diane contacte ses ex-maris Gibbs et Fornell. Tout semble indiquer qu'il a été enlevé. La collaboration se révèle délicate entre les deux anciens rivaux et leur ex-compagne, qui semble ne pas avoir enterré la hache de guerre. Les recherches d'Abby prouvent que Victor a utilisé son badge en pleine nuit pour se rendre dans les locaux de la Sécurité intérieure.

Un avion militaire, qui transportait les corps de six Marines, tués sur le théâtre des opérations en Afghanistan, s'écrase. Seul un membre d'équipage survit au crash. Les premières constatations font penser à un accident. Le lieutenant Burke vient aider les agents à faire le lien avec les familles des défunts. Gibbs et son équipe découvrent que l'ADN du lieutenant Flores, qui comptait parmi les corps rapatriés, ne figure dans aucun des échantillons relevés sur le site de la catastrophe. Emilia Flores était intégrée dans une unité masculine et était chargée d'établir le contact avec les femmes afghanes. Sa dernière mission consistait à favoriser la construction d'une école pour filles...

Toujours sans aucune nouvelle du lieutenant Flores, Gibbs se rend en Afghanistan en compagnie de Ziva, à l'endroit où elle a été vue pour la dernière fois. Ils parviennent à retrouver les deux fillettes qu'elle avait sauvées. Traumatisées, celles-ci assurent à Ziva que la jeune femme est toujours vivante mais retenue prisonnière. Une opération est montée pour donner l'assaut et tenter de la délivrer.

Le père de Tony DiNozzo est le principal suspect dans une affaire de meurtre. Il a en effet été retrouvé ivre mort dans une voiture de location, avec le cadavre d'un marine dans le coffre. Le vieil homme n'a aucun souvenir de ce qu'il a fait la veille... L'enquête est confiée à Gibbs et à son équipe. Tony est logiquement mis à l'écart, ce qui ne l'empêche pas de mener discrètement ses propres investigations.

Le soir de Noël, l'équipe est sur le pont pour enquêter sur le meurtre d'un capitaine de la Navy. Celui-ci protégeait une de ses amies et collègues, Emma Reynolds, une femme enceinte, en fin de grossesse, menacée par des mercenaires russes. Ces derniers veulent lui prendre son enfant car il est l'unique héritier d'un terrain très convoité en Afghanistan. Dans le même temps, Palmer fait visiter le NCIS à Ed, son futur beau-père.

L'officier James Barnsway, capitaine de frégate, a été abattu par un professionnel alors qu'il était au volant de sa voiture. Un témoin révèle aux enquêteurs du NCIS qu'une jeune blonde, qui n'était pas l'épouse du défunt, s'est enfuie du véhicule juste après l'accident. La surprise de Gibbs, DiNozzo et Ziva est totale quand ils découvrent l'identité de la mystérieuse inconnue...

Alors qu'ils visitent un loft, un couple de clients potentiels et un agent immobilier trouvent le corps d'une femme, abattue de trois balles. La défunte, Maya Burris, officier de la marine, effectuait des missions diplomatiques en Egypte et au Pakistan. Les agents du NCIS tentent de retrouver le meurtrier, tout en essayant de calmer le mari de la victime, un policier. Parallèlement, Ziva s'efforce d'éviter Ray, de retour en ville.

Pendant sa pause matinale habituelle dans un café, Gibbs échappe de près à la mort lorsqu'un homme lui tire dessus. Toute son existence repasse alors devant ses yeux ainsi que les personnes importantes de sa vie comme sa première épouse, Shannon, ou sa mère qui lui font repenser aux choix déterminants qu'il a faits par le passé. Parallèlement, l'enquête sur un double meurtre commis sur un navire suit son cours.

Un capitaine de la marine est retrouvé mort avec un étrange costume caché sous son uniforme. En enquêtant, l'équipe découvre qu'il était membre d'une société secrète de superhéros qui traquent, déguisés, des malfaiteurs. Dans cette affaire, Vance assigne à Tony une journaliste très informée sur le sujet avec laquelle il a passé un marché. L'agent a la surprise de constater qu'il s'agit de Wendy Miller, son ex-fiancée.

Gibbs et son équipe enquêtent sur la mort d'un réserviste de la marine, retrouvé pendu à son domicile. La piste du suicide est rapidement écartée lorsque le légiste découvre qu'on lui a tiré dessus. Son médecin, le docteur Cranston, révèle à l'équipe que le défunt était en instance de divorce mais qu'il n'était en aucun cas dépressif. Dans cette enquête, Gibbs doit collaborer avec Samantha Ryan, de la division de psychologie des opérations spéciales.

L'équipe enquête sur l'assassinat d'un militaire survenu alors qu'il s'apprêtait à divulguer des informations confidentielles sur un trafiquant d'armes international, Agah Bayar. Les enquêteurs découvrent que la victime était sur le point de vendre les plans d'un système de communication secret de l'armée américaine à Bayar. Parallèlement, un nouvel agent, Ned Dorneget, cherche à intégrer l'équipe de Gibbs.

Le NCIS met en scène le faux assassinat du secrétaire d'Etat de la marine pour trouver l'identité d'un maître chanteur qui s'en prend à la Navy depuis longtemps. Les choses se corsent lorsqu'un témoin-clé est assassiné. Les soupçons se portent sur Philip Wickes, un des amis du secrétaire d'Etat. Gibbs collabore avec Samantha Ryan dans cette affaire. L'équipe s'interroge sur la nature de leur relation…

L'équipe enquête sur la mort d'un quartier-maître de 23 ans, retrouvé poignardé dans le port de Baltimore alors qu'il était en permission. Le principal suspect se trouve être Michael Thomas, le beau-frère de Leon. Il prétend avoir trouvé la victime agonisant sur le sol, mais ne l'avoir jamais vue auparavant. Les enquêteurs découvrent que la petite amie du défunt entretient également une liaison avec un autre militaire.

Un lieutenant carbonisé tombe du ciel dans un parc après avoir été poignardé et qu'on lui ait tiré dessus. Ducky trouve sur lui une médaille d'aumônier de la marine couverte de traces de sang qui n'appartient pas à la victime. Les recherches révèlent que c'est celui d'une femme officier-aumônier, Theresa Wade, actuellement en mission humanitaire en Amérique du Sud sur un navire-hôpital. Gibbs envoie Ziva et McGee sur place pour tenter de la retrouver.

Un cadavre est découvert par les pompiers de Baltimore qui intervenaient dans un entrepôt en flammes. Le NCIS est alerté parce qu'un dossier confidentiel de la marine a été trouvé à proximité du corps. Sur place, Tony retrouve Jason King, un inspecteur qu'il a connu 20 ans plus tôt et qu'il ne semble guère apprécier. La victime travaillait sous couverture sur des systèmes d'armement pour la marine américaine.

Un nouvel incendie survenu sur un navire de la Marine et qui a fait plusieurs victimes confirme une faille dans le système de sécurité des installations de la Navy américaine dans le monde entier.Toute l'équipe est en alerte pour trouver quel pays ou quelle organisation terroriste est responsable de ces attaques. Ziva et DiNozzo rejoignent l'agent Burley en Italie où un explosif a été détecté sur un navire américain.

Toute l'équipe est mobilisée pour retrouver Harper Dearing, PDG d'une multinationale devenu terroriste, qui a fomenté les différentes attaques dont la Marine a été la cible. Gibbs va interroger celui qui le remplace à la tête de l'entreprise. Les choses se compliquent lorsqu'un micro miniature est trouvé dans une dent de l'agent Dorneget. Abby découvre que Dearing lui-même a déposé le brevet de ce type de mouchard.

Le directeur Leon Vance a été enlevé alors qu'il rentrait chez lui et toute l'équipe est à sa recherche. Il finit par se réveiller dans un cercueil à côté d'un cadavre calciné sans avoir aucun souvenir des événements. Gibbs continue ses recherches sur la vie et le tempérament de Harper Dearing pour mieux comprendre ses motivations. Parallèlement, le mariage de Jimmy approche et la présence des membres de l'équipe semble compromise.

Après l'explosion du quartier-général du NCIS, chacun tente de retrouver ses esprits. Alors que Ziva et DiNozzo se retrouvent ensemble enfermés dans l'ascenseur, McGee ne réalise même pas qu'il a été blessé à l'abdomen. De son côté, Palmer est au chevet du Dr Mallard, hospitalisé à la suite de son arrêt cardiaque. Pendant ce temps, Gibbs et son commandement cherchent le moyen de neutraliser définitivement Dearing.

Le corps de Margaret Watkins, membre du NCIS, disparue depuis l'attentat, est retrouvé dans une voiture, au fond de l'eau. Tout le monde est sous le choc car la victime était très appréciée. Lorsque l'autopsie révèle qu'elle a été tuée, toute l'équipe se mobilise pour trouver son assassin. Dans le même temps, les agents doivent subir une évaluation psychologique de la part du docteur Miles Wolf.

Sans en parler à Gibbs, Ducky demande l'exhumation du corps d'un marine dont il avait fait l'autopsie douze ans plus tôt. A l'époque, il avait diagnostiqué une mort accidentelle provoquée par un fort taux d'alcoolémie. Mais de nouveaux éléments lui font craindre qu'il s'agirait plutôt d'un meurtre. Toute l'équipe l'épaule sur cette enquête, d'autant qu'un nouvel assassinat pourrait être lié à cette ancienne affaire

Un hélicoptère de la marine s'abîme en mer alors qu'il effectuait un entraînement de routine. Les membres de l'équipage mettent plusieurs jours à réapparaître sur un canot de sauvetage, à l'exception du pilote, introuvable.Son corps finit par s'échouer sur la plage… une balle dans la tête ! L'agent Borin, désormais en charge des garde-côtes, collabore à cette enquête. De leur côté, Tony et McGee s'amusent à tourmenter Ziva.

L'équipe enquête sur l'assassinat d'un jeune sous-officier, tué par balles alors qu'il était au volant d'une Ferrari. Gibbs se rend chez un prêteur sur gages où l'arme aurait été vendue. Sur place, il trouve par hasard la médaille du mérite du meilleur ami de son père qui porte le même nom que lui. Gibbs décide de reprendre contact avec lui pour comprendre pourquoi il est fâché avec son père depuis trente ans.

Un Marine est retrouvé mort et un autre, à proximité, complètement déboussolé... Ce dernier, le Capitaine Joe Westcott, encore sous le choc, explique que son camarade et lui ont été attaqués la veille au soir par une bande, apparemment sans raison. Mais très vite, les premiers résultats des analysés réalisées par Ducky et Abby sur le corps de la victime contredisent quelque peu sa version. Le comportement particulièrement agité de Wescott n'arrange rien mais révèle peut-être justement un syndrome de stress post-traumatique. Reste à savoir qui ou quoi a déclenché sa crise... et surtout à découvrir qui a tué le Lieutenant Michael Torres.

Victime du syndrome de stress post-traumatique, Wescott est proche du point de rupture et Gibbs perd peu à peu prise avec lui. Malheureusement l'horloge continue de tourner : Randall Kersey reste toujours introuvable et aucune piste sérieuse ne permet d'avancer sur l'attentat en préparation. Encore fragmentaires, les souvenirs de Wescott permettent néanmoins de remonter jusqu'à une mystérieuse jeune femme à qui Kersey aurait remis un document. Cette dernière est peut-être le seul espoir de mettre la main sur le terroriste et d'entraîner Wescott sur le chemin de la guérison...

L'équipe du NCIS enquête sur l'enlèvement d'une adolescente et du meurtre d'un commandant de Marine, alors que ce dernier essayait d'arrêter les ravisseurs.

Ziva et Abby s'occupent de Lydia, témoin de l'enlèvement de sa meilleure amie et du meurtre de son père.

Alors qu'il n'a que 48h pour boucler l'enquête, Gibbs s'adresse à une vieille connaissance, Miranda Pennebaker (Alex Kingston), une femme aux relations haut placées mais de réputation quelque peu douteuse.

Tony ne peut pas cacher sa jalousie quand il apprend que Ziva fait des projets avec un homme mystérieux.

L'agent Fornell échappe miraculeusement à une tentative d'assassinat par un Marine qu'il parvient à abattre. Chargé de l'enquête, Gibbs se rend avec l'agent fédéral dans le bar qui employait le tireur, où tous deux tombent avec stupéfaction sur leur ex compagne commune : Diane Sterling. Devenue agent sous couverture pour le fisc, celle-ci enquête sur une vaste fraude et doit s'efforcer de collaborer avec ses deux ex maris…Les rumeurs vont bon train au sein de l'équipe après qu'elle a passé la nuit chez McGee.

En rentrant d'une mission de six mois dans le golf, un commandant de la navy trouve son mari mort à leur domicile. Selon Ducky, son décès remonte à plusieurs semaines. Abby trouve sur lui un billet de banque qui n'a jamais été en circulation et dont le numéro de série provient d'un lot qui a été détruit près de deux ans plus tôt.Parallèlement, DiNozzo est troublé par l'arrivée de son père qui souhaite passer les fêtes avec lui.

Un homme et son fils trouvent une oreille humaine au cours d'une partie de pêche. Appelés sur place, les policiers trouvent un corps au fond du lac, vêtu d'une veste miliaire dont les poches sont remplies de cailloux. Rapidement, Gibbs découvre qu’il ne s'agit pas d'un soldat mais d'un journaliste chargé de reportages non-officiels sur les membres du gouvernement. Il avait récemment réalisé des photos sur la contrebande d'opium dans les bases militaires.

Alors que les instances supérieures de l'armée diligentent une enquête sur le double assassinat du père de Ziva et de Jackie, Ziva ne songe qu'à la vengeance. De son côté, Leon surprend le directeur-adjoint Jerome Craig dans son bureau. Mais Vance rêve de venger le meurtre de son épouse et refuse d'être écarté de l'enquête. Gibbs et son équipe, très secoués, sont déterminés à retrouver les responsables de cette tuerie.

Deux hommes d'un certain âge signalent une voiture accidentée au bord de la route dont les deux passagers, parmi lesquels se trouve un marine, sont décédés. Donald est persuadé qu'il s'agit d'un double meurtre. Plusieurs détails de l'affaire rappellent à Abby une enquête qu'elle avait faite alors qu'elle n'était encore qu'une enfant pour retrouver une fillette qui avait perdu son ours en peluche au cours d'un accident.

Au cours d'une mission, Gibbs et son équipe parviennent à capturer Ajay Khan, l'un des cybercriminels les plus recherchés des Etats-Unis. Gibbs l'interroge pour tenter de connaître l'identité de son patron. De leur côté, McGee et Abby tentent en vain de pirater son ordinateur. Néanmoins, ils parviennent à noter l'adresse d'un entrepôt provenant de son disque dur. Sur place, Ziva et DiNozzo trouvent un cadavre.

Un marine perd connaissance au cours d'un entraînement intensif et décède peu après. En observant les nombreuses blessures qu'il a sur le corps, Mallard acquiert la conviction qu'il a été passé à tabac. En épluchant ses mails, McGee comprend qu'il cherchait à se protéger d'une mystérieuse attaque. De son côté, Leon Vance fait une découverte surprenante en clôturant les comptes bancaires de sa défunte épouse.

L'équipe se rend à Richmond où un lieutenant de la marine a trouvé la mort en absorbant volontairement un liquide toxique. L'autopsie indique qu'il était sur le point de mourir à cause d'une plaie provoquée par une balle. En rapportant le corps dans une fourgonnette, Jimmy et Mallard sont attaqués par deux individus, qui les enlèvent et les séquestrent. L'équipe met tout en œuvre pour les retrouver.

Frankie Dean, coiffeur et ami de Gibbs, lui confie qu'il soupçonne son propre fils d'être le Tueur à la rose. Ce psychopathe, qui sévit depuis plusieurs années, vient de commettre un nouveau meurtre dont la victime est une jeune strip-teaseuse. Jethro lui promet de faire des recherches pour apaiser ses doutes. Il demande alors à Mallard de se servir de ses bonnes relations avec le légiste chargé de l'affaire pour récolter des informations.

Ruby Lemere débarque bouleversée au siège du NCIS pour demander de l'aide. Son mari est mort deux jours plus tôt à Kaboul, tué officiellement par des Talibans, mais la jeune femme ne croit pas au rapport du légiste. McGee et Ziva s'entretiennent à distance avec son coéquipier qui ne remet pas en cause la version de l'armée. Cependant, Gibbs prend les remarques de Ruby au sérieux et décide de partir sur les lieux du drame.

Au cours d'une tempête très violente, le commandant de bord d'un navire américain est retrouvé mort sur le pont. Les observations de Mallard prouvent rapidement qu'il s'agit d'un assassinat. L'amiral, présent sur le bateau, se trouve être John McGee, le père de Tim. Les deux hommes ne se sont pas vus depuis longtemps et leurs rapports extrêmement tendus ne facilitent pas l'enquête. L'agent Burley participe à cette affaire sensible.

L'équipe est sollicitée pour enquêter sur la disparition du mari d'un officier de la marine. D'après les indices et les traces de sang retrouvés à son domicile, la victime, un agent immobilier, semble avoir lutté avec son agresseur avant d'avoir été enlevé. McGee trouve un de ses doigts dans la poubelle de sa cuisine. Parallèlement, Vance découvre que Ziva fait des recherches non officielles sur le meurtrier de son père.

Avec la bénédiction de Gibbs, Ziva et DiNozzo partent pour Berlin, où ils pensent avoir localisé Ilan Bodnar. Ziva est persuadée qu'il y possède un compte où sont rassemblés ses biens, notamment des diamants issus de trafics. Parallèlement, Orli Elbaz, qui dirige désormais le Mossad, informe Vance que l'un de ses agents sous couverture a été assassiné dans un parking en Virginie. Un groupe d'agents israéliens dissidents serait responsable de ce meurtre.

Blessés, Tony et Ziva rejoignent le reste de l'équipe aux États-Unis, où ils sont hospitalisés. Ils sont interrogés sur les activités de Yaniv qui a été arrêté par des agents fédéraux. Gibbs va à l'encontre d'un ordre de la Sécurité intérieure en continuant à poursuivre Ilan Bodnar afin que Ziva puisse enfin accomplir sa vengeance. Grâce à ses analyses informatiques, McGee parvient à localiser le malfrat israélien à New York.

Vance reçoit la visite de Richard Parsons, un avocat indépendant diligenté par la Sécurité intérieure, qui souhaite se pencher sur le double assassinat de Jackie et Eli David. Il décide alors de suivre l'équipe qui enquête sur un quartier-maître, faisant l'objet d'une surveillance suspecte. Sa présence intrusive devient vite pesante pour les agents, notamment Ziva qui est troublée par ses questions d'ordre personnel.

Pendant plusieurs jours, Gibbs fait l'objet d'un interrogatoire poussé, mené par Richard Parsons. Ce dernier ne se contente pas de vouloir éclaircir les meurtres commis par Ilan Bodnar, mais souhaite déterrer tous les secrets, enfouis par l'agent lors de sa carrière. Tom Morrow et Vance comprennent que l'enquêteur en fait une affaire personnelle. De son côté, l'équipe du NCIS fait l'impossible pour aider Gibbs.

Le SecNav Clayton Jarvis est tué et l'ancien directeur de NCIS Tom Morrow blessé dans l'explosion d'une bombe. L'équipe découvre que quelqu'un tente de les éliminer un par un. Gibbs se rend à Téhéran afin de rencontrer un informateur. Enquêtant sans insignes, Tony s'envole pour Tel Aviv alors que McGee tente de découvrir l'origine de la bombe.

A la demande de Sarah Porter qui a succédé à Jarvis au poste de secrétaire de la Navy, Gibbs et son équipe poursuivent Benham Parsa, un Pakistanais qui serait à la tête d'une cellule terroriste menaçant l'agence. A la recherche de Ziva, Tony arrive enfin en Israël où il a la surprise d'être accueilli par la patronne du Mossad qui l'interroge sur la jeune femme. Il finit par la localiser mais leurs retrouvailles sont tendues.

Les agents du NCIS enquêtent sur une explosion survenue dans l'appartement de Terence Keith, un sous-lieutenant de la Marine, et qui a coûté la vie au gérant de l'immeuble. Le soldat, âgé de 26 ans, est en permission pour deux semaines et semble avoir disparu. Abby découvre bientôt son empreinte sur le mécanisme de la bombe. Dans le même temps, McGee égare son badge et sa plaque mais préfère les dissimuler à Gibbs.

Patricia Moreno, sergent dans la Navy, est trouvée morte à son domicile. Or, McGee découvre qu'elle serait décédée en Afghanistan trois ans plus tôt et en déduit que sa carte d'identité militaire lui a été volée. La victime est bientôt identifiée et Abby découvre qu'elle était liée avec Leyla Shakarji, la belle-fille de l'agent Mike Franks. Dans cette affaire, DiNozzo et Tim doivent collaborer avec Susan, une enquêtrice criminelle qu'ils n'apprécient guère.

Un jeune marine tout juste revenu d'Afghanistan où il était assigné à un poste de sécurité est tué par balle sur une route, en bordure d'une forêt. La victime étant un expert en réseaux de communications classés confidentiels, le département de la Défense envoie l'agent Delilah Fielding pour seconder le NCIS dans cette enquête. DiNozzo ne parvient pas à trouver le sommeil depuis plusieurs jours et commence à être sujet à des hallucinations.

L'équipe enquête sur une explosion survenue sur une plateforme pétrolière qui a coûté la vie à un marine. Son épouse arrive bouleversée sur les lieux. L'agent spécial Abigail Borin qui est chargée de diriger les recherches n'est pas certaine qu'il s'agisse d'un incident isolé. Tout porte à croire que la plateforme a été la cible d'une attaque terroriste. Bientôt, DiNozzo repère une faille dans le système de sécurité.

Trois vols à main armée ont été commis récemment dans le même quartier suivant un mode opératoire similaire. Un marine a trouvé la mort au cours du dernier braquage. Parallèlement, Gibbs accepte d'accompagner son père qui veut rendre visite à l'un de ses vieux amis de l'armée, sur le point de mourir. Pendant son absence, il confie la responsabilité de l'enquête à McGee, ce qui provoque la colère de DiNozzo.

L'équipe du NCIS enquête sur l'assassinat d'un quartier-maître avec délit de fuite survenu sur une base militaire. Elle soupçonne rapidement le sergent Justin Dunne dont la voiture porte des traces de la victime. L'ancien agent Carrie Clark, aujourd'hui avocate, s'occupe de la défense de Dunne et affirme que son alibi est solide. Parallèlement, McGee s'inquiète du comportement étrange de Tony.

Au cours d'une réunion de travail, le NCIS découvre que la secrétaire à la Navy a un stylo dans lequel a été dissimulé un mouchard. Ellie Bishop, analyste à la NSA, avait imaginé une menace similaire dans un rapport écrit deux ans plus tôt. Gibbs pense que les pirates suivent la méthode de la jeune femme et lui demande donc de collaborer à l'enquête. Son style très personnel sème le trouble au sein de l'équipe.

Un caporal de 23 ans affecté à l'entretien des véhicules a été assassiné par un homme déguisé en clown. Les premiers indices mènent Gibbs dans une chambre d'hôtel où il a la surprise de trouver son ex-femme, Diane, en compagnie de TC Fornell. L'ex-petit ami de Diane, Eddie Macklin, pourrait être un suspect sérieux. Les choses se compliquent lorsque ce dernier révèle qu'il est membre des services secrets.

Gibbs et son équipe enquêtent sur une maladie inconnue qui touche plusieurs enfants de militaires dans un rayon de 50 km autour de Washington. Abby craint qu'il s'agisse d'une attaque de bioterrorisme. La mission du NCIS consiste à identifier le virus, retrouver son foyer d'origine et à tout mettre en œuvre pour enrayer sa progression. Abby et Jimmy travaillent dans le Centre de recherche médicale de la Marine dans l'espoir de trouver un vaccin.

Un quartier-maître a été abattu avec un fusil longue portée dans un parc. Un témoin a vu un aéronef gris survoler les lieux au moment du drame. Il s'agit d'un drone de surveillance appartenant à la Marine. Les premières recherches révèlent que l'engin a été volé par le groupe terroriste de Parsa qui pourrait mettre sur pied une attaque à grande échelle. Le NCIS fait équipe avec l'ancienne petite amie de Gibbs, Hollis Mann, dépêchée par le ministère de la Défense.

Après l'explosion survenue au gala, McGee, légèrement blessé, se rend au chevet de sa petite amie, Delilah, qui a été hospitalisée dans un état sérieux. Gibbs exige qu'il ait un entretien avec la psychologue du NCIS avant de reprendre le travail. Ellie Bishop tente de rassembler les pièces du puzzle pour retrouver la trace de Parsa. Ses déductions mettent l'équipe sur la trace d'un comparse du terroriste, Bashir Malik.

Le meurtre d'un officier portuaire trahit la localisation possible de Benham Parsa, alors que l'équipe poursuit sa chasse à l'homme. Rapidement, Ellie Bishop révèle à Gibbs qu'elle poursuit le terroriste depuis plusieurs années dans le cadre d'une mission que lui avait confié son ancien patron au NSA et qu'elle a passé un contrat moral avec lui.

Les agents du NCIS sont appelés sur les lieux d'un accident impliquant un camion rempli de marchandises volées à la Marine. La cargaison comprend des gilets pare-balles défectueux destinés à la vente. Sur place, l'équipe trouve un sac appartenant à un adolescent. DiNozzo l'interroge pour savoir s'il a identifié le conducteur du véhicule. Les enquêteurs tentent également de retrouver les gilets déjà distribués au personnel militaire à l'étranger.

Un homme s'étant fait passer pour un officier de la marine tire sur DiNozzo. Ce dernier riposte et abat l'inconnu. Seul témoin du drame : le père de DiNozzo, présent en ville pour faire certaines révélations à son fils. Le vieil homme est alors interrogé par un agent de l'Inspection générale qui mène une enquête sur cette affaire. Abby découvre que la victime était un détective privé réputé.

L'équipe enquête sur la mort de deux hommes survenue dans une salle de concert à la suite d'une explosion. L'un était membre d'une fondation de charité militaire, l'autre était un bénévole qui participait à l'organisation d'un spectacle pour des soldats. Gibbs tente de savoir quelle était la véritable cible de cette attaque. Parallèlement, Palmer s'exerce aux gestes essentiels, nécessaires pour s'occuper de son futur enfant.

Le corps de Dan McLane, un membre du Congrès retraité des marines, est repêché dans le Mississippi, à La Nouvelle-Orléans. Chargé de l'enquête, l'agent Dwayne Pride vient demander le soutien de Gibbs, l'un de ses vieux frères d'armes. L'enquête est conjointement menée par une équipe du FBI et par l'agent Fornell. Leurs recherches les conduisent sur la piste d'une prostituée avec laquelle le défunt avait passé sa dernière soirée.

Les deux équipes poursuivent conjointement leurs recherches quand un nouveau meurtre est commis. Le mode opératoire est identique à celui de Victor Lorta, surnommé le « Privilégié », un tueur en série qui prend pour cible des militaires et des fonctionnaires. Néanmoins, Gibbs et Pride sont rapidement persuadés qu'ils ont affaire à un imitateur. En examinant les lettres de Lorta où il clamait son innocence, Mallard découvre que Dan McLane aurait falsifié des preuves d'anciens meurtres.

Delilah, la petite amie de McGee, découvre un mail contenant des informations au sujet de l'assassinat de Keith Jones, un militaire à Budapest, survenu deux semaines plus tôt. La victime avait pour mission de démanteler un site Web clandestin qui servait à vendre de la drogue aux services de tueurs à gages. Lorsque sa responsable lui demande d'ignorer cette affaire, la jeune femme se tourne vers Gibbs. Bientôt, l'équipe du NCIS comprend que Jones n'est pas mort.

Le corps d'un officier de la Navy a été retrouvé en pleine rue. En permission pendant une semaine, il avait pris un appartement en ville avec son ami Thomas Burke, engagé sur le même vaisseau. La victime avait récemment alerté la cellule spécialisée dans les viols et le harcèlement sexuel de l'agression de l'une de ses amies, officier de marine. Gibbs et l'agent Maureen Cabot, qui dirige la cellule, l'interrogent sur les événements.

Un photographe de la Marine disparaît alors qu'il devait témoigner devant la cour martiale. L'équipe du NCIS enquête sur l'assassinat dont il a été témoin en Afghanistan ainsi que sur son dernier reportage sur les anciens combattants sans-abri dans Washington et ses environs. Au domicile du photographe, DiNozzo et Bishop trouvent une lettre de menace ainsi qu'une seringue contenant de l'héroïne.

Tony DiNozzo se rend à Marseille pour participer à un séminaire sur la sécurité sur Internet. Mais sa véritable mission est de retrouver et ramener la fille de l'amiral Kendall, Amanda, une brillante étudiante qui se consacre désormais à faire la fête, à se droguer et à fréquenter des trafiquants d'armes russes. A peine arrivé, Tony découvre que ses contacts du NCIS ont tous été assassinés.

L'équipe enquête sur l'incendie d'un navire de l'armée survenu alors qu'il effectuait des manœuvres au large du Mariland. Le bateau servait de centre de détention secret pour interroger des terroristes capturés dans des conditions spéciales. Alors que l'enquête démarre, Vance annonce à Gibbs que son père vient de décéder à la suite d'une crise cardiaque. Gibbs part alors pour sa ville natale afin d'assister aux funérailles.

Un mois après l’enlèvement de Vance, Gibbs est nommé directeur par intérim tandis que l’équipe cherche dans le monde entier des informations sur sa localisation.

Après qu'un lieutenant de la marine a été retrouvé assassiné dans son bain à remous, l'équipe interroge plusieurs familles dans le quartier de la victime. Torres, quant à lui, doit faire face aux conséquences d’une soirée passée avec Palmer.

L’un des agents du NCIS est pris au piège après avoir enquêté sur une explosion devant la maison du Contremaître de première classe Todd Nicholas, et de sa femme, la star de la télé-réalité Sheba Nicholas. De son côté, Vance poursuit sa thérapie pour soigner les blessures en captivité.

Les vacances de Gibbs sont interrompues par une visite surprise de Tobias Fornell et du capitaine de la Marine Phillip Brooks, ainsi que par un appel du NCIS lui demandant de localiser un voleur caché dans des bois à proximité du lieu où il se trouve.

Alors qu’un enregistrement vieux de 50 ans laissé par une victime est retrouvé, toute l'équipe du NCIS tente d'innocenter Ray Jennings, le Marine qui purge une peine à perpétuité pour ce crime.

Le NCIS est appelé sur une scène de meurtre le jour d'Halloween. Torres reconnaît alors une des victimes : ils ont suivi une formation ensemble par le passé. Pendant ce temps, Jimmy est convaincu que sa salle d'autopsie est hantée...

Une fresque peinte par un artiste de rue et activiste est mystérieusement volée. L'équipe du NCIS enquête et découvre un complot impliquant un sous-traitant de la Navy et la sécurité des mammifères marins. Bishop partage un lien spécial avec l'artiste en question.

McGee et Bishop partent pour l'Afghanistan enquêter sur une série de soldats morts au combat. Le NCIS soupçonne que ces morts soient liées à un corps retrouvé dans le Potomac. Pendant ce temps, Kasie accompagne Torres sur le terrain à la recherche de preuves.