Gibbs i jego zespół zostają wezwani do bazy marynarki wojennej. Znaleziono tam zwłoki marynarza z łodzi podwodnej. Prawdopodobnie morderca zajął miejsce zabitego i znajduje się teraz na pokładzie "Philadelphii". Gibbs i Kate przesłuchują pięciu nowych członków załogi, ale żaden z nich nie wzbudza podejrzeń. Ich odciski palców pasują do odcisków w aktach biura kadr, co oznacza, że terrorysta musi mieć tam swojego wspólnika. Tony i McGee dowiadują się, że jeden z pracowników działu kadr, Joshua Fox dwa dni temu odszedł z pracy. Agenci znajdują w jego opuszczonym domu zdjęcia i plany nuklearnych łodzi podwodnych. McGee ustala, że Fox planuje wprowadzić trujący gaz, sarin, do układu klimatyzacji łodzi podwodnej i w ten sposób uśmiercić całą załogę.