北海道某所に存在するファミリーレストラン「ワグナリア」。

ひょんなことからこの店でバイトをすることになった小鳥遊宗太は、個性的すぎる（！？）店員達に囲まれて戦々恐々！？かと思いきや、本人も実は……？

出会いの挨拶も交わさぬまま、伊波に殴り飛ばされた小鳥遊。

伊波は男性恐怖症で、反射的に男を殴ってしまう癖をもっていた！

それ以来険悪な仲の二人に、杏子よりとある命令が下されて…？

ある事情により、しばらく不在だったワグナリアのマネージャー・音尾が帰ってきた！

音尾のたくさんのお土産に喜ぶ一同だったが、それを快く思わない人物が約一名いて…。

世間話が好きな、さわやか好青年・相馬。

そんな相馬に興味を持った小鳥遊は、彼の危険すぎる『説得』を知ることに！

熱を出した妹・なずなの看病のため、小鳥遊がバイトを休んでしまった！

そのため、小鳥遊不在のワグナリアはてんやわんやな状態となってしまい…？

北海道にある、とある家庭。

そこは、いつもの通り個性的でいつもの通りハチャメチャでいつもの通り仲良し。

そんな小鳥遊家は、最強の姉達と最強の妹に囲まれた宗太の苦労溢れる日常だった…。

音尾がワグナリアに帰ってくる日。

彼が持って帰ってくる土産を今か今かと待ちわびる杏子に、小鳥遊は「違うモノかも」と嫌みを言う。

そんな予言が当たった音尾の土産とは…？

水道工事の影響でワグナリアは臨時休業。

そこで種島の提案により、ワグナリアの女子メンバーは日帰りで温泉へ行くことに。

今まで友達と遊びにいくこともなかった伊波は果たしてちゃんとお出かけできるのか！？

今日は伊波がバイト休みの日。

だが、シフトに入っていないはずの伊波がワグナリアにやってきた！

なにやら思い詰めた表情で小鳥遊を見つめる伊波が、思い切って告げたその一言は……！？

先日の事件（！？）を教訓に、小鳥遊と伊波は伊波の男性恐怖症を本気で治すため、バイト後一緒に帰ることに！

そんなある日、ワグナリアに現れたのは小鳥遊の妹・なずな。

彼女はなんだか伊波に興味を持っていて…？

相馬が持って来たというアルバムに、

自分たちの若い頃の写真を見つけた杏子と八千代と佐藤。

懐かしい写真に、八千代と佐藤は出会った頃を思い出す…。

一方、バイト終わりに山田が始めた怪談話のせいで、予想外の事態が発生して…！？

慌てた様子で家へ帰っていった小鳥遊が、

ふと落とした生徒手帳を偶然拾った種島。

小鳥遊のことを思い自宅まで届けにきた種島は、そこで衝撃の光景を目の当たりにする…!!

そして次の日、ワグナリアに一波乱巻き起って…！？

種島の提案により決定した、伊波と小鳥遊のデート当日。

緊張しつつも精一杯のオシャレで初めてのデートに臨む伊波と、最期の覚悟をしてデートに臨む小鳥遊。

果たして二人のデートはうまくいくのか！？

そして、小鳥遊の生死は──！？

2010年7月25日に赤坂BLITZにて主要声優陣が出演の『ワグナリア 〜夏の大感謝祭〜』が2部制で開催された（山田役の広橋涼は第1部のみの出演）。なお、この模様は別途DVD化されているほか、BD-BOXにも収録されている。

2011年6月26日に日本青年館大ホールにて主要声優陣が出演の『ワグナリア〜夏の大大感謝祭〜2011』が開催された。この模様は、第2期の第1巻の完全生産限定版に映像特典として前編が、第2巻に後編がそれぞれ収録されている。

今日も自分の身長を気にする種島。

そんな種島をいつも通りかわいがる小鳥遊だったが、

種島はいつまでも自分を年上と扱わない小鳥遊に対して、

絶交を言い渡してしまうのだった…。

理想の家族に憧れる山田は、兄候補の相馬の秘密を知るべく、種島とともに『相馬さんのことをもっと知り隊』を結成！

行動を開始した二人が目撃したのは…？

ワグナリアのバイトから帰ったなずなから、

バイト先に“宗太と特別な関係の女の子”がいると聞いた泉。

ショックのあまりスランプに陥った泉は、

書き置きを残し家出してしまう！

店のものを食べてしまった杏子を連れ、買い出しに出かけた八千代。

その途中、マンホールの中から突然女性が現れた！

驚く二人だったが、八千代はその女性の正体に気付き…？

相変わらず働かず食べてばかりの杏子。

小鳥遊や佐藤の説教も全く聞かない様子に、相馬がある一言を告げた。

その言葉に動揺した杏子は初めての我慢をするが…？

山田のドジにより風邪をひいてしまった種島と佐藤。

二人の抜けた穴を埋めるため、杏子は自分の後輩を助っ人を呼んだが、どうにもこうにもやっかいな二人で…？

学校の友人から、バイト先への通り道に最近痴漢が出るという噂を聞いた伊波。

不安になりながらワグナリアへ向かう途中、噂の痴漢に遭遇してしまい…？

ついになずなが自分の身長に追いついてしまい、ショックを隠しきれない小鳥遊。

落ち込んだ小鳥遊は、あるお願いのために種島を二人っきりになれる場所に呼び出して…？

機械全般に弱い八千代が、メンバー達の勧めで初めての携帯電話を購入することに。

ワグナリアには、先日の落とし前をつけようと真柴兄妹が現れて…？

今日も小鳥遊を殴ってしまったと後悔する伊波が休憩室へ入ると、そこには佐藤の姿が。

二人きりの密室…。

果たして佐藤は、生きて無事に休憩を終えられるのか―――!?

今日も杏子にご飯をたかられ、八千代にノロケ話を聞かされ、

美月に八千代との会話を邪魔される、佐藤。

そんな佐藤が4年間の片思いに決着をつけるべく、ついにある決心をする―――！

“男を殴っていない期間”の最長記録を迎えた伊波！

このまま男嫌いを治せたらと考えた伊波は、種島・山田と共に、小鳥遊に内緒で男嫌いを治すための自主トレを始める。

だがそれは、大きな代償を伴うものだった…。

ワグナリアに発生した、とある大事件！

皆を動揺させる出来事に、それぞれが新たな決意と想いを抱き始める…。

果たしてこの大事件の結末とは―――？

2012年4月15日に東京都北区王子にある北とぴあにて主要声優陣が出演の『ワグナリア〜春の大大大感謝祭〜』が開催された（出演者：福山潤、阿澄佳奈、藤田咲、喜多村英梨、小野大輔、神谷浩史、広橋涼）。このときの模様は、日本および台湾の計40カ所の映画館に生中継された。この模様は、同年7月にBlu-ray、DVDで発売された。

2014年8月10日、パシフィコ横浜にて開催されたアニメ・イベントの模様を収録。ファミレス・コメディ『WORKING!!』と公務員ストーリー『サーバント×サービス』2作のコラボで、両作のキャストが勢揃い。

2015年6月7日に品川インターシティホールにて主要声優陣が出演の『ワグナリア〜夏の小感謝祭〜』が開催された（出演者：福山潤、阿澄佳奈、藤田咲、喜多村英梨、小野大輔、広橋涼）。この模様は、第3期Blu-ray/DVDの第2巻に映像特典として収録されている。

北海道某所に存在する、ファミリーレストラン『ワグナリア』。

いつも通りにぎやかなこの店に、以前助けた迷子の女の子がお店にやってきた！

小鳥遊は有頂天だが、種島は…？

休日の小鳥遊家に電話が鳴り、その電話に出た宗太は憂鬱模様。

なずなの知らない「みねぎし」という彼は、どうやら小鳥遊家〝母〟の命により家の様子を聞きたいようで…？

長年の八千代への想いを患った佐藤は、やっとのことで八千代を飲みに誘う。

一方の八千代は、初めての〝飲みに行く〟に戸惑い、店に来ていた梢に指示を仰ぐが…！？

佐藤と二人で飲みに行った日から様子がおかしい八千代。

めずらしく仕事でもミスをしてしまう彼女を見た種島は、何か力になれないかと一念発起してがんばるが…？

とある一言により伊波との関係がぎくしゃくしてしまった小鳥遊。

その様子で姉妹は宗太が彼女と別れたと誤解！

それを知った泉は、虚弱ながらについに行動を起こす！

小鳥遊と伊波、そして佐藤と八千代に生じた関係の変化を楽しむ相馬と山田。皆がそれぞれの相手と思い思いに関わる中、種島だけはむすーっとしていて…？

ワグナリアから逃げ、小鳥遊家に居候する山田は、家出の理由を語り始める。

それはなんとも悲しいような、なんというか。そんな中、ついにアノ人と出会ってしまうことに…！

〝山田〟家族問題も解決かと思われたが、新たに〝葵が桐生を兄と呼ばない〟問題が発生！

桐生は葵の兄となるべく奮闘するも、なかなかうまくいかないようで…？

小鳥遊の母に調査を指示され、ワグナリアに来た峰岸は近くにいた伊波に声を掛けてしまう。知らない男性に動揺した伊波は反射的に峰岸を殴ってしまい…？

ついに小鳥遊家のあの人が帰ってくる！様々な想いを抱える小鳥遊兄妹達だったが、そんな中、梢のトラウマが蘇ったせいで美月達との関係が危うくなり…！？

八千代を変えてやれるのかと杏子に聞かれ、いよいよ腹をくくった佐藤。一方の八千代は、偶然佐藤がワグナリアを辞めるということを聞いてしまい、種島に相談するが…？

とうとう桐生にことりちゃんの正体がバレた！小鳥遊は桐生をダマしきる覚悟を決め、桐生にことりちゃんとして接する！そして、その結果…！？

小鳥遊と伊波のデート当日、なんと伊波家に例の父親が帰宅した！娘であるまひるを溺愛し、男性恐怖症の原因でもある父。その父の帰還にまひるは…！？

しばらくバイトを休んでいる小鳥遊。杏子の説得でひとまず復帰したものの、伊波を避けてしまっている。それを感じた伊波が起こした勇気ある行動とは…！？

2016年5月15日に市川市文化会館にて主要声優陣が出演の『これでさいごだよっ！ワグナリア〜初夏の大大大大感謝祭〜』が開催された（出演者：福山潤、阿澄佳奈、藤田咲、喜多村英梨、小野大輔、神谷浩史、広橋涼、日笠陽子、日野聡、戸松遥、斎藤桃子）。この模様は、WWW.WORKING!!第1巻、『Blu-ray/DVD限定メニューだよっ！「ワグナリア〜初夏の大大大大感謝祭〜」同梱版』に特典DVDとして同梱された。