Edera velenosa e Harley Quinn rapiscono Bruce Wayne per utilizzare le sue carte di credito e fare shopping natalizio. Mentre cerca un regalo per suo padre, Barbara Gordon si scontra con l'Uomo d'Argilla. Batman e il nuovo Robin devono fermare il Joker durante le celebrazioni del nuovo anno a Gotham City.

Sono trascorsi alcuni anni dalla fine della serie precedente e Batman continua la sua caccia ai criminali di Gotham City assistito da Batgirl (ora entrambi conoscono le rispettive identità segrete di Bruce Wayne e Barbara Gordon), ma Dick Grayson è scomparso. Il Giovane Tim Drake assume però l'identità di Robin quando finisce coinvolto in uno dei piani criminosi di Due Facce.

Il corpo di Mr. Freeze si è disgregato a causa dell'esperimento che lo ha reso un mostro di ghiaccio ed ora ne è rimasto solo il cervello. Nonostante sua moglie Nora si sia ripresa, egli ha deciso di non rivederla mai più e vuole vendicarsi di tutta l'umanità per far patire a tutti la sua stessa sofferenza.

Lo Spauracchio sviluppa una nuova tossina che, anziché indurre paura, la elimina completamente dalla personalità degli individui, facendo così diventare le persone incredibilmente sconsiderate e pericolose. Anche Batman viene colpito dalla tossina, e Robin dovrà dimostrare un grande coraggio per salvare il suo mentore.

Dick Grayson ha indossato i panni di Nightwing, decidendo di staccarsi da Batman e affermando così la sua volontà nel cavarsela da solo. Per fermare un contrabbando, Nightwing ottiene l'aiuto inaspettato della seducente Catwoman, che tenta però di ingannarlo per poter recuperare il prezioso Smeraldo del Gatto. Batman e Batgirl vigilano sull'inaspettata coppia.

Arnold Wesker viene rilasciato dal manicomio di Arkham, completamente liberato dalla sua doppia identità di Scarface. Ma la vecchia banda di Scarface, che necessitano del loro vecchio capo per riprendere l'attività criminale, cercano in tutti i modi di convincere Wesker a ritornare il ventriloquo.

Il boss del crimine Edward "Re" Barlowe è morto e nelle sue ultime volontà lascia al suo rivale, il Joker, la grande fortuna di 250 milioni di dollari. Il Joker abbandona così la via criminale per fare la bella vita da miliardario, cosa che fa infuriare Batman e Harley Quinn, quest'ultima in particolare visto che il suo fidanzato assume una nuova assistente. Una visita da parte dell'ispettore delle tasse per il pagamento di 137 milioni della sua fortuna tuttavia porta il Clown principe del crimine a scoprire un'amara verità: solo 10 milioni della sua eredità sono soldi veri, tutto il resto è falso, in quanto faceva parte di un tiro mancino architettato da Barlowe per farla pagare a Joker dei suoi stupidi scherzi. Il pagliaccio tenta così una rapina in extremis per evitare così di ammettere di essere stato fregato e diventare lo zimbello di Gotham; il suo piano viene tuttavia sventato da Batman, Batgirl e Nightwing, che lo rispediscono ad Arkham, dove dovrà affrontare le ire di Harley.

Tim Drake, il nuovo Robin, combatte per proteggere una giovane ragazza affetta da amnesia che si fa chiamare Annie. La ragazzina si rivela però essere in realtà L'Uomo d'Argilla, che Batman credeva ormai scomparso da tempo.

Un'ex modella è in cerca di vendetta contro chi secondo lei ha rovinato la sua carriera e la sua vita; adesso indossa una maschera e si fa chiamare Calendar Girl. Batman e Batgirl devono impedirle di realizzare i suoi piani.

Batman e Robin assistono l'occultista Jason Blood quando Kid Klarion prende il controllo del suo alter ego Etrigan il demone, tramite un antico sigillo in cui è impresso il marchio della strega Morgana. Mentre Batman affronta Etrigan e Klarion in un'impari lotta, Tim assiste Jason mentre cerca il modo di riprendere il controllo del demone.

Durante un combattimento con lo Spauracchio, Batgirl cade da un tetto e muore. Dopo aver assistito alla scomparsa di sua figlia, e aver scoperto che Barbara collaborava con Bruce Wayne (che in realtà è sempre stato Batman), il Commissario Gordon incolpa il Cavaliere della Notte e decide di dargli una caccia spietata. Nightwing viene arrestato e, per riuscire a mettere in galera anche Batman, Gordon non esita a far rilasciare di prigione il killer Bane pur di poterlo catturare.

Un infelice ingegnere pirotecnico, Garfield Lynns, viene mollato dalla sua fidanzata, la famosa cantante Cassidy. Lynns diventa allora il supercriminale Firefly, intenzionato a bruciare la donna che ha devastato il suo cuore.

Baby Doll si innamora di Killer Croc, lo libera dal carcere e la coppia forma un duo criminale molto improbabile, ma con molto successo. Tuttavia, la loro partnership presto cade a pezzi quando Baby Doll apprende che Croc la sta solo usando per proseguire la sua carriera criminale.

L'ex stuntman del cinema Roxanne Sutton diventa una ladra a cavallo di un razzo che si fa chiamare Roxy Rocket. Drogata di adrenalina, Roxy è costantemente in cerca del pericolo e dell'eccitazione. Batman indaga, e scopre che la ragazza sta collaborando con il Pinguino.

Catwoman ha rubato una preziosa statuetta a forma di gatto appartenente all'organizzazione segreta del Culto del Gatto. Inseguita dai membri armati della setta, Batman cerca di aiutare Catwoman, ma Selina Kyle non è una donna facile da gestire.

Un ingegnere genetico esagera nella creazione di bestiame con steroidi, rendendo gli animali giganteschi e pericolosi e perde tutti i suoi soldi. Un anno dopo, un esercito di animali mutanti inizia a terrorizzare Gotham City.

Una serie di furti commessi da animali del circo destano i sospetti di Nightwing, poiché proprio in questi giorni il vecchio circo in cui lavorava Dick Grayson si sta esibendo a Gotham. Batman, Robin e Nightwing scoprono così che dietro a tutto c'è il Cappellaio Matto.

Nightwing racconta a Tim Drake perché ha smesso i panni di Robin e di come lui e Batman si sono allontanati. Il racconto rivela anche come Batgirl ha scoperto la vera identità di Batman e spiega che cosa è andato storto nella relazione tra Barbara Gordon e Dick Grayson.

Un gruppo di giovani di Gotham City raccontano delle storie su quello che credono essere il vero Cavaliere Oscuro. Ultimo episodio speciale con la prima storia che ricorda lo stile dei fumetti di Batman degli anni 40 di Dick Sprang, e la seconda ispirata alla serie limitata Il ritorno del Cavaliere Oscuro di Frank Miller del 1986.

LiveWire fugge durante un trasferimento alla GothCorp dove verrà sottoposta ad un trattamento per essere curata. La supercriminale elettrica di Metropolis unisce allora le forze con Edera Velenosa ed Harley Quinn per derubare tutta Gotham City. Con Batman e Superman assenti, Batgirl e Supergirl devono unire le forze per affrontare il terribile trio ed assicurarle alla giustizia.

Bruce Wayne, insieme ad altri ricchi scapoli di Gotham City, cade nella trappola di Edera Velenosa che ha creato degli umanoidi pianta con le sembianze del partner ideale con cui farli innamorare per poterli irretire e poi impadronirsi dei loro patrimoni. Bruce decide di sposarsi con un'affascinante ragazza misteriosa dagli occhi verdi, conosciuta al matrimonio di Veronica Vreeland e decide così di rinunciare per sempre ad essere Batman. Tuttavia Robin e Batgirl scoprono la verità.

Un nuovo misterioso giustiziere abbigliato da giudice compare a Gotham City. Ma questi non è un giudice ordinario, bensì uno spietato assassino deciso ad eliminare i rappresentanti della malavita in città con il pugno di ferro. Senza pietà il giudice ferisce gravemente il Pinguino, Killer Croc e l'Enigmista, mandandoli all'ospedale. Batman deve scoprire l'identità del giudice e salva la vita a Due Facce, prima che questi possa eliminarlo.

Esposto ad una strana miscela di sostanze chimiche, tra cui il gas esilarante del Joker, il giornalista Jack Ryder si trasforma in Creeper. Il pazzoide dalla pelle giallo limone cerca di uccidere il Joker e si prende una cotta molto indesiderata per Harley.

Harley Quinn riflette sul suo primo incontro con il Joker e delle sue origini da supercriminale, e complotta per eliminare la concorrenza principale nelle sue attenzioni: Batman! Cattura con l'inganno l'Uomo Pipistrello e cerca di ucciderlo per guadagnarsi i favori del Joker. Batman, alla mercé di Harley la deride e cerca inutilmente di convincerla che il Joker non la ama, ma lei si rifiuta disperatamente di dargli ascolto; su suggerimento del suo prigioniero, Harley Quinn chiama Joker per farlo venire ad assistere all'esecuzione del suo arcinemico, convinta che il suo "fidanzato" finalmente le darà le attenzioni da lei più ambite. Ma purtroppo il grande ego del malvagio clown criminale non avrebbe mai permesso a chiunque altro "l'onore" di eliminare il suo nemico mortale, e Joker scaraventa Harley fuori da una finestra senza minima pietà, per poi tentare di uccidere il suo acerrimo nemico, ma senza successo.