Naruto est un jeune orphelin du village de Konoha. Possédant en lui le démon renard Kyûbi qui a ravagé le village au moment de sa naissance et a été scellé en lui, il est rejeté par les autres villageois, et fait de nombreuses frasques pour tenter de se faire remarquer. Il étudie les arts ninjas à l’académie du village, mais est le seul élève qui ne parvient pas à obtenir le grade de genin. Un de ses professeurs, Mizuki décide alors de profiter de son ressentiment pour lui faire voler le rouleau des techniques interdites conservé dans le bureau du chef du village, le Hokage. Parti seul dans la forêt, il parvient à apprendre la première technique du rouleau, le « Multi clonage ». Son autre professeur, Iruka le retrouve, mais ils sont attaqués par Mizuki. Mizuki dévoile à Naruto qu’il est possédé par le démon renard et que c'est pour ça qu’il est rejeté, mais lorsque Naruto comprend qu’Iruka ne le rejette pas et reconnaît sa valeur, il défait Mizuki avec sa nouvelle technique et reçoit son bandeau frontal, signe qu’il est un ninja à part entière.

Konohamaru, petit-fils du 3e Hokage, exprime son désir d’être reconnu indépendamment de son grand-père et décide de suivre Naruto, qui est le seul à avoir osé lui donner une taloche en réponse à ses caprices, au grand désarroi de son professeur particulier Ebisu ; lorsque celui-ci les retrouve, Naruto est en train d’apprendre à Konohamaru la technique avec laquelle il a assommé le Hokage, le « Sexy-Méta » consistant à se transformer en une jeune fille nue et affriolante. Alors qu’Ebisu le défie, Naruto tente d’utiliser le « Multi clonage supra » qui lui a permis de vaincre Mizuki, mais le professeur n’est pas impressionné. Naruto transforme alors tous ses clones en jeunes filles nues, inventant la « Technique du Harem », qui met Ebisu hors de combat.

Lors de sa première journée en tant que genin, Naruto est mis dans l’équipe no 7 avec Sasuke, le petit génie de la promotion, et Sakura, une fille dont il est amoureux, mais qui le méprise et n’a d’yeux que pour Sasuke. Naruto attaque alors ce dernier par surprise pour le neutraliser, et se transforme en lui pour tenter de séduire Sakura et savoir ce qu’elle pense de lui, mais il est gêné par le lait périmé qu’il a consommé le matin même et doit s’éclipser rapidement. Sasuke se libère et part à la recherche de Naruto ; il rencontre Sakura qui tente de le séduire à son tour, critiquant le comportement de Naruto qu’elle met sur le compte du fait qu’il est orphelin, mais il la rejette brutalement, ayant lui aussi perdu ses parents. Déprimée, Sakura pense à Naruto qui doit ressentir la même chose qu’elle, et décide d’être plus gentille avec lui à l’avenir.

L’équipe no 7 est prise en charge par Kakashi, un jōnin ; il se présente et leur demande de faire de même. Le lendemain, il leur fait passer une épreuve de survie où ils doivent récupérer deux clochettes qu’il porte ; celui qui échouera au test sera renvoyé à l’académie. Ils commencent le test, Sasuke et Sakura partent se cacher pour se mettre en observation, mais Naruto reste face à Kakashi et tente plusieurs attaques de front qui échouent.

L’épreuve de survie continue ; Sakura est mise hors de combat par Kakashi avec une illusion, et ce dernier engage un face à face contre Sasuke, qu’il met hors de combat ; pendant ce temps, Naruto découvre où est caché le repas de midi et s’apprête à manger, mais il est découvert par Kakashi et attaché à un poteau. Le jōnin demande aux deux autres de manger pour prendre des forces avant de reprendre le test ; il les sermonne durement en leur disant qu’ils n’ont rien compris au test et devraient abandonner l’idée d’être des ninjas, avant de leur révéler que seul le travail d’équipe est payant dans cette épreuve, et part en leur interdisant de donner de la nourriture à Naruto. Lorsqu’il est hors de vue, Sasuke et Sakura aident Naruto à manger pour qu’il soit d’attaque lors de leur prochaine tentative ; Kakashi surgit alors en leur disant qu’ils ont réussi le test, car prendre soin de ses camarades est selon lui prioritaire aux règles.

Après une série d’ennuyeuses missions de rang D, l’équipe n°7 est finalement chargée d’escorter Tazuna, un constructeur de pont. Une attaque inattendue va rendre la mission plus difficile que prévue.

L’équipe n°7 rencontre et est forcée de combattre le ninja déserteur Zabuza Momochi, engagé par le puissant homme d’affaires Gatō pour neutraliser Tazuna.

Pendant que le combat contre Zabuza continue, Naruto promet de ne plus fuir et est déterminé à prouver à Sasuke qu’il n’est pas une poule mouillée.

Naruto et Sasuke libèrent Kakashi de la technique de la Prison Aqueuse de Zabuza, et le combat continue.

Après un rude combat contre Zabuza, l’équipe n°7 continue sa mission de protection et se prépare aux éventuelles rencontres avec d’autres ennemis.

Pendant leur séjour au Pays des Vagues, Naruto et ses compagnons découvrent un héros local (Kaiza) et son plus grand admirateur, un jeune garçon du nom d’Inari.

Les hommes de Gatō essaient de kidnapper Tsunami et de tuer Inari, pendant que l’équipe n°7 (sauf un) commence à combattre Zabuza et Haku.

Cet épisode spécial raconte une histoire totalement à part de la série dans laquelle Naruto décide de rendre service au petit Konohamaru. Ce dernier, qui vient de monter sa propre mini-organisation de ninjas, est amoureux d'une jeune fille du nom de Yoshino Kaede. La petite fille doit en effet quitter le village car son père est muté ailleurs. Konohamaru décide alors d'aller trouver le trèfle pourpre à quatre feuilles qui lui permettra d'exaucer n'importe quel vœu, notamment celui de faire rester Kaede. Il demande l'aide de Naruto pour récupérer cet objet magique. Nos deux jeunes villageois vont devoir se rendre à Akagahara, une zone interdite...

Haku révèle sa technique héréditaire à Sasuke et le combat s’intensifie entre l’équipe n°7 et le duo Zabuza/Haku.

Naruto rejoint finalement le combat, mais est rapidement piégé dans la technique d’Haku.

Kakashi continue le combat contre Zabuza, pendant que Naruto et Sasuke luttent pour échapper au piège d’Haku.

Le sceau de Naruto se brise et Kyûbi se manifeste.

Haku révèle sa réelle motivation à Naruto pendant que Kakashi et Zabuza continuent leur combat mortel.

Haku se sacrifie pour sauver Zabuza et Kakashi prépare son attaque finale.

Les villageois commencent à se soulever contre Gatô, pendant que Zabuza réalise le lien qu’il y a entre Haku et lui et décide de faire un dernier geste avant de mourir : tuer Gatô.

L’examen chūnin a été annoncé et tous les genin de Konoha sont invités à participer avec ceux des autres pays.

Naruto, Sakura et Sasuke découvrent qu’ils ont de puissants rivaux qui souhaitent eux aussi devenir chūnin.

L’excentrique Rock Lee défie Sasuke dans un combat avant que l’examen chūnin ne débute.

Tous les genin de Konoha sont rassemblés dans un test préliminaire pour déterminer qui va continuer l’examen chūnin.

Tous les genin se rencontrent et commencent un test écrit, qui est la première épreuve de l’examen des chūnin.

Les genin essaient de récupérer les réponses aux questions, et s’inquiètent de la 10e question, éliminatoire.

Konohamaru est chargé de faire un reportage sur Naruto et les participants à l’examen chūnin.

La seconde épreuve de l’examen chūnin commence : il s’agit d’une épreuve de survie dans une forêt hostile.

Le ninja ennemi apparaît et engage le combat avec Sasuke. Après la fuite de cet imposteur, l’équipe 7 subit une nouvelle attaque. Mais cette fois-ci, l’adversaire est plus coriace.

Naruto vient aider Sasuke, en difficulté. Lors de ce combat, Naruto fait preuve d’un grand courage alors que Sasuke est apeuré. Naruto le traite alors de poule mouillée.

Après avoir vu la leçon de courage que Naruto lui a donné, Sasuke décide d’affronter son adversaire au péril de sa vie. Après avoir battu le ninja de Kusa, Sasuke se fait mordre et une marque apparaît dans son cou. Le ninja ennemi dévoile sa véritable identité : il s’appelle Orochimaru.

Lee vient en aide à Sakura contre les ninjas d’Oto.

À la suite de la défaite de Lee, Sakura décide de protéger ses amis.

Ino, Shikamaru et Chôji viennent en aide à Sakura.

Alors que Sasuke a battu les trois ninjas d’Oto grâce au pouvoir d’Orochimaru, Gaara, Temari et Kankurô ont réussi la seconde épreuve en une heure et trente deux minutes juste après Kiba, Hinata et Shino qui étaient arrivés avant eux. Mais le plus surprenant, c’est que Gaara a réussi l’épreuve sans égratignure et sans une tâche sur ses vêtements.

Naruto, Sakura et Sasuke n’ont plus de temps à perdre. Ils doivent à tout prix réussir la seconde épreuve avant le lever du prochain jour. Alors que Sasuke part chercher de l’eau, Naruto et Sakura tentent de lire le parchemin en leur possession. Mais Kabuto les en empêche juste à temps. Kabuto leur explique qu’il se dirigeait vers la tour avec son équipe mais s’est perdu en cours de route. Il accompagne donc l’équipe 7 mais une fois dans la forêt, ils se font piéger par une technique d’illusion et sont attaqués par des clones produits par les ninjas du pays de la Pluie.

Naruto, Sakura, Sasuke et Kabuto continuent de combattre les clones des ninjas du pays de la Pluie. Alors que les ninjas du pays de la Pluie montrent leur vrai visage, ils se font prendre à leur propre jeu. Mais ces derniers ne s’avouent pas vaincus et recréent des clones. Mais Naruto réussit à les battre et récupère le parchemin du ciel. L’équipe 7 a réussi la seconde épreuve.

Naruto, Sakura et Sasuke tentent de découvrir le mot mystérieux dans le texte du troisième Hokage qui est le suivant : « Si ton ciel déficient s’avère, approfondis tes connaissances et sois prêt. Si la terre défaut te fait, élance-toi vers les étendues sauvage où ta récompense tu trouveras. Ciel et terre tous deux ouverts, les dangers s’écarteront et sur le droit chemin tu avanceras. Des ****** l’élite tu deviendras et de guider digne tu seras ». Soudainement, Iruka fait son apparition grâce à la technique d’invocation produite par les parchemins. Il informe à nos amis que le mot manquant du texte était « hommes ». L’équipe de Kakashi a terminé la seconde épreuve et passe aux éliminatoires.

Sur les 78 genin participants à la deuxième épreuve des examens en vue de la sélection des chūnin, seuls 21 parviennent jusqu’à la tour. Malgré cela, le nombre encore trop important des aspirants ninjas oblige le troisième Hokage à faire précéder la troisième épreuve proprement dites par l’organisation d’une série de 10 matchs ou combats réels entre les candidats restants, qui verra donc l’élimination de la moitié des concurrents. Kabuto, qui craint de révéler sa véritable identité au cours de ces matchs préliminaires, préfère déclarer forfait, prétextant la fatigue. Aucun autre ne le suivra. Ils ne sont plus que 20.

Le premier combat, comptant pour les matchs préliminaires avant le commencement de la troisième épreuve, tourne à l’avantage de Yoroï. Sasuke, encore très affaibli par les séquelles dues à la marque du sceau, doit se contenter dans un premier temps de se défendre, à la surprise générale, face aux coups répétés de celui-ci qui tente de lui dérober son chakra. Finalement, le coéquipier de Naruto trouve la force de réagir et parviendra à terrasser son adversaire, en utilisant la technique dites de « l’ombre de la feuille », s’inspirant ainsi de « la fleur de Lotus » de Lee, avant de continuer sur un enchainement de sa création : « la fureur du lion ». Kakashi profite alors du temps laissé à Sasuke avant la troisième épreuve pour tenter d’endiguer le mal qu’il porte en lui. C'est le moment que choisit Orochimaru pour faire son apparition, tandis que débute le deuxième combat.

Ce combat oppose Shino aux Zaku, qui vient du village du son. Quant à Kakashi, il affronte Orochimaru qui veut capturer Sasuke.

L’épisode débute par le combat de Kankurô et Misumi. Vient ensuite le combat entre Ino à Sakura. Commençant par hésiter à se frapper mutuellement en raison de leur amitié de longue date, le combat ravive peu à peu tous leurs souvenirs d'enfance, leurs rêves et aspirations. La flamme ranimée, elles souhaitent toutes deux gagner ce combat.

Le combat entre Sakura et Ino continue. Au début, Sakura a l’avantage jusqu’à ce qu’Ino utilise sa technique de transposition. Mais celle-ci réussit à se débarrasser de l’esprit d’Ino grâce aux encouragements de Naruto ; le combat se termine en match nul. Combat de Tenten contre Temari ; Tenten qui utilise exclusivement des armes de jet ne parvient pas à trouver de faille dans la défense de Temari basée sur des bourrasques de vent créées avec son éventail.

Tenten est battue par Temari. Le combat suivant oppose Shikamaru à Kin, Shikamaru fait preuve de beaucoup de stratégie, ce qui va lui permettre de prendre le combat à son avantage.

Le match entre Kiba et Naruto démarre, avec Kiba qui montre immédiatement qu'il a le dessus durant le combat. Tout le monde continue de croire que Naurto est le ninja faible qu'il a toujours été, tout le monde sauf Hinata, Kakashi, et Sakura. Maintenant c'est le moment pour Naruto de briller, et cette fois... tout le monde va le regarder !

Naruto se retrouve en bien mauvaise posture face à Kiba. Mais la chance finit par tourner à son avantage. Il se sert de son pet pour déstabiliser son adversaire et finit par le battre grâce à sa « nouvelle » technique, « Uzumaki Naruto rendan », très largement inspirée de « la fureur du lion » de Sasuke.

Ce combat-là opposera Neji Hyûga à Hinata Hyûga. Neji n’a aucune pitié envers sa cousine.

Le combat entre Neji et Hinata se poursuit. Bien qu’elle soit en difficulté, Hinata refuse d’abandonner le combat car elle souhaite que Naruto reconnaisse sa valeur. Mais elle ne peut plus utiliser le juken, car Neji a stoppé le système de circulation de son chakra en frappant une cavité de celui-ci.

Le neuvième combat des éliminatoires oppose Lee à Gaara.

Lee, affaibli par la technique de la fleur de Lotus, résiste tant bien que mal aux attaques de Gaara.

Lee joue son dernier atout, la face cachée du Lotus. Mais sa tentative est vouée à l’échec et perd le combat sur une contre-attaque de Gaara. Gaï, fier du combat livré par son élève préféré, va apprendre qu’il ne pourra plus devenir ninja à cause des blessures graves subies au bras et à la jambe gauche.

Le dernier combat oppose Chôji à Dosu. Dosu réussit à battre Chôji en moins de 30 secondes. Les éliminatoires sont terminés. Le tirage au sort de la phase finale a lieu. Voici les prochains combats de la phase finale de l'examen : Naruto Uzumaki contre Neji Hyûga, Gaara contre Sasuke Uchiwa, Kankurô contre Shino Aburame et Temari affrontera le vainqueur du combat entre Dosu Kinuta et Shikamaru Nara.

Kakashi confie l'entraînement de Naruto au professeur du petit-fils du troisième Hokage : Ebisu. Naruto n'est pas d'accord et défie Ebisu à lui montrer sa valeur.

Un événement va avoir lieu à Konoha, avec la participation de tous les ninjas du village, qu'il soit Genin ou Jônin. Le gagnant sera autoriser à créer une nouvelle règle à Konoha, mais également à Suna. Mais Naruto est davantage intéresser par combattre son maître, Kakashi-sensei. Arrivera-t-il à ses fins ?