Naruto et Sasuke libèrent Kakashi de la technique de la Prison Aqueuse de Zabuza, et le combat continue.

Tous les genin de Konoha sont rassemblés dans un test préliminaire pour déterminer qui va continuer l’examen chūnin.

Le seul moyen pour que Naruto réussisse à concentrer le chakra du démon-renard à neuf queues : une question de vie ou de mort.

Alors que Neji est sur le point de remporter le combat, Naruto puise dans le chakra de Kyûbi et retourne la situation à son avantage, à la surprise générale.

Le combat suivant oppose Shikamaru à Temari. Bien que peu motivé, Shikamaru finit par dévoiler ses capacités.

Kakashi charge Naruto, Sakura, Pakkun, et Shikamaru de rattraper Sasuke, parti seul à la poursuite de Gaara. Le combat entre Orochimaru et le 3e hokage commence.

Alors que Kankurô s'interpose pour protéger Gaara, Shino fait son apparition et engage le combat. Sasuke rattrape enfin Gaara, qui commence à se changer en Shukaku.

Sasuke affronte un Gaara de plus en plus puissant. Malgré les avertissements de Kakashi, il décide d'utiliser une fois de plus son chidori, augmentant l'emprise du sceau maudit d'Orochimaru.

Naruto décide tout de même de combattre Gaara afin de protéger ses amis alors qu'il est seul face à lui. Second flashback sur l'enfance de Gaara. Et Naruto finit par comprendre ce que ressent Gaara, étant donné qu'il a vécu la même chose que lui par le passé.

Kakashi est le seul à pouvoir résister au terrible pouvoir du Sharingan du clan Uchiwa.

Naruto et Jiraya se mettent en route à la recherche de Tsunade. Ils décident de s'arrêter dans une ville où un festival a lieu afin d'y séjourner pendant quelques jours et de commencer l'entraînement.

Tsunade a fait son choix, et ça n'est pas en faveur d'Orochimaru, la bataille commence Tsunade contre Orochimaru et Kabuto Yakushi. Après quelques minutes de combat, Naruto, Jiraya et Shizune arrivent en renforts pour prêter main-forte à Tsunade.

Face à Orochimaru, Tsunade invoque Katsuyu, une limace géante, Jiraya invoque Gamabunta le maître crapaud. Orochimaru invoque alors Manda le maître des serpents.

Naruto est interrompu en pleine conversation avec Lee par Moegi et Udon qui lui apprennent que Konohamaru s'est enfermé dans le bureau de l'Hokage. Naruto décide d'aller le voir et de tenter de le raisonner. Va-t-il réussir ?

Rock Lee, découragé par les propos pessimistes de Tsunade sur le risque élevé de mortalité pendant l'opération qui pourrait le guérir, hésite à accepter cette dernière. Il se rappelle ses rêves de débutant, sa première rencontre avec son maître et modèle, Gaï Maito qui, inspiré par la détermination de ce genin, lui a redonné l'espoir dans les moments les plus difficiles. Encore une fois, Gaï Maito va lui redonner le courage de continuer.

Tsunade confie une mission de rang B à Naruto, Sasuke et Sakura au pays du Thé.

L'équipe 10 fête la promotion de Shikamaru qui passe de Genin à Chûnin. Mais à l'hôpital, Sasuke provoque Naruto en duel.

Chôji décide de combattre Jirôbô. Grâce à ses pilules, Chôji tient tête au ninja d'Oto. Ce dernier dévoile ses pouvoirs et traite Chôji de déchet.

Chôji augmente sa force et écrase Jirôbô. Celui-ci utilise son sceau démoniaque au niveau 2 et surpasse Chôji. Chôji n'a plus d'autre choix que d'utiliser la pilule mortelle au piment.

Le combat entre Neji et Kidômarô se poursuit. Malgré toutes les blessures graves, Neji finit par vaincre son adversaire.

Lee est accidentellement ivre et sa force augmente. La technique de l'homme ivre est trop puissante pour Kimimaro qui décide d'utiliser ses os. Pendant ce temps, Kiba et Shikamaru sont dans un état critique.

Pour protéger Lee en mauvaise posture, Gaara se bat contre Kimimaro en utilisant des attaques encore plus puissantes qu'avant. Naruto continue de suivre la trace de Sasuke.

Sasuke décide de battre Naruto rapidement en activant son Sharingan ; il replonge une nouvelle fois dans ses souvenirs d'enfance, à l’époque où il déployait de nombreux efforts pour prouver sa valeur à son père.

Suite des souvenirs d’enfance de Sasuke. Le jeune garçon découvre que son frère possède une autre version du Sharingan, le « Kaléidoscope hypnotique du Sharingan ». Pour l’obtenir, il faut tuer son meilleur ami. De retour au présent, Sasuke annonce à Naruto qu'il est son meilleur ami et que c'est pour ça qu'il cherche à l'éliminer.

Pendant que Kakashi ramène Naruto au village, Shikamaru est inquiet pour Kiba et Akamaru, Chôji et Neji qui se font soigner. la vie d Kiba n'est pas menacée, malgré une blessure grave, mais Neji et Chôji se trouve en situation critique. Shikamaru a échoué dans sa mission et s'en inquiète. Sasuke a rejoint Orochimaru après son combat contre Naruto et ce dernier essaye de se faire pardonner auprès de Sakura en lui promettant de ramener leur ex-compagnon. Jiraya informe Naruto des plans de l'Akatsuki vis-à-vis de lui qui aboutiront dans 3 ans et lui demande d'oublier Sasuke. De nature entêtée, Naruto refuse et déclare qu'il veut toujours sauver Sasuke des griffes d'Orochimaru quoi qu'il puisse arriver.

L’Ermite a rejoint Naruto, Sakura et Sasame, cette dernière connaît le chemin qui mène au village caché du Son. Son cousin a suivi Orochimaru qui lui a fait croire qu’il pouvait redonner la gloire au clan des Fûma. Sasame veut le ramener au village même si pour cela elle doit trahir ses nouveaux amis.

Shizune qui vient porter renfort à Asuma et Kurenai se fait piéger à son tour par Mizuki accompagné des frères Fûjin et Raïjin. Heureusement TonTon, son goret, s’échappe pour prévenir Tsunade de la situation. Cette dernière dépêche une équipe composée de Iruka Sensei, Naruto, Tonton et Pakkun pour porter secours à Shizune et son équipe.

Ino, Shikamaru et Chôji vont combattre les frères Fûjin et Raïjin pendant que Naruto va porter secours à Iruka. Mizuki ne fait pas de cadeau à Iruka, il lui en veut toujours de sa réussite à Konoha alors que lui n’a jamais réussi à se faire accepter.

L'heure de l'échange arrive, alors que Shino, Kiba et Naruto se rendent sur place, ils ont alors à faire à des clones en cire d'abeille et se mettent donc à la recherche d'Hinata, par un autre marché.

Les quatre jeunes ninjas affrontent Raïga et après l'avoir battu, ils trouvent un sac où un petit garçon est enfermé à l'intérieur : il s'agit de Ranmaru, l'ami de Raïga. Karashi, bien qu'il ait promis à Lee de rejoindre sa mère, reste chez la famille Kuruzuki.

Les genins sont assignés chef d'équipe aux petits de l'académie. Chacun avec son groupe, ils enseignent tous des choses essentielles aux plus petits, Lee vit un vrai bonheur en se faisant appeler Sensei. Quand Naruto et son équipe arrivent au pied du rocher, les choses se compliquent.

Dans l'auberge au petit matin, Sazanami essayera de tuer Naruto, Kiba et Hinata, de peur qu'il révèle qu'il est un dangereux criminel et qu'il se cache dans cette auberge. Sans succès, Kiba, Naruto et Hinata décident alors de l'aider à retrouver Gosunkougi, qui veut récupérer la cloche d'or.

Un matin, deux étranges visiteurs essayent d'infiltrer Konoha pour obtenir de précieux renseignements.

Kakashi ordonne à Neji et à Tenten de rentrer au village avec lui, mais ils sont suivis. Pendant ce temps, Kômei est sur le point d’être exécuté. Mais le guerrier maudit apparaît et le sauve. Neji et Tenten ont reperé celui qui les suit et observent attentivement son manège. Ils parviennent à le tromper. Neji et Tenten confrontent Kômei et le fantôme. Mais Kakashi leur dit de partir. Le fantôme est-il un ami ou un ennemi ? Et qu’est-il advenu de Naruto ? Sagi répond à ces questions en révélant toute la vérité.

Faisant partie des quelques rares Genins disponibles, Naruto, Ino et Shino sont obligés d’accompagner Anko dans sa mission au Pays de la Mer, au cours de laquelle elle doit détruire un monstre marin et protéger un bateau qui transporte de l’or. Cependant, à mesure que son passé lui revient en mémoire et qu’elle se souvient de son ancienne relation avec Orochimaru, Anko se met à agir bizarrement.

Le combat entre Naruto et Amachi est de courte durée, enfin…apparemment. De son côté, Anko retrouve de plus en plus d’éléments de son passé, notamment un événement très important.

Maintenant que l’étoile a été volée, le petit groupe n’a plus de pistes pour retrouver le voleur qui sait utiliser le chakra permettant de voler. Néanmoins, Sumaru et Akahoshi détiennent peut-être quelques réponses. Poursuivant leur recherche, Naruto apprend la vérité sur les parents de Sumaru. Mais quel est au juste le rapport entre Sumaru et le voleur ? Et quel est le secret de la berceuse de Sumaru ?

Sumaru kidnappé, la situation empire pour Naruto et son équipe. Pendant que Tenten et Rock Lee sont partis chercher des indices et des informations, Neji et Naruto croisent de nouveau le chemin du voleur.

Tandis que Tsunade envoie des ninjas à Nano no Kuni pour éviter une guerre avec les autres pays, Naruto est grièvement blessé par le jōnin qui utilise un ninjutsu magnétique. Pour sauver celui qu'elle aime, Hinata l'affronte en duel.

Rock Lee ouvre un dojo afin que les ninjas expérimentés puissent le défier, et pour qu'il puisse ainsi perfectionner son entraînement. Tandis que son premier adversaire est Naruto, Maito Gai se déguise pour défier incognito son élève.

Afin d’obtenir les informations dont ils ont besoin sur Gennou, les forces spéciales mettent Narotu en transe, espérant ainsi extraire ces informations des souvenirs de Naruto. Mais obtiendront-ils, même avec tout ça, les renseignements nécessaires ?

Pendant que Shikamaru essaie de trouver ce que Gennou a planifié pour la suite, Naruto combat Gennou aux Grands Visages de Pierre. Shikamaru pourra-il empêcher à temps la prochaine étape du plan de Gennou de se réaliser ? Et Naruto sera-t-il capable de vaincre le Maître du Piège ?

Le genjutsu de Yakumo est de plus en plus fort. Kurenai commence à disparaître et Naruto ne peut pas utiliser ses jutsus avec le genjutsu de Yakumo. Naruto sera-t-il contraint d'utiliser son pouvoir caché ?

En apercevant la marque que Menma a au bras, Ran veut le tuer. Mais Neji s’interpose, en disant qu’il serait injuste de tuer un criminel qui n’a aucune mémoire de ses crimes. Ran finit par se ranger de son avis. Il opère Menma et lui sauve la vie. Mais les villageois sont mécontents. Sont-ils préparés à la deuxième attaque d’un groupe shinobi étranger ?

Shikamaru et Ino arrivent à sortir Temari des griffes de Kyaku, pendant que Kiba at Chôji secourent Konkuro. Naruto et Lee voient que Garra s’en sort très bien tout seul. Tout semble aller pour le mieux et le groupe est apparemment en bonne posture.