나루토의 작전에 의해 물감옥이 깨져 자유롭게 된 카카시가 다시 자부자를 공격한다. 마침내 사륜안의 진정한 힘이 발휘될 때가 온 것이다! 카카시는 자부자의 기술을 한순간에 카피해, 자부자를 쓰러트린다. 자신의 행동의 모든 것을 읽어낸 자신의 기술로, 그것도 수배의 파괴력을 가지는 카카시의 공격에 의해 중상을 입은 자부자. 마지막으로 끝을 내려는 그 순간. 어디선가 갑자기 날아 온 철침이 자부자의 목을 관통하고...!!

중급닌자 시험장으로 향하는 나루토, 사스케, 사쿠라 3인. 사실 이 시험은 3인이 1조가 기본으로, 누군가 하나라도 빠진다는 것은 시험을 볼 기회도 없다는것. 동료와의 팀워크가 지금보다 중요하게 된다. 교실에 들어서자 벌써 많은 수험생들이 있었다. 분위기에 압도되는 나루토들. 그들 역시 자신만의 꿈을 가지고 이 장소에 와있는 것인데....

나루토가 지라이야에게 수업을 배운지 3주나 지난 어느날, 소환술의 요령을 질문 받은 지라이야는 왜인지 모르게 나루토가 아주 좋아하는 라면을 배터지도록 먹게 하거나, 좋아하는 여자아이를 안아보고 오라는 둥 이해 안되는 행동을 하기 시작한다. 그러나 그 후, 지라이야는 한번 죽어보고 오라며 절벽에서 나루토를 떨어뜨리는데...!! 사실 이런 지라이야의 목적은 죽음의 공포 속에서 나루토안에 잠들어있는 구미호의 챠크라를 끌어내기 위함이었지만..

나루토와 네지의 대전은, 네지의 압도적인 우세로 계속되고 있었다. 네지가 나루토에게 결정타를 먹인걸로 보였지만, 나루토는 너덜너덜해지면서도 일어서고 승부를 포기하지 않는다. 그러나, 네지의 공격에 의해 점혈이 모두 막혀있기 때문에 나루토는 챠크라를 짜낼수가 없다. 바로 그때! 나루토의 머리속에 지라이야의 말이 떠오른다. 그것은, 나루토안에 잠들어있는 강력한 힘을 지닌 구미호의 챠크라! 그리고 나루토는 결심하는데…

사스케와 가아라의 대전이 뒤로 밀려, 갑작스럽게 시합에 나가게 된 것은 시카마루. 원래 처음부터 의욕이 없었던 시카마루 였지만, 어차피 시간때우기 역할의 시합일 뿐이다 라고 생각해버린다. 더욱이 상대가 여자인 테마리 라는 것을 알고 점점 더 의욕을 잃어간다. 시합중에도 구름이나 보고 부러워 하며, 닌자가 된 것도 인생을 즐겁게 살 수 있을 것 같아서였는데...라고 생각하는 시카마루. 그 모양을 관객석에서 보고있던 쿠레나이는 아스마 에게서 시카마루에 관한 의외의 사실을 듣게 되는데...

나뭇잎 마을을 쓰러뜨리기로 한 소리마을과 모래마을, 그리고 오로치마루가 움직이기 시작했다. 전투의 장소가 된 회장 안에서, 카카시는 사쿠라에게 파도의 나라 이래로 A랭크 임무를 명한다. 그리고 사쿠라에 의해 환술이 풀린 나루토와 환술에 걸린척 하던 시카마루는 이유도 모른체 사쿠라에게 끌려가 사스케를 뒤쫓는다. 한편 망루 위에서는 호카게와 오로치마루가 마주보고 싸우려 하고있는데…

사스케와 칸쿠로가 싸우려는 중에 나타난 것은 아부라메 시노 였다. 사스케는 칸쿠로를 시노에게 맡기고, 다시 가아라를 쫓기 시작한다. 한편, 숲속으로 도망치고있는 테마리의 등에 업혀있던 가아라가 눈을 떠, 사스케와 대면한다. 바로 그 때, 돌연 가아라가 괴로워 하기 시작, 얼굴의 반쪽에 금이 간다. 가아라의 몸 속에서 무엇인가가 눈을 뜨기 시작한 것이다!

반쪽 몸만 괴물로 변해버린 가아라와 마주한 사스케. 가아라가 사스케와의 싸움에 집착하는 이유. 그것은 자신과 똑같이, 힘을 추구하며, 미움과 살의에 찬 눈을 하고 있기 때문이라고 한다. 가아라에게 있어서 싸우는것은, 다른사람을 죽이는 것으로 자신의 존재가치를 실감할 수 있다는 의미를 가지고 있었다. 사스케에게 너도 같다며 싸움을 걸어오는 가아라. 그때 사스케는, 자신의 일족인 우치하 속에서 자신만이 살아 남은 이유를 되새기고 있었다....

가아라의 압도적인 힘 앞에서, 어떻게 해 볼 도리가 없는 나루토. 동료를 위해서 싸운다는 나루토에 대하여, 가아라 자신은 스스로를 위해 싸운다고 한다. 그런 가아라의 굉장한 과거가 밝혀진다! 괴물 이라고 불리는 두려움의 대상이 되어, 아무에게도 인정받지 못했던 자신의 과거와 가아라의 과거가 겹쳐지는 나루토는 가아라에게 동정한다. 그러나 마음속으로부터 끓어 오르는 「지고 싶지 않다」라고 하는 감정이 폭발해…

아스마와 쿠레나이의 위기를 가까스로 구한 카카시. 그리고 , 지금까지는 전혀 손을 대지 않던 이타치가 싸움에 합류해, 드디어 사륜안을 지닌 자들의 싸움이 시작되었다. 처음에는 대등한 전개로 시작된 이타치와 카카시의 승부. 그러나, 사륜안의 진정한 계승자인 이타치가, 「최강」이라 불리우며 두려워하는 우치하 일족의 참된 힘을 발동시킨다! 과연 카카시는 그 막강한 힘에 맞서 승리 할 수 있을 것인가!?

몸과 마음 모두 중상을 입은 사스케는 가이에 의해 나뭇잎 마을로 돌려보내지게 되었다. 전설의 세 닌자중 한사람, 그리고 의료술의 스페셜 리스트인 「츠나데」가 있으면, 사스케를, 그리고 마을에서 이타치에게 깊은 상처를 입은 카카시를 구할 수 있다… 지라이야와 나루토는 츠나데의 단서를 찾기위해 환락가로 향한다.

나와키와 단을 한번이라도 좋으니 다시 만나고 싶은 츠나데는, 오로치마루의 유혹에 앞에서 망설이지만 두 사람과 같은 꿈을 가진 나루토와 모습이 겹쳐져, 겨우 단념한다. 무슨 일이 있어도 츠나데의 힘으로 자신의 팔을 치료하고 싶은 오로치마루는, 츠나데의 최고「약점」을 가지고 공격하기 시작한다. 그리고 그것에 의해 츠나데는 재기 불능상태에 빠져버린다. 한편 나루토는, 「너에게 닌자의 재능은 없다」라는 말을 가부토에게 듣고 충격에 휩싸이고.....

모두 소환술을 사용하는 지라이야, 츠나데, 오로치마루의 사투가 시작되었다. 지라이야와 츠나데는 두사람의 힘으로 오로치마루를 공격하지만, 역시 그렇게 간단히 쓰러뜨릴수는 없다. 상처입은 몸을 질질 끌면서, 필사적으로 오로치마루에게 달려드는 츠나데 였지만, 어떤 위화감이 느껴지고 있었다. 그 위화감이 의미하는 것은....?

츠나데로 부터, 닌자를 그만 둘 것인가, 또는 살지 죽을지 성공률 50%의 수술을 받을 것인가 라는 말을 듣고 주저하는 리. 한편, 3대 호카게와 충격적인 이별을 한 코노하마루는 5대의 취임을 준비하느라 3대의 물건들을 정리하는 모양을 보고 화를내며 호카게의 방에 들어가 틀어박혀 버린다. 아직 그 상처가 아물지 않은 것인가… 이에 나루토가 찾아가 코노하마루를 나오게 하기위해 설득을 해보지만…

츠나데로 부터「닌자를 그만둬라」라는 선고를 받은 리는, 자신의 스승 가이 를 만났을 때를 회상하고 있었다. 둔갑술도, 환술도 할 수 없어 언제나 주변에서 좋지 않은 눈으로 보여졌던 리. 그러나 가이 만은「열혈만 있으면 된다」라고 힘차게 말해 주었다. 그런 가이의 말로 인해, 리는「체술만으로도 훌륭한 닌자가 될수 있다는 것을 증명한다!」라는 꿈을 가지고, 그 어려운 수업들을 극복했던 것이다. 한편, 리에게 죽음과도 다름없는 선고를 한 츠나데는, 그의 마음을 아플만큼 느끼고 있었다. 그리고 츠나데는 성공률 50%인, 실패하면 목숨을 잃고 마는 어려운 수술을 실행하려는 결의를 확고히 하지만........

나루토, 사스케, 사쿠라에게 B랭크 임무가 떨어졌다. 츠나데의 말에 의하면, 이웃나라 차의 나라에서 4년에 한번 펼쳐지는 토도로키 신사에서 열리는 레이스에 참가하는 사람들을 호위해주었으면 싶다고 하는듯. 그리고 세명은 의뢰를 한 와사비 일가의 두목 지로쵸 에게 보내진다. 지로쵸에게 향하는 도중, 나루토들은 닌자가 아주 싫다는 수수께끼의 소년 이다테를 만나게 된다. 이다테는 나루토들에게 트집을 잡고 달려가 버리지만, 그 발의 속도는 엄청난 것이었다. 그리고 지로쵸에게 도착한 나루토들은, 이번 임무의 내용을 듣고 놀라는데....

중급 닌자를 목표로 뜨겁게 펼쳐졌던 선발시험. 그러나 최종 시험이 중단된 탓에 합격자가 없는 것인가.. 하고 생각되었지만, 시카마루가 추천되어 중급닌자로 승격이 결정. 즐거운 듯한 시카마루 들에 아랑곳 않고, 리는 다시 닌자로써 움직일 수 있는 몸을 되찾기 위해 위험한 수술을 받을 결심을 더욱 확고히 하고 있었다. 그 시기 사스케는 병실에서 생각에 몰두하고 있었다. 나루토는 새로운 기술을 익히고 나날히 강해져 간다...사스케는 그런 나루토에게 심한 질투를 느끼고 있었던 것이다. 거기에 또 다시 오로치마루의 그림자가 드리우는데...

시카마루의 판단과 쵸지의 파워로 다섯명은 결계로부터 탈출하는 것에 성공한다. 지로보의 우롱에 화가 나, 반격을 시작하는 나루토와 키바였지만 간단히 당해버리고... 이대로는 사스케가 국경을 넘어버려 자신들의 손이 닿지 않는 곳으로 가버린다고 판단한 시카마루는, 사스케를 쫓는 팀과 지로보의 발을 묶는 팀으로 나눠야 한다고 판단. 그리고 쵸지가 혼자 남는다고 자진 하는데…

먹으면 폭발적인 힘을 발휘할 수 있는 파랑, 노랑, 빨강 삼색의 비약을 가지고 이번 임무에 임하던 쵸지. 그 비약에는, 약의 효과가 없어지면 온몸이 아프다는 부작용이 있었다. 우선 파란 시금치 환, 이어 노란 카레 환 을 먹으며 공격하지만 지로보는 지금까지의 10배 이상의 힘으로 반격해온다. 비약의 부작용으로 움직일 수 없게 된 쵸지에게 지로보는 사정없이 덤벼들어 차크라를 흡수한다. 멀어지는 의식 속에서, 쵸지는 어린날의 시카마루와의 만남을 떠올리고 있었다.....

백안의 비밀도 들켜버리고, 몸의 한계를 느끼는 네지. 키도마루의 화살이 백안의 사각지대로 인해 보이지 않는 네지는 온 몸의 챠크라를 방출해 겨우겨우 이를 막아내고 있는데… 백안의 사각을 막아낼 방법도 없고 약점을 들긴 네지는 이대로 키도마루에게 당해버리는 것인가...!

돌연 모습을 나타낸 리 에게 키미마로를 맡기고, 눈을 뜬 사스케의 뒤를 쫓는 나루토. 그러나, 사스케는 그런 나루토를 비웃기라도 하는듯한 미소를 띄우며, 이를 무시하고 숲 안쪽으로 들어가 버린다. 키미마로의 발을 묶고 있던 리는 약이라고 생각해서 잘못 가져온 츠나데의 술을 바셔버린다. 사실 리는 굉장한 주정쟁이로 술을 마시면 취권을 쓰는 사람으로 돌변한다. 취하면 취한만큼 강해지는 취권. 리는 휘청거리면서도 강렬한 공격을 퍼붓는데…

가아라의 철벽의 모래 가드를 부수는 것이 곤란한데다가, 컨트롤 할 수 있는 모래의 양이 한정되어 있다고 생각한 키미마로는 접근전을 포기하고 원거리에서 공격을 가한다. 그러나, 자신의 뼈를 손가락 끝으로 연달아 날리는 키미마로의 공격에도 가아라는 물러서지 않고 방어와 공격을 동시에 펼쳤다. 모래로 흙 속의 암석이나 광물을 부수어 모래로 만들어, 대량의 모래를 구사해 마침내 키미마로를 모래 안에 감금하는데 성공한다. 기뻐하는 리였지만 가아라는 '키미마로는 사스케와 같은 눈을 하고 있다' 라고 하는 것이었다...

사스케를 나뭇잎마을로 데리고 돌아가기 위해 필사적인 나루토. 그러나 나루토의 그림자 분신술도 사스케의 사륜안에 간파되어 반대로 호화구술에 당해버린다. 사스케에게는, 이 호화구술에 깊은 추억이 깃들어있었다. 그 술법은 우치하 일족 대대로 전해지는 것으로, 이 것을 쓸 수 있어야 일족의 한 사람으로 인정 받을 수 있게 되는 것이다. 어린 시절, 사스케가 처음으로 아버지에게 가르침 받은 술법도 이것으로, 그때까지 형인 이타치에게만 관심을 가져준 아버지가 처음으로 자신을 바라봐 준것이 사스케는 기뻤다. 그러나, 사스케는 아버지의 눈 앞에서 술법에 실패해 버린다. 그 날 이후로, 너덜너덜해지면서도 필사적으로 수행하여 술법을 습득한 사스케는 드디어 아버지에게 칭찬받게 되지만...

나루토를 폭포아래로 떨어뜨린 사스케. 물 밑으로 가라앉아 가는 나루토를, 사스케는 '그 어떤 것이 있더라도, 힘을 손에 넣는다' 라고 조용히 내려다본다. 그리고 그 날의 일들을 떠올리는 것이었다. 친했던 마을 사람들, 그리고 양친마저도 쓰러뜨린 것은 어떠한 방법으로 만화경 사륜안을 쓸 수 있게 된 이타치였다. 충격을 받은 사스케는 이타치에게 캐묻지만, 그는 '자신의 그릇을 알아보기 위해 모두 죽였다'라고 차갑에 답하는데…

사스케와의 격투끝에 쓰러져버린 나루토에게 카카시가 급히 달려왔다. 한편 의료반에서는 호송된 부상자들의 치료가 계속 되고 있었다. 시카마루는 경상. 키바는 상처가 깊지만 생명에 별 지장이 없지만 쵸지와 네지 두명이 중태... 임무에 희생은 부속물처럼 따라오는 것이라고 알고는 있었지만 시카마루는 심하게 흔들리고 있었다. 소대장으로서의 힘의 부족함을 실감하며 '자신은 닌자에 어울리지 않다'고 테마리에게 말하는 시카마루. 거기에 나루토가 돌아왔다는 소식이 들려오지만...

거미줄을 이용해 찾아온 후우마 일족의 카미키리, 지쿠모, 카게로에게 공격당하는 나루토, 사쿠라, 사사메. 그 순간 지라이야가 찾아와 싸움에 박차를 가하고, 자신들이 열세하다고 판단된 카미키리 들은 순식간에 멀리 도망가는 것이었다. 사사메의 안내로 나루토 일행은 오로치마루의 아지트가 있는 소리마을의 입구에 다다른다. 의욕이 넘쳐서 어서 빨리 가자고 재촉하는 나루토 들이었지만, 지라이야에 의해 단번에 제지. 본격적이기에 앞서 우선은 배를 채우자고 하는 지라이야의 말에 할수없이 순순히 따르는 나루토 들이었는데....

톤톤의 후각을 이용하여 탈옥한 미즈키를 쫓아가는 시즈네 일행. 그러나 후진과 라이진에 의해 시즈네가 당해버린다. 나뭇잎 마을에서는 미즈키 사건에 오로치마루가 얽혀있는 것을 알아차린 나루토가 츠나데에게 따진다. 바로 그때 톤톤이 돌아와 필사적으로 무언가를 전하려고 하는데… 나루토는 시즈네의 위기를 직감하고 츠나데의 제지도 듣지 않고 '시즈네를 구하고 오로치마루를 쓰러뜨려 사스케를 데리고 돌아온다' 라고 뛰쳐 나가버리는 것이었다.

후진, 라이진에게 고전을 면치 못하는 나루토의 앞에 시카마루, 이노, 쵸지가 등장! 츠나데의 명령을 받고 온 세명에게 뒤를 맡기고, 나루토와 파쿤은 미즈키를 쫓는다. 후진, 라이진의 움직임을 시카마루가 그림자 흉내술로 잡아두고 있는 사이 이노가 이혼술로 후진의 몸에 들어가고, 쵸지가 라이진과 맞붙는다. 이리하여 그들은 '포메이션, 이노시카쵸'를 완성하는 것이었다! 그 때 이루카는 피가 묻은 대나무 잎으로 키즈키를 쫓고 있었는데....

카미즈루일족의 말벌들에게 히나타가 끌려가 버린다. 카미즈루일족은 땅의 나라 바위마을에서 주로 벌을 조종하는 일족. 지금은 불과 몇 명밖에 없다고 한다. 그들은 다양한 비술을 기록한 초대의 비전서를 찾아내기 위해서 미향충을 손에 넣으려 하는 것이었다.카미즈루일족은 나루토들이 잡은 미향충과 인질인 히나타와의 교환을 요구한다. 고민하던 나루토들... 결론은 히나타를 되찾고 미향충도 지키기 위해 스즈메바치들과 대결을 벌이는 것! 그리고 나루토들은 미향충이라고 속이고 변신한 장수풍뎅이를 건네는 것이었는데....

네지는 백안으로 적의 위치를 파악하지만 이는 란마루가 만들어낸 허상일뿐, 나루도들의 공격도 허사로 돌아간다. 하지만 네지의 백안으로 적의 모습을 발견, 공격하지만 그것들의 정체는 말라죽은 나무나 바위였을 뿐… 사물에도 경락계가 보인다는 사실에 네지는 놀라는데.... 곧이어 이어지는 라이가의 공격에 아이들은 기절해버린다.

닌자학교학생들과 조를 이뤄서 서바이벌 훈련을 가게 된 나루토, 처음에는 싫다고 성질을 부리지만 츠나데의 말솜씨에 넘어가 코노하마루 모에기 우돈과 함께 연습에 참가한다. 서바이벌 내용은 다쿠라미산 정상의 바위에 있는 기밀문서를 가지고 1등으로 도착할 것. 승부욕에 불타는 나루토는 지도를 못 읽고 길을 잃자 1등을 할 욕심에 아이들을 이끌고 비가 쏟아지는데도 지정된 루트외의 위험한 길로 향한다. 폭우 소식에 이루카와 교관들은 연습을 중지결정을 내리지만 나루토의 조가 루트를 벗어난 것을 알고 찾아나선다. 동굴에서 비를 피하던 코노하마루와 아이들은 닌자에게 중요한 건 팀욱이란 나루토의 말에 감명을 받고 다시 목적지로 향하지만 나루토가 바위에 깔려 위험에 처한다. 힘을 합쳐 나루토를 구한 아이들와 나루토는 마을로 돌아오지만 나루토는 사고 때문에 츠나데에게 혼줄이 난다.

깨어난 사자나미는 자신의 과거사를 털어놓는다. 작은 마을의 대장장이로 살다가 축제날 주문받은 칼을 전해주러 갔다가 고슨쿠기와 마주친 일, 고슨쿠기가 저지른 죄를 뒤집어쓰고 마을 떠난 고슨쿠기를 잡아 누명을 벗기 위해 현상금사냥꾼이 되었다는 얘기를 털어놓는다. 그리고 고슨쿠기를 양보해주겠냐고 하지만 아이들은 거절하고 고슨쿠기를 뒤쫓는다. 분신에게 유인당한 아이들은 고슨쿠기가 오케이절의 황금종을 훔쳐 달아나는 것을 보고 뒤쫓는다. 아이들을 따돌린 고슨쿠기는 사자나미에게 잡히지만 사자나미는 자신을 뒤쫓던 가츠라는 현상금사냥꾼에게 잡히고 만다. 하지만 가츠의 도움으로 사자나미는 누명을 벗고 무죄를 입증한다.

가이와 리가 원정임무를 떠나는 날, 나뭇잎마을의 기밀문서를 빼내 마을의 영웅이 되어서 되겠다는 꿈을 가진 어설픈 두 닌자 몬다이와 폿챠가 가이와 리로 변장해서 마을로 잠입한다. 어설픈 변장 탓에 모두 가이와 리가 아니란 걸 알아보지만 둘은 그 사실을 꿈에도 모른 채 마을을 돌아다니고 결국 이 사실은 츠나데의 귀에까지 들어간다. 한편 나루토는 둘을 가이와 리로 착각해서 같이 체술수행을 하자고 졸라대고 결국 둘은 허락하고 만다. 그러던 중 텐텐이 나타나 세 사람을 농가로 보내고 둘은 거머리에 피를 빨리며 모내기를 하고 거름까지 뒤집어쓴다. 그 후 사쿠라가 나타나 바람에 날아간 빨래를 찾아달라는 통에 고생을 한다. 마지막으로 츠나데까지 나타나 감기에 걸린 카츠유를 돌봐달라고 하고 카츠유의 콧물에 혼줄이 난다. 결국 모든 것을 포기하고 마을을 빠져나가려 하지만 가이와 리를 만나 공격 한방에 날려가고 만다.

카카시는 아이들에게 마을로 돌아갈 것을 명하고 이를 몰래 지켜보던 닌자는 이들을 뒤쫓는다. 하지만 카카시는 바꿔치기술로 이를 따돌린다. 모소는 코메이를 반역자로 칭하며 처형하려 하지만 저주받은 무사가 나타나 코메이를 데려가고 병사로 변장했던 카카시와 아이들도 이를 뒤쫓는다. 카카시는 추적자를 눈치채고 아이들을 보내고 혼자 남고 아이들은 무사를 쫓아 사당으로 간다. 카카시는 특이한 술법을 가진 닌자 나가레와 맞붙고 아이들은 사당의 지하통로를 들어간다. 아이들과 코메이를 데려온 무사는 나루토로 부상을 입고 쫓아온 치사마의 말에 모든 사실을 알게 된 나루토가 코메이를 구하러 갔던 것. 사기는 코메이에게 사과의 말을 전하고 자기 손으로 원한을 갚겠다며 다짐한다.

나루토는 앙코를 따라 시노 이노와 함께 해마를 퇴치하고 현금수송선을 경호하라는 임무를 맡도 바다의 나라로 떠난다. 한편 오로치마루를 따랐던 앙코는 어린 시절 오로치마루가 지워버린 기억 때문에 괴로워한다. 바다의 나라로 가기 위해 바닷마을로 온 아이들은 그 곳에서 바다의 나라의 중심인 엄마섬에 산다는 소녀 이사리비를 만난다. 이사리비는 많은 사람들과 실종됐다가 혼자 나타나는 바람에 마을 사람들에 섞이지 못 하고 혼자 살아가는 소녀다. 해마 때문에 배를 태워줄 수 없다는 말에 아이들은 배를 빌리고 밤바다를 배로 건넌다. 하지만 미스미와 요로이의 공격을 받아 배는 침몰하고 나루토는 혼자 바다에 빠지고 만다. 그리고 어디선가 헤엄쳐온 이사리비가 나루토를 구해낸다.

이노와 시노는 힘을 합쳐서 요로이를 해치운다. 도망가려던 아마치는 붙잡히지만 바다괴물이 다시 살아나 공격하고 나루토는 가마분타를 불러내지만 바닷물에 몸이 가려운 가마분타는 화를 낸다. 그러나 자신을 무시하는 아마치의 말에 화가 난 가마분타는 나루토와 힘을 합쳐 바다괴물을 처치한다. 이사리비는 나루토를 해치라는 아마치의 말을 거절하고 앙코는 아마치에게 오로치마루가 어디 갔는지를 묻지만 모른다고 대답한다. 앙코는 잃어버린 기억을 되찾기 위해 둘째섬으로 향하고 그 곳에서 주인을 남긴 열명의 아이 중 자신만이 살아남았고 자신은 오로치마루에게 버려진 것이 아니라 같이 가자는 오로치마루를 스스로 거절했다는 것을 기억해내고 기뻐한다. 나루토는 앙코와 아이들 그리고 이사리비와 함께 나뭇잎마을로 향한다.

스마루와 아이들은 별의 도난사실을 아카호시에게 알린다. 별을 가져간 자가 공작묘법을 썼다는 말에 반응을 보이는 아카호시를 본 네지는 뭔가 내막이 있음을 직감하고 리와 텐텐에게 아카호시를 감시하라고 한다. 나루토는 별마을 아이들을 찾아가지만 모두 스마루와 별을 찾아 나갔다는 얘기와 10년 전 스마루의 부모가 별을 지키다 죽음을 맞았다는 얘기를 듣게 된다. 한편 리와 텐텐은 아카호시를 감시하다 아카호시가 만나는 사람들을 뒤쫓지만 들키고 별은 자신들이 찾을테니 방해나 하지 말라는 말을 듣는다. 스마루와 친구들은 차크라를 뒤쫓아 죽음의 계곡으로 가서 정체불명의 닌자를 만나지만 오히려 당하고 그 자는 스마루를 데려간다.

스마루를 납치해간 아카호시는 나루토와 아이들에게 스마루를 납치해간 것이 별을 훔쳐간 것과 동일한 사람으로 생각하게 만들어서 적도 해치우고 별도 되찾을 계략을 꾸민다. 정신을 잃은 스마루는 부모를 잃고 슬퍼하던 자신에게 별마을 닌자로서의 태도를 가르쳐준 3대 호시카게를 떠올린다. 한편 호쿠토로부터 별의 수행을 하다 몸이 상해서 죽는 사람까지 있다는 말에 아이들은 놀란다. 네지는 마스크를 쓴 닌자가 둘이라 결론을 내리고 리와 텐텐에게는 아카호시를 감시하라고 한다. 왜 아이들에게 별의 수행을 시키냐는 나츠히의 질문에 아카호시는 자신의 야심을 드러내고 나츠히는 아카호시를 공격하려다 스마루 때문에 망설인다. 이 때 나루토와 네지가 나타나고 나루토가 허점을 노려 나츠히의 정신을 잃게 하자 아카호시는 일부러 둘을 같이 계곡으로 떨어트린다.

시즈네에게 쿠데타 사실을 전해들은 츠나데는 아이들의 임무에 대해 의구심을 품게 된다. 한편 나루토는 지가의 술법에 속수무책으로 당해 쓰러진다. 히나타가 땅속에 파묻힌 나루토를 겨우 구해내지만 나루토는 도망가라고 말한다. 지가는 하루나의 소재를 묻지만 히나타는 대답하지 않고 달아난다. 달아나던 중 지가의 약점을 깨달은 히나타는 지가를 사철이 많은 지대로 유인하여 차크라를 폭주시키는 혈을 찌르고 온몸이 자석이 된 지가는 사철에 묻히고 히나타도 함께 묻히려 한다. 그 때 쫓아온 나루토가 히나타를 구하고 히나타는 쵸지에게 맡기고 하루나를 쫓아간다. 하루나는 나루토에게 볼모 시절의 서러움을 토해내고 나루토는 하루나를 데리고 달아나지만 뒤이어 쫓아온 렌가에게 잡히고 만다.

리는 수행을 위해 도장격파 도전자를 만날 생각으로 도장을 열고 기다리지만 아무도 오지 않자 우연히 들른 나루토에게 자신과 대결을 벌이자고 조른다. 겨우 빠져나온 나루토는 가이를 만나고 가이는 자신이 리의 도장격파 도전자가 되어주겠다며 이상한 꼴로 변장한다. 하지만 츠나데의 호출을 받고 시카마루 팀을 지원하기 위해 급하게 마을을 나간다. 마침 마을을 염탐하기 위해 왔던 닌자 나나후시는 가이가 변장한 모습으로 변신해서 마을로 들어가고 나루토를 만나 도장으로 끌려간다. 나나후시는 리에게 공격당해 엉망이 되고 나루토에게 조금만 자기 대신 상대해달라고 하고 빠져나가 리로 변신한다. 하지만 시카마루 팀의 문제가 별 거 아니라 돌아온 가이와 만나 공격당해 쓰러진다. 리는 마침내 모든 사실을 알게 되고 츠나데에게 기절한 나나후시를 데려가고 첩자를 찾던 츠나데와 시즈네는 깜짝 놀란다.

겐노와 한 얘기를 얘기하라는 말에 기억이 나지 않는다고 하자 암부는 나루토에게 최면을 걸어 겐노가 나루토에게 아들과 보물찾기하는 걸 좋아한다는 말을 한 사실을 알게 된다, 각자 팀을 짜서 마을을 둘러보지만 별다른 소득을 얻지 못 한 가운데 시카마루는 츠나데에게 불려간다. 츠나데는 폭포마을이 훈련을 핑계로 침입하려는 거 같다며 시카마루에게 국경으로 가라고 하지만 시카마루는 뭔가 심상치 않다며 마을에 남아있겠다고 한다. 조사를 계속하던 아이들은 폭발 지점에서 폭발이 한번이 아니라 미리 준비해둔 상태에서 두 번 일어난 것이며 발견된 시체가 겐노가 아니라는 사실을 알게 된다. 시카마루는 30년 전의 소개서가 없어진 것과 닌자학교 도면이 없어진 것에 집중한다. 그러던 중 커다란 새가 날아와 없어진 도면을 하늘에서 떨어트린다.

바위얼굴 안에서 겐노와 마주친 나루토는 겐노를 설득하려 하지만 바위얼굴에 기폭찰을 설치한 겐노는 층이 진 바위얼굴을 이용해 마을을 토사에 파묻히게 할 것이라 말한다. 시카마루는 마침내 겐노의 뜻을 눈치채고 없어진 나루토를 찾아나선다. 나루토는 친구들이 폭발을 막을 거라 장담하고 위기의 순간 키바와 시노가 나타나 구해준다. 겐노는 바위얼굴 밖으로 나오지만 시카마루의 그림자목조르기술에 걸린다. 하지만 빠져나가 새를 소환하여 바위얼굴을 폭파시키려 한다. 나루토는 히나타의 힘을 빌어 나선환으로 이를 막고 겐노는 쓰러진다. 몸이 약해져있던 겐노는 재밌었다는 말과 사진을 남기고 숨을 거둔다. 사진의 주인공이 겐노의 친아들이었다는 말을 들은 시카마루는 나뭇잎마을과의 전투에서 숨진 아들의 원수를 갚기 위해 마을에 잠입한 겐노가 나루토를 만나 뜻을 바꾸고 아들과의 추억이 담긴 보물찾기를 했으리라 짐작한다. 나루토와 아이들은 모두 힘을 합쳐 마을을 지킬 것을 다짐한다.

나루토는 분신의 도움을 받아 야쿠모가 있는 세계로 들어간다. 그리고 운카이는 숨겨진 진실을 밝힌다. 어려서부터 부담감에 시달리던 야쿠모의 심층의식에서는 이드라는 괴물이 자라나고 이드가 집에 불을 내어 야쿠모의 부모를 살해한 것. 3대 호카게는 야쿠모를 처리하자는 운카이의 제안을 거절하며 이드를 제어할 방법을 찾거나 그것이 안 되면 능력을 봉인해야할 것이라며 쿠레나이를 시킨다. 쿠레나이는 야쿠모의 원망을 감내하며 그 비밀을 지켜온 것이다. 기억을 되살린 야쿠모는 자결하려 하지만 이드가 나타나 이를 막는다. 쿠레나이는 사람은 누구나 마음 속에 짐승을 키우고 살지만 그것을 조절할 수 있다면 꿈을 이룰 수 있다며 이드를 막을 수 있는 것은 너뿐이라며 야쿠모를 격려한다. 야쿠모는 용기를 내어 이드를 처치하고 평화를 찾고 8조도 다시 돌아올 거라는 쿠레나이의 말에 기뻐한다.

나루토는 멘마가 마을을 습격한 도적 패거리라는 사실이 믿어지지 않는다. 한편 마을 사람들은 멘마를 의심해서 배척한다. 마을 사람들이 멘마를 공격하는 순간 도적떼가 마을을 다시 습격한다. 나루토 일행은 그들과 싸움을 벌이고 어려운 순간 멘마의 도움을 받는다. 멘마는 시운이 강 상류의 둑을 폭파시켜 마을을 수장시키려 한다며 광산을 터트려 물길을 막자고 한다. 그리고 자신은 시운 일행의 손에 자랐고 마을을 습격한 일을 후회하며 시운을 막고 싶다고 고백한다. 시운은 나루토에게 시운을 맡기고 광산에 기폭찰을 설치해서 자폭하여 마을을 구한다. 마을 사람들은 멘마의 죽음앞에 숙연해지고 나루토는 친구를 잃은 쓸쓸한 마음으로 나뭇잎마을에 돌아온다.

나뭇잎마을의 아이들이 모래마을의 아이들을 돕기 위해서 나타나지만 사천상에 밀려 힘을 쓰지 못 한다. 키바 쵸지 칸쿠로는 서로 호흡이 맞지 않아서 힘들어하고 시카마루 이노는 기술을 쓸만큼 공작에게 접근하지 못 하고 번번히 실패한다. 한편 수호는 갑옷을 이용해 차크라를 빨아들여 가아라는 고전한다. 그리고 수호 공작 용안은 삼각형진을 이용해 수맥을 뚫어 가아라의 모래를 물로 적시고 물을 먹어 무거워진 모래로 가아라는 위험에 빠진다. 하지만 시카마루가 폭포의 그림자를 이용한 그림자흉내술로 공작을 해치우고 가아라도 모래갑옷으로 수호를 처치하고 쵸지 키바 칸쿠로도 용안을 쓰러트린다. 수호를 쓰러트린 가아라는 열심히 보구를 뒤쫓아간다.