Tras graduarse en la Academia Ninja, Naruto conoce a Konohamaru, el nieto del tercer Hokage. Impresionado por el hecho de que Naruto no le trate de forma especial, Konohamaru comienza a seguirle a todas partes y a imitarle.

Cuando Kakashi es capturado por Zabuza en una prisión de agua, Naruto y sus amigos deben proteger a Tazuna de los ataques de Zabuza. A pesar de que su instructor les insta a huir, Naruto recuerda el juramento que hizo y decide unir fuerzas con Sasuke para liberarle usando un shuriken de viento endemoniado

Naruto se une finalmente a la batalla en el puente… sólo para cometer una estupidez y quedar atrapado junto a Sasuke en el Makyo Hyosho (Espejo de Hielo Diabólico). ¿Serán capaces de trabajar en equipo para liberarse del jutsu de su enemigo?

Una vez finalizada su aventura en el País de las Olas, el Equipo 7 regresa a la aldea. Se anuncian los exámenes de acceso a grado medio (Chunin) y todos los Genin de la Villa Oculta de la Hoja y otras aldeas llegan para participar en ellos. Iruka pone una prueba a Naruto, Sakura y Sasuke para ver si son capaces de participar en los exámenes Chunin, disfrazándose de un ninja de la lluvia.

Cuando Rock Lee desafía a Sasuke a un combate, Naruto decide atacarle… sólo para caer derrotado de un solo golpe. Sasuke acepta el desafío, pero se encuentra completamente indefenso ante un rival que emplea el taijutsu.

Antes de entrar en el Bosque del Terror, cada equipo recibe un rollo de cielo o tierra. Sólo pasarán a la siguiente fase aquellos que se apoderen del rollo de un equipo contrario y lleguen hasta la torre del centro del bosque con ambos.

Mientras Naruto y compañía se recuperan, Akamaru observa la batalla entre el Grupo de la Lluvia y los ninjas de la Arena. Tras ver a Gaara asesinar a sus adversarios, comprenden que tendrán suerte si consiguen escapar con vida.

Después de que Kankuro se deshaga rápidamente de Misumi, da comienzo el combate que enfrenta a Sakura contra Ino. Tras unos primeros compases en los que ambas parecen contenerse, las dos ninjas deciden luchar en serio.

El combate entre Gaara y Rock Lee se aproxima a su fin con Lee abriendo la quinta puerta y liberando su ataque definitivo. Pero, ¿será suficiente para sobrevivir de una sola pieza a un adversario tan poderoso como mortífero?

Finalmente ha llegado el día del examen final de acceso a Chunin, pero Naruto se levanta tarde y entre su motivador encuentro con Hinata y la desastrosa ayuda de Konohamaru corre el peligro de llegar tarde y quedarse fuera.

Incapaz de superar la defensa definitiva de Gaara, la única esperanza de ganar de Sasuke reside en el jutsu definitivo que Kakashi le enseñó, el Chidori. Pero, ¿cuál será la reacción de Gaara cuando Sasuke le haga sangrar?

La transformación parcial de Gaara en el Una Cola incrementa notablemente su fuerza y su velocidad. Incapaz de emplear el Chidori por tercera vez en un día, Sasuke decide recurrir a su sello maldito para sobrepasar todos los límites.

Naruto y Jiraiya comienzan la búsqueda de Tsunade, pero Jiraiya parece más interesado en ligar con mujeres para desesperación de Naruto. Al mismo tiempo, Sasuke descubre que el objetivo de su hermano Itachi es Naruto.

Naruto se apuesta con Tsunade que si es capaz de dominar el Rasengan en una semana, ella le entregará el colgante del primer Hokage. Poco después descubre que si se lo pone alguien que no sea Tsunade, esa persona morirá…

Konohamaru se encierra en el despacho del tercer Hokage para impedir que Tsunade reemplace a su abuelo. Mientras, Tsunade busca medios de incrementar las posibilidades de Rock Lee de sobrevivir a la operación.

Con Sasuke y Sakura fuera de combate, Naruto es el único que puede vencer a Aoi para que Idate pueda continuar la carrera. Pero, ¿será capaz Idate de ganar la carrera y salvar a su clan con Fukusuke a punto de cruzar la línea de meta?

Tras quedar liberados del domo de piedra, Chôji ingiere una misteriosa píldora y se enfrenta en solitario a Jirobo para que el resto del grupo pueda seguir adelante con la persecución de los otros miembros de los Cuatro del Sonido y Sasuke.

Justo cuando parece que los ninjas de la Villa Oculta de la Hoja van a perder contra los ninjas del Sonido, aparecen los ninjas de la Arena para salvar la situación. ¿Serán capaces de lograr lo que Shikamaru, Kiba y Rock Lee no han podido?