Naruto, Sakura et Sasuke découvrent qu’ils ont de puissants rivaux qui souhaitent eux aussi devenir chūnin.

Naruto et les autres tentent de prouver que Kômei est responsable de l’existence du fantôme. Cependant, ce que Naruto et la bande vont découvrir révèle encore davantage d’énigmes à résoudre.

Naruto guérit grace à Isaribi, la mystérieuse jeune fille. Pendant qu’il est en convalescence, Anko, Shino et Ino le recherchent. Ce faisant, ils rencontrent aussi l’homme qui s’occupe des salaires pour la cargaison. Les quatre amis finiront par se retrouver, mais seulement après avoir découvert le repère du monstre marin.

Naruto croise en chemin un messager ninja et le sauve d'une chute mortelle. Arrivé dans un petit village, il retrouve Jiraya, pensant que celui-ci était parti en mission.

Après qu’Akahoshi ait tenté d’exécuter Sumaru, Hakuto et les autres enfants se préparent à lutter pour protéger leur village. Ayant appris la vérité, les adultes condamnent également Akahoshi. Akahoshi a failli tuer Mizura, il n’aura donc aucune seconde chance. Akahoshi n’étant pas du genre à accepter la défaite, il fusionne l'étoile dans son corps, mettant ainsi son chakra hors de contrôle. Tous les autres ont été vaincus, Naruto est le seul à pouvoir défaire cette menace. Avec l’aide de l’esprit de Natsuhi, Naruto se prépare à démolir Akahoshi lors d’un ultime combat ! Mais sera-t-il suffisant ?

Les combats font rage contre les deux premiers jōnin.

Lee ne s’est pas présenté à son contrôle médical. On envoie Naruto à sa recherche. Avec l’aide de Tenten, il trouve Lee dans son dojo. À l’issue de son contrôle, Tsunade apprend à Lee qu’il ne doit pas faire le Lotus inversé. Gai essaie de lui remonter le moral en l’emmenant s’entraîner. Pendant l’exercice, Lee rencontre Yagura qui est entraîné par Gai. On décide alors d’un combat d’entraînement entre Lee et Yagura. Lee sera-t-il capable de vaincre le nouvel élève ?

Yakumo est menacée de capture. Elle se sert de son genjutsu pour éviter d'être capturée. Kurenai l'aide à riposter aux bandits. Mais que cachent-ils tous les deux, Yakuma et Kurenai ? Naruto, Hinata, Sakura, Shino, Kiba et Gai sont sur la bonne voie pour le découvrir !

Naruto parvient à sauver Gantetsu et les enfants, mais a bien des ennuis quand Akio se fait enlever, et que Todoroki comprend que son frère est vivant. Naruto et Todoroki pourront-ils sauver Akio ?

Le temps est venu, enfin ! Jiraiya est revenu et Naruto fait ses adieux. Il se prépare à quitter Konoha pour commencer son entraînement.