אדיטה מגיע למקדש מודורוקי בעזרת נארוטו. החבורה נתקלת באויב בדרכם.

סאסקה וסאקורה כלואים במורד הצוק. נארוטו עולה על דרך שעשויה להוביל אותו לניצחון.

סאסקה מרותק למיטת החולים ומרגיש שגאוותו נפגעה. צוות 10 עורך ארוחת ברביקיו חגיגית לאור הקידום.

היריבות של נארוטו ושל סאסקה מגיע לשיא חדש בזמן שקאקאשי וג'יראייה מודאגים ממה שעלול לקרות ופולשים מגיעים לכפר העלים.

סאסקה משתלט על כל ארבע נינג'ות הצליל, אבל עד מהרה מגלה שיידרש יותר מצ'ידורי כדי להביס אותם!

ההוקאגה החמישית מקבלת הודעה על כך שסאסקה ברח. היא קוראת לצ'ונין החדש ומפקידה בידיו את המשימה להשבת סאסקה.

לשלישיית הצליל יש את סאסקה בציפורניהם, וזה תלוי בשינובים המובחרים של כפר העלה הנסתר לעצור אותם.

הצוות של שיקמארו נתפס. ג'ירובו, אחד מנינג'ות הצליל, כולא אותם בתוך כלוב כיפת אדמה.

צוות החילוץ מצליח לשבור את כלוב כיפת האדמה. שיקמארו מגיע להבנה שאין להם מספיק צ'אקרה כדי להביס את ג'ירובו. צ'וג'י חושב על רעיון כיצד להתמודד איתו.

צ'וג'י מוכן להקריב הכל בקרב נגד ג'ירובו, ותוך כדי הקרב הוא נזכר ביום שבו הכיר את שיקמארו.

שיקמארו והשאר חושבים שהם יצליחו להפתיע את נינג'ות הצליל אך הם נלכדים במלכודת כורי עכביש.

נג'י נשאר מאחור כדי להתמודד עם קידומארו. נארוטו, קיבה, אקמארו ושיקמארו ממשיכים במרדף אחר סאסקה. קידומארו מנסה לפצח את הסוד שמאחורי הביאקוגאן.

נג'י מנסה לברוח מהחצים הקטלניים של קידומארו, שעלה על נקודת התורפה של הביאקוגאן.

נארוטו, שיקמארו וקיבה מצליחים לחלץ את סאסקה מידיהם של נינג'ות הצליל, אך אינם יודעים שאדם נוסף בעקבותיהם.

נארוטו, קיבה ושיקמארו חוטפים את סאסקה מרביעיית הצליל, אבל הם לא יודעים שנינג'ה נוסף מכפר הקול נשלח לתפוס את סאסקה.

קיבה ואקמארו נלחמים נגד צמד האחים סקון ואוקון. הם נדחקים אל הקצה ונאלצים להשתמש בג'וטסו החזק ביותר שלהם.

שיקמארו אובד עצות ולא יודע מה לעשות נגד טאויוה והמנגינות שהיא מתקיפה בעזרתן. הוא מנסה לקנות זמן ולחשוב על תוכנית.

שיקאמארו עסוק בקרב מול טאיויאה והתקפות המלודיות שלה. האם הוא יכול לעצור אותה ולשים קץ לנגינת החליל הזדונית שלה?

נארוטו לא מצליח לגבור על קימימארו בעזרת כפילי הצל שלו. אדם מפתיע מגיע לעזרתו.

רוק לי חזר. הוא התבלבל בין התרופה שלו לבין הסאקה ועכשיו הוא תחת השפעת אלכוהול. משום מה, אלכוהול רק מחזק אותו.

גארה, קאנקורו וטמארי מגיעים לעזור לרוק לי, לקיבה ולשיקמארו בקרבות שלהם.

גארה מתעקש להילחם במקום רוק לי. קימימארו נזכר בעבר שלו. נארוטו ממשיך במרדף שלו אחרי סאסקה.

הקרב של גארה וקימימארו מגיע לעיצומו. קימימארו שולף את הקלף המנצח שלו. אורוצ'ימארו וקאבוטו נזכרים בתקופה שבה הם גייסו את קימימארו לכפר הנסתר הצלילים.

נארוטו סוף סוף השיג את סאסקה והוא מוכן לעשות הכול כדי למנוע ממנו ללכת לאורוצ'ימארו. אולם, נארוטו בתדהמה מוחלטת כשהוא רואה את פניו של סאסקה.

סאסקה מנסה נואשות להרשים את אביו, אך איננו מצליח לצאת מהצל של אחיו הגדול. במקביל, איטאצ'י מתחיל להתנהג באופן שמעורר את חשדם של שאר חברי האוצ'יהא והם אינם נשארים בחוסר מעש.

נארוטו וסאסקה ממשיכים בקרב שלהם. אביו של סאסקה מתחיל להכיר בו אך סאסקה לא מרגיש מסופק מזה. היחסים בין איטאצ'י לאביו עולים על שרטון.

סאסקה נזכר ביום שבו כל השבט שלו נרצח. הוא נזכר ברגע שבו אחיו חס על חייו וגם מדוע עשה זאת. נארוטו לא מצליח להבין את המניע של סאסקה.

קאקאשי מגלה על המרדף אחרי סאסקה ומחליט לפעול בעצמו. סאסקה ונארוטו נלחמים שווה בשווה. נארוטו מחליט להודות בתוך תוכו ברגשות האמיתיים שלו כלפי סאסקה.

הקרב בין נארוטו ולבין סאסקה מגיע לשיאו כאשר כל אחד מהם מתכוון להתקיף בכל כוחו. מהעבר האחד, נארוטו עם הכוח של תשעת הזנבות, ומהעבר השני, סאסקה עם כוח השלב השני של החותם המקולל.

הצוות של שיקמארו חוזר לכפר העלה כשכולם פצועים בדרגות שונות, חלקם אנושות וחלקם קלות. ג'יראייה מגיע למיטת ביה"ח של נארוטו עם הצעה מפתיעה.

‎ג'יראייה דואג למצבם של נארוטו ושל סאקורה בעקבות עזיבתו של סאסקה. טסונאדה שולחת את שלושתם למשימה מיוחדת בארץ שדות האורז, הארץ שבה נמצא הכפר הנסתר בצלילים.

‎נארוטו, סאקורה וג'יראייה מגיעים לעיירה גרועה יותר מזו שהם היו בה. נארוטו וסאקורה נתקלים שוב באותו הנינג'ה שהם נתקלו בו לפני כן. ג'יראייה ממשיך להשתטות בבתי בושת.

‎נארוטו, סאקורה וסאסאמה מוקפים וכלואים בתוך המקדש. לאחר מכן, הם מבינים שסאסאמה רומתה.

‎סאסאמה מובילה את הצוות אל מקום המסתור של אורוצ'ימארו. הצוות מחליט להתפצל כדי לסרוק את המקום ביעילות והמלכודת לא מאחרות לפקוד אותם.

‎נארוטו מגיע להציל את סאקורה בדיוק בזמן. לקאבוטו יש חדשות מדאיגות בפיו. נארוטו נופל למלכודת הקטלנית של קאבוטו.

‎הקרב בין נארוטו לאראשי ממשיך. סאסאמה לא מצליחה לעמוד בצד ללא מעש. סאקורה מרגישה שהיא איננה עושה מספיק.

‎כולם מרוכזים באימונים ובהחלמה שלהם, ובמקביל מתפתח אירוע משמעותי בכלא המאובטח ביותר.

אסומה וקורנאי הובסו. שיזונה רודפת אחרי מיזוקי שברח מהכלא המאובטח ביותר. נארוטו לא מוכן להישאר בכפר ללא מעט לאחר ששמע את שמו של אורוצ'ימארו.

נארוטו מתקשה בקרב שלו נגד שני האחים וגם אירוקה בחיסרון נגד מיזוקי. אירוקה מנסה בכל כוחו לשכנע את מיזוקי לחזור בו.

צוות 10 מגיע לגבות את נארוטו. נארוטו ממשיך במרדפו אחרי מיזוקי. הקרב של אירוקה ושל מיזוקי נמשך.

נארוטו ופקון מוצאים את אירוקה פצוע תחת הריסות המבנה. הם מתכוונים להמשיך לרדוף אחרי מיזוקי, אך לא לפני שהם נתקלים באישה מסוימת.

הקרב הגורלי נגד מיזוקי מתחיל. נארוטו רוצה בכל מאודו להשיג רמז לגבי היכן שסאסקה נמצא ולא מתכוון לוותר בקרב הזה.

נארוטו כבר נואש למצוא את סאסקה בכל דרך. הינאטה מנסה לחשוב על דרך שהיא תוכל לעזור לו. צוות 10 ונארוטו יוצאים יחד למשימה כדי למצוא את ביקוצ'ו, חרק מזן נדיר.

החבורה מתקשה מאוד במציאת ביקוצ'ו. הם מרגישים שהזמן נושף להם על העורף כי הגשם עלול להתחיל לרדת בכל רגע. הנינג'ות משבט קאמיזורו מחכים לעיתוי הנכון לפעול.

הינאטה נחטפה והיא בסכנה. נארוטו, שינו וקיבה מנסים לחפש אותה. האויבים מציעים להם עסקה - הינאטה עבור הביקוצ'ו.

כל הצוות נלכד, ושינו מנסה לנהל איתם משא ומתן. האויבים מגלים שהינאטה כבר לא נמצאת היכן שהשאירו אותה. הביקוצ'ו בוקע מהגולם.

נארוטו מוצא שלושה אנשים זרים מעולפים ומביא אותם לכפר. הוא יוצא יחד עם טנטן, נג'י ולי למשימה כדי להציל את הכפר של הזרים הללו מאדם משוגע שעורך לוויות לאנשים שעדיין בחיים.

רוקוסקה נתפס על ידי משפחת קורוסקי ומובל לקבורה. נארוטו והחבורה מנסים להצילו תוך כדי שהם מחפשים את קאראשי.

נארוטו, טנטן, נג'י ולי נלחמים נגד ראיגה. נג'י לא מצליח לראות בבירור אפילו עם הביאקוגאן. לי נוזף בקאראשי.

הקרב של נארוטו, טנטן, לי ונג'י נגד ראיגה נמשך. החבורה מנסה לעזור לרנמרו ולהחדיר בו רצון לחיות בעצמו.

ראיגה התעורר לחיים בזכות הקרבתו של רנמרו וטנטן מנסה לעצור אותו בעצמה. קאראשי מתכנן לברוח עם אמא שלו מראיגה.

לי נלחם נגד ראיגה בעצמו בזמן שטנטן, סאנשו, קאראשי ורנמרו בדרך לחלק לכולם את קארי החיים. רנמרו מתאחד חזרה עם ראיגה, ויש לו תוכנית איך לסיים את הכול.

‎הגנינים משובצים לצוותים של תלמידי אקדמיה במסגרת תרגיל לימודי. נארוטו לא מביע עניין בזה בהתחלה, אבל מהר מאוד נשאב למשימה ומוביל את חברי הצוות שלו לסכנה.