La historia inicia con Natsu y Happy en su viaje luego de los sucesos ocurridos con Tártaros, ambos visitan la Isla Tenrou, la tierra natal de la primer maestra del gremio, Mavis quien es la protagonista de la saga. Mavis se muestra como una niña de 6 años que debe trabajar para el gremio Red Lizard, bajo los maltratos del maestro Zeeself y la discriminación de su hija Zera, mientras lucha y se esfuerza por ver a las hadas. Sin embargo la vida de Mavis da un enorme giro al regresar al gremio en una oscura y cruel noche.

Habiendo pasado 7 años, Mavis tiene ahora 13 años y continúa viviendo en la Isla Tenrou, su única compañía ha sido Zera. Mientras Mavis organiza la biblioteca de la isla recibe la visita inesperada de Yuri Dreyar, un cazador de tesoros que busca el tesoro del lugar, el cual se disputa mediante un juego con Mavis hasta que notan que dicho tesoro no se encuentra en donde esperaban y deciden buscarlo en donde se encuentra el antiguo gremio rival de Red Lizard, Blue Skull, así Mavis se embarca en la aventura de recuperar el jade de tenrou junto a Yuri, Warrod, Precht y la compañía de Zera.

Una vez llegando a la ciudad portuaria de Hargeon, Mavis comienza a descubrir un mundo totalmente nuevo para ella. Precht decide buscar información sobre Blue Skull y Mavis decide acompañarlo a pesar de que a él la idea no le es del todo grata, en su búsqueda ambos llegan a un bar en el que podrían tener información sobre el gremio de magos que Mavis y los cazadores de tesoros buscan para recuperar el jade de tenrou.

Mavis y su grupo deciden descansar dentro de un bosque, mientras Yuri y Warrod se separan para buscar comida, Mavis y Zera escuchan a Precht contar una de las aventuras que vivió junto a sus compañeros. Durante esa misma noche en un lago iluminado por la luna Zera expresa a Mavis algunas de sus emociones, para finalmente llegar a Ciudad de Magnolia encontrándola en un estado que no esperaban.

Al llegar a Magnolia el grupo encuentra un enorme esqueleto de dragón azul sobre la Catedral de Kardia, Mavis y su grupo deciden buscar pistas sobre el estado de la ciudad y el gremio Blue Skull, durante su camino ellos observan la situación de amenaza de Mako y su hija Miko, dos habitantes de Magnolia que son amenazadas por magos de gremio que buscaban, luego de salvarlas ellas cuentan al grupo lo dura que ha sido su vida desde que Blue Skull llegó a habitar la ciudad. Mavis, Zera y los cazadores de tesoros luego de charlar con las mujeres encuentran al fin su objetivo a quien deberán enfrentar en una despiadada batalla.

Habiendo sido derrotados por Blue Skull, Mavis y el grupo llegan a un bosque a descansar y recuperarse de los daños, en dicho bosque Mavis conoce a Zeref mientras este toma un baño en el lago y a quien le pide les enseñe a utilizar la magia. Zeref accede y así el grupo comienza a entrenar para liberar su poder mágico para salvar a Magnolia de las garras de Blue Skull.

El grupo de Mavis decide salvar la Ciudad de Magnolia una vez que han aprendido a utilizar la magia, decididos a cumplir con la misión ellos visitan a Mako y Miko con el fin de reunir ciudadanos que los ayuden a cumplir su deseo de liberar Magnolia. Una vez consiguen esto Mavis y compañía encaran a Geoffrey y todo Blue Skull, cuando creían en su victoria encuentran el Jade de Tenrou, sin imaginar la difícil situación que se avecina.

Mavis intenta detener a Yuri, que ha tomado la forma del esqueleto de dragón por los efectos del Jade de Tenrou, Mavis hace hasta su último intento, siendo apoyada por Zera, para salvar a su amigo ella utiliza un hechizo enseñado por Zeref, Law sin conocer las consecuencias que este puede traerle al utilizarlo incompleto. Luego de que las cosas regresen a la normalidad, Mavis conoce las secuelas que le ha dejado utilizar Law sin haberlo desarrollado completamente, Yuri se siente culpable y en una charla entre ellos él decide revelar a Mavis una verdad con la que quedará impactada.

Una vez Mavis se ha enterado que Zera es una ilusión creada por ella y la original realmente murió en el ataque de Blue Skull a la Isla Tenrou, la pequeña niña se niega a aceptarlo, pero termina por comprenderlo y aceptando avanzar en su vida. Unos días después de aceptar la realidad Mavis decide fundar un gremio en el que los lazos amistad los conviertan en una familia, dicho gremio bajo el nombre de Fairy Tail, gremio donde comenzará una aventura eterna.

La historia se sitúa en el X792, un año luego de la batalla contra Tártaros y en Crocus, el cual es ahora el nuevo hogar de Lucy, quien tras la disolución del gremio se convirtió en una escritora y reportera con ayuda de Jason. Ambos trabajan en los reportajes de los Grandes Juegos Mágicos que se están llevando durante ese año, sin embargo Lucy no puede admitir que sus compañeros han tomado caminos distintos. Justo en el último día del torneo de magos llega un mago con gran cantidad de poder, dispuesto a retar al nuevo gremio más fuerte de Fiore, con su llegada al Domus Flau, Lucy queda sorprendida, sin imaginar que el rostro del retador es uno bastante familiar para ella.

Tras haber irrumpido en los Juegos Mágicos Natsu y Happy son llevados a Mercurius para ser juzgados por el rey, tanto Thoma como Hisui deciden absolverlos de su travesura, pronto se encuentran de nuevo con Lucy, quien los lleva a comer y a tomar un baño a su casa, mientras ellos cuentan lo que han vívido durante el año que estuvieron separados, al enterarse del desmantelamiento del gremio Natsu y Happy quedan en shock, sin embargo al descubrir la información que Lucy había guardado, ellos se preparan para dejar un mensaje antes de comenzar una nueva aventura.