Natsu et Happy sont réunis avec Lucy un an après la dissolution de la guilde. Ils partent ensemble à Lamia Scale retrouver deux de leurs compagnons...

Le combat contre la guilde Oroichi Fin se poursuit. Les membres de Fairy Tail retrouvent un adversaire qu'ils avaient déjà affronté auparavant. Suite à cela, Wendy et Carla choisissent de suivre Natsu, Happy et Lucy pour reformer la guilde.

Natsu, Lucy et Happy partent à Sabertooth où il espère obtenir des informations sur Grey. Pendant ce temps, dans un bâtiment perdu au milieu de la forêt, une mystérieuse guilde s’apprête à lancer un funeste plan.

Natsu, Lucy et Happy s’introduisent dans l’église d’Avatar. Mais le secret de leur présence se brise net lorsque le bouillant chasseur de dragon hurle le nom de Grey.

Grey explique à ses compagnons qu’il s’était infiltré dans la secte Avatar pour les besoins d’une enquête. Aussitôt, Natsu proclame qu’ils vont tous ensemble empêcher la masse des adeptes de purifier une ville entière.

Arlock invoque un gigantesque dieu guerrier pour réaliser son véritable plan : sacrifier la vie des adeptes d’Avatar. Révolté qu’un chef traite ainsi ses propres troupes, Natsu se déchaîne pour lui prouver que la force de l’amitié est sans égale.

Endormi seul sur l’herbe, Zeleph rêve du temps où il était un petit écolier prodige, il travaillait sur le moyen de ressusciter les morts. À son réveil, il poursuit l’évocation de son enfance en s’adressant nommément à Natsu… De leur côté, le groupe de Natsu arrive à Magnolia.

Les compagnons de Fairy Tail sont mobilisés pour reconstruire le siège de la guilde Alors qu’une joyeuse bagarre éclate sur le chantier, l’apparition d’une vieille connaissance pourtant oubliée va apporter à cette journée son lot de révélations chocs.

Sur la route maritime qui mène vers Arbaless, Natsu et ses camarades font escale à Caracol, une station balnéaire où ils doivent recevoir les indications d’un espion. Pendant ce temps, au royaume de Fiore, l'équipe B de Gajil s’en va rejoindre Luxus et ses camarades.

L’équipe de Gajil fait halte dans une source thermale qui appartient à Blue Pegasus. Dans les vapeurs du bain, Ichiya fait des révélations sur Luxus et l’unité Raijin. Pendant ce temps sur l’île de Caracol, Natsu et ses camarades font mieux connaissance avec leur adversaire Brandish qui ne se complique pas la vie mais elle est prête à se débarrasser de son acolyte.

Délivré par la téléportation de Mest, Makarof révèle aux membres de l’équipe infiltrée que l’empereur Spriggan n’est autre que Zeleph le mage noir. Alors que Natsu et ses camarades s’apprêtent à quitter le continent ouest, un redoutable manieur de sable se dresse sur leur chemin.

Alors que se profile l’assaut d’Arbaless sur Fairy Tail, Mavis est spécialement revenue au siège de la guilde pour révéler quelle fut sa faute originelle. Elle raconte à tous les membres ses retrouvailles fortuites avec Zeleph qui lui apprit la vérité sur le maléfice paradoxal.

À la veille de l’assaut des troupes d’Arbaless, Mavis dévoile aux membres de la guilde le secret de Fairy Heart qui est une magie surpuissante dont l’usage doit être banni. Natsu assure qu’il a dans son bras droit le secret pour vaincre Zeleph l’immortel. Devant son assurance, le moral de ses camarades remonte en flèche.

Avant le début de la bataille, les membres de la guilde passent la dernière nuit à leur manière. Mais lorsque la vaste armée d’Arbaless lance une attaque surprise, le lien de solidarité de Fairy Tail est mis à l’épreuve par l’arrivée des Spriggan 12.

Dans un Magnolia protégé tant bien que mal par le dôme de Fried, la bataille fait rage entre Fairy Tail et Arbaless. Sur le vaisseau amiral de la flotte ennemie, Erza ne parvient plus à réaliser ses transformations. Est-ce la même cause qui neutralise la magie de Lucy, dont la salle de bain est “occupée” par Brandish ?

Dans la nuit de Magnolia, Natsu court rattraper Erza qui a été projetée du navire volant d’Ajeel. Pendant ce temps, Wall Eehto laisse ses soldats affronter le groupe de Grey et part vers la cathédrale pour éliminer Fried dont l'enchantement protège encore la ville.

Un peu gênée de s’en remettre aux autres guildes de Fiore, Mavis établit toutefois une nouvelle stratégie qui tient compte de ces renforts. Mais au moment de partir vers le sud avec ses coéquipiers, Natsu est introuvable...

Zeleph l’immortel veut croire qu’il a enfin trouvé en Natsu un être capable de le tuer. Mais avant de recevoir le coup qu’il espère fatal, le mage noir a des révélations à faire à cet adversaire qu'il connaît si bien.

Aquarius surgit dans l'infirmerie de Fairy Tail alors que Brandish est sur le point d’étouffer Lucy. De retour dans le monde des humains, l’Esprit du Verseau dévoile aux deux jeunes filles la vérité sur leurs mères.

Sur le front de l’est, God Serena utilise ses prodigieux pouvoirs face aux quatre Mages sacrés avant que sa démonstration soit interrompue par un voyageur inattendu. Pendant ce temps, sur la route qui mène son équipe vers Harujion, Luxus souffre en secret d’un mal tenace. Mais quel que soit son état physique, il est déterminé à protéger sa guilde.

Natsu est toujours endormi à l'infermerie. Pendant ce temps Luxus se bat avec Wahl Icht et Wendy et Cherrya se battent contre Dimaria Iesta.

Pour vaincre Dimaria, Wendy accepte de recevoir le sort d’avenir qui lui fera perdre tout usage de la magie. Pendant ce temps à Magnolia, un ennemi se présente au repaire de Fairy Tail sans avoir été détecté par le radar.

La grande armée de Zeleph reprend sa marche vers Magnolia, dans le but de s’emparer de Fairy Heart. Au siège de la guilde, Lucy trouve une parade pour délivrer tous les camarades que Jacob a enfermés dans son espace virtuel. En assistant au combat, Mavis a trouvé le moyen de vaincre Zeleph.

Par le biais du sort Historia, les mages de Fairy Tail et leurs alliés sont confrontés aux plus redoutables combattants qu'ils ont en mémoire. Neinhart, le manipulateur de ce pouvoir tente d'utiliser comme "bouclier" l'image de Simon dont la mort pèse sur la conscience de Jellal.

Brandish accompagne Natsu et Lucy vers l'est dans l'espoir de convaincre le redoutable August de rebrousser le chemin. Au sous-sol de Fairy Tail, Kanna rechigne à détruire le corps spirituel de Mavis malgré l'instance de l'intéressée.

Gajil et Reby combattent toujours ensemble jusqu'à finalement vaincre l'ennemi. Mais alors qu'il semblait vaincu, l'ennemi décide de se sacrifier en emportant Gajil avec lui...

Une vaste lumière rouge a bouleversé la topographie du royaume de Fiore et éparpillé les combattants dans toutes les directions. Les membres de Fairy Tail cherchent le chemin de leur quartier général, où seule Mavis qui vient de sortir du cristal est encore présente.

Sur une plage du royaume de Fiore, Eileen est sur le point d'infliger à Mirajane une mort lente et douloureuse. C’est alors qu’August vient lui annoncer que les Spriggans doivent se rassembler au siège de Fairy Tail. Pendant ce temps dans la forêt, Yukino a retrouvé sa grande sœur Sorano qu’elle cherchait depuis l’enfance.

Invel a relié Grey et Jubia par une chaîne de glace qui disparaîtra seulement lorsque l’un aura tué l’autre. Refusant de faire du mal à son bien-aimé, la « fille de la pluie » prend une décision extrême.

Alors que Neinhart gît à terre, Brandish attaque violemment Natsu, qui perd connaissance. Dans la foulée, elle miniaturise Lucy, et manque de l’écraser dans son poing. Mais Dimaria, qui assiste discrètement à la scène, n’est pas dupe du petit jeu auquel se livre sa camarade. Dimaria attache Natsu & Lucy sur des chaises afin de les torturer. Alors qu'elle allait crever les yeux de la constellationniste, Natsu se libère et lui inflige une sévère correction. Croyant Lucy morte, il libère son pouvoir d'E.N.D et se met à la recherche de Zeleph. Tétanisée, Dimaria dit à Lucy que Natsu est devenu un monstre. Natsu, sous sa forme d'E.N.D, se met en route à la recherche de Zeleph, mais croise le chemin de Grey qui découvre son vrai visage.

Sous sa forme d'E.N.D, Natsu se rend à la guilde pour affronter Zeleph, mais croise la route de Grey, qui découvre son vrai visage. Le mage de glace lui annonce qu'il va l'arrêter par tous les moyens, puis un combat titanesque s'engage entre deux des mages des plus puissants de Fairy Tail...

Après s’être interposée entre Natsu et Grey, Erza évoque leurs nombreux souvenirs communs à la guilde. Et la voix de Makarof, comme descendue des cieux, vient s'ajouter à celle de « Titania » pour appuyer son sermon.

Toujours inconscient après son combat face à Grey, Natsu ne peut être soigné ni par Polyussica ni par Brandish. Tour à tour, Zeleph et Sting s’invitent dans son esprit pour combler les trous de sa mémoire.

Sting combine sa magie avec celle de Rogue pour affronter Larcade, qui soumet ses adversaires au désir du sommeil. Toujours dans le coma, Natsu découvre, grâce au « spectre » de Rogue, l’existence d’une femme qui ressemblait étrangement à Lucy.

Devant Erza et Wendy, Irene se lance dans le récit de sa vie de reine, au temps où les dragons maléfiques dévoraient les humains. Toujours inconscient, Natsu se rapproche de la réponse qu’il cherche, aux dires des compagnons qui apparaissent dans son esprit.

Irene barre le chemin de la guilde à Erza, qui ne compte nullement ménager sa prétendue mère. Wendy, qui est aussi du combat, révèle comment Grandiné, durant de longues années, lui a évité de se transformer en dragon.

Après avoir fait exploser la météorite « enchantée », Erza fond à nouveau sur Irene. Toujours plongé dans son subconscient, Natsu est pressé par Ignir de choisir entre la graine du dragon et celle du démon.

Magnolia reprend sa forme après la défaite d'Irène. En représailles, August se prépare à détruire la ville et tous ses habitants. Ailleurs, Gray atteint Zeleph et est le premier à découvrir le véritable objectif de Zeleph.

Au siège de la guilde, Grey s’apprête à emprisonner Zeleph dans la glace. En contrepartie, il perdra la vie et ne subsistera dans la mémoire de personne. Mais il préfère se sacrifier ainsi, plutôt que de tuer son adversaire, ce qui entraînerait du même coup la mort de Natsu.

August menace de tuer Kanna dans le but de sonder la force de l’amour paternel de Gildarts. Au siège de la guilde, alors que Natsu affronte seul Zeleph le mage noir, Grey, Lucy et Happy entendent par télépathie la voix de Mavis, qui les presse de venir à sa rencontre.

Au siège de Fairy Tail, Zeleph continue à châtier Larcade d’avoir fait irruption durant son combat contre Natsu. De son côté, August lance Ars Magia, un sort ancestral qui se met à désintégrer toute la ville et à asphyxier ses habitants.

En tentant d'échapper à Acnologia, le groupe d'Erza apprend que la mystérieuse femme à bord du navire est Anna Heartfilia, qui, avec les cinq chasseurs de dragons, est venue dans le futur pour vaincre le Dragon noir. Pendant ce temps, Zeleph révèle à Natsu que, grâce à Mavis et à l'interstice temporel, il sera en mesure de remettre à zéro le temps pour recommencer sa vie.

Rencontrée à bord du Christina, Anna a eu l’idée d’attirer Acnologia pour le faire disparaître dans l’interstice temporel. Au même moment, près du siège de la guilde, Lucy, Grey et Happy ouvrent le livre de Natsu, duquel jaillissent des myriades de phrases.

Natsu essaie de vaincre Zeleph mais c'est en vain puisque Zeleph se transforme et bat Natsu. Jellal tente d'arrêter Acnologia. Pendant ce temps, Lucy réécrit une partie du livre de E.N.D qui permet à Natsu de revenir une nouvelle fois, mais provoque des conséquences inattendues sur elle-même.

En replaçant toutes les lettres manquantes du livre d’E.N.D., Lucy a pu soigner Natsu à distance. En contrepartie, son corps est rongé de l’intérieur par les flammes du démon. Dans le ciel, Jellal prend tous les risques pour pousser Acnologia dans l’interstice temporel, et sauver ainsi Erza.

Zeleph est couché immobile sur le plancher du siège de Fairy Tail. Penchée sur lui, Mavis lui révèle le plan que lui ont inspiré ses sentiments contradictoires. Ailleurs en ville, Lucy continue à remanier le texte du démon lorsque soudain, les lettres en suspens se mettent à retourner dans le livre.

Alors qu’on le croyait disparu dans l’interstice temporel, Acnologia fait son retour sur Terre, en brisant littéralement un bout de ciel. Plus déchaîné que jamais, il lance une terrible attaque sur l’ensemble du pays.

Dans l’interstice temporel, Natsu et ses six camarades se sont unis pour combattre l’entité spirituelle d’Acnologia. Pendant ce temps, à Magnolia, les autres membres de Fairy Tail se demandent comment vaincre un dragon sur qui la magie n’a aucun effet. Soudain, Lucy a une idée.

Dans le port de Harujion, les membres de Fairy Tail se donnent tous la main afin d’accroître leur magie. Ils attendent toujours l’arrivée de Lucy qui, normalement, aura trouvé comment enfermer Acnologia dans la Sphère des Fées.

Un an après la bataille contre Albareth et Acnologia, Lucy nous relate l'évolution des différents mages qu'elle côtoie. Alors qu'elle connaît ses premiers succès littéraires, elle aspire toujours à suivre Natsu dans de nouvelles aventures