Un manufatto di origine aliena trasporta Daniel Jackson in una realtà parallela, nella quale egli non è membro della SG-1 ed il programma Stargate è condotto da Catherine Langford. In questo universo i Goa'uld stanno attaccando con successo la Terra e le loro truppe guidate da Teal'c si preparano a sferrare l'ultimo assalto al Comando Stargate. Jackson riuscirà a tornare alla sua realtà portando con sé le preziose coordinate che indicano da quale pianeta è partito l'attacco alla terra dell'universo alternativo, consapevole che molto probabilmente un simile attacco potrebbe avvenire anche nella sua realtà.

Durante una missione il capitano Samantha Carter viene aggredita da un simbionte Goa'uld che penetra nel suo organismo attraverso la bocca. Posseduta dal suo ospite, Carter tenta di dissimulare la situazione ma viene scoperta dalla piccola Cassandra ed catturata. Rivela così di chiamarsi Jolinar e di appartenere ad una fazione ribelle dei Goa'uld denominata Tok'ra, che si oppone ai Signori del Sistema. Ma sulle sue tracce si trova un cacciatore assassino, che per uccidere Jolinar non si farà fermare da scrupoli per la vita di Carter.

I membri dell'SG-1 soccorrono un uomo in fuga, ma scoprono troppo tardi che si tratta di un criminale inseguito dalla giustizia, e vengono reclusi nella prigione sotterranea di Adante, la cui unica uscita è uno stargate privo di DHD.

La squadra di O'Neill è in missione in un gradevole mondo verde, i cui abitanti sono però inconsci e collegati a strane macchine. La squadra stessa viene catturata e connessa a questi dispositivi, che li precipitano in una realtà virtuale in cui vivono ripetutamente esperienze traumatiche del loro passato, mentre un misterioso personaggio, il Guardiano, tenta di convincerli di riscrivere i fatti accaduti. Il team rifiuta di partecipare a questo gioco e viene rimandato sulla Terra, dove fa rapporto al generale Hammond. Ma il generale si comporta in modo strano, ed in effetti la SG-1 sta ancora vivendo una esperienza virtuale.

O'Neill ed i suoi uomini rispondono ad una chiamata di soccorso proveniente da Cimmeria: la squadra SG-1 scopre che i Goa'uld stanno per invadere il pianeta. L'unico modo per salvare i Cimmeriani è trovare la Sala del Potere di Thor.

Bra'tac torna sulla Terra per comunicare a Teal'c che suo figlio è stato rapito da Apophis. Costui pensa di servirsi del piccolo per immettere sulla Terra un'arma biologica dagli effetti devastanti.

Teal'c viene assalito da una specie estremamente aggressiva di insetti giganti. Sulla Terra, il suo DNA comincia a subire dei profondi mutamenti, allo scopo di costringere il suo corpo a produrre nuovi insetti.

Sam ha una visione che la porta a conoscere l'ubicazione di un gruppo di Tok'ra. Hammond organizza una spedizione, ma l'incontro con i Goa'uld ribelli non è dei migliori.

Sam pensa di chiedere al padre morente di diventare il nuovo ospite per Selmak, un tok'ra morente. Jacob accetta. Ma bisogna fare in fretta perché un tok'ra traditore ha venduto i suoi amici ai Goa'uld.

Su un pianeta dove vive una tribù d'origine indiana, i Salish, è stata scoperta la presenza di un minerale molto raro e utile all'SGC, il Trinium, cento volte più leggero e resistente dell'acciaio. Quando le squadre SG chiedono di estrarre più minerale di quello che è naturalmente possibile raccogliere dai letti dei fiumi gli indigeni consultano gli "spiriti", presenze per loro fonte di ispirazione e devozione, i quali vieteranno ulteriori estrazioni del minerale.

I Signori del Sistema goa'uld stanno pianificando un attacco alla Terra e Thor offre il suo aiuto per negoziare un trattato di non aggressione. Vengono inviati Yu, Nirrti e Cronus ma Nirrti sabota il negoziato. Sam viene promossa a maggiore.