オニール率いるSG-1チームの冒険が始まる！アビドース作戦から1年以上空軍の監視下に置かれたスターゲイトが突然作動し、エイリアンに襲われる。退役したオニールはアビドース星へ派遣され状況を確認。そしてダニエルからスターゲイトは銀河全体に広がる星間ネットワークだと告げられる。

スターゲイトを抜けて、未知の惑星に到着したオニール達は、さらわれたダニエルの妻や少年スカーラの探索を開始するが、逆に敵の手に落ち、城内に幽閉される。そしてそこには、大勢の人間がとらえられていた。

SG-1 escapes through the Stargate before it is shut down, and learns that Daniel's alternate reality vision is true: Apophis is moving to attack Earth from above. The team must stop Apophis and his son, Klorel, who inhabits the body of their friend Skaara.

With SG-1 trapped on Klorel's ship, it seems that Earth is doomed as the Pyramid Ships prepare to destroy Earth.

The Tollan put Skaara and Klorel on trial to determine who will control the host body.

6つ揃うと恐ろしい力を発揮し、全てのゴアウルドの頂点に立てる「ラーの目」の最後の1つをアヌビスが狙い、アビドースを攻撃しようとしている。SG-1は早速アビドースに向かい、ピラミッドの隠し部屋でそれを見つけるが、地上軍が押し寄せ、追い詰められる…。