幻影旅団・・・。それはクラピカにとって憎悪の対象。5年前のあの日、親類、友人、そして『緋の目』・・・旅団は全てを奪っていった。奪われた同胞の『目』を取り返し、旅団を地獄へと叩き落す。クラピカの戦いの幕が上がる・・・！！！

人体収集家の館を訪れていたクラピカたち5人は、武装した謎の集団に襲われる。襲撃者を撃退しつつ、冷静に周囲の状況を探るクラピカの目は、不審な行動を取る一人の人物を捉えていた・・・。一方、ゴンたちもジンが残したゲーム『グリードアイランド』の手がかりを求め、ヨークシンシティへ向かっていた。

幻影旅団が、マフィアの取り仕切る地下競売場を襲撃する。競売場は完全に制圧され、競売品はおろか、参加者までもが消えてしまう。マフィアは襲撃者に懸賞金を懸け、追跡を開始。警備についていたクラピカも襲撃者の捕獲へ向かう。そして、クラピカと幻影旅団の運命の出会いは目前に迫っていた・・・。

マフィアの切り札である陰獣が、ウボォーギン達の殲滅に乗り出した。しかしウボォーギンはひとりで陰獣を次々に倒していく。その戦闘の中、ウボォーギンの背中にクモの刺青が！遂に見つけた幻影旅団メンバーにクラピカは戦闘に向かおうと決意する・・・。

ついに幻影旅団メンバーのひとり、ウボォーギンを捕らえたクラピカ。拘束されているにも関わらず横柄な態度のウボォーギンにクラピカの憎悪は膨らんでいく。そこにヒソカから一通のメールがクラピカに届き・・・。

仲間の助けで逃げ出したウボォーギン。しかし、プライドを傷つけられた怒りからクラピカを倒すため居場所を探し始めた。居場所が幻影旅団にばれていることを掴んだクラピカは、ボスを安全なところに避難させたのち、自分は幻影旅団をひとり待ち受けることに・・・。

幻影旅団のリーダーが死んだ・・・。突如として舞い込んだ情報に驚愕するクラピカ。どうしても信じられず、自らの目で確かめようと現場へと向かう・・・。一方、予定通りにオークションが開催された会場には、死んだはずの団員たちの姿が！？

クロロの占いによって、団員から裏切りの疑いを掛けられるヒソカ。クロロと闘いたいが故に、占いの改竄という危険な賭けに出たヒソカの思惑にクロロは・・・？また、旅団が生きていることを知ったクラピカはゴンたちと協力し、パクノダを捕らえるための作戦を実行に移す。

クロロはネオンの素性から鎖野郎・クラピカの居場所を見つけ出そうとしていた。一方、幻影旅団のアジトを見張っていたキルアは、センリツと合流し、旅団がクラピカのホテルに向かっていることに気づく。ついにクラピカを追う旅団と旅団を追うクラピカたちの運命の糸が交わろうとしていた・・・・。