ジンが残した手掛かりであるG.I.の世界へ足を踏み入れたゴンとキルアだったが、そこにあったのはメッセージだけだった。ゲームを楽しむことにしたゴンたちは情報収集のため近くの街へ向かう。そこでゲームのクリアをめざす集団に仲間にならないかと誘われるが・・・。

スペルカードを求めて魔法都市・マサドラへと向かうことにしたゴンとキルア。その道中、様々な怪物がゴンたちの前に現れる。やっかいな怪物たちに苦戦し、なかなか先には進めない。その戦う二人の姿を興味深そうにじっと見つめる少女・ビスケの姿があった。ビスケのねらいとは・・・。

ビスケの指導のもと、着実に念能力を向上していくゴンとキルア。最初は捕まえられなかったモンスターたちも捕まえられるように！二人が修行に明け暮れるころ、手を組んでゲームクリアを目指していた者たちの前にボマーが現れていた・・・。

ビスケからジャンケンの話を聞いたゴンは、ジャンケンになぞらえて強化系、放出系、具現化系の必殺技を習得するために修行を続けていた。一方、キルアはハンター試験を受けるために一度ゲームを離れ、現実世界に戻った。そんなとき、ゴンとビスケはボマーの実態について知る・・・。

２度目のハンター試験を難なくクリアしてハンターになったキルアがゲームに戻ってきた。ゴン、キルア、ビスケの３人が再び集まり、本格的にゲーム攻略を目指すことに！順調にカードを集めていく３人。一方、クリアを目前にしたプレイヤーたちが攻略へ向けて策をめぐらしていた。

ツェズゲラ組を騙してついに96種の指定ポケットカードを手に入れたゲンスルー組。ゲンスルーをクリアさせないために、共同戦線をはることを持ちかけられたゴンとキルア。早速、ゲンスルーが持っていないカード・一坪の海岸線を独占すべくソウフラビへ向かった！