在年号“平成”二十几年21世纪的日本，延续著由江户时代开始的德川幕府，第25代将军德川庆康统治的盛世日本。 距离首都百公里的圣峰富士山山麓之上建立的巨大学园“武应学园”。由德川家组成的学生会，执行对反抗的丰臣派的“丰臣狩猎”，在学园中掀起的巨大风暴。

就读“武应学园”亦身为柳生道场代理教练职务的柳生宗朗，对学生会的“丰臣狩猎”行动抱持疑惑，在道场中独自进行练习时，一名全身赤裸带着大小两把日本刀的少女穿过道场屋顶从天而降， 少女自称柳生十兵卫三严，并且使用华丽的剑术，击退带领风纪委员会来犯的服部半藏。之后一群拥有历史上有名武将之名的少女们也相继出现在宗朗面前……

武應学園塾に新たな敵が襲い掛かる。 結界によって封印されていた宮本武蔵、佐々木小次郎、宝蔵院胤舜、荒木又右衛門の蘇りし“四剣鬼（ダークサムライ）”。彼女たちが再び現世に現れた理由、そして、“柳生十兵衛”を執拗に狙う彼女たちの目的とは何なのか。 今ここに、美しきサムライたちの新たなる戦い始まる。

타케오 학원에 새로운 적이 덮치다. 결계에 의해서 봉인되어 있던 미야모토 무사시, 사사키 코지로, 호조인 타네슌, 아라키 마타에몬의 소생 "사검귀(다크 사무라이)".이들이 다시 현세에 나타난 이유, 그리고 '야나기 쥬베'를 집요하게 노리는 이들의 목적은 무엇일까. 지금 여기에 아름다운 사무라이들의 새로운 싸움이 시작된다.