Die OVA knüpft an die Serie an und setzt die Handlung fort. Sie spielt in der dritten Welt und zeigt Yunos Leben, nach der Konfrontation mit Murmur 1&2. Für Yukki sind bereits 10.000 Jahre vergangen und ohne Yuno scheint ihm die Welt wertlos. Gibt es eine Möglichkeit, dass die beiden doch noch glücklich werden?

Der Mittelschüler Yukiteru stellt mit Erstaunen fest, dass sein Klapphandy ziemlich smart ist: Es ist nämlich ein Tagebuch, das anzeigt, was ihm in naher Zukunft widerfahren wird. Doch das ist erst der Anfang.

Yuki wird von seiner Mitschülerin Minene Uryu als Nr. 1 enttarnt und damit zu ihrem Todeskandidaten im Survival-Game. Aber Yuki hat Glück. Das Schicksal hat ihm zwei Schutzengel an die Seite gestellt.

Gemeinsam mit Yuki und Yuno will der Kriminalpolizist Keigo Kurusu (Nr. 4) das sinnlose Mordspiel stoppen. Dazu müssen sie herausfinden, wer die anderen Mitspieler sind und wo sich die Nr. 9 aufhält.

Yuki, Yuno und Keigo besuchen den Tempel einer religiösen Sekte. Die Anführerin der Sekte gibt sich ihnen als Nummer 6 zu erkennen. Aber im Tempel sind noch zwei andere Teilnehmer des Survival-Games.

Die Ereignisse im Tempel überschlagen sich. Der Plan von Nummer 12 geht nicht auf. Nummer 6 entpuppt sich als skrupellose falsche Schlange.

Yukiterus Mutter, Rea Amano, stattet ihrem Zuhause seit langer Zeit mal wieder einen Besuch ab. So erfährt sie von der Existenz der an diesem Tag ebenfalls zufällig anwesenden Yuno. Die beiden verstehen sich auf Anhieb prächtig - ganz zum Leidwesen von Yukiteru. Es kommt sogar noch mehr Leben in den Haushalt, denn der junge Reisuke Hojo soll dort für drei Tage unterkommen...

Ein bösartiger 5-jähriger Junge namens Reisuke ist Nummer 5. Der Giftzwerg schleicht sich bei Yuki zu Hause ein, um Nummer 1 und 2 umzubringen

Vier der 12 Mitspieler des makaberen Survival-Games sind inzwischen tot. Yuki und Yuno gehen in eine neue Schule. Yuki findet in schnell Anschluss. Yuno traut den neuen Freunden nicht. Zu Recht.

Nr. 10, Karyudo Tsukishima, der Träger des Zuchttagebuchs, ist also Hinatas Vater! Hinata hätte so gerne die Zeit zurückgedreht und der Beziehung zu ihrem Vater noch mal eine Chance gegeben, doch dieser zeigt ihr nur die kalte Schulter. Um Hinata zu retten, die der Vertrauensbruch schwer getroffen hat, muss Yukiteru zu einer folgenschweren Lüge greifen...

Nr. 9, Minene Uryu, Trägerin des Fluchttagebuchs, hatte die direkte Konfrontation mit Nr. 3, Takao Hiyama, dem Träger des Mordtagebuchs, gesucht. Es kam zu einem unerwartet harten Kampf und so befand sie sich auf dem verlassenen Gelände einer Kunstakademie auf der Flucht. Nach einem Sprung aus einem Gebäude kam es für sie und Masumi Nishijima, der in seiner Funktion als Polizeibeamter den Täter der Mordserie in Sakurami beschattete, zu einem schicksalhaften Wiedersehen.

Eine List von Nr. 4, Keigo Kurusu, führt dazu, dass Yukiteru und Yuno sich als Verbrecher auf der Flucht befinden. Die beiden schaffen es mit Müh und Not zu entkommen und sich in einem Lagerraum des städtischen Krankenhauses von Sakurami zu verstecken. Durch Zufall werden sie auf Naoko, die Frau von Kommissar Kurusu, aufmerksam und verfolgen sie Nr. 9, Minene Uryu, die sich als Krankenschwester verkleidet hat, nutzt die Gelegenheit und geht zum Angriff auf die beiden über!

Mit einer Geiselnahme im Krankenhaus will Minene Uryu (Nr. 9) ihr Dead End abwenden. Kommissar Keigo Kurusu lässt sich nicht auf die Erpressung ein. Doch Nr. 9 ist raffinierter als Kurusu.

Zwei Wochen sind seit dem Vorfall rund um Nr. 4, Keigo Kurusu, vergangen. Aru, Hinata, Mao und Kosaka fahren in ein Thermalbad in den Bergen, um Maos Genesung zu feiern. Die vier genießen den erholsamen Kurzurlaub, als auf einmal der Kriminalbeamte Nishijima bei ihnen auftaucht. Er lässt sie wissen, dass Yukiteru und Yuno als verschollen gelten, sich möglicherweise aber ganz in der Nähe aufhalten...

Yuno scheint komplett irre geworden zu sein. Oji Kosaka erhält von seinem Handy die überraschende Mitteilung, dass er Tagebuch-Neuling Nr. 8 ist und alle Geiseln befreien wird.

Yuki und seine Freunde werden von dem gefährlichen Banditenpärchen Marco Ikusaba und Ai Mikami gejagt. Beide sind Träger des Tagebuchs Nr. 7. Kann Yuki Yuno wieder vertrauen?

Im Kampf gegen Nr. 7, Marco Ikusaba und Ai Mikami, verlieren Yukiteru und Yuno ihre Handys an ihre Kontrahenten und werden verletzt ins Polizeikrankenhaus von Sakurami eingeliefert. Yukiteru begegnet dort nach langer Zeit seinem Vater, Kuro Amano, wieder und kann sich bei seiner Rehabilitation an einem gemeinsamen Wettkampf erfreuen. Es dauert jedoch nicht lange, bis Yuno, die ein wachsames Auge auf die beiden hat, Kuros wahren Grund für den Besuch bei seinem Sohn erfährt.

Yuki und Yuno geraten im Sakurami-Tower mit dem Nr. 7-Pärchen in eine dramatische Situation, die doppelt tragisch endet.

Yuki versucht mit der Klassensprecherin Moe Wakaba anzubandeln. Da sieht Yuno natürlich rot.

Yuki enttarnt John Bacchus, den Bürgermeister von Sakurami als Nummer 11. Gemeinsam mit Nummer 8 wollen Yuki und Yuno den Bürgermeister umbringen und dann auch Nummer 8 entsorgen.

Um seinen perfiden Plan umsetzen zu können muss Nummer 11 die Nummer 9 aus dem Weg räumen. Was macht Nummer 11 so mächtig und welche Rolle spielt Deus in diesem Geschehen?

Nr. 1, Yukiteru, und Nr. 9, Minene, haben Nr. 11, John Bacchus, in die Enge getrieben. Als sie sich jedoch vor dem Tresorraum der Gasai-Bank wiederfinden und mitansehen müssen, wie Bacchus sich hinter der undurchdringlichen Tresortür verbarrikadiert, sind sie mit ihrem Latein am Ende. Minene wird schnell klar, dass ihr Plan hiermit gescheitert ist, und so richtet sie ohne mit der Wimper zu zucken ihre Waffe auf Yukiteru.

Deus klärt Yukis Freund Aru Akise darüber auf, dass er keinen eigenen freien Willen hat, sondern von ihm (Deus) erschaffen wurde, um bestimmte Taten auszuführen. Aber das erschüttert Aru nicht.

Yunos Zukunftstagebuch teilt ihr mit, dass die Welt in wenigen Tagen untergehen und sie zusammen mit Yuki sterben wird. Yuno ist überzeugt - das wird der schönste Tag ihres Lebens!

Töten, töten, töten - bei Yuki und Yuno dreht sich alles nur noch ums Töten – sich selbst, den Anderen oder andere Menschen.

Erste, zweite, dritte Welt – die Beziehung von Yuki und Yuno eskaliert immer mehr. Wer sich liebt, der tötet, den er liebt.

Die Zukunft wird mit unglaublicher Geschwindigkeit umgeschrieben. Was passiert hier nur?

Yukiteru Amano ist nun im zweiten Jahr der Highschool. Sein Problem: Es fällt ihm schwer, Freunde zu finden. Geplagt von der Einsamkeit, schreibt er seine Erlebnisse in sein „Handy-Tagebuch“. Sein einziger Freund ist ein imaginäres Wesen namens Deus Ex Machina, das ihm eines Tages erzählt, dass er der Herrscher von Raum und Zeit ist. Deus X Machina modifiziert Yukiterus Handy so, dass es nun Ereignisse anzeigt, die in der Zukunft stattfinden werden. Als Gegenleistung muss er an einem „Spiel“ um Leben und Tod teilnehmen, dessen Gewinner der neue Nachfolger von Deus X Machina sein wird.