Reddington s’est fait arrêter à Hong Kong. Il est aussitôt transféré dans une prison secrète, "La fabrique", un établissement où sont interrogés les prisonniers afin de leur soutirer des renseignements d’intérêt majeur. Liz et l’équipe réussissent à obtenir l’autorisation d’aller sur place pour en apprendre davantage. Il semblerait que Red se soit fait arrêter dans le but d’approcher un certain Luther Braxton, un voleur. A leur arrivée sur place, ils sont arrêtés par des hommes de Braxton, qui est parvenu entre-temps à prendre le contrôle de la prison. Mais Liz réussit à s’enfuir et retrouve Red, à l’intérieur. Celui-ci lui apprend que Braxton veut dérober le fulcrum, un fichier contenant des informations sur un groupe d’hommes très puissants et qui, donc, permettrait de les faire chanter. Pour ce faire, il a besoin d’accéder au réseau de la Défense en se connectant depuis la salle du serveur dans "La fabrique".

Après que "La fabrique" a été touchée par des missiles envoyés par le gouvernement, Braxton est parvenu à s’enfuir à bord d’un hélicoptère, enlevant Liz. Dans la prison, Samar, Red et Ressler parviennent à rétablir la communication avec les garde-côtes qui viennent à leur secours. Les recherches débutent pour retrouver Liz. Détenue par Braxton, celui-ci est fermement décidée à lui arracher le secret du fulcrum. La torture ayant échoué, il force une neurologue spécialiste de la mémoire à intervenir pour sonder l’esprit d’Elizabeth en utilisant l’hypnose, associée à diverses drogues. Liz est plongée dans une sorte de rêve éveillé au cours duquel ressurgissent des images de son passé. Elle se revoit enfant, le soir de l’incendie qui a détruit sa maison et probablement tué son père. De leur côté, Reddington et le FBI font tout pour retrouver Liz. Red fait jouer ses relations et parvient à retrouver Braxton et à localiser la jeune femme. Il profite de l’état d’hypnose dans lequel elle se trouve encore au moment où il arrive pour tenter de lui faire dire où se trouve le mystérieux fulcrum, en vain.

Vanessa Cruz organise une machination machiavélique pour venger la mort de son mari. Elle manipule tous les acteurs qui ont poussé celui-ci au suicide et les fait tomber dans divers pièges qui tantôt les conduisent en prison, tantôt provoquent leur mort. Elle en profite au passage pour leur dérober des sommes extrêmement importantes. Reddington met Liz et l’unité spéciale sur la piste de Vanessa Cruz, qui est en train d’organiser la fin de sa vengeance en utilisant l’identité de sa petite amie pour piéger le dernier homme d’affaires qui a conduit son époux à mettre fin à ses jours. Vanessa finit par être démasquée in extremis par le FBI, mais elle parvient à s’enfuir.

Liz et Dembe réussissent à s’enfuir avec Reddington. Ils se réfugient dans un entrepôt trouvé par monsieur Kaplan qui y a fait venir une équipe médicale de secours pour opérer Reddington, blessé par balle au poumon. Mais deux hommes se prétendant du FBI arrivent sur place et l’un d’eux tue, accidentellement, le chirurgien. Il leur faut trouver un nouveau site et un nouveau médecin au plus vite. Liz emmène tout le monde dans l’ancienne cachette de Tom et contacte Nik, un docteur qui fut son ancien compagnon. Pendant ce temps, l’unité au FBI cherche à localiser un certain Leonard Caul, à la demande de Reddington.

À peine guéri de sa blessure, Reddington met l’unité spéciale sur une affaire de profanation de sépulture et de vol de cadavres. Plusieurs corps de jeunes femmes sino-américaines ont été dérobés. L’enquête conduit Elizabeth sur la piste d’un trafiquant international qui s’occupe aussi bien d’armes et d’explosifs que de fournir à de riches familles chinoises des corps embaumés qui serviront à une cérémonie nuptiale posthume, destinée à assurer le bonheur des défunts dans l’au-delà. Elle découvre qu’il est également chargé de faire entrer sur le territoire un tueur du nom de Karakurt. Red veut à tout prix déjouer les plans du directeur et de la Cabale. Pour ce faire, il retrouve la trace de Jasper et s’arrange pour le faire parler en lui faisant croire que Navabi est un agent double au service de la Cabale.

Liz est sur le point d’être inculpée pour l'assassinat du sénateur Hawkins. Le procureur général Tom Connolly démet Cooper de ses fonctions et garde Elizabeth Keen pour l’interroger. Mais elle parvient à s'échapper avec l’aide de Reddington et Cooper. Pendant ce temps, Reddington réunit des journalistes d'investigation de premier plan dans le monde, leur révélant le contenu du Fulcrum, afin d'exposer publiquement la Cabale. Grâce à Liz, Cooper découvre que sa maladie était une mise en scène orchestrée par la Cabale et Connolly. Lors d’une confrontation avec Connolly, Cooper lui révèle qu’il a découvert la supercherie. Le procureur général explique à Liz et Cooper que, quoiqu’ils fassent, il retournera toujours la situation en sa faveur.

Reddington et Liz sont sur la liste des dix fugitifs les plus recherchés par le FBI. Liz a abattu le procureur Général Connolly, qui était lié à la Cabale, et elle est soupçonnée d’être responsable de la mort de quatorze agents de la CIA dans un attentat. Reddington met tout en œuvre pour leur faire quitter Washington afin d’échapper à leurs poursuivants. Il a activé un contact connu sous le nom de «Désinformateur», spécialiste dans la création de leurres et de fausses pistes pour égarer les forces de police. Parallèlement, Dembe est tombé dans le piège d'un certain Matias Salomon, membre de la Cabale, qui a l’intention de se servir de lui pour remonter jusqu’à Reddington. Ressler, qui a maintenant pris les commandes de l’unité spéciale, est contacté par Tom qui lui propose ses services pour tenter de disculper Elizabeth. Bien que Ressler ne soit absolument pas convaincu de la culpabilité de son ex-coéquipière il refuse l’offre de Tom. Durant leur exfiltration dans deux véhicules séparés, Reddington arrive à se faufiler entre les mailles du filet alors que Liz reste bloquée à l’intérieur du périmètre de recherche établi par le FBI. Elle cherche refuge à l’ambassade de Russie où elle se présente comme agent du FSB.

La Cabale se rapproche de plus en plus dangereusement de Liz et de Red avec Salomon comme émissaire. En même temps, plusieurs assassins se mettent aux trousses de Liz, alléché par une prime qui sera offerte par un certain Arioch Cain, qui s'avèrera être la fille d'une des agents de la CIA tués dans l'attentat attribué à Liz. Ressler prend la défense de Liz contre la Cabale tout en tentant de contrecarrer les assassins.

Pendant que Tom infiltre un groupe de combat brutal afin de trouver un homme susceptible de disculper Liz, Reddington et la jeune femme recherche l'homme de confiance du Directeur et échappent de justesse une confrontation violente.

Au moment où la Task Force pourchasse un terroriste, Samar voit un événement tragique de son passé du côté de sa famille refaire surface. Le FBI et la Cabale gagnent du terrain dans la traque de Reddington et Liz. Tom, quant à lui, rencontre des complications dans son plan pour disculper la jeune femme.

Liz est arrêtée par le FBI et emmenée au Post Office avant d'être envoyée au tribunal pour être jugé. Reddington fait appel à l'aide de la Task Force pour la protéger, car le Directeur met tout en œuvre pour la tuer.

Red fait appel à la Task Force afin de protéger Liz de la Cabale et la disculper, n'hésitant pas à mettre au point un ultimatum final envers le Directeur.