Red pressent une catastrophe imminente qui serait l'œuvre d'un assassin appelé "The Freelancer". Liz et Red décident d'agir ensemble incognito pour l'empêcher de tuer la prochaine victime qu'il vise, Floriana Campo. Dans le même temps, Ressler et une nouvelle recrue de la CIA, Meera Malik, intégrée à la garde privée de Red, les surveillent à distance. De son côté, Liz réfléchit à ce qu'elle devrait faire à propos de son mari, Tom, et de la mystérieuse boîte.

Wujing est un criminel chinois qui travaille officieusement pour son gouvernement. Il assassine les agents des services secrets étrangers. Les hommes de Wujing ont tué un agent américain, lui ont volé son ordinateur portable et tentent de déchiffrer le message crypté qu’ils ont intercepté. Wujing fait appel à Reddington pour régler cette question. Accompagné de Liz, censée être madame Givins, une experte en décryptage, Reddington se rend dans la tanière de Wujing. Le message contient le nom d’un agent et dès que Liz l’aura décrypté, elle doit transmettre son contenu via satellite à Cooper pour qu’il protège la cible de Wujing.

Liz doit participer au procès d'un trafiquant de drogues nommé Hector Lorca. Elle a contribué à son arrestation quand elle travaillait au FBI. Red la prévient que les hommes de Lorca sont entrés en contact avec lui pour lui demander d'organiser son exfiltration. Effectivement, pendant le procès, le témoin à charge principal se fait enlever, ce qui invalide le dossier contre le prévenu. Le FBI retrouve la trace du témoin dans un motel mais pas son corps. Red révèle à Liz que "le Marmiton" s'est chargé de lui : il s'agit d'un nettoyeur très efficace qui ne laisse rien des corps qu'on lui demande de faire disparaître.

Liz et Tom sont maintenant sous la surveillance du FBI. Un jeune homme, Seth Nelson, est enlevé. Ce dernier s'avère être un génie de l'informatique capable de craquer tous les codes sécurisés du monde. Reddington sait qu'un espion iranien, Hamid Soroush, doit se livrer à une transaction par l'intermédiaire du "Coursier", un personnage insaisissable qui sert de livreur et d'intermédiaire dans des échanges entre criminels. Red compte laisser le FBI arrêter le Coursier, qui lui a posé beaucoup de problèmes par le passé. Il indique à Liz le lieu de rendez-vous entre l'Iranien et le Coursier.

Liz confronte Tom à propos de la boîte cachée sous le parquet. Il nie savoir quoi que ce soit à ce sujet et l'invite à le livrer au FBI pour lever ses doutes, ce qu'elle fait. Tom est interrogé par Meera pendant que Liz enquête sur une terroriste économique : une certaine Gina Zanetakos, présenté par Red comme la maîtresse de Tom, qui se fait engager par des entreprises qui veulent prendre l'avantage sur leurs concurrents. Il s'avère qu'elle a fait entrer une bombe sur le territoire des États-Unis grâce à un attaché d'ambassade. La bombe se trouve dans une voiture, dans la zone portuaire de Houston, le port concurrent du groupe qui l'a engagée.

Un homme a laissé une mallette dans le métro contenant un virus mortel qui fait trente-sept victimes. Reddington met le FBI sur la piste de Frederick Barnes, un scientifique spécialiste de la guerre bactériologique qui est apparemment devenu un meurtrier de masse. Les victimes du métro sont atteintes d'une forme foudroyante de la maladie de Kurz. En enquêtant auprès d'Anne Forestier, une ancienne collaboratrice de Barnes, Liz découvre qu'Anne a eu une liaison secrète avec Barnes. De cette liaison est né Ethan, lui-même atteint de la maladie de Kurz.

Le père adoptif de Liz l’appelle depuis l’hôpital. Son cancer est revenu, mais il n’en dit rien à sa fille. Pendant ce temps, un avion-cargo s’écrase au sol suite à l’explosion d’une bombe embarquée. Cooper fait appel à Reddington qui accepte de les aider, négociant un droit d’accès au fichier FBI des crimes violents. Il apprend ainsi que l’attaque a été menée par un groupe contestataire appelé Général Ludd, dont le chef serait un certain Nathaniel Wolfe. Après recherches, l’équipe découvre qu’il a changé de visage et se tourne une nouvelle fois vers Reddington qui connaît le chirurgien qui l’a opéré. Ils retrouvent la trace de Nathaniel Wolfe qui s’attaque, cette fois-ci, à un fourgon de transport de fonds après avoir posé une nouvelle bombe dans un autre avion.

Ressler vient chercher Reddington à Munich et lui annonce que l’agent Keen a été arrêtée. Mais une fois arrivés dans la base secrète du FBI, Ressler fait arrêter Red, Dembe et Lew. Cooper explique à Red qu’il fait cela pour le protéger car il y a une menace sérieuse sur sa vie. Cette menace émane d'Anslo Garrick. Il est décidé à se venger de Red. Mais en fait, le FBI vient de se prêter au jeu d'Anslo Garrick, dont la spécialité est d’extraire des prisonniers de prisons secrètes. Red sait alors que Garrick va attaquer la base secrète du FBI avec une équipe de mercenaires aguerris.

Liz et Aram sont conduits par un des soldats de Garrick à l'endroit où se trouve Red. Celui-ci force Ressler à lui donner le code pour sauver la vie de Liz, qui se retrouve embarquée avec lui par Garrick. Mais elle réussit à leur fausser compagnie. Garrick fait enlever la puce de géolocalisation de Red et l’emmène en lieu sûr pour pouvoir l’interroger. Fowler décide de dissoudre l’unité car une taupe s’est infiltrée dans le service pour divulguer des informations aux ravisseurs. Liz continue, malgré tout, de rechercher Red et contacte monsieur Kaplan, un de ses employés.

Tous les agents de la base sont interrogés par les affaires internes pour essayer de découvrir qui a laissé s'ébruiter des informations sur la sécurité, qui a permis l’attaque d’Anslo Garrick. Liz tient à poursuivre son enquête sur le tueur en série surnommé «Le bon samaritain» car il laisse une chance de survie à ses victimes en appelant les urgences après les avoir abandonnées mourantes sur la voie publique. Le FBI et Cooper sont toujours sans nouvelles de Reddington.