Pour mettre de la pression sur Ian Garvey, Red et l'unité spéciale se rendent à Paris pour traquer un important fournisseur d'héroïne pour le Syndicat Nash. Méfiante de Red, Liz poursuit Garvey de son côté.

Après avoir retrouvé sa sœur dont le père est également Reddington, Liz décide de l'utiliser pour capturer Ian Garvey une fois pour toutes et découvrir ce qui a tué Tom, tandis que Reddington élabore un plan afin de récupérer le sac contenant les os.

L'unité spéciale enquête sur la réapparition d'une jeune fille d'un culte trouvé dans une forêt, au cours duquel Samar va se retrouver en fâcheuse posture. Pendant ce temps, Reddington récupère de sa blessure infligé par Ian Garvey et cherche à trouver le sac avec les os en demandant l'aide de sa fille depuis longtemps perdue.

Liz et Red s'affrontent dans une course époustouflante pour trouver un Blacklister en possession du sac d'os, forçant la vérité sur les os pour finalement se révéler.

Reddington intervient dans un braquage de banque, détourne les braqueurs, vole un tableau de maître, sauve les otages, livre les braqueurs à la police et rend le tableau à la banque pour qu’il retourne à sa place d’origine : le musée du Caire. Pourquoi ? Il va avoir 60 ans et voulait vérifier qu’il n’avait pas perdu la main… Jennifer et Liz sont alliées pour démasquer le faux Reddington et comprendre ce qui est arrivé à leur vrai père. Elles retrouvent une maison d’enfance à Dover. La maison a été rasée, mais Liz se souvient : c’est dans cette maison qu’elle a tué son père, à l’âge de 4 ans. Reddington met le FBI sur la trace du docteur Hans Koehler, le chirurgien esthétique de la pègre, qui change les visages. Son fichier clients est une liste de grands criminels.

L’unité spéciale est toujours à la recherche de Moreau, qui a été repéré à New York. Liz et Ressler se rendent donc sur place, où ils apprennent le meurtre d’un courrier diplomatique travaillant pour le consulat de Turquie, à qui on a dérobé sa mallette et son badge. Leurs soupçons se portent sur Moreau et grâce aux informations de Reddington, les plans du Corse ne font plus longtemps mystère. Il compte déposer une bombe au siège des Nations Unies. Liz et Ressler font évacuer le bâtiment, après quoi Reddington et l’artificier qui a conçu la bombe et est censé la désamorcer peuvent faire leur entrée. Une fois le drame évité, alors que Reddington allait tranquillement fêter l’évènement dans un pub avec Dembe et l’artificier, il se fait arrêter par la police de New York. Il est transféré dans une prison fédérale, le gouvernement refusant de faire jouer son accord d’immunité.

Dès son arrivée en prison, Reddington rencontre Baldomero, une ancienne connaissance qui veut régler ses comptes avec lui. Prétextant vouloir défendre Walter, un jeune détenu qu’il vient de rencontrer au réfectoire, le "médiateur du crime" ne fait rien pour essayer de calmer le jeu et déclenche au contraire une bagarre qui lui vaut quelques ecchymoses au visage. La course contre la montre est lancée : avec l’aide de Liz, qu’il aiguille sur un couple de prêteurs sur gages, et d’un rat, qui lui sert de pigeon voyageur pour communiquer avec Dembe, Reddington manœuvre pour se débarrasser de l’importun qui menace sa vie et s’attire le respect de ses codétenus.

Ayant convaincu la juge de le soumettre à une expertise psychiatrique pour s’assurer qu’il est apte à être jugé, Reddington est envoyé dans un centre médical fédéral du Missouri. Il n’a évidemment que faire de cette évaluation, mais il sait que sur place, il retrouvera une ancienne connaissance à qui il espère soutirer des informations pour obtenir un nouvel accord d’immunité.

Liz et sa sœur, Jennifer, ont retrouvé la trace de Marguerite Renard, une ancienne infirmière qui pourrait leur communiquer la véritable identité de Raymond Reddington. Les deux femmes tentent de la kidnapper, mais rien ne se passe pas comme prévu. Au moment de passer à l'action, elles sont attaquées par plusieurs individus et Jennifer est enlevée sous les yeux de Liz. Cette dernière décide alors de demander de l’aide à son partenaire, Donald Ressler. Pendant ce temps, Raymond Reddington est mis sous pression par le directeur de la prison où il est incarcéré.

La Task Force tente d'arrêter un assassin insaisissable sur les traces de Liz.