Jedikiah donne un test à Stephen et ses collègues apprentis Ultra pour déterminer qui est capable de devenir un agent Ultra. Mais tout le monde n’a pas envie de travailler en équipe. Cara reçoit la visite d’un membre mystérieux de son passé. Russell est envoyé dans une mission de reconnaissance plutôt dangereuse qui pourrait mener à un clash entre les Tomorrow People. Pendant ce temps, John travaille avec un nouveau Break-out.

Stephen ne se sent pas très à l’aise avec sa nouvelle collègue Hillary qui a de mauvaises intentions. La mère de Stephen veut emmener toute la petite famille faire du camping, y compris son nouveau compagnon Peter, dont Stephen à du mal à lire les pensées. Sachant qu’il va quitter la ville, Stephen demande à John et Cara de veiller sur Astrid pendant son absence.

Après avoir appris des nouvelles plutôt choquantes Stephen essaye de remettre de l’ordre dans ses deux mondes en faisant un pacte avec Jedikiah. Avec un nouveau break-out dans les radars, Cara et Russell essayent de le rallier à leur cause mais vont tomber dans un piège d’Ultra. Pendant ce temps, Jedikiah est sur le point de développer une nouvelle technologie secrète qui pourrait changer son futur.

Une jeune femme masquée s'introduit chez les gens et combat le crime. Ultra veut mettre la main sur elle mais Russell et Stephen y parviennent avant. Russell pense connaitre la femme masquée, mais ce n'est pas elle. Russell et Stephen aide la femme à délivrer la famille du juge d'une enquête importante et disparaissent avant qu'Ultra ne débarque. Pendant ce temps, la femme de Jedikiah le retrouve pour pouvoir lire dans ses pensées afin de retrouver le père de Stephen. Elle se fait prendre mais John la sauve en avouant a Jedikiah qu'elle est enceinte. Suite aux informations trouver par Morgane, John laisse Cara lire dans ses pensées pour retrouver l'endroit où est retenu le père de Stephen. Stephen se rend chez lui pour prendre l'objet qui appartenait à son père et alors qu'il partait, sa partenaire chez Ultra débarque chez lui et l'embrasse. Stephen retrouve son père enfermé dans un aquarium et Jedikiah le surprend.

Agacé par les mensonges à répétition de Jedikiah au sujet de son père, Stephen fait un choix dans ses alliances. Croyant en Ultra et Hillary, Stephen veut ramener un éveillé pour voir si les choses ont réellement changées, au grand désarroi de Cara. Par ailleurs, le frère de Stephen, Luca est porté disparu après que Jedikiah ait forcé Stephen à le protéger.

Le travail acharné de Stephen en tant qu’agent double semble commencer à payer avec une potentielle trêve entre Ultra et les Tomorrow People. Toujours méfiante, Cara envoie Russell rencontrer le Fondateur. Jedikiah est désormais en cavale et déterminé à cacher son secret à Ultra. Pendant ce temps Stephen, avec l’aide d’Hillary réessaye de contacter son père.

Avec le possible retour de Roger à l’horizon, tout le monde s’inquiète de la réaction du Fondateur s’il l’apprenait. Stephen connait maintenant la vérité sur la Machine et la raison pour laquelle il l’a fait s’entraîner avec. Maintenant il a besoin de John et Cara pour l’aider à la détruire. Pendant ce temps Russell et d’autres Tomorrow People ont perdu l’espoir de trouver un jour le refuge et décident de partir de leur côté.

Quand les Tomorrow People apprennent à quoi sert le sérum qu’ils se sont fait injecter, Stephen et Cara essayent de gagner du temps pour que Jedikiah puisse créer un antidote. Impatients, Russell et les autres Tomorrow People sauvages prennent la grave décision de sacrifier Roger à Ultra pour leur propre sécurité. John a quant à lui des difficultés à comprendre son nouveau rôle et la seule personne vers qui il peut se tourner pour avoir des conseils est Astrid.