초고교급 고교생만이 들어갈 수 있는 키보가미네 학원에 입학하게 된 나에기 마코토. 나에기는 희망으로 부푼 가슴을 안고 새롭게 펼쳐질 학원생활을 꿈꾸지만 그를 기다리고 있던 것은 상상도 하지 못한 사태였는데….

"저녁 시간"이 되기 전, 나에기의 방에 마이조노가 찾아온다. 누군가 억지로 자신의 방문을 열려 했다며 겁에 질린 마이조노. 그런 마이조노를 위해 나에기는 하룻밤 동안 마이조노와 방을 교환해준다.

"초고교급 아이돌" 마이조노 사야카를 살해한 "쿠로"를 찾기 위한 "학급 재판"이 시작됐다. 나에기는 모두에게 범인으로 의심받는데….

24시간 이내에 또 다른 쿠로가 나오지 않을 경우 "모두의 부끄러운 추억", "밝히기 싫은 과거"를 세상에 폭로하겠다는 모노쿠마. 과연 모두의 선택은…?

"초고교급 프로그래머" 후지사키 치히로가 죽은 채 발견됐다. 후지사키의 시체가 발견된 곳은 여자 탈의실. 하지만 왠지 석연치 않은 구석이 있는데….

오오와다의 처형 후, 이시마루는 실의에 빠져 입도 벙긋하지 않게 되었다. 그리고 모노쿠마는 졸업생에겐 백억 엔을 주겠다며 모두를 유혹하는데….

이시마루와 야마다가 살해되고 야마다는 죽기 전 야스히로라는 이름을 남긴다. 또 다시 학급 재판을 시작되고 모두는 야스히로라는 이름으로 하가쿠레를 범인으로 의심하는데….

나에기는 모노쿠마와 오오가미의 대화를 듣고 오오가미가 내통자가 아닌지 의심하고, 알터 에고는 키보가미네 학원의 정보를 모으기 위해 네트워크에 접속하는데….

오오가미가 살해되고 또 다시 학급 재판이 시작된다. 하사히나는 하가쿠레, 토가미, 후카와를 범인으로 지목하지만 왠지 그녀의 평소와는 다른 행동에 나에기는 의아하는데…

다른 친구들에게 신뢰받지 못한 키리기리는 단독 행동에 나서고 모노쿠마의 보물인 열쇠를 손에 넣게 된다.

한 편 식물정원에서는 정체불명의 시체가 발견되는데...

정체를 알수 없는 16번째 고교생이 시체로 발견되고 학급 재판은 다시 시작된다. 토가미에게 범인으로 지목된 키리기리는 평소와 다른 행동으로 나에기를 범인으로 몰아가는데…

학원장의 전자수첩을 얻게된 나에기는 락커룸에서 생각하지 못한 단서를 발견하고, 모노쿠마는 모두에게 힌트인 사진을 한장씩 나눠주는데…

마지막 학급 재판이 시작된다.

주모자가 밝혀졌으니 나에기와 친구들은 마지막 교실 재판에서 희망봉 고등학교의 숨겨진 미스터리를 밝혀내야 한다. 절망을 물리칠 수 있는 희망이 있는가, 아니면 결국 그 장본인이 승리할 것인가?