Segue le vicende di uno studente al secondo anno delle superiori, Sorata Kanda; quest'ultimo vive al Sakurasou, dormitorio per ragazzi problematici sito all'interno della scuola da lui frequentata Un giorno nello stesso istituto si trasferisce Mashiro Shiina, una bella ragazza, artista brillante e cosmopolita. Sorata pensa subito di doverla proteggere dagli svitati del Sakurasou, salvo poi scoprire che Mashiro nasconde un sorprendente segreto: la ragazza non è capace di badare a se stessa, tanto che si perde per strada e non riesce a mantenere in ordine la propria stanza. I compagni di dormitorio di Kanda lo nominano “padrone” di Mashiro; così, un comune ragazzo ed una brillante ragazza persa tra le nuvole vanno a formare un curioso connubio, in cui a Sorata è affidato il compito di proteggere e guidare il proprio "cucciolo”.