En el año 2552, los humanos del planeta Madrigal han estado luchando por independizarse de la Tierra, pero un encuentro fatal con Alien Covenant complica las cosas. El Jefe Maestro John 117 y sus súper soldados "Spartans" se unen a la lucha. Después de la batalla, Master Chief se dirige a su planeta natal de Reach con un sobreviviente de Madrigal y un objeto misterioso que descubrió en el planeta. Pero una orden controvertida hace que John cuestione su misión y a sí mismo.

John busca venganza en un planeta secreto ONI. Pérez entrena para convertirse en un nuevo tipo de soldado. Kai se encuentra dividida entre su código espartano y su lealtad al Jefe Maestro. Makee recurre a Cortana en busca de ayuda en su búsqueda del Halo.

John-117 se encuentra cara a cara con Makee. Una revelación lleva a Ackerson a cuestionar su lealtad. La relación de Soren y Laura comienza a fracturarse. Halsey, Kwan y Miranda trabajan para resolver un misterio.