谁都梦想过，用科学解决了一切的和平时代，示现引擎的发明使全世界的能源问题得到了解决。天真烂漫的14岁的少女·一色茜，与妹妹·桃子，祖父·健次郎，贫穷但也温暖的过着每一天。有一天，茜收到了好友·双叶葵回来的消息，同时，因为突如其来的神秘存在alone的袭击使葵卷入其中。小茜感到担心而去迎接小葵…。

小茜身着Palette suit。“对接”才能将不身份不明的敌人·alone打倒，祖父?田健次郎这样说，小茜和小葵下定决心“对接”。小葵也变身穿着Palette suit，和茜一起面对alone！在国防军合作下，总算是让alone动作停止了。然后，在那期间“对接”给予致命的一击。但是…

小茜、小葵和桃从蓝岛的学校转校。在第一天小茜就要迟到，就在变身Palette suit去学校时。却被身为剑道部的主将三枝若叶看到了！若叶误解茜是居心叵测的人，她要进行消灭，但反而被轻松逆转了，若叶输给了陌生的敌人后在打击中振作不起来。然后，在那天的早会上，出现了转校生的身影…！

某件事为契机宅在家中的少女·四宫向日葵。她在岛里的黑入照相机里继续观察着，那时候，目击了茜等人和alone战斗的地方！小茜她们还不知道这件事，并把向日葵放在自己的座位上的WEB照相机弄坏了。茜，葵，若叶为那件事道歉去了向日葵的家。向日葵打算慌称不在家，却对獭君产生了兴趣，于是招呼到房间里了解…。

茜投递报纸的时候在堤防上看到与鸟嬉戏的少女·同学黑骑零。向她打招呼，却不友好地就走了。即使在学校相见，关于早上的事也什么都没说，那个时候，在示现引擎管理局在战斗数据资料分析中，健次郎和紫条发现alone是通过第三者操纵的可能性。

夏令营茜等人来到了式根岛。水羽为了防止钥匙掉进大海里将它们保管，其目的是为了健次郎先生考虑的特训。计划在夏令营强化小茜她们友情的力量，零偶然发现了，也被卷进了特训中。大规模的特训的成果是…。

茜对应了接二连三的alone的袭击，每天打工和对应alone开始对学业产生了影响。学校也有指示，在下一个实力测试没有取得好成绩将禁止打工，每天放学后都要接受补习的…。因此，小葵为了帮助茜的考试，提议在小茜家开学习会。而且小葵她们在学习会上还邀请了…。

茜alone在攻击受了重伤。若叶，向日葵和小葵看着治疗。另一方面，一度被认为是打败了的alone形成茧重生。军队的武器对茧是无法造成伤害的，在这之中alone再生并成长着。在茧即将孵化时，政府和联合防卫军被迫作出大规模攻击的决定。然后，葵等人要继承茜的意志，坚定了与alone战斗决心。

若叶每周星期天来向日葵的房间收拾，让向日葵享受着穿可爱的礼服。若叶因领着穿礼服的向日葵去商场受到周围的关注很得意，向日葵害羞试图遮掩着。这时人气时尚杂志记者出现在若叶和向日葵面前，并提出了读者模特摄影的请求。向日葵拒绝前若叶先答应了。

零站在小茜，小葵，若叶，向日葵面前。彼此的真面目让5人不知所措。被带走的零在各种调查下的结果如果alone出现的原因的话，那么她就是可能是从另一个世界来的人，健次郎这样说。没能见到零的小茜她们出来，在零的房间里各自诉说着想法，想要重新交谈的决心，目标朝着司令部。在那之前，零自己的感情与小茜碰撞下，打开了自己的心扉…。

零被乌鸦吞下。自己狂妄的称超越“他们”，施展压倒性的力量。然后，将这个世界毁灭，为了使示现引擎能源的吸收和暴走前往蓝岛。健次郎他们的SGI炸弹都无法打到敌人。但是，小茜她们为了帮助零，相信友情的可能性去追乌鸦。怀着各自的想法去了战场…。