渡边早季终于迎来了晚到的祝灵，随后她在清净寺除去了身上的咒力，顺利的开始在完人学校的学习之旅。在学校中，早季被分到了一班，她和小伙伴们学习了用纸牌做金字塔，还有沙书等科目。因为丽子的缘故，每次班级之间的比赛，一班都超越不了其他班级。谁知，比赛结束的几天后，天野丽子的身影突然从校园中消失了。

天野丽子消失后的一个月，完人学校举行了搬球大赛，规则是：两个班分为两个阵营，一方担任推球方，一方则是阻碍方，在限定时间内把球推入终点洞口的班级就会判定得分。由于苛刻的规则，一班的孩子们陷入了紧张的准备中。比赛当天，一班战胜了五班得到了晋级决赛的机会。决战中，面对爱耍手段的二班，一班陷入了苦战。

一班的小伙伴在野外露宿，朝比奈觉跟大家聊起了气球狗的怪谈，并不知不觉提到了恶魔衰白，于是在瞬的建议下，一班的小伙伴们决定启程寻找恶魔衰白和气球狗。在瞬的指引下，大家轻装上阵，徒步走到了森林深处的神社附近，就在这时恶魔衰白出现了，它的光催眠了瞬一行人，而早季因为带有太阳镜的缘故幸免于难。

一直被认为是恶魔衰白的生物，竟然是图书馆。图书馆回答了早季关于“恶鬼”和“业魔”的问题，原来，恶鬼是指出现在先史文明末期的拉曼库洛斯基症候群，而业魔则是同样出现于先史文明毁灭前夕的桥本阿培巴姆症候群的中重度期患者的俗称。就在图书馆回答瞬提出的关于“现在社会是如何管理”这个问题的时候，被一把火烧成了灰烬。

刚刚从化鼠手中逃脱的小伙伴们，就碰到了另一波化鼠的攻击，失去了咒力的孩子们为了不被化鼠一网打尽，决定分头行动。落单的觉和早季被化鼠抓住并囚禁。觉将准备好的伪巢蛇的假蛋诱骗化鼠看守吃下，趁化鼠爆炸的时候，觉带着早季逃走了。可是逃跑了没多远，就被外来化鼠追上了，在这千钧一发的时刻，一个神秘的声音出现了。

被困在地下的觉在早季的帮助下恢复了自己的咒力，并戳破了地表，带着早季回到了地面。觉利用自己的咒力，狠狠地惩治了土蜘蛛部族，在斯奎拉的指引下，觉和早季向土蜘蛛部族的龙穴进发，因为路上却不断遭受到土蜘蛛部族的攻击，使用咒力的觉已经产生了疲惫，但是他拒绝休息，执着的向土蜘蛛部族的龙穴进发，这时充满了危机的树林在他面前出现了。

面对三千只土蜘蛛成员的攻击，觉明显力不从心，过度疲惫的他已经无法频繁自己的咒力，幸好早季一直保持冷静的头脑，在早季的指挥下，觉利用自己仅存的一点咒力赶走了敌人，两人暂时逃脱。逃走的路上，觉因为体力不支倒下了，就在他们以为要完蛋的时候，大黄蜂部族及时出现，将土蜘蛛部族击溃，并且找到了龙穴。

时间过去了两年，瞬和觉的关系变得越发亲密，这让早季心中淡淡的不爽，与此同时，守则不停地为真理亚画像。外出游玩的早季听到了林间瞬和觉的对话，得知瞬和觉已经分手了，在校园中，大家发现觉已经拥有了新的恋人。就在这时，镝木肆星来到了课堂上，据说镝木肆星是一个集中精神可以把地球分成两半的男人。

瞬已经四天没有上课了，早季将瞬临走时的话告诉给大家，面对堆积如山的问题，觉提议去寻找瞬，为了不引起监视的注意，大家决定分头调查。早季和觉在调查的过程中发现住在松风之乡的人们都请假消失了，并且松风之乡的四周被封锁了。越过了封锁线，早季和觉发现有人在镇子中围出了另一个结界。

从真理亚口中得知，大人们准备抹杀瞬的存在，早季再也控制不住了，只身前去解救瞬。历经艰辛的早季终于找到了瞬，可是瞬却拒绝摘掉面具直视早季。原来在瞬的无意识下，自身的大量咒力被释放了出来，对周围的事物产生了变异的影响，而这就是桥本阿培巴姆症候群的表现。化身为业魔的瞬，只能每天记录自己的情况，而他的名字也被列入新的病例当中。

瞬死后，所有人的记忆都被篡改了，二班的良借机走入了大家的生活中。一场意外的梦，让早季恢复了一点记忆，在与良的对峙中，早季更加确定了自己的记忆被篡改，于是，在早季和觉的提议下，大家确定去寻找记忆中的一班第五个人。之后，寻找无果的早季为了知道梦中无字墓碑的主人，拿出了那面写有名字的镜子。

觉的奶奶朝比奈富子居然是伦理委员会的议长，而富子决定让早季接替自己的位置。就在早季不知所措的时候，富子将选择她的原因如实相告，这时早季才发觉自己一直被监视的真正原因。与此同时，富子将自己亲身经历的几段恶鬼和业魔事件详细地说给了早季，并将当年他们如何预防恶鬼和业魔的方式全盘托出。

守突然失踪，令真理亚、早季和觉格外着急，于是他们三人开始寻找守的踪影，幸好雪地里留下了守雪橇的痕迹。就在他们沿着痕迹追踪守的时候，突然发现痕迹的旁边出现了化鼠的脚印，这让早季想起镇里处理有可能变成恶鬼和业魔的方法，为了避免引起伙伴们的恐慌，早季只好将这个怀疑藏在心里，与此同时，在他们面前出现了悬崖，守留下的线索彻底断了。

刚回到镇子的觉和早季就接到了教育委员长的传唤，在调查会上，早季将守不愿意回村子的理由如实相告，真相引得教育委员会极度不满，委员长甚至决定要处分早季，就在委员长下命令的时候，富子及时出现，替早季化解了危机。富子将早季带走，并告诉她，只要能在三天内带回守和真理亚，就可以保证他们不死。

觉和早季沿原路返回，去寻找避难的守和真理亚，却发现雪屋已经没有了。焦急的早季在寻找的过程中不慎踏空掉落悬崖，幸好觉用自己的咒力将早季悬浮起来才幸免于难。从昏迷中苏醒的早季发现自己在一座小木屋中，问了觉才知道这里是食虫虻族招待贵宾的地方。就在这时，他们的老友，斯奎拉出现了，于是觉请求斯奎拉帮助他们寻找守和真理亚。

即使在野狐丸的帮助下，早季还是没能找到真理亚的踪影，却意外从斯阔库手中得到了真理亚写给自己的一封信，在信中，真理亚表示去意已决，并拜托早季和觉帮忙隐藏他们还活着的消息。为了帮助真理亚，早季和觉决定连同野狐丸向教育委员会报告真理亚和守已经在山上失足身亡。

很多年过去了，26岁的早季在异类管理科饲育裸龅牙鼠。有一天，觉突然出现在早季的面前，并告诉早季化鼠的部落发生了战争。因为早季并没有接到化鼠部落关于开战的请求，所以她对觉的信息表示怀疑，但是事情的真相确认了觉的信息。于是异类管理科请来了职能会议代表、安全保障会议顾问以及伦理委员会会长来分析这次意外的化鼠部落之战。

以强大军事能力为豪的大黄蜂部族全军覆没，甚至连奇狼丸本人都下落不明。在异类管理科的会议上，人们猜测化鼠最近的急速进步和军队扩张有可能是抓住了拟衰白。就在这时，肆星提出有可能让大黄蜂部族全军覆没的方法，就只有让拥有咒力的人类参与战斗。在人们还没弄清楚大黄蜂部族如何全灭时，化鼠的部队已经开始攻击村庄了。

因为藤田班长的队伍只剩下三个人，所以觉和早季决定加入藤田的队伍。就在五人巡逻到医院的时候，觉发现医院遭到了化鼠的包围，于是，大家趁仓持进入医院的时刻，利用咒力将医院外的化鼠清除干净了。在觉一行人进入医院之后，他们才意识到真正的威胁并不是化鼠的部队，而是恶鬼。

为了躲避恶鬼的追杀，觉利用镜像使两人成功逃脱。就在两人返回村子的时候，一只变异化鼠出现了，它利用喷出的黑色烟尘引发爆炸。在这次爆炸中，觉和早季被分开了，在回镇子的路上，早季听说，怪物利用水路攻击了镇上的人，为了保护大家，镇里所有的河水都被抽干了，只有完人学校还保持完整，而富子女士也在那里。

恶鬼终于出现了，镇子的人们还没来得及反击，就被恶鬼干掉了。肆星为了给镇长居民争取逃走的时间，决定同恶鬼战斗，可是由于肆星先生受到攻击抑制和愧死机构的影响是无法杀死恶鬼的，这种虚张声势的战斗被恶鬼识破也是早晚的事。正如觉推断的一样，肆星先生很快就死在了恶鬼手里。

觉和早季在同乾先生的谈话中得知恶鬼是守和真理亚的孩子，野狐丸将这个孩子培养成恶鬼后，利用恶鬼的力量建立一个化鼠帝国。早季和觉来到清净寺后，看到了瑞穗留给自己的书信，信中提到只要早季能够启动精神风暴，就可以阻止恶鬼的杀戮。为了启动精神风暴，觉和早季决定在奇狼丸的带领下前往东京。

不知何时泄露出的咒力，使东京的地下变成了地狱一般，为了躲避野狐丸等人的追捕，奇狼丸提议大家分头行动，奇狼丸和觉负责在地下洞穴里留下他们的气味，而早季和乾先生则去开潜艇。但是开潜艇的过程并不顺利，早季遭到了沙蚕的攻击，幸好乾先生出手相助，潜艇才能继续航行，在航行的过程中，早季再度陷入迷幻当中。

奇狼丸以诱敌为由离开了队伍，觉和早季在逃亡的过程中碰到了被称为恶鬼的守和真理亚的孩子，早季觉得只要让恶鬼意识到自己是人类的真相，就能阻止她继续攻击人类，可是这个计划失败了。为了击败恶鬼，觉对恶鬼使用了精神风暴，只可惜，恶鬼并没有因此消失，只是单纯的受伤了。就在早季和觉好不容易逃走的时候，野狐丸竟然提出和他们谈判的要求。

早季发现奇狼丸没有遭到恶鬼的攻击，便决定利用奇狼丸打败恶鬼，这个计划虽然奏效了，可是奇狼丸却牺牲了。早季和觉在监牢里探望了即将受到审判的野狐丸，可是野狐丸完全没有承认自己这次行动的错误。在觉和早季对化鼠的调查中发现，化鼠就是拥有咒力的民族为了更好地保护自己的地位，将没有咒力民族的人类基因改变而产生的。