Ethan får veta sanningen om Wayward Pines, medan Theresa gör efterforskningar på egen hand.

Den hemliga motståndsrörelsen i staden gör nya försök att fly från Wayward Pines, och Ethan gör vad han kan för att hindra dem.

Ethan och David Pilcher försöker hitta en lösning på upploppen i Wayward Pines, men de har olika idéer om vad som måste göras. Till slut är situationen ohållbar och Pilcher tar saken i egna händer.