리틀 버스터즈로 언제나 함께 있을 것만 같았던 리키와 친구들. 그러나 쿄스케가 취업활동을 시작하면서 함께할 시간이 얼마 남지 않았음을 예감한 리키는 멤버들에게 한 가지 제안을 하는데...

리키는 옥상에서 과자를 몰래 먹고 있었던 같은 반 친구 코마리와 마주친다. 긍정적이고 느긋한 성격의 코마리와 친해진 리키는 그녀에게 야구팀 리틀 버스터즈에 들어오지 않겠냐며 제안하는데... 별로 야구에 흥미가 없어 보이는 코마리지만 일단 입단 테스트를 치루어 보기로 한다.

이제 4명만 더 모으면 야구팀 결성이 가능한 리틀 버스터즈. 그런데 어느 날, 성적은 좋지만 학교를 잘 나오지 않는 수수께끼의 클래스메이트, 쿠루가야 유이코가 리키에게 말을 걸어온다. 뒤뜰에서 같이 차를 마시면서 리키에게 장난을 거는 쿠루가야는 왠지 야구팀에 관심이 있어 보이는데...?!

어느 날 점심시간, 옥상에서 낮잠을 자고 있는 코마리를 발견한 리키는 코마리가 잠꼬대로 “오빠…”라고 중얼거리는 것을 듣는다. 코마리의 이야기에 따르면 자신은 외동딸이지만 언제나 꿈속에서 오빠가 나타나 슬픈 그림책을 읽어준다고 하는데...그런데 다음 날, 코마리는 꿈속에서 나온 그림책이 실제로 집에 있는 것을 발견한다.

꿈 속에만 등장하는 코마리의 오빠의 존재를 묻기 위해 다시금 요양원을 찾는 리키. 코지로 할아버지로부터 듣게 되는 코마리 오빠의 진실이란...? 그날 밤, 그 진실을 알고 밤잠을 설치던 리키는 교문을 통해 무단침입하려는 코마리를 발견하게 된다.

사소한 계기를 기폭제로 코마리는 무너지고 말았다. 모든 과거의 진실을 떠올리고 만 코마리는 착란증세를 보이며 리키를 오빠라고 부르게 된다. 그러나 쿄스케와 리틀 버스터즈 친구들은 안타까움과 후회에 빠진 리키의 등을 살포시 다독여 주었는데... 다시금 용기를 얻은 리키는 코마리의 힘이 되기 위해 한 가지 결심을 한다.

야구 연습에 정진하고 있는 리틀 버스터즈, 그러나 멤버가 부족한 상황은 여전하다. 그러다가 얼떨결에 멤버 보충의 중책을 맡게 된 리키. 추가 멤버를 누구로 해야 할지 고민하던 리키 앞에 학교 최고의 트러블 메이커, 사이구사 하루카의 수상쩍은 모습이 포착되었다.

외국에서 온 혼혈 귀국자녀 노우미 쿠드랴프카. 그녀의 범상치 않은 운동신경을 눈여겨 본 리키는 그녀를 리틀 버스터즈에 가입시킨다. 한편 쿠드는 함께 방을 쓸 룸메이트를 찾고 있었는데…

아직도 친구들과 잘 어울리지 못하는 린에게 과제를 달성하면 세계의 비밀을 알려준다는 두 번째 편지가 도착한다. 편지엔 아무런 부연 설명도 없이 학생 식당을 구하라는 말뿐. 결국 린과 리키는 식당으로 가보기로 한다.

항상 나무 밑에서 홀로 책을 읽고 있는 소녀, 니시노조 미오. 그녀는 학급 내에서도 존재감 제로로 불리우며 고립되고 있었다. 연습 도중의 실수로 우연히 미오와 인연을 맺게 된 리키는 그녀를 리틀 버스터즈에 받아들이기로 결심하는데...

쿄스케의 변덕으로 이번에 리틀 버스터즈가 도전할 것은 납량특집! 담력훈련이었다. 린-코마리-쿠드의 최약체 파티의 비명소리를 BGM으로 전진하는 리키-유이나-하루카 파티. 그런데 쿄스케도 생각지 못 했던 미지의 존재가 이 담력훈련에 난입해 왔는데...

리키는 항상 혼자 책을 읽고 있는 니시조노에게 야구팀 매니저가 되지 않겠냐며 권유한다. 의외로 니시조노는 쉽게 그 제안을 받아들이는데... 그러나 야구와 단가짓기를 함께 하면서 멤버들과 친해진 것 같았던 니시조노는 어느 날 갑자기 어디론가 사라져버린다.

미오의 결석이 이어지는 나날, 모두의 기억 속에서 미오의 존재가 사라져 가고 있었다. 불가사의한 사태 앞에 당황하는 리키 앞에 미오가 다시 나타났다. 그리고 미오가 데려간 장소에서 만나게 되는 또 한 명의...?!

홀로 미오의 존재를 잊지 않기 위해 애쓰는 리키. 그러나 애매한 기억은 미도리의 한마디에도 쉽게 흔들리고 말았다. 리키는 도움을 얻고자 쿄스케에게 상담을 부탁하는데...

우연히 나온 연애 이야기에서 서로의 마음을 확인한 리카와 쿄스케. 그러나 그 뒤편에선 쿠루가야의 검은 음모가 리키를 노리고 있었다. 린의 부름에 따라 여자 기숙사에 잠입한 리키, 그러나 그곳에서 기다리고 있었던 건...?!

리키는 나무 뒤에서 조용히 움직이는 사이구사를 발견한다. 알고 보니 그녀는 선도부의 눈을 피해 철거가 예정된 낡은 벤치를 고치려고 하고 있었는데. 벤치를 고치려던 찰나, 갑자기 선도부장이 나타나 사이구사가 보는 앞에서 벤치를 부숴버리고 그녀를 심의 위원회로 연행해 간다.

하루카가 털어놓은 사이구사 가문의 비밀, 카나타와의 관계. 그러나 절망에 빠진 하루카에게 리틀 버스터즈는 버팀목이 되어 준다. 그에 새롭게 용기를 얻는 하루카는 사이구사 쇼에게 진실을 확인할 것을 결심하는데...

하루카의 편을 드는 리키의 본심을 시험하기 위해, 카나타는 하루카로 변장하여 리키 앞에 나타난다. 그리고 하루카는 그 모습을 보고 심하게 동요하는데... 쏟아지는 빗속에서, 하루카는 자신을 속여온 카나타에게 비난을 퍼붓는다.

실력고사를 앞둔 노우미를 도와주기 위해 리틀 버스터즈 멤버는 돌아가면서 그녀에게 공부를 가르쳐주기로 한다. 자신이 좋아하는 분야에서는 박식하지만 그 외의 분야에서는 지식이 거의 없는 노우미, 게다가 시험 때가 되면 긴장해서 항상 시험을 망친다고 하는데...

벌써 3통째인 수수께끼의 편지. 리키와 린은 세계의 비밀을 알기 위해 이번에도 편지에 적혀있는 미션을 해결하기로 하는데...편지의 내용에는 누군가의 상사병을 치유해달라는 말이 적혀 있었다.

쿠드랴프카라는 이름의 뜻을 들은 리키는 그 이름이 쿠드와 매우 잘 어울린다고 생각한다. 그리고 별이 내리는 어느 날 밤, 리키는 우연히 쿠드의 신비한 의식을 보게 되는데...남십자자리의 이야기와 함께 쿠드는 우주비행사인 어머니에 관해 말하기 시작한다.

로켓 발사 사고에 관한 뉴스를 보고 큰 충격을 받은 쿠드랴프카. 쿠드 어머니의 생사는 시간이 지나도 확인이 되지 않은 채, 테부아에서는 쿠드에게 비행기표를 보내온다. 가야 할지 말아야 할지 고민하는 쿠드를 보면서 리키가 해줄 수 있는 건 아무것도 없었는데...

뉴스를 통해 전해지는 테부아의 내전과 혼란스러운 정세는 리키와 친구들을 불안하게 만들었다. 한편, 쿠드는 테부아에 도착하여 어머니가 무사하다는 소식을 확인하게 되는데...

린과 리키 앞에 도착한 또 다른 편지. 편지에는 인형극을 하라는 미션이 적혀있었다. 뜬금없는 미션에 리키는 의문을 느끼지만 그것도 잠시, 마치 미래를 예견하듯이 인형극을 해야 할 일이 생기는데...

드디어 리틀 버스터즈의 대망의 첫 시합이 결정된다. 상대는 무려 운동부 캡틴으로만 구성된 올스타팀. 그러나 리틀 버스터즈에겐 시합을 하기엔 부족한 치명적인 결점이 있었는데...

갑자기 선언한 쿄스케의 리키 리더 선언. 쿄스케의 갑작스러운 발언에 리키는 앞으로가 막막하기만 했는데... 그러나 그런 리키의 주변에는 믿음직스러운 친구들이 있었다.

Kyousuke impliments a Battle Ranking system, with Riki slowly moving up the ranks, whilst Yuiko has fun teasing the other girls by giving them dubious advice. Meanwhile, a mysterious fighter known as Mask the Saito appears and starts defeating other members of the Little Busters and moving to the top of the rankings. Mask the Saito then confronts Riki in a battle, but he is stopped by a moving story by Komari and admits defeat, revealing himself to be Kyousuke, who passes the mask onto Riki.

리틀버스터즈의 첫 야구시합을 기념하기 위해 코마리 주최의 핫케이크 파티가 열렸다. 친구들과 함께 웃고 떠드는 언제나와 같은 즐거운 일상. 그러나 그러한 일상 속에서 종종 리키는 알 수 없는 불안감에 사로잡히고 있었는데…

기면증으로 쓰러져 쿠루가야의 간호를 받게 된 리키. 쿠루가야는 방송실에 단둘이 있게 된 상황을 구실삼아 깨어난 리키에게 짓궂은 장난을 치는데. 이후 넋이 나가버린 리키를 보고 쿄스케는 사랑이 찾아왔다며 리키가 쿠루가야에게 고백할 수 있도록 어떤 계획을 세운다.

반복되는 6월 20일. 그러나 친구들은 아마도 이 상황을 깨닫지 못 하고 있었다. 쿠루가야를 만나기 위해 방송실로 찾아가는 리키. 그녀는 무엇인가를 알고 있는 듯 했지만...

또다시 무엇인가를 잃어버린 듯한 기묘하고 안타까운 감정과 함께 잠에서 깨어난 리키. 그렇게 멍하니 있던 리키에게 한 명의 소녀가 다가와 사랑을 고백을 했는데...그 고백은 지금까지 멈춰있던 두 명의 소꿉친구의 관계를 크게 진전시키는 계기가 된다.

레논으로부터 건내진 마지막 과제. 그것은 조회시간 입후보하는 것이었다. 그 내용은 학교를 시찰나온 시의원을 안내해주는 역할을 맡는 것. 리키와 함께 무사히 안내역을 마친 린이었지만 이 일은 생각치 못한 방향으로 전개되고 마는데...

결국 교환학생으로서 병설학교로 떠나가 버린 린. 리키는 린을 성장시키기 위해 리틀 버스터즈를 만들고 부수려는 쿄스케의 방식이 맘에 들지 않았는데...병설학교에서 보내오는 린의 문자 메시지는 리키의 마음을 더욱 더 아프게 했다.

방구석에 처박힌 쿄스케. 소꿉친구들조차 두려워하며 리키에게만 마음을 열게 된 린. 이 세계는 분명히 이전과 어딘가 달라져 있었다. 그러나 그러한 사실조차 자각하지 못 한채 마음속 어딘가에 의문만을 품고 리키는 다시 리틀 버스터즈를 모으기 위해 나서기 시작한다.

스스로가 리더가 되어 다시 한번 리틀 버스터즈를 결성할 것을 결심한 리키. 과거 쿄스케가 그러하였 듯이 우선은 마사토를 동료로 만들기로 한다. 그러나 린과 함께 식당에서 찾아낸 마사토의 상태는 어딘가 이상해 보였는데...

마사토를 다시 리틀 버스터의 멤버로 맞아들인 리키는 이번엔 켄고를 동료로 만드려고 한다. 그러나 리키의 의도를 알고 있는 켄고는 그것을 강하게 거부하였다. 그리고 리키에게 리틀 버스터즈를 모으지 말 것을 경고하였는데...

켄고를 동료로 만들고 남은 것은 쿄스케를 맞이하러 가는 것뿐. 홀로 어둠에 잠겨있던 쿄스케는 지금까지 린과 리키를 위해 수없이 되풀이했던 이 세계를 다시 떠올려 본다.

쿄스케를 마지막으로 다시 모이게 된 리틀 버스터즈. 이 세계의 마지막 모습을 눈에 새기며 쿄스케는 리키에게 모든 진실을 고하기 시작한다.

린과 함께 현실세계로 돌아온 리키. 눈앞에 펼쳐진 현실은 처참하기 그지 없었다. 리키는 우선 린을 안전한 곳으로 대피시킨 후 쿄스케의 뜻을 거슬러 모두를 구하기로 결심하는데...

친구들을 구하기로 결심한 그 순간, 리키에게 또다시 기면증이 찾아온다. 쿄스케가 자신의 모든 것을 걸고 리키에게 가르쳐주려고 했던 것. 그것을 떠올리며 리키는 자신의 과거와 맞서기 시작한다.

학생 수첩을 주운 리키는 토키도 사야에게 그걸 전해준다. 그러나 사야는 리키를 쫓아다니면서 그를 죽이려 하는데.

사야와 함께 미궁의 입구를 발견한 리키는 미궁 안을 탐험하기 시작한다. 그러나 미궁은 바로 공략하기엔 너무 험난한 곳이었고 채비를 갖춘 뒤 다시 도전하기로 하는데.

사야와 함께 있는 순간에 기시감을 느끼면서도 리키는 지하 미궁을 전진한다. 이런 그들 앞에 움직이는 석상이 나타나는데..!

어느새 똑같은 모험을 몇 번이나 반복하고 있었던 사야. 그때마다 사야는 다시 리키가 자신을 좋아해줄지 불안해 하며 리키에게 말을 건다. 사야는 토키카제 슌에게 이번이 마지막 모험이라며 기회를 달라하는데.

자신을 따라오는 고양이를 차마 내칠 수는 없었던 리키. 결국 기숙사에 고양이를 데리고 오는데. 그 고양이의 정체는 놀랍게도 사사세가와 사사미였다.

사사미가 고양이가 되는 세계가 누군가의 바람 때문이라고 생각한 리키. 켄고에게까지 생각이 미친 리키는 사사미를 켄고 앞으로 데려가는데.

운동부 회의에서 나온 부실 재분배 화제. 쿄스케는 리틀버스터즈의 부실이 없어질지도 모른다는 생각에 리키를 기숙사회에 보내는데.

물을 맞아 들어나게 된 학대받은 후타키의 몸. 후타키는 학생들의 시선과 말에 견딜 수 없어져 하루카와 리키를 밀어내는데.

This anime adapts Key's visual novel Kud Wafter, which follows the romantic relationship between Riki Naoe and Kudryavka Noumi from the game Little Busters!