Пролог: беременная пещерная женщина становится единственной выжившей из своего клана после землетрясения и камнепада, затем у неё начинаются роды и она рожает ребёнка. Спустя короткое время, будучи занятой охотой, ребёнку угрожает змея и мать защищает его, но ценой смертельного укуса. Мать продолжает некоторое время бороться с ядом, но яд берёт верх, она падает и умирает возле небольшого водопоя. Затем другая женщина забирает себе ребёнка.

Настоящее время: Жарден, штат Техас, стал известным как город Чудо, где никто не исчез. Семья Мёрфи, Джон, Эрика, Майкл и Эви являются жителями города. Джон — пожарный, а Эрика — врач. Однако с этой загадочной семьёй не всё так, как кажется. Джон жестоко наказывает тех, кто считает город особенным; Эрика частично глухая; а Эви страдает эпилепсией. Мёрфи принимают новых соседей — Кевина, Нору, Джилл, Лили и их собаку. В эту ночь трое местных девушек растворилось в воздухе, и среди них была Эви.

Ранее в Мейплтоне, Кевин переживает кризис совести из-за его роли в смерти Пэтти Левин. Он возвращается к неглубокой могиле в лесу и откапывает тело. Он намеренно проезжает быстро мимо полицейской машины и его останавливают и отправляют на допрос. Его быстро освобождают после того, как расследующий офицер AFTEC узнаёт у Кевина, что причиной смерти Пэтти было самоубийство. Джилл встречается с Томом в закусочной и пытается уговорить его вернуться в семью, но безуспешно. После разговора со своим недавно освобождённым отцом, Кевин предлагает Норе и Джилл переехать. Нора продаёт свой дом и использует деньги, чтобы приобрести на аукционе дом в Жардене, Техас. Вскоре после их прибытия Кевину начинают приходить видения Пэтти. Этой ночью он просыпается на дне осушённого озера со шлакоблоком, привязанным к его лодыжке: всего в нескольких футах от того места, где была оставлена машина трёх девочек.

Том и Лори теперь работают вместе, чтобы спасти разъединённых членов Повинных. Лори, которая вновь стала терапевтом, теперь руководит группой поддержки для членов Повинных, которые хотят избежать культа. Том перемещается из города в город, проникая во многие фракции Повинных, чтобы выявить наиболее разочарованных членов Повинных, и он помогает этим людям сбежать и присоединиться к группе поддержки своей матери. Лори поглощена написанием своей книги-рассказа о своём опыте во фракции Повинных. По мере того, как Том и Лори всё больше погружаются в своё ненадёжное, но благое предприятие, оба оказываются в трудных ситуациях. После того, как одна из спасённых Томом и Лори — Сьюзан — убивает себя и свою семью после того, как она пыталась приспособиться к прежней жизни, Лори сомневается в своём решении опубликовать свою книгу. После того, как Том избит, изнасилован Мег и почти подожжён другими членами Повинных, он возвращается домой и ставит под сомнения мотивы своей матери для вовлечения его в её усилия против Повинных.

В настоящее время в Жардене, Нора просыпается от землетрясения на следующее утро после исчезновения девочек и обнаруживает, что Кевин пропал. Опасаясь худшего, она испытывает серьёзную встряску, прежде чем Кевин возвращается домой. Он объясняет, что он проснулся на дне озера, но скрывает другие детали. Они оба соглашаются, что Кевин должен молчать о своей близости к девушкам, опасаясь подозрений. Он присоединяется к поисковому отряду на озере, желая втайне ото всех найти свой телефон, который он потерял ночью из-за замешательства. Найдя его, Кевина встречает встревоженный Джон, который предлагает отвезти его домой, но вместо этого делает его невольным партнёром в преступлении. Он едет в мотель, где остановился Айзек, который предсказал несчастную судьбу Джона. Джон нападает на Айзека с бейсбольной битой, в то время как Кевин пытается сдержать свой гнев. Айзек стреляет в Джона в целях самообороны, после чего Кевин везёт Джона в клинику Эрики за медицинской помощью. Между тем, Нора навещает Мэтта, чтобы удостовериться, что Жарден является таким, каким его описывают. Он рассказывает о ночи, когда он и Мэри впервые прибыли, и её чудесном выздоровлении и последующем рецидиве. В конце дня Нора настаивает на том, чтобы она пристегнула себя наручниками к Кевину, пока они спят.

Преподобный Мэтт Джеймисон из раза в раз пытался повторить день, когда Мэри проснулась, но безуспешно. Расстроившись, он отвозит Мэри в Остин, Техас, чтобы сделать МРТ, и обнаруживает, что она беременна. На обратном пути в Жарден, они наталкиваются на мужчину и его маленького сына, и у них проблема с машиной. Когда Мэтт останавливается, чтобы помочь, незнакомец нападает на него и крадёт оба их браслета, получая доступ к эксклюзивному городу. Мэри, похоже, просыпается на мгновение и провозглашает, что если она не вернётся в Жарден, ребёнок умрёт. После того, как им отказали во въезде в Жарден, Джон Мёрфи соглашается спонсировать их при одном условии: Мэтт должен признать, что беременность Мэри по природе не является чудом. Он признаёт это, но Джон передумывает, когда Мэтт спрашивает, почему он так зол на город. Позже Нора и Кевин пытаются тайком провести их в город в багажнике их машины. В пути они натыкаются на мёртвое тело вора, который украл браслет, а сын дрожит стоя рядом. Отправив Мэри вместе с Кевином и Норой, Мэтт отводит мальчика к Джону. Он говорит Джону позаботиться о нём, а также, что он не вернётся в Жарден, пока он не докажет свою истину. Мэтт отправляется в лагерь и показывает акт нежности.

Some unexpected visitors get under Nora's skin, and she becomes preoccupied with a burning question about herself. Kevin's predicament becomes impossible to ignore. Erika finds an unlikely ally and reveals some haunting secrets.

Nora gives Kevin and Jill news they weren't expecting. Laurie makes a rash decision that affects the Garveys. Kevin deals with the fallout of Nora's news, and explores his options re: tackling his Patti problem head-on.

In the wake of Kevin's desperate decision to vanquish Patti, questions and answers emerge as the world adjusts to the repercussions of what comes next.

A personal loss and subsequent pilgrimage to Miracle offer clues on why Meg embarked on her path as a Remnant crusader. After a fallout with Laurie, Tom seeks to reunite with Meg.

Kevin comes clean to a skeptical John about his connection to Evie's disappearance, as Miracle faces an unexpected threat on the fourth anniversary of The Departure. Season Two Finale.

Three years after Miracle, Texas was overrun by the Guilty Remnant, Kevin Garvey has returned to his role as chief of police. Although he seems to have moved past the incredible events surrounding his “resurrection,” the Seventh Anniversary of the Sudden Departure is just two weeks away and many believe another apocalyptic event may come with it.

In her official capacity as fraud investigator for the Department of Sudden Departure (D.S.D.), Nora travels to St. Louis to investigate a possible scam that involves convincing the family members of The Departed there’s a way to see their loved ones again.

With the clock ticking towards the anniversary of the Departure and emboldened by a vision that is either divine prophecy or utter insanity, Kevin Garvey, Sr. wanders the Australian Outback in an effort to save the world from apocalypse.

Kevin and Nora travel to Australia, where she continues to track down the masterminds of an elaborate con, while he catches a glimpse of an unexpected face from the past, forcing him to confront the traumatic events of three years earlier.

Convinced it is Kevin’s destiny to be in Miracle for the coming seventh anniversary of the Departure, Matt Jamison impulsively heads to Australia in an effort to bring Kevin home. Unfortunately, God gets in the way.

Laurie Garvey, a former therapist, must become one again as she heads to Australia to help Nora and Kevin along their paths.

On a mission of mercy, Kevin assumes an alternate identity.

Nothing is answered. Everything is answered. And then it ends. Series Finale.