憧れだったステラ女学院高等科への入学が決まり、期待に胸を膨らませて女子寮へとやってきた大和ゆら。ルームメイトとなる3年生・鹿島そのらはあいにく帰省中で不在だったが、ゆらは部屋のベッドに寝転がりながら来たるべき寮生活への妄想を繰り広げていた。すると、そんな薔薇色の妄想を打ち砕くかのように、枕の下からお嬢様学校には似つかわしくないモノが出てくる。それは「デザートイーグル」──。何故こんなところから銃が!?

サバイバルゲームをする部活動「C3部」に勧誘されたゆら。初めて参加したサバゲーでは迫力に圧倒されるばかりで、なかなか入部する決心はつかなかった。そこへ、相部屋のそのらが帰ってくる。そのらはC3部の部長で、ゆらが握ったおにぎりを一口食べただけで、ゆらの中に眠る素質を見抜くのだった。ところが、C3部の部員たちがあの手この手でゆらを入部させる方法を考える中、そのらは何故かあまり気乗りしないようすで…。

C3部に入部したゆらは、先輩部員たちと共に高校生サバゲー大会に参加。初めて見るサバゲーフィールドに目を輝かせる。試合では先輩たちにフォローしてもらいつつ、チームに貢献する活躍を見せるゆら。サバゲーの楽しさにも目覚め始めていたとき、次の対戦相手を確認した先輩たちの表情が一変する。C3部が一度も勝てたことがないという明星女学園。そのリーダーである榛名凛は、かつてはそのらのパートナーだったというが…。

ゆらがそのらに連れられて「修行」で向かった先、そこは山の頂上にある神社だった。この神社の矢場には、平家一門のとある武人が弓の神様として祭られているという。ここでゆらは、そのらから「日本の銃術」をサバゲー術として伝授される。そのらから渡されたばかりの銃「スコーピオン」で修行に挑むゆら。遠く、小さく、しかも風で揺れる的に狙いが定まらず苦戦するが、その中でゆらは闇の中に浮かぶ若武者の幻影を見るのだった。

南の島でキャンプをすることになったC3部。同じく女の子ばかりのサバゲーチームである「チーム瀬戸一家」と交流を深めるため、島に上陸する時に早速ゲームで対戦したり、食事やお風呂を一緒にしたりして、共にキャンプを楽しんだ。ところが翌朝、ハプニングが発生する。ゲームで使うはずだったフラッグが見当たらないというのだ。見つからないまま海岸へと向かうと、そこにはフラッグ代わりにはためくカリラとほのかの水着が!!

サバゲーの24時間大会、そして文化祭を控えて予算が足りなくなってしまったC3部。そこでそのらは、文化祭でお金を稼いで、その利益を24時間大会参加の費用に充てるというアイデアを思いつく。しかし、なかなか準備が捗らず、気づけば文化祭まで残り3日。結局、出し物は「コスプレシューティング喫茶」に決定したものの、思うようにお客さんが入らず、見かねたほのかがついに最後の手段に打って出る。その名は「濡れ濡れ作戦」!!

ゆらとそのらはサバゲーショップで買い物をした帰り、違法改造銃を持った何者かに襲われる。犯人を捕まえようと飛び出したゆらを庇って、全治3週間のケガを負ったそのらは、24時間大会への出場も絶望的となる。そのらがいないのならばと、出場を辞退しようとするC3部員たちだったが、そのらのケガに責任を感じたゆらはみんなに黙って大会にエントリーしてしまう。「C3部必勝大作戦計画」を立案し、張りきるゆらだったが…。

そのら不在のまま24時間大会に挑んだC3部だったが、結果は強豪・明星女学園を破り見事に優勝！ しかし、ゆらは浮かない顔…。ゆらは凛と対決した際に「ゾンビ行為」という不正を行ってしまったのだ。ところが運営を通じて確認したところ、凛はゾンビ行為があったことを否定。これで正真正銘、C3部の優勝となったが、どうしても納得のいかないゆらは凜の真意を問いただすべく、一人で明星へと乗り込んでいくのだった。

もっと強くなりたい。自分の道を究めたい。――その思いにとらわれたゆらはC3部を去り、明星女学園のサバゲー部に参加する。凛とのツーマンセルで挑んだ最初の試合で勝利こそ収めるものの、ゆらの戦い方は作戦もコンビネーションも全く無視したものだった。故に凛は、次の試合からゆらに衛生兵として参加するように指示する。その真意を解さないゆらはさらなる強さを求め、何かにとりつかれたように過酷な特訓を繰り返すのだった。

そのらがアメリカに留学することになった。今まで黙っていたことへの怒りと、そのらがいなくなる寂しさで泣きそうになるカリラだったが、C3部らしく送別会ならぬ“お別れサバゲー”でそのらを見送ることにする。一方、ゆらを捜すれんとは、すっかり気力を失ったゆらがゲームセンターで遊んでいるのを発見する。ゆらは凛に見放されたことで、明星でも居場所を失ってしまっていたのだ。れんとはゆらをお別れサバゲーに誘うが…。

お別れサバゲーで、カリラ、ほのか、れんと、八千代の4人を相手にしてもなお、圧倒的な力の差を見せつけたそのら。日本でのファイナルゲームもあっけなく終わってしまうのか…と、そのらがゴーグルを外しかけたとき、振り向くとそこには銃を構えたゆらが立っていた。ゆらの帰還を笑顔で迎えるC3部一同。そして、そのらは再びゴーグルを装着し、ゆらとの対決に挑む。成長したゆらと本気モードのそのら、どんな戦いになるのか!?

C3部メンバーが遂に雌雄を決する！？そう…遂にあの催し物が開催される。その名も「フィールドクイーン・コンテスト」！このコンテストに参加したのはC3部のメンバーだけでなくアオイ、そして凛までもがっ！！アピールタイムでは各々が魅力を存分にアピール！そしてサバゲーガチバトルではトーナメント方式で1vs1のサバゲーバトルが！果たして優勝するのは誰なのか！？熱き少女たちの闘いの先にあるものとは…。