Blessé au combat, le lieutenant Ledo, pilote de l'Alliance Galactique Humaine, se réveille sur une planète peuplée par une tribu primitive d'humains.

Alors que Ledo apprend la vérité sur l'état actuel de la Terre, le vaisseau de sauvetage de Bellows lance un appel de détresse.

Ledo, perçu comme une menace, est placé sous surveillance. Pendant ce temps, la flotte pirate de l'impératrice Lukkage se précipite pour se venger de la flotte Gargantia.

Ledo, qui n'a pas trouvé de travail, est invité à une fête. Mais il cherche vite à échapper à ses hôtesses qui font de l'excès de zèle.

Lorsque Gargantia arrive dans une Voie lactée, Ledo a l'occasion d'attraper du poisson sous l'eau dans un yunboro, mais il n'est pas assez entraîné.

Sur son lit de mort, le commandant de flotte Fairlock confie Gargantia à Ridget, mais sa première mission consiste à essayer de convaincre les capitaines de rester.

Ignorant le caractère sacré des poulpes-baleines, Ledo en tue une à cause de sa ressemblance avec les Hideauze.

Alors qu'ils font de la plongée sous-marine pour exterminer les Hideauze de la Terre, Ledo et Chamber font une découverte choquante dans les profondeurs de l'océan.

Ledo est sous le choc depuis qu'il connaît l'origine des Hideauze, tandis que Chamber reste déterminé à les massacrer.

Ledo apprend que Kugel, son commandant, est sur Terre et qu'il dirige sa propre flotte. Il décide alors de le rejoindre, mais se retrouve face à une mauvaise surprise.

Les horreurs de la flotte de Kugel deviennent encore plus évidentes. Et lorsque Kugel cible Gargantia, Ledo est contraint de prendre une décision difficile.

Pour sauver Gargantia, Ledo et Chamber doivent vaincre Striker par tous les moyens possibles, même s'ils sont très risqués pour la survie de Ledo.