超能力者收容监狱这一日迎来了一个穷凶极恶的犯人，最大的超能力犯罪组织“潘多拉”的首领——兵部京介，正当监狱长试图压制他的时候他采取了极端手段，将监狱一干人等慑服，但是却自觉地带上限制超能力的装置进入了监狱。

来自欧洲某国的カタストロフィ号。其目的是运送物资，并做交易。十分容易的掩饰了作为超能力者的“潘多拉”等人的踪迹。潘多拉的真正目的是和兵部从前熟识的某个人物见面。但是，在谈判的座位上的兵部，由远方一个枪口

瞄准了兵部。

奉命保护欧洲某君主王国的公主・苏菲举行了纪念仪式的会场的巴贝尔特工·皆本和贤木。在热闹会场突然地收到了“潘多拉”造访——苏菲公主诱拐的犯罪声明。另一方面的“潘多拉”也有新的活动。

去日本海上前进カタストロフィ号出现紧急事态。船内出现了侵入者。紧急体制进入的“潘多拉”的水手们。但是入侵的超能力者轻易地击败了一个有一个的水手。然后，在停靠港的港等兵部的是最强的超能力者队伍，代号为“绝对可怜小孩”挡住了“潘多拉”的去路。

短暂的假日的潘多拉的一行帮水手们买礼物，欣赏这个季节的景色，享受舒适的旅游心情。另一方面，兵部则是离开了一行人，自己单独行动去拜访了某个地方。

潘多拉的下一个任务的新型ECM的夺取决定了。作战行动前夜，像往常一样睡不着的红叶等人在台球桌前取乐，排解战的紧张和无聊。另一方面，图书馆中歌声悠来。但是，在兵部的脑海中，与自己的过去和纠葛那歌声“另一半的我……”。

由于大战的缘故，独自一人的少年兵部京介来到了日本，由自己的远方亲戚蕾见男爵的女儿，蕾见不二子在港口接纳少年。发现原来自己的超能力居然是由如此重要的作用，无独有偶蕾见不二子和自己也是同样的念动力能力者。

经过训练的超能力者们组成的日本陆军超能力者特殊部队，因为某些争执和海军达成协议进行赌斗，强大的能力者将海军的骄傲撕成碎片，得到军部许可年轻的超能力者少年兵部京介也一同踏上了战场，那一片充满悲伤的修罗场中，迎来的是日本帝国的覆灭。

孤身一人夺回自己战舰的兵部京介，在船上与试图夺走伊号的安迪进行对峙。另一方面，巴贝尔一行人与“潘多拉”也在进行对峙，似乎双方都有些束手束脚。

心跳计静静地摇动着。按照已经在普通的人类的标准应该已经死了的那个男人，现在他的生命依然没有消失的那个男人。因为他应该还应该做的事。晚上的帐安静下来的时候，他出发了。被他爱的人的制止。然后，在那里已经有一个人在等着他。两个相似的眼神的的男人。

那已经是战场了。像雨一样喷射的子弹，激烈的冲突中，男人们绝对不放弃。因为，对他们来说还有应该完成的誓言。那个时候两个人初次进行力量的交锋。

被黑暗追赶，贯彻黑暗，然后终焉就要开始了。那时候，男人为了托付的未来，最后的决心。