三代将軍・徳川家光（岩井秀人）の時代、男子のみがかかる疫病が大流行し、国内の男子の人口が、女子の１／４まで減少してしまった。そして、家光自身もこの病にかかって早逝してしまう。徳川家の血筋が絶えることを危惧した春日局（麻生祐未）は、家光が江戸城の外に作った少女を男装させ、江戸城大奥でひそかに将軍として養育する。

その少女(家光・多部未華子）が16歳になったその頃、京から慶光院の新院主として継目御礼のため、美貌の僧侶・有功（堺雅人）が参府する。このとき、上様を謁見する有功を見初めた春日局（麻生祐未）は、有功ら一行を監禁。将軍・家光付きのお小姓になるよう、有功に還俗を迫る。そして苦慮の末、春日局の脅迫に屈した有功は、自分の弟子である小坊主の玉栄（田中聖）と共に還俗し、江戸城に上がり大奥に仕えることに……。

お上(家光・多部未華子)は女、そして自分が大奥に連れてこられたのは、お世継ぎをもうけるための種と知らされショックを隠せない有功(堺雅人)。その有功が、顔を腫らし戻ってきたため、訳が分からず心配する玉栄(田中聖)。そこへ、春日局の命により、有功のお世話係を務めるという村瀬正資(尾身としのり)がやってきた。大奥で暮らすことを納得した有功は、京の万里小路家と伊勢の慶光院に自分が無事であるという便りを出してほしいと頼むが、村瀬からはもうすでに全て済んでいると言われ、さらには、薄気味の悪い京ことばを改めるようきつく言われ、そのあまりの言いように絶句する二人だった。

ある夜、突然有功の寝室に入ってきた家光は、まだ幼い子猫を放り投げ「そちにつかわす」と言い残し去って行った。当惑する有功…だが、家光が有功に興味を持ったことを知った春日局(麻生祐未)は、自分が間違っていなかったと嬉しさを隠せないでいた。

早々、大奥に控えている御中臈たちに引き合わされた有功は、御中臈たちが口々に家光をじゃじゃ馬呼ばわりしているのを聞き、さらりとたしなめる。しかし、それが発端となり有功や玉栄に陰湿ないじめがはじまり…。

有功(堺雅人)と家光(多部未華子)の恋が始まって一年が過ぎた。有功は文武ともに尊敬を集める存在になっており、大奥では有功が主宰する座学を楽しみにしている武士たちが増え、定期的に有功の部屋に集まるようになっていた。また、すっかり青年らしく成長した玉栄(田中聖)は、そんな有功に仕えていることを誇らしく感じていた。一方、長い黒髪に美しい煌びやかな打掛姿となった家光は、別人のごとく穏やかになり、聡明で政に関する見識も驚くほど成長していた。

そんな平穏な日々が続く大奥で、誰もが仲睦まじい二人の様子を微笑ましく思っていたのだが、ただ一人、有功の存在を認めていない人物がいた。それは、徳川家の血筋を絶やさんと苦心し、有功を還俗させて大奥へと連れ込んだ、春日局(麻生祐未)だった。有功が家光のお側に上がって一年、家光が未だ懐妊に至らないことに焦っていたのだ。

そんなある日、春日は、江戸市中から町人の捨蔵（窪田正孝）という男を大奥へと連れてきた。果たして、春日の真意とは…！？

春日局(麻生祐未)は、有功(堺雅人）に代わる家光(多部未華子)の側室として、江戸市中から町人の捨蔵(窪田正孝)という美形の男を連れて来た。ほどなく、有功はじめ大奥の御中臈たちと面会した捨蔵は、悪気無はないものの「（有功に）子種が無いから、代わりに上様のお床のお相手をするため来た」と言う。顔だけは美しい捨蔵だが、仕草・立ち振る舞いのどこをとっても有功とは比べものにならず、春日局は苛立ちを隠せなかった。そこで、有功の気持ちなど無視するかのように、なんと捨蔵の後見をするよう有功に命ずる。「こんな仕打ちはない。春日局には血が通っていないのだ」と腹を立てる玉栄(田中聖)に、有功は自分に言い聞かせるように「上様の心が揺らぐはすがない」と言う。

一方、家光にも、新しい側室が来ることが決まってから変化が出てきた。周囲には、今までと変わりない二人に見えるものの、上様は春日局と距離を置くようになってきた。そして、いよいよ捨蔵が上様の寝所へ上がる日がきた。その時、有功は…。

寛永19年夏、家光(多部未華子)に姫君が生まれた。生まれたのが男子のお世継ぎでなかったため、お七夜の祝いも重臣のみで行われた。母となった家光ではあるが、政に関ししっかりとした意見を下すなど、器の大きい底知れぬ存在感を周囲に感じさせていた。重臣たちも、「上様」と呼ぶ違和感がなくなっており、男でないことが惜しいなどと口々に語られるようになっていた。しかし、いまだ赤面疱瘡で息子を亡くす重臣も多く、お取り潰しなる家も多くなると心配事が耐えなかった。そんな話を聞いていた松平信綱(段田安則)には、実は人には言えない秘密を持っていた…。

一方、姫君の父親となった捨蔵(窪田正孝)は、家光より『お楽』という名に改名せよと言われ感無量、上機嫌になっていた。そんな様子を見た有功(堺雅人)は、以前の無邪気でのんき者の捨蔵とは違うものを感じていた。だが、そのお楽が浮かれた拍子に転び庭石に頭を打ちつけてしまい、悔やんでも悔やみきれない怪我をしてしまう。 そんな時、春日局(麻生祐未)は、何故か一度は引き離した家光に、有功の元へ行くことを許す。春日局の真意とは…！？

ある日、家光(多部未華子)は、伝右衛門(内藤剛志)を伴って城下へ視察に出かけた。城下では、道を往来しているのは女ばかり。活気はあるがよく見ると、髪を結い上げた女たちが忙しそうに男勝りの仕事をしていた。立ち寄った小間物屋では、8両という高値で、息子に夜伽の相手をさせますと斡旋をする有様。さらに、かつての公儀が遊郭として認めた吉原は、男子が激減したため閑散とし、見る影もなくなり、今は年寄りや病人ばかりの売り物の男が並んでいる様を見て、家光はショックを隠せなかった。城下の飢饉の情況を把握した家光は、早速城に戻り六人衆をを集め、百姓一揆の気運をくじく策を命じるなど家臣を驚かせる。

そんなとき、有功(堺雅人)の命に従い、玉栄(田中聖)が上様のお側に上がる夜が来た。前髪を落としすっかり大人の男に変身した玉栄だが、本当にこれでよいのかと悩み苦しみ、寝所に上がってもなお家光に自分の思いをぶつけるのだった。

一方、中奥では疫病のため跡継ぎがいなくなり、お家断絶が危ぶまれる大名家が増えていた。浪人が増し治安が悪くなることを懸念し、一時でも、女子の後継ぎを立てることを認めるしかないと言う六人衆ら家臣たちの言葉に、春日局(麻生祐未)は激怒するが、正勝(平山浩行)や信綱(段田安則)らが、女でありながら今の家光が名君と思えると語ると反論できなくなってしまう。

「誰も彼も、婆の言うことなど聴く耳を持たぬ！」と苛立つ春日局。そんな春日が、ある日突然…！？

ある日、大奥内で赤面疱瘡が発病し、お楽の方(窪田正孝)も病にかかってしまう。有功は春日局(麻生祐未)を看病しながら、その次の間にお楽の方たちを集め自身が看病すると宣言。春日局は、自分に献身的に看病してくれる有功の姿に打たれ、自分の部屋の次の間を使うことを快諾する。しかし、春日局を憎い仇と思う玉栄(田中聖)は、有功の行動が納得できないでいたが、「この大奥で無用の者となった自分が、誰かの役に立つことだけでうれしい」という有功の言葉を聞き、玉栄は昔と少しも変らぬ有功の姿を見たような気がする。

そんな有功の看病も空しく、お楽の方は息を引き取った。最後まで、娘・千代姫のことを思っていたと家光(多部未華子)に告げる有功。その言葉を聞いて、手厚く葬ってやるよう指示する家光だが、病に倒れた春日局の容態が心配でならなかった。そんな家光の心配をよそに、病状が進んでもなお、春日は薬断ちを止めていなかった。そのことを有功に気付かれたと知った春日局は、初めて心を許し、自分の生い立ちを有功に語り始める。

一方、側室となった玉栄は、家光が寝所で春日を心配している姿を見て、不思議な気持ちになっていた。家光は、春日のおかげで父が将軍の座につけた、父が将軍でなければ自分はそうなっていたのかなど話し始める。家光は「自分が生まれてきた意味を確かめたい、果たすべき責任があるなら果たしたい」と強い意志を語った。

そんなある日、春日局の病状はさらに進んでいた。病の床で今まで自分がしてきたことを、有功に心から詫びる春日。そこで春日が語りかけた言葉とは…？

女将軍が誕生し、家光(多部未華子)の生活は激変した。影の存在でなくなった家光は、連日のように「表」での御政務をこなさなければならなかった。それは、10年の長きにわたって頭巾を被り、稲葉正勝(平山浩行)がこなしてきたことだった。女公方様の誕生で、役目が終わった正勝は、伝右衛門(内藤剛志)と久しぶりに盃を交わしながら、今までの思い出話に浸った。

正月を迎えると、江戸城では上様への元旦の挨拶に訪れる大名たちの相手に忙しい家光の姿があった。また、女将軍誕生と共に誕生した女大名たちが一同に会し、女大名の打ちかけの色で一挙に華やかになっていた。

政に精を出す家光が、幕府の財源を心配し大胆にも着手したことは、大奥の人員整理だった。百名の者に暇を出し、それに伴い相場より安値で健康な男の体を提供できる吉原を作り上げた。それは、以前城下を視察した時から考え出したことだった。女たちが子どもを産むことも出来なければ、やがて国が衰退し滅びると案じていたのだ。さらに、これから先、女将軍が立つことがあれば、女将軍と契る最初の男は、大奥の中から選ぶこと、そしてその男は必ず内々に死罪とすることを言い伝えた。有功(堺雅人)は、少し驚きつつも家光の仰せの通りにし、その者を「御内証の方」と呼ぶことを決める。

六人衆はもとより有功さえも、政に向かう家光の言葉に対して二つ返事で従ったが、そんな状況を家光は寂しく感じ、「かけがいのないものを失ってしまった…」と、有功にこぼした。

そして季節が変わったある日のこと、家光から有功に夜伽をとの知らせが入る。ほどなく、白装束に着替え身を整える有功。しかし、「上様の体調がすぐれない」と正勝から連絡が入る。家光の体調はいかに…！？

有功(堺雅人)が大奥総取締になり、新生大奥が誕生して一年が過ぎた。家光(多部未華子)は、玉栄ことお玉(田中聖)の子を出産した。残念ながら今回も姫君だったが、玉栄は姫君誕生を手放しで喜ぶ。娘の名は、徳子と名づけられた。様々な思いが交差し、感無量で徳子姫を見つめる有功、そしてそんな有功に「もしも、そなたとの間に子をなしていたら…」と家光がつぶやいた…。

さらに数年が過ぎ、長女の千代姫(庵原涼香)と次女の長子姫(牛島七菜子)、そして徳子姫(古野本二葉)と、それぞれ三人の姫君たちも無事成長していた。

そんなある日、家光が有功に、三人の姫の中で誰が一番、将軍の器だと思うか訪ねる。徳子姫の時に特に難産だった家光は、もう子は産めぬ体と自覚していたのだ。しかし有功は、大奥総取締という立場から返事を控えると、世継ぎの話はまだ先の話だと、家光も有功の立場を理解して収めた。一方の玉栄は、自分の娘・徳子姫に、いつか公方様になるのだと言い聞かせ、それは有功も望んでいることだと信じていた。

そんな時、家光の体調に異変が…。家光の容態は？ 世継ぎ問題は？ そして、有功はどうするのか！？