Im Jahre 200X sind alle Menschen mit einem zentralen Computersystem verbunden. Jeder besitzt einen tragbaren Computer, der eine virtuelle Figur, den NetNavi, enthält. Der NetNavi „lebt“ im globalen Netzwerk und ist nach den Fähigkeiten seines Besitzers gestaltet. Der kleine Lan Hikari ist überglücklich, als er von seinem Vater seinen eigenen NetNavi namens MegaMan erhält.

Dax liegt im Krankenhaus, weil ihn seine Robo-Katze ins Bein gebissen hat und der Lehrerin Miss Mari wird von einem wütenden Robo-Hund die Handtasche geklaut. Lan und Maylu sind Zeugen des Diebstals und verfolgen den Hund bis in die U-Bahn. Dort treiben Wily und die „World Three“ gerade ihr Unwesen: Aufgrund einer Manipulation gerät die U-Bahn außer Kontrolle. Lan und MegaMan versuchen, die drohende Katastrophe zu verhindern.

Yai Ayano, Tochter eines stinkreichen Firmenchefs, kommt neu in die Klasse von Lan, Maylu und Dex. Sie protzt mit dem Reichtum ihrer Eltern und macht sich damit bald unbeliebt. Wärenddessen legen Maddy und ihr durchgeknallter NetNavi Wackoman von der Organisation „World Three“ das gesamte Ampelnetz der Stadt lahm. Der Verkehr in DenTech City kommt völlig zum Erliegen. Lan und MegaMan haben alle Hände voll zu tun, um das Chaos in den Griff zu bekommen.

Der neue Lehrer an der DenTech Academy Mr. Higsby führt böses im Schilde: Er will sich die Battlechips der Schüler aneignen. Kurzer Hand manipuliert er das Computersystem, sperrt alle Kinder und NetNavis aus und fordert Yai zu einem Zweikampf heraus. Dieser weigert sich, die Life Aura- und Hero Sword Chips herauszugeben. Lan und MegaMan eilen zu Hilfe, hacken sich in das Computersystem ein und starten eine nervenaufreibende Befreihungsaktion.

Maysa will, dass sich Lan, Maylu, Dex und Yai wie „normale“ Kinder verhalten. Mit Sport und gesunder Ernährung hält er seine Schützlinge vom Computerspielen ab. Das Fitnessprogramm nimmt ein jähes Ende, als Robo-Fische aus dem Aquarium der DenTech-City durch die Stadt fliegen. Die bösen „World Three“ wollen die Fische als Waffen missbrauchen. Mit den NetNavis MegaMan und Glide versuchen Lan, Maylu, Dex und Yai das Schlimmste zu verhindern.

All the water in DenTech City has dried up! World Three has captured Tory and his father Dr. Froid and forced them to use their NetNavi IceMan to freeze the programs that control DenTech City's Waterworks. Lan and his friends rush to save the day, but with MegaMan encased in ice and the Waterworks decaying, can they possibly stop World Three in time to restore the city's water?

World Three's Count Zap is on a robbing rampage, only no one knows that his real target is the videogame that AyanoTech is about to release; if he can steal that, he'll make kids all over the world miserable. Lan and his friends learn of the sinister plot, and MegaMan goes up against ElecMan to stop it. But even with the help from Black Rose and WoodMan, will MegaMan be able to stop the ultra-powerful ElecMan?

Feeling like he's lost his inner fire, Mr. Match decides the only way to ignite it again is by defeating MegaMan once and for all. To lure him into his high-temperature trap, Mr. Match sends TorchMan out on a spree of overheating chaos throughout DenTech City. Maylu happens to be at the salon at the time, her hair gets fried, and Lan makes the mistake of laughing at her. Meanwhile, MegaMan hasn't replied to TorchMan's mayhem, causing Mr. Match to grow impatient. He sends TorchMan to challenge MegaMan directly, but the message stops at Roll, who also happens to be mad at MegaMan! Maylu and Roll decide to take on TorchMan, falling right into the terrible trap. Will MegaMan show up before Roll gets toasted?

Im Auftrag von Mr. Wily stellt Yoga-Fatzke Yahoot im Fernsehen sein Hypnosekönnen unter Beweis. Die Show wird ein voller Erfolg. Bald sind alle außer Maylu und Lan hypnotisiert und halten sich für Tiere. Lan sieht nur eine Möglichkeit, noch Schlimmeres zu verhindern: MegaMan muss im zentralen Computersystem gegen Yahoots NetNavi Magicman antreten.

Wegen der bevorstehenden Landesmeisterschaft trainieren Land, Maylu, Yai und Dex eifrig mit ihren NetNavis. Mr. Wily und sein Gefolge von „World Three“ planen einen fiesen Coup um die NetNavis, die gegen sie sind, auszuschalten.

Tory und Iceman treten im ersten Fight gegen Rocketman an und gewinnen. Doch der zweite Kampf wird schwieriger: Lan mit MegaMan kämpft gegen Miyu und Rocketman. Miyu prophezeit Lan eine Niederlage innerhalb von fünf Minuten. Lan hat aber zum Glück von Higsby zuvor Mini-Boomer geschenkt bekommen, die ihm helfen sollen zu gewinnen.

Noch vor den NetBattle-Kämpfen des N1 Grand Prix beleidigt Maddy Maylu und Yai. Maylu fordert selbstbewusst Maddy und ihr NetNavi WackoMan im anstehenden Match heraus. Das Duell wird hart für Maylu, denn WackoMan kämpft mit ebenso unfairen Mitteln wie seine Besitzerin.

Der N1 Grand Prix ist in vollem Gange. TorchMan und MegaMan stecken noch immer in ihrem erbitternden Kampf. MegaMan scheint im Vorteil zu sein, bis Mr. Match einen Virus herunterlädt. Dieser Virus übernimmt die Kontrolle über die Sonnenkollektoren auf dem Dach der Kuppel der Arena. Die gebündelten Sonnenstrahlen lassen Lan in der quälenden Hitze schmoren.

Yai lädt ihre Freunde für deren Leistungen beim N1 Grand Prix in ein feines Restaurant ein. Dort fängt Chaud, der arrogante Sohn des BlazeQuest-Direktors, mit Lan Streit an, bis dieser ihn zum Kampf auffordert. Mitten auf einer belebten Straßenkreuzung tragen die zwei mit MegaMan und ProtoMan den Kampf aus. Währenddessen schickt Mr. Wiley hartnäckige Viren ins Netz, die in der Stadt für einige Unruhe sorgen.

Lan will hinter das Geheimnis des Programmsprungs kommen, bei dem drei Battlechips hintereinander geschaltet werden müssen. Nach einigen Fehlversuchen funktioniert es. Doch dann taucht Chaud auf und demonstriert den echten Programmsprung.

Auf dem Grand Prix erscheinen zwei vermummte Gestalten mit ihren NetNavis Stoneman und Blasterman. Dann geschieht etwas Außergewöhnliches: Als die Verbindung zwischen den Benutzern und NetNavi gekappt wird, kämpfen die NetNavis ohne ihre Besitzer weiter.

MegaMan und Sharkman kämpfen gegen Stoneman und Blasterman. Der Verdacht, dass Maysa und Commander Beef ein und dieselbe Person sind, erhärtet sich. In letzter Sekunde kann Miyu seine Enttarnung verhindern.

Beim N1 Grand Prix bekommen einige ausgeschiedene NetBattler durch den „Verlierer-Joker“ die Chance weiterzukämpfen. Die „World Three“ manipulieren jedoch das Programm hierfür, da sie unbedingt TorchMan und WackoMan ins Rennen gegen MegaMan und Roll schicken wollen.

Durch einen Verwandlungs-Chip, den die „World Three“ Maylu aufgeschwatzt haben, wurde Roll zur bösen „Empress“. Ehemals die beste Freundin von MegaMan, versucht sie nun, ihn aus dem Weg zu räumen. Higsby versucht mit Hilfe eines Neutralisierungs-Chips die Verwandlung rüchgängig zu machen.

Das Semifinale des N1-Grand Prix: MegaMan und Lan bilden ein Team mit ProtoMan und Chaud, um gegen die erfahrungsgemäß kampfstarken Solo NetNavis StoneMan und BlasterMan anzutreten. Kurz vor dem Match wird Chaud zu einer geschäftlichen Besprechung gebeten – und bleibt prompt im Fahrstuhl stecken.

Nachdem Chaud und Yai sich aus einem feststeckenden Aufzug gerettet haben, erreicht Chaud das N1-Halbfinale gerade noch rechtzeitig, um daran teilzunehmen. Er und ProtoMan halten nichts von Teamwork. Um alleine gegen StoneMan und BlasterMan kämpfen zu können, schlagen sie Megaman k.o..

Beim Finale MegaMan-ProtoMan stürzt das Stadion ein. Als wäre das noch nicht Unheil genug, erwacht dadurch auch noch eine besonders finstere Gestalt zum Leben: PharaoMan, ein böser, starker NetNavi.

Mysteriöse Ringe erscheinen auf den PETs der fünf Freunde. Es stellt sich heraus, dass MegaMans Datenmaterial noch nicht vollständig gelöscht wurde und eine Chance besteht, ihn wiederherzustellen.

Lans Dad schickt die NetNavis der fünf Freunde ins Wissenschaftslabor, um MegaMans Frame zu holen. Dort wird GutsMan von PharaoMan gelöscht. Doch auch die StoneMan/​ BlasterMan-Armee ist zur Stelle, um PharaoMan gefangen zu nehmen. Ein Kampf ist unausweichlich.

Chaud schickt ProtoMan ins Zentrale Computersystem, um MegaMan wiederherzustellen. Glücklicherweise gelingt dies. Gemeinsam greifen die beiden PharaohMan an und schwächen ihn so, dass Mr. Wily ihn leicht gefangen nehmen kann. Doch PharaohMan will nicht für Sterbliche arbeiten und greift zu verzweifelten Mitteln.

For placing second in the N1, Lan wins a trip around the world. He starts in the tropical Jawaiian islands, and his friends follow along for some fun in the sun. However, a ghost ship appears, capturing Maysa and Tory. The kids infiltrate the boat to rescue their friends.

The girls enter a contest to be just like Aki, a virtual pop singer. However, contestants go missing, so the boys dress as Aki to investigate the situation. A virus has infected Aki causing the mayhem, so MegaMan, GutsMan, and Iceman jack-in to rescue their idol.

Lan gerät in Netopia in die Fänge des korrupten Bürgermeister Daryl, der die Jugendgang um Raoul aus der Stadt vertreiben will. Außerdem hat er vor, Netopia abzureißen, um sich einen Tempel zu errichten.

Lan wird in Brand City von Mrs. Millionaire, einer gelangweilten, steinreichen Lady, in ein Spiel gelockt, dass er nur verlieren kann. Denn das Spiel beginnt nach jedem Sieg, den er erringt, von vorne.

Lan's bus breaks down while driving through Kingland, so he visits a nearby mansion. It's actually the home of Count Zap who has been persuaded by his mother, Mama Zap, to get revenge on Lan for destroying the WWW. Count Zap traps Lan in a NetBattle where he's shocked every time MegaMan takes damage. Meanwhile, Mr. Match mistakes the planes and goes to country where everyone knows about curry.

Lan's last venture of his vacation is to try all kinds of different curry—his favorite food. WWW members Mr. Match, Maddy, Count Zap, and Yahoot reunite to trap Lan during his all-you-can-eat curry buffet, but Lan's own friends make a surprise turn to help take the WWW down.

Während Lan verreist war, ist die Computerstadt Net City online gegangen. Dort hält sich auch der Schurke Arashi auf, der das Ventilationssystem in Yais Haus manipuliert, so dass die Ärmste fast sterben muss.

Immer neue Viren greifen an. MegaMan findet heraus, dass sie in einer bestimmten Fabrik hergestellt werden. Daher muss dem Treiben in dieser Fabrik ein Ende gemacht werden.

Der völlig bankrotte Higsby bekommt Besuch von dem geheimnisvollen Mr. Gauss. Dieser überredet ihn zu einem finsteren Plan: Gauss’ NetNavi MagnetMan manipuliert sämtliche Konten auf der Bank und transferiert Millionenbeträge auf Higsbys ehemals leeres Konto. Dieser kann sich so eine riesige Firma schaffen und viele neue seltene BattleChips zulegen. Yai und Chaud gucken dagegen dumm aus der Wäsche: Sie, bzw. die Firmen ihrer Väter, sind völlig pleite.

Ein Naturschützer will einen Damm sprengen, um die Menschheit auf den Irrsinn der Naturzerstörung aufmerksam zu machen. Lan, Sal und MegaMan wollen das verhindern und die Menschen auf andere Weise auf die Umweltzerstörung hinweisen.

Mechanische Grave-Pinguine sorgen dafür, dass in Den Tech City die Eiszeit ausbricht. MegaMan kämpft gegen FreezeMan, kann ihn aber nicht besiegen. Da erscheint glücklicherweise HeatMan, der mit seiner Wärme eine reelle Chance gegen FreezeMan hat.

Mr. Famous schlägt Mr. Match vor, HeatMans Frame mit TorchMans Daten zu füllen. Noch bevor der Transfer abgeschlossen ist, greift HeatMan in den Kampf zwischen MegaMan und FreezeMan ein.

Der alte CutMan erzählt Schauermärchen über MegaMans Verbrechen. Daraufhin wollen die CutMan-Brüder MegaMan zur Rechenschaft ziehen. Sie trennen ihn von Lan und geben ihm Saures.

Lan meets a boy named Whip, unaware that he's really the princess of Brightland, Princess Pride. ShadowMan targets Pride because her NetNavi, KnightMan, has a valuable virus protection program. Lan and MegaMan aid "Whip" in the battle against ShadowMan.

Tora, world-class NetChess Battling Champion and his NetNavi KingMan, have come to DenTech City to challenge Lan and MegaMan. Tora never plays for free though, and demands that whoever loses the NetBattle must give their NetNavi to the winner! Lan accepts the challenge, but soon realizes he has no idea how to play chess! Luckily, Maylu does and partners up with Lan. As the incredible battle nears its end, ShadowMan mysteriously appears on a mission to delete both KingMan and MegaMan!

All of the NetNavis in DenTech City are turning into cats! A freak electrical storm released a Cat Virus that's causing the transformations. To add to the confusion, Rush has somehow materialized in the human world. Dr. Hikari shows up to lend his help, and he reveals that if the Cat Virus isn't stopped soon, MegaMan and the others will remain cats forever! After sixty-foot-tall versions of Rush and the Cat Virus face off in the human world, MegaMan and the others are able to defeat the Cat Virus and give Dr. Hikari the data he needs to write a vaccine program. Everything goes back to normal--except that Rush can still appear in the human world. Will the vaccine work? And why is Rush now suddenly able to appear in the human world whenever he wants? What is going on?

Zum Ärger von Count Zap, Mr. Match und Yahoot wendet sich Maddy von den ehemaligen „World Three“ ab, um neue Wege zu gehen. Dabei gerät sie ausgerechnet an Mr. Gauss von „Grave“. Obwohl sie zunächst sehr angetan von ihrer neuen Perspektive ist, muss sie bald feststellen, dass diese Organisation noch bösartiger ist, als „World Three“.

Kyuta, a new student in Lan's class, is the son of famous baseball player Kyuma Hoshida, but he's depressed about having to move from his old town. To cheer him up, Lan and all of his friends in DenTech City invite him to a game of NetBaseball.

Lan und seine Freunde erhalten einen Hilferuf von Prinzessin Pride: BrightLand ist in Gefahr! Ihr bisher treuester Untertan, KnightMan scheint völlig durchgedreht zu sein und legt sämtliche Computer des friedlichen Landes lahm.

Der Kontakt zu den NetNavis in DenTech Citys Mondbasis ist abgebrochen. Commander Beef fährt dorthin, um das Problem zu beheben. Lan und seine Freunde versuchen mittlerweile herauszufinden, was es mit den mysteriösen neuen „ExtraCodes“ auf sich hat, die angeblich NetNavis ungeahnt stark werden lassen.

Ayano Tech richtet einen NetMobil Grand Prix aus. MegaMan und seine Freunde sowie Welt 3 und die NetzAgenten treten gegeneinander an, um zu sehen, wer das schnellste Fahrzeug hat. Es gibt spezielle BattleChips, die eingesetzt werden dürfen, um die Gegner auszuschalten. Alles ist erlaubt.

Ein riesengroßer Virus aus dem Stall von Kid Grave bedroht Net City. Er verschlingt nichtsahnende NetNavis mit Haut und Haar. Selbst ProtoMan und MegaMan können nichts ausrichten, und ihnen droht, selbst verspeist zu werden.

Allein der geheimnisvolle NetNavi Bass ist immun gegen die Kräfte des Cyber Biests. Unklar ist, wer von seiner Macht profitieren wird: Megaman oder Grave? FreezeMan soll im Auftrag von Kid Grave Bass auslöschen. Dieser wiederum verschwindet mit dem ohnmächtig gewordenen Megaman und versetzt dessen Freunde in große Sorge.

Das VirenBiest hat ProtoMan ausgelöscht. Lan und seine Freunde machen sich auf zum Anwesen von Mr.Gauss, nicht wissend, dass es inzwischen das Hauptquartier von Mr. Wily ist. Dort finden sie die verschwundenen NetNavis und den Käfig des Monsters.

Wenn durch Grave VirenBiest nicht gestoppt wird, übernimmt Mr. Wily die Weltherrschaft. MegaMan kämpft also Auge in Auge mit dem Monster. Selbst seine stärksten Waffen bleiben jedoch erfolglos. Dann geschieht das Unglaubliche: MegaMan regeneriert sich innerhalb des VirenBiests und erscheint in einem ganz neuen Stil.

When a vacuum robot sucks up everyone's PETs, Yai and her friends are forced to explore the booby-trapped depths of the Ayano mansion in order to retrieve their stolen NetNavis. Yai's comical and clumsy maid Sakurako makes the excavation more difficult for the cast.

Maysa and Higsby have both fallen for Ms. Mari, but she's in love with Commander Beef! Higsby challenges the Commander and Maysa to a NetBattle to prove he is the true hero. Meanwhile, Yai and her family manage to build a fantastic stadium for the event in one night, and since Ribitta is stuck somewhere in the Himalayas on assignment, Sal is persuaded to be the announcer at the match. Higsby's up first, but he's so nervous, he loses immediately. Then Lan, NetBattling for Maysa, finally gets to take on his idol, Commander Beef. The love battle is on. Who will have the heart of the shy schoolteacher?

Dex bekommt Besuch von seinem kleinen Bruder Chisao, der in Netopia wohnt und dort in eine Vorschule für hochbegabte Kids geht. Um dem Kleinen zu imponieren, hat Dex ihm allerlei Märchen aufgetischt, was sich natürlich später rächt.

Lan and Chaud are about to have the NetBattle to end all NetBattles, only it ends before it can really start. Chaud is called away on business for his father, so he rushes off to get to a small company to finish a cutting edge new Ultimate Molecular Chip they were hired to create. Chaud soon finds himself doing chores at the company, helping perfect the Molecular Chip, fighting off a hostile takeover of the business, and even defeating the viruses and NetNavi that the company's assistant released after trying to steal the Molecular Chip! What's so great about this chip? What will it be used for? And why is Chaud cleaning bathrooms to help make sure it gets done?

Lans Vater, Dr. Hikari, will eine Brücke von der Cyberwelt in die Realität schlagen, als er plötzlich verschwindet. Das Herzstück des Experiments, der „Dimensionskern“, ist von Viren befallen, die sich in der menschlichen Welt materialisieren. MegaMan und die anderen NetNavis können zunächst nur zuschauen, wie sich Lan und seine Freunde im Kampf abmühen.