200X年。インターネットの発達により、人類はネットワークの時代を迎えていた。人々は誰もが“ＰＥＴ”（パーソナルターミナル）と呼ばれる携帯情報端末を持っており、さらにそのＰＥＴの中にネットナビという疑似人格プログラムが組み込まれている。小学５年生の光熱斗と彼のオリジナルネットナビ・ロックマンエグゼは、偶然にも謎の組織・ＷＷＷ（ワールドスリー）の凶悪犯罪に巻きこまれてしまう。

ネコ型ロボに噛みつかれケガで入院したデカオを見舞いにデンサンタウンへ出かけた熱斗とメイル。町では人々が暴走した電化製品に襲われ、混乱に陥っていた。ＷＷＷ（ワールドスリー）のエレキ伯爵＆エレキマンの仕業だ。エレキ伯爵の策略により暴走する地下鉄に乗り合わせてしまった熱斗たち。はたして暴走列車を止められるのか・・・！

熱斗のクラスに、飛び級で進級した女の子、綾小路やいとが転校してきた。大金持ちのやいとに振りまわされる熱斗とデカオ。その翌日、ＷＷＷ（ワールドスリー）の色綾まどい＆カラードマンは、秋原町の信号機にウィルスを送りこみ街中を渋滞させていた。信号機にプラグインした熱斗は、交通管制センターがウィルスに支配されていることを知るが・・・。

熱斗の通う学校に特別講師としてやってきた日暮闇太郎。ところが、レアチップマニアの日暮は、やいとの持つレアチップを目当てに、やいとたちを教室に閉じ込めて自分のナビ、ナンバーマンとバトルさせ、チップを奪おうとする。教室外にいる熱斗は、教室にかけられたロックを解き、無事やいとたちを助け出せるのか・・・。

ＷＷＷ（ワールドスリー）のボス・ワイリーの指揮のもと、エレキ伯爵たちが計画したのはロボット水族館のウィルスによる乗っ取り。結果、町は暴走する魚ロボがあふれ大混乱。電脳世界にプラグインしたロックマンは、巨大な津波に飲み込まれそうになるが、突如謎のナビが出現する・・・。

町中の水道から水が出なくなった。水道局のプログラムが、アイスマンによって氷結されてしまったのだ。原因を探りにプラグインしたロックマンもアイスマンに氷漬けにされてしまう。 色綾まどいは、水道局職員の氷川を監禁し、息子の透を脅してアイスマンをオペレートさせていたのである。熱斗は氷川親子を救い出せるのか？

人気ゲームソフトの予約をし損ね、残念がる熱斗たちに、やいとが「パパに頼めばゲームができる」と声をかける。発売日の午前０時まで待てばという提案に乗る熱斗たち。そこへエレキ伯爵＆エレキマンがゲームのプログラムを狙い、やいとの屋敷に侵入してきた。エレキマンに苦戦するロックマンは、プログラムを守りきれるのか・・・？

ちょっとしたことで仲違いする熱斗とメイル、ロックマンとロール。ロックマンへの復讐に燃えるヒノケンは、騒ぎをおこすことでロックマンをおびき寄せようと画策する。一方ロックマンへの挑戦状を発見したメイルとロールは、ロックマンを差し置いてファイアマンとの決戦に挑もうとする。

テレビで大人気のヨガの達人・マハ＝ジャラマの正体は、ＷＷＷの幹部だった。出演している番組を通じて視聴者に催眠術をかけ、人々を動物にしてしまう。原因をつきとめようとテレビ局に潜入した熱斗だが、マハ＝ジャラマ操るマジックマンの強さは圧倒的だった。 そのピンチの中、ロックマンの前に天才ネットバトラー・炎山とそのナビのブルースがあらわれた。

ネットバトル大会を控え、特訓に余念のない熱斗たち。一方でＷＷＷの面々も大会に出場を決め、悪事を企んでいた。大会当日の朝、日暮のナビ、ナンバーマンがカスタマイズのミスにより暴走、それを止める為に奔走する熱斗たちだが大会に遅刻しそうになる。 が、やいとの自家用機のおかげでなんとか間に合い、第１試合デカオ＆ガッツマンの試合が始まる。

ロックマン初戦の相手はスカルマン。スカルマンのオペレータは骨董品屋にして占い師のみゆきであった。占いの得意なみゆきは、熱斗の敗北を予言する。反発する熱斗だが、スカルマンの素早い攻撃に翻弄され、手持ちのバトルチップも尽きかける。苦戦する熱斗とロックマン。はたして初戦を突破できるのか？

まどいのカラードマンＶＳメイルのロール。メイルとやいとは、試合前にまどいに挑発され、闘志を燃やす。あらゆる汚い手を使って勝とうとするまどい＆カラードマンに、ロールは窮地に立たされるが、思わぬハプニングでチャンスを掴み反撃する。 そして、早くも２戦目突入の熱斗の対戦相手はヒノケン＆ファイアマン。雪辱をはらさんとするヒノケンには、策略があるらしい・・・。

ファイアマンＶＳロックマン（前回の続き）。ヒノケンは、会場の屋根に設置された集光板をウイルスを使って操作。太陽の光をドーム内に集め、異常な熱さで熱斗を苦しめる。デカオたちはウイルス駆除で熱斗をサポート。メイルの声援の力もあって、ロックマンの猛攻が始まる。

大会翌日。初戦の活躍を祝してやいとから高級レストランに招待された熱斗たち。そこで炎山と鉢合わせた熱斗は、炎山に三流ネットバトラー扱いされ、炎山＆ブルースにバトルを申し込む。ブルースの強さに苦戦するロックマン。だがそこに大会出場ナビのデリートを目論むＷＷＷナビ、ボンバーマン・ストーンマンがウイルスを送りこんできた・・・。

先日のブルースとの戦いの中で、伝説の必殺技・プログラムアドバンスが発動しそうになっていたことを知った熱斗だが、どうすれば技が完成するのかわからないまま特訓に励む。次の対戦相手はマジックマン。手強い攻撃に熱斗の持ちチップも尽きるが、三種のソード系チップを送った瞬間巨大な剣が出現した。

メイルと透、ロールＶＳアイスマンのバトルでは、お互い全力を出しきる良い試合ぶり。その後のカードはタッグマッチ戦ということで、ストーンマン＆ボンバーマンＶＳガッツマン＆ウッドマンという組み合わせが発表される。ストーンマンとボンバーマンはオペレートを必要としない自律型ナビで、実はワイリーの直属ナビ。ガッツマン＆ウッドマン勝敗の行方は・・・？

タッグマッチ戦。次の試合はロックマン＆シャークマンＶＳストーンマン＆ボンバーマン。バトル開始後ストーンマンとボンバーマンは試合会場に穴を開け、そこに吸い込まれた４体は別の電脳世界に飛ばされてしまう。10分以内に会場に戻らなければリングアウト負けになってしまうという。消えたナビを追う熱斗とビーフ司令。 そんな中、熱斗はビーフ司令の正体がマサであることを見抜くのだが・・・。

タッグマッチ２戦目。敗者復活戦ということで抽選が行なわれるが、ＷＷＷ（ワールドスリー）の不正行為により出場者は火野とまどいに決まる。ファイアマン＆カラードマンＶＳロックマン＆ロール。一度勝てた相手だからと楽勝気分の熱斗とメイル。 だが、バトル開始後ＷＷＷの策略でロールが悪魔のナビに変身、ロックマンを攻撃し始めた。

悪魔チップの挿入によりロールはエレキ伯爵に操られていた。ファイアマン、カラードマン、そしてロールの容赦ない攻撃にひたすら耐えるロックマン。デカオたちは悪魔ロールを元に戻す為奔走する。そこへ日暮が現れ、メイルにチップの解除のやり方を教えてくれるが・・・。

準決勝・前編。ロックマン＆ブルースＶＳストーンマン＆ボンバーマンのタッグマッチ。プログラムアドバンスの特訓に励む熱斗とロックマン。一方、炎山はやいととともにエレベーターのトラブルに巻き込まれ、エレベーターに閉じこめられてしまう。試合に間に合わなくなりそうになり、やいとと協力するが・・・。

準決勝・後編。ロックマン＆ブルースＶＳストーンマン＆ボンバーマンの闘い。苦戦するロックマンを邪魔者扱いするブルースは、単独でストーンマンとボンバーマンを倒そうとする。だが、再生能力を持つストーンマンに苦しめられるブルース。果たして、ブルースのピンチにロックマンのプログラムアドバンスは発動するのか・・・？

決勝戦。ブルース＆炎山と、ロックマン＆熱斗の激しいぶつかり合い。だが、そんな闘いのさなか会場であるメガフロートが何者かに破壊され沈没するという事態に。観客たちは避難するが、熱斗と炎山はバトルを続行、互いにプログラムアドバンスを発動させる。試合終了後、突如現れた謎のナビ・ファラオマンがブルースに襲いかかるが・・・。

消えてしまったロックマンを思い悲しむ熱斗。熱斗を気遣うメイルやデカオたちは、なんとかロックマンが蘇る方法はないかと模索する。一方ワイリーはファラオマンこそ究極プログラムを持つナビだと確信し、ストーンマンとボンバーマンを量産して、ファラオマンの捕獲に乗り出す。そして暴走するファラオマンは科学省を占拠し、ネットを通じて世界各地に異変を起こしていた・・・。

帰国した熱斗の父・裕一朗は、ロックマンを蘇らせることができるという。そのためには科学省のメインシステム内奥底にあるロックマンのフレームが必要である。ファラオマンが支配する科学省に乗りこむ熱斗たち。科学省の電脳空間はファラオマンの影響により砂漠化していた。プラグインしたロール・ガッツマン・アイスマン・グライドは、ロックマンを復活できるのか？

ボンバーマン・ストーンマン軍団がファラオマンを包囲、攻撃するが無傷のファラオマン。その場に居合せたロール達もファラオマンによって石化させられてしまう。辺りが崩壊する中、ロックマンのフレームを救うブルース。ブルースは単身ファラオマンに戦いを挑むが、危機に瀕したブルースを救ったのは復活したロックマンだった。二人はダブルプログラムアドバンスでファラオマンを攻撃。さらにスタイルチェンジしたロックマンがストーンマン・ボンバーマンを攻撃する。

N-1グランプリ準優勝の副賞はなんと世界旅行・・・ということで、ニホンを旅立った熱斗とロックマン。最初の目的地は南の島ジャワイ島である。やいとの計らいでメイル、デカオ、透と合流、さらにマサまで加わって海を満喫するが、沖から現れた幽霊船にマサと透が攫われてしまう・・・。

ジャワイ島にて。バーチャルアイドル・AKIに因んだアイドルコンテストに応募した少女たちが次々に失踪するという事件が発生。メイルややいとも攫われ、捜索する熱斗たち。どうやら犯人はアイドルコンテストを潰そうとしているらしい。手がかりを追うロックマンは、AKIがウイルスに取り憑かれていることを知る。

アメロッパ・ヘブンズシティにて。到着するなり市長の歓迎を受け、気を良くした熱斗だが、ちょっとした隙にPETを何者かに盗まれてしまう。PETを探して辿りついた先は危険な街ダウンタウン。そこのリーダー・ラウルと出会い、ラウルのナビ・サンダーマンとバトルをすることになるが・・・。

アメロッパ・ブランドシティにて。ママへのお土産に超高価なブランド品を手に入れるため、大金持ちのミリオネア夫人が主催するゲームに参加する熱斗。だがそのゲームはミリオネアがお気に入りのナビを我が物にする為の罠であった。仕事でミリオネアの屋敷に来ていた炎山はその事実を知り、ブルースをゲーム内に送りこむ。

キングランドにて。バスツアーに参加した熱斗だが、その途中バスが原因不明のトラブルで立ち往生、電話も繋がらない状態に。近くの屋敷に救援を求める熱斗。その屋敷はエレキ伯爵の実家であった。エレキ伯爵は熱斗とロックマンを屋敷に閉じこめ、エレキマンとのバトルを強要する。

熱斗の世界旅行の最後の目的地はカレーの国・ナマステイ。マハ＝ジャラマの故郷でもあるナマステイに元ワールドスリーの幹部四人が集結し、ロックマン打倒の策を練る。熱斗はカレー食べ放題ツアーの途中でマハ＝ジャラマの経営するカレー屋に入店、そこでバトルを仕掛けられるが・・・。

世界旅行から帰国した熱斗とロックマンは、メイル＆ロールの案内でネット内にオープンした巨大なインターネットシティに遊びに行く。そのころゴスペルという新たな悪の組織が、世界のネットワークを牛耳ろうと活動を始めていた。メンバーの一人、風吹アラシはやいとの家のシステムに侵入、ガス漏れを起こして入浴中のやいとが危機に陥る。ロックマンは湯沸し器の電脳世界で事件の張本人、エアーマンと戦う。

インターネットシティに大量のウイルスが発生。リンクも遮断され、バーチャルアイドル・AKIが助けを求めて来る。日暮のサーバー経由でプラグインしたロックマン達だが、シティ内ではバトルチップ使用禁止のため苦戦する。シティの奥底にウイルス工場があることをつきとめたロックマンは、ゴスペルに雇われた殺し屋ナビ、シャドーマンに襲われる。

世界有数の大企業ガウス・コンツェルンの会長、ガウス。ガウスは潰れかかった日暮屋に近づき、日暮の口座に多額の金を振り込む。一方、綾小路家からは何故かお金が消えてゆき、やいとは貧しい生活を強いられるはめに。実はゴスペルのメンバーであるガウスは、日暮を利用しニホンの経済の混乱を企んでいたのだ。原因を探る熱斗と炎山は、ガウスのナビ、マグネットマンが首謀者だと知る。

おくデン谷にキャンプにやって来た熱斗たち。付添いのサロマはそこで幼なじみの青年・速見ダイスケと出会う。自然を愛するダイスケは熱斗たちと仲良くなるが、ゴスペルの一員という裏の顔を持っていた。ダイスケはダムのシステムにクイックマンを侵入させ、ダムの決壊を目論むが・・・。

異常気象のニホンではペンギン型の小型クーラーが大流行。だがそれはゴスペルの最高司令官ナビ・フリーズマンによる作戦だった。ペンギンが吐き出す強力な冷気で雪と氷に閉ざされてしまう町。原因はネットシティ内にあると睨んだ熱斗はプラグインできる所を探し吹雪の中を彷徨うが、そこで謎のナビ・ヒートマンに出会う。

ゴスペルの企み（第33話のウイルス工場事件）を単独で潰しに行ったヒノケン＆ファイアマンだが、フリーズマンの攻撃によりヒノケンは負傷、ファイアマンはデリートの危機に陥る。そこへ名人と名乗る謎の人物が現れ、ファイアマンのデータをヒートマンに移植することで蘇らせることが出来ると提案する。

カットマン兄がロックマンに倒されたということで復讐を誓うカットマンの弟たちは、クッチャイナタウンに向かうロックマンを江戸時代風の電脳空間に誘いこみ、得意の切り絵を操ってロックマンを翻弄する。だが、それを影で操っていたのはシャドーマンであった。ロックマンとの通信が途絶え不安になる熱斗は、偶然出会った炎山＆ブルースに助けを求める。

西洋騎士風ナビ・ナイトマンを使う外国人の少年ホイップとバトルすることになった熱斗。ホイップの希望でニホン観光した後、ナイトマンとバトルするロックマン。そこに現れたシャドーマンがナイトマンを襲う。実はホイップの正体はクリームランドの王女プライドで、ナイトマンはゴスペルの狙うプログラムを内包するナビだった・・・。

熱斗とロックマンに挑戦するため西の町・アキンドシティからやって来たチェスチャンピオン・荒駒虎吉とそのナビ・キングマン。虎吉は熱斗に、互いのナビを賭けてのチェスバトルを吹っ掛ける。挑発に乗る熱斗だがチェスのルールをまるで判っていないため、メイルが助っ人として加わりバトル開始となる。頭脳派の虎吉に対し、閃きで切りぬける熱斗はいい勝負を展開するのだが・・・。

何故か現実世界に現れたラッシュ。そして町では巨大な猫の姿が目撃される。さらにロックマンも含め全てのナビやウイルスにネコ耳、ネコひげ、ネコ尻尾などが生え猫化が始まった。落雷をきっかけに広まった猫ウイルスが原因らしい。そんな騒動の中、猫化を免れたラッシュが事態の解決にあたることになったが・・・。

WWWを脱退し、ガウス会長の秘書に転職したまどい。一方、ガウスがゴスペルの一員ではないかと疑うビーフ司令は、ガウス主催の仮装パーティーに罠とも知らず熱斗たちと潜入する。熱斗たちを地下に閉じ込め大量の水を流し込むガウス。水中からプラグインし排水システムを作動させようとするロックマンをマグネットマンが襲う。まどいはゴスペルの非情なやり方に疑問を持ちはじめる・・・。

熱斗のクラスに転校してきたプロ野球選手の息子・星田球太は野球が得意。だが前の学校での野球仲間との別れを寂しく思い落ちこんでいた。そんな球太を元気づける為、ネットワーク上での野球を提案する熱斗。ロックマンを始めとしたナビたち秋原電脳組と、球太のナビ・リーグマン率いるナゴヤンリトルズの野球対決。

ホイップからの緊急連絡を受けた熱斗は、やいとの飛行機でクリームランドへ乗りこむ。クリームランドではナイトマンが暴走し、ネットワークが壊滅しかけていた。ロックマンの力で何とかナイトマンの暴走を止めることが出来たが、今度はグライドの様子がおかしくなる。その背後にはクリームランドの侵略を目論むナビの存在があった。

月面基地のナビがオペレート不能となる事件が発生。調査のため月へと飛んだビーフ司令だが、月には宇宙から来た謎のナビ・プラネットマンが地球征服を目論み潜んでいた。月面上で、ビーフ司令が基地の外に締め出されるというアクシデントが起き、熱斗達は宇宙開発局へ行くことになるが・・・。

旧WWWのメンバーは、ワイリーの遺産の存在を知り、WWW復活のチャンスだと盛り上がる。だが、それを聞きつけた熱斗達も遺産を奪おうと旧WWWを追いかける。さらにガウスも乱入、ガウスは自分がエレキ伯爵の兄だということを明かし、チップを持ったエレキ伯爵を連れ去ってしまう・・・。

ガブゴン社主催で行なわれることになったインターネットシティでのカーレース、ネットモービルＧＰ。ロックマンを始め、ネットエージェント、旧WWWまでもが参加、レースは白熱する。そこにロックマンへの復讐を誓うカットマンブラザーズの妨害も入り大混乱。果たして勝敗の行方は・・・。

世界各地でネットナビが消失するという事件が勃発。何故かニホンでだけそのような現象が起きていないという。熱斗は調査のためニホンにやって来たラウルと再会する。そしてニホンのネットシティでもナビの姿が消え始める。事件は巨大なライオン型プログラムの仕業だったのだ。ロックマン達は絶体絶命の危機に陥るが・・・。

ライオン型プログラム、ゴスペルの前に突如現れ、ゴスペルを圧倒した謎のナビ、フォルテ。ゴスペル首領はフォルテの抹殺をフリーズマンに命じ、ロックマンもまたフォルテの後を追う。一方、ファイアマンの仇討ちを誓うヒノケンはヒートマンでフリーズマンに戦いを挑む。

ブルースもまたゴスペルに吸収されてしまった。炎山の情報によると、今回の事件にはガウスが絡んでいるという。熱斗達は元ＷＷＷ基地からプラグイン、ガウスの電脳空間へロックマンらを送りこむ。そこには消えたナビ達が収容されていた。ロックマンはマグネットマンと戦うが大苦戦。そして再びゴスペルの前に現れたフォルテは一度はゴスペルを自身の中に取り込むが・・・。

巨大化したゴスペルと対峙するロックマン。アクアカスタムにスタイルチェンジして戦うが、プログラムアドバンスでも効果はなく、ロックマンもゴスペルに取り込まれてしまう。だがロックマンはゴスペルの体内から新たなスタイルで復活。ところがロックマンはゴスペル化したかのように暴走しはじめる・・・。

やいとの招きで綾小路家へやって来た熱斗たち。だがメイド・桜子のミスで強力掃除機にウイルスが混入、暴走した掃除機はPETを吸い込んで綾小路邸の奥へと走り去ってしまう。それを追う熱斗たちだが、広大な綾小路邸は実はからくり屋敷だった！PETを取り戻すため、綾小路家を探検する熱斗たち。数々の仕掛けをクリアして、掃除機を止めようと奮闘するのだが・・・。

楽しいはずの花見の席でひとりため息をつくまりこ。どうやら恋の悩みらしい。日暮とマサは、そんなまりこにアタックするが相手にされない。実はまりこの想い人とはビーフ司令だったのだ。やいとの提案でここはネットバトルで恋の決着を、ということになる。そしてネットバトルに疎いマサのため、熱斗とロックマンがマサの代理となり、ビーフ司令＆シャークマンと戦うことに・・・。

デカオの弟・チサオ登場。デカオの頼みでチサオの前ではデカオを師匠として立てることになり、ネットバトルでもガッツマンに負けてみせねばならず心中複雑な熱斗。一方、自分も専用のネットナビを欲しいと願うチサオの前に怪しげな男が現れた。チサオに、マハ一番を潰すことを条件にオリジナルナビをプレゼントするというのだが・・・。

下町の小さな町工場へとやってきた炎山。副社長として、そこで開発している新製品 の契約を結ぶ為なのだが、何故かそこの社長にこき使われる羽目に。PETも取り上げ られ、ブルースも電脳空間で様々な作業に従事させられる。完成まであと１歩、というところで、新製品を狙う者に工場が襲われた。バックアップを盗みオリジナルを破壊しようとするドリルマン。炎山とブルースは新製品を守るため戦う。

祐一朗が消息不明との報を聞き、ジャワイ島へと飛ぶ熱斗たち。その研究場所である巨大ショッピングモールの内部では大量のウイルスが実体化、暴走していた。実体化 したウイルスの弱点が水だと突きとめた熱斗たちは水鉄砲でウイルスバスティング。そしてロックマンたちも現実空間に現れ、異常の原因となったドリームウイルスを共に倒すため戦う。果たして祐一朗の行方は・・・。

熱斗はナビのデータをオペレーターにシンクロさせて実体化させる実験に立ち会うため、科学省の祐一朗を訪ねる。その時、同省では室内の空気が無くなるという事件が発生。これは謎のナビ・ビーストマンの仕業だった。

メイル、チサオと共にネットシティの見学に向かった熱斗。そこに巨大UFOが現れネットシティを破壊し始めた。シティを守るためロックマンは巨大UFOに乗り込むが、ビーストマンの攻撃を受けて倒れてしまう。

ライカと熱斗に共同で事件の捜査に当たるよう指令が下るが、仲の悪い2人はそれぞれ単独で行動する。事件の首謀者・デザートマンはインビジブル能力を得たためロックマンは苦戦するが、サーチマンは難なく戦う。

謎の男に不信感を抱くようになったシェードマンは、決別前にダークチップをせしめようと画策する。そんな時、ネット警察にダークチップに関する情報がリークされ､ディメンショナルエリアが発生した。

絶対にロックマンに勝ちたいバブルマンは自分もソウルユニゾン能力を得たいと切望し、まず友達が必要だとの結論に到達。友達を捜してサイバーワールドを巡り、出会ったアクアマン、アイスマンと仲良くなるのだが…。

炎山が副社長を務めるIPCでは科学省と提携し、新型PETの開発を進めていた。ネビュラの新たな幹部・レーザーマンはIPC研究所を破壊すべく画策。電脳空間からブルースを侵入させてデータを奪うつもりだった。

ダークロイドがサイバーワールドで暴れ、巻き込まれたアクアマンは救ってくれたロックマンに惚れてしまう。終始ロックマンにべったりくっついているアクアマンに、ロールの心は穏やかでなくなる。

熱斗たちはやいとの呼び出しで宇宙ステーションへ連行される。何者かが宇宙に漂うスペースデブリを操り、ガブゴン社所有の宇宙ステーションに衝突させようとしているので何とかしてほしいと言うのだ。

海外赴任していたビーフ司令が一時帰国するため、熱斗は喜ぶ。ビーフ司令は、ガウスとゆりこがダークチップの取引を計画していると聞き、現場に張り込んでいた。そこでガウスはまりこをゆりこと勘違いして連れ去る。

グラビティマンが街を襲い、苦戦する熱斗とロックマンをプリズマンとそのオペレーターの岬が助けた。岬はかつてクロスフュージョンの実験に失敗したものの、今はネット警察に勤務している正義感の強い青年だった。

ディメンショナルエリア内にリアルプリズマンが現れ宝石店を襲撃。真辺に扮したゆりこが岬を連れ去り、クロスフュージョン能力を与えたのだ。このクロスフュージョンにより、岬は精神を破壊されてしまう。

PETが破壊されたと同時にロックマンも大ダメージを負い、熱斗はロックマンを失ってしまう。そこへアメロッパからラウルとサンダーマンが熱斗に協力を申し出て、シャーロからはライカとサーチマンが派遣される。

ロックマンの修復が完了し、あとは新型PETの完成を待つだけとなった日、科学省にディメンショナルエリアが張られ、ダークブルースがPETを狙って実体化して襲撃。居合わせたアネッタに危機が迫る。

新型PETでパワーアップし、バトルチップゲートによる炎山のサポートで無敵状態の熱斗は、襲ってきたソードマンを簡単に撃退し、すっかり天狗になってしまう。これを危惧した炎山はある作戦をラウルに持ちかけた。

南の島、シーサーアイランドで熱斗たちは神殿の巫女・ランとそのナビ・ウインドマンと出会う。その頃、神殿に祀られたシーサー像がゆりこによって盗まれ、その影響で島に大きな嵐が近づこうとしていた。

スパークマンによる列車の暴走事件が発生。解決にあたるサロマはウッドマンを暴走する列車にプラグインし、暴走を止めようと試みる。その列車には遊園地帰りの熱斗とチサオが乗り合わせていた。

シャーロのレアメタル鉱山がネビュラに占領され、熱斗とロックマンはライカを案内役にして鉱山へと急行。クロスフュージョンしてDエリア内に入る熱斗に続き、ライカも無理やりDエリア内に入り込んでしまう。

熱斗がシャーロに行っている最中にニホンのサイバーワールド内で事件が発生。あるゲームに参加し、好成績でクリアしたナビがその後行方不明になってしまうというのだ。炎山はメイルと共に事件の解決に動きだす。

メイルは、ネットセイバーの任務で忙しい熱斗が自分から離れていってしまう気がして、寂しさを感じていた。そんな時、熱斗から誘われ、デートだと舞い上がるメイルだが、その行き先は何と科学省だった。

年寄りの間でもネットバトルは大流行する。熱斗とロックマンはシルバーセンターで老人たちにネットバトルを指導することになり、そこで頑固者で知られるコマ職人の匠転助とそのナビ・タップマンと出会うが…。

夏休みの自由課題で昆虫採集に出かけた熱斗とメイル。虫を追ううち、いつしか謎の空間に迷い込んで帰れなくなってしまった。そんな2人はある塔にたどり着き、塔のサイバーワールドでミストマンと出会う。

メイルの家で自分がないがしろにされていると感じたラッシュは家出をし、現実空間と電脳空間を行ったり来たりするものの行く先々でひどい目に遭う。そして幼いマルモコと出会い、行動を共にする。

リーガルの居所を捜す炎山はネット警察内で調査を進める。それを阻止するためリーガルは過去にデリートされたダークロイドたちを復活させ、ネット警察を襲撃。熱斗とロックマンたちは再生ダークロイド軍団と戦う。

リーガルのアジトはスティルス機能を備えた人工衛星だった。各国のキラー衛星がリーガルの衛星を攻撃するも全て撃ち落とされてしまう。熱斗はやいとに頼んでデカオ、メイルらと共にリーガル衛星へと向かった。

岬に追われるゆりこは逃走中に偶然まりこと出くわし、まりこを盾にして岬を脅すも逃げ切れず、トラックにはねられてしまう。そしてまりこの口から、15年前に亡くなった双子の妹・ゆりこの存在について語られる。

科学省では祐一朗の開発したディメンショナルコンバーターとワクチンチップが完成。これを使ってブルース奪還作戦を実行に移す。まず、廃屋となったホテルにダークブルースをおびき出すという計画なのだが…。

世界各地のサイバーワールドでナビが消失する事件が発生し、ニホンのサイバーワールドではラッシュがバブルマンにさらわれた。ロックマンたちはラッシュを捜し回り、科学省のサイバーワールドにたどり着く。

リーガルタワーが秋原町に出現し、ディメンショナルエリアが地球上を覆っていく。そのなかで、リーガルはシンクロチップを使ってレーザーマンとクロスフュージョン。CFレーザーマンは巨大化して街を襲い始めた。

ある日、熱斗たちの前に巨大なメットールが出現し暴れ始め、街は大混乱となった。ディメンショナルエリア無しで何故サイバーワールドの存在であるウイルスが実体化したのか、謎は深まるばかりだが、事態を食い止めるため、科学省はディメンショナルエリア展開装置を使い、メットールを閉じ込めようとする。そこに居合わせた熱斗と炎山はクロスフュージョンして巨大メットールと戦い倒すが、その後ロックマンが行方不明となってしまった。ロックマンを捜索する熱斗と炎山は、その途中でとある老人と出会い、地球に近づきつつある新たな危機、「デューオ」という地球外ナビの存在について聞かされる。

宇宙の彼方から彗星に偽装し地球に接近してきた「デューオ」の目的とは、地球抹殺だという。そしてそれを知ったフォルテはデューオを倒す為の力を欲していた。熱斗と炎山は、ロックマンとブルースを彗星に送り込もうとするが、その時世界各地で大量のウイルスが巨大･実体化、地球は崩壊の危機に陥る。クロスフュージョンして戦おうとする熱斗たちの前に、デューオが現れた。デューオは人間とナビの融合であるクロスフュージョンに興味を示す。

炎山の頼みでIPCが経営するサファリパークのコマーシャル出演を引き受けた熱斗は、撮影現場で職員の犬飼と出会う。犬飼の動物への手荒な扱いに腹を立てた熱斗は、犬飼に抗議、険悪な雰囲気となる。その夜、犬飼の元にスラーと名乗るナビが現れ、犬飼にアステロイド・ビーストマンを与え、去っていった。犬飼はビーストマンの力で猛獣を操り街を襲撃、それを止めようとする熱斗と炎山だが、実体化したビーストマンが二人に襲いかかってきた。

秋原小学校の給食に異変が発生｡メニューの中から野菜が消えてしまったのだ｡好物のカレーも具無しで大憤慨の熱斗｡給食センターの調理プログラムが何者かによって改ざんされているというのだ｡ネットセイバーとして､というよりカレー好きとしてこんなことが許されるかー！と犯人探しに奔走する熱斗は､野菜嫌いの少年･まめ男が怪しいと睨む｡一方､事態はさらに悪化､学校給食だけでなくニホン中から全ての野菜が消えてしまう｡全てはまめ男に与えられたアステロイド･プラントマンの仕業だった｡

ニホン各地で起きている盗難事件を調査する熱斗＆ロックマンは、なぜか行く先々でヘリコプターのパイロット・チャーリーと出会う。不審に思った熱斗がチャーリーを問い詰めると、チャーリーは自分のナビ、ジャイロマンでロックマンを攻撃してきた。そこに炎山から通信が入り、犯人の手がかりが掴めたという。現場に駆けつけた熱斗とロックマンはデザートマンに襲われているジャイロマンを助けることに。

ドジで冴えないOL・ユイの元にある晩スラーが現れ、アステロイド・ストーンマンが与えられた。が、仕事に疲れていたユイはその出来事を夢だと思い、ストーンマンに気づかず翌日になってしまう。その後、ユイのちょっとした愚痴をオペレーターの命令だと思いこんだストーンマンは暴走を開始。ユイが触れるもの全てを石化させてしまう。ユイの落し物を届けにユイの会社を訪ねた熱斗は、そこでの騒ぎに巻き込まれ、実体化したストーンマンと戦う。

ネットナビを使い無人の車を走らせるというカーレースに参加することになったIPC社。ドライバーはブルースとロックマンだ。それに対抗するのは西古レイ率いるチームシャイン。ナビの性能差に苦戦する西古はスラーに誘われるままアステロイド・フラッシュマンを使う。フラッシュマンはその能力で他車を排除しレースを走行、ロックマンとブルースにも妨害を仕掛けてくる。

アメロッパの砂漠地帯で起きた謎の巨大爆発を調査するため祐一朗と熱斗、炎山はアメロッパへと向かった。高熱を発する爆発跡へはロックマンとブルースが無人車輌を使い観測することになるのだがサイバーワールド内に過去絶滅したはずの旧型ウイルスが出現、ロックマン達に襲いかかってきた。ロックマン達を救ったのはカーネルと名乗るナビ。そして現実世界でも旧型ウイルスが実体化し熱斗たちを襲う。祐一朗はこの爆発はデューオに関連があるのではとないかと考える。

ガウス会長の娘テスラが犯罪組織ネオワールドスリーの設立を発表、活動の手始めに禁固刑受刑中の父ガウスを奪還すると宣言した。テスラの配下となった犬飼、砂山、西古はアステロイドを使いサイバーワールドと現実世界の両面からの刑務所襲撃計画を立てる。刑務所の警護についた熱斗とロックマンは刑務所の管理システムに侵入してきたビーストマンと戦うが、テスラの目的は別の所にあった。

映像作家のナルシー・ヒデは自作品をクライアントに酷評され憤慨。そこに現れたスラーからアステロイド・ビデオマンを渡され創作意欲に燃える。チャーリーのヘリをチャーターしたナルシーは街を空撮して新たな映像を制作。その後ナルシーの作った映像が現実化し、街に異変が起きるという事態が発生する。チャーリーと熱斗はナルシーとビデオマンを追ってオーロラビジョンのサイバーワールドにプラグインするが･･･

動物の食玩にハマリ中の熱斗は食玩マニアの名人と意気投合、お互いのコレクションを交換したりして盛り上がる。その頃、ネオWWWの犬飼は世界に恐怖と混乱を撒き散らすべく、ビーストマンを使った乗り物猛獣化作戦を開始。あらゆる車両が動物に変身し暴走を始めた。

ロックマンはビーストマンを追い、バトルとなるがビデオマン、デザートマン、フラッシュマンに囲まれてピンチに陥る。

ジャワイ島へ遊びに来た熱斗は、マハ二番でディンゴという名の少年にカレー勝負を挑まれ受けるが結果は引き分け。ならばネットバトルで決着を付けようということになり、ロックマンとディンゴのナビ・トマホークマンのバトルとなるがこれも引き分けに終わる。勝負は明日に持ち越しということになるが翌日、ジャワイ島全土から全てのカレーが盗まれるという事件が起きる。熱斗とディンゴは消えたカレーを捜しジャワイ中を駆け巡る。

チョイナから来た少女ジャスミンとそのナビ、メディ。薬剤師になるため修行中だという彼女は師匠カルダモンの言いつけでとある薬草を探すためニホンにやって来たのだという。ジャスミンの薬草探しを手伝うことになった熱斗だが見つからず悪戦苦闘。一方、製薬会社の社長ベンゲルはカルダモンの秘薬を手に入れようとジャスミンを付け狙っていた。連れ去られたジャスミンを追う熱斗は製薬会社の研究所に忍び込みジャスミンを助け出そうとするのだが･･･

ネオWWWの面々の前にバブルマンがやって来た。仲間が欲しいバブルマンは、かつてシェードマンが探していたという宝物の秘密を教えてやろうとテスラに持ちかけるが相手にされず落ち込む。そしてバブルマンはアイスマンとアクアマンを誘って、サイバーワールドの奥底へと宝探しの旅に出ることに。行方不明のアイスマン、アクアマンを探すためロックマンたちもサイバーワールドの下層へと潜っていった。バブルマンが捜し求めるお宝とは果たして！？

世界各地でナビが大量に失踪する事件が発生。アメロッパでは炎山とラウルが、日本では熱斗が捜査を開始する。ロックマンや名人のおかげでその手口がデータ圧縮によるものと判明するのだが、犯人がわからない。そこで炎山とラウルはひと芝居打って犯人をおびきだそうとする。果たして犯人は誰か？その目的は？

いくらダイエットしても体重が増え続ける、という現象に悩まされている真辺。犯人は真辺に追われて逃亡生活を余儀なくされていることを逆恨みするネット犯罪者、マックとハリーの兄弟だ。二人に与えられたアステロイド・グラビティマンの力で真辺の乗る体重計を操作、ダイエットのしすぎで弱らせてしまえという、なんともせこい逆襲なのだが、どんな過酷なダイエットにも耐える真辺にタジタジの二人。そんな時、熱斗たちは深海調査用潜水艦のウイルスチェックという任務につくことになる。

巷に再びダークチップが蔓延しはじめた。今回のダークチップは普通のチップに偽装しており、人々はナビの性能がアップする便利なチップとして使い続け、結果中毒症状を起こしたナビが暴走して事件を起こすという。リーガルを倒したのに何故、と不思議がる熱斗とロックマンはダークチップ工場を突き止めようと奔走する。そのころシャーロからはライカが極秘任務のため、ニホンに来ていた。

博物館、美術館から刀や槍が盗まれるという事件が連続発生。犯人はアステロイド・ヤマトマンだ。現場で実体化し、目当てのものを持ち去ってしまうという。熱斗とライカは事件を追うが、オペレーターの正体が掴めないでいた。ライカは、丁度その時期ニホンに来ていた友人イリヤが、ニホンの伝統的な武器類に異様に執着していることに気づき、不審に思い始める。

花火職人・六尺玉燃次の空っぽのＰＥＴに転がり込んできたアステロイド・ナパームマン。本来は爆破事件の犯人・土門凱のナビだったのだが、ロックマンとの戦いで傷つきサイバーワールドをさまよううち、辿りついたのが燃次の元だったのだ。燃次は黙して語らないナパームマンに勝手に燃次郎と名づけ、必死で看病する。熱斗とロックマンは行方不明のナパームマンを捜して燃次のところにやってくるのだが、燃次はそんな凶悪なナビはここにはいない、と熱斗を追い返してしまう。

南の島・リゾートアイランドでバカンスを楽しむテスラにチャーリーが声をかけてきた。テスラはチャーリーにわがままを言い放題。だがチャーリーはテスラの望みを全て叶えてみせる。そんな時大きな嵐が島を直撃、テスラたちは島に閉じ込められてしまう。仕事に戻りたいテスラはヘリを飛ばしてやると豪語したチャーリーを信じて嵐の中のフライトを決行する。一方熱斗と祐一朗は、通信衛星打ち上げ準備の手伝いのためリゾートアイランドから程近いタネカ島に来ていた。

とある病院で、長く意識不明だった患者が目を覚ました。行方不明だった岬刑事だ。岬の回復を喜ぶ熱斗。だが、岬を病院に運び込んだと思われる女性、大園ゆりこについては何の手がかりもないままだ。そんな折、病院付近でアステロイド・ボンバーマンによる事件が発生。岬はプリズマンでボンバーマンと戦うが、ボンバーマンは実体化して岬に襲いかかってきた。絶体絶命の岬の前にゆりこが現れる。

水道トラブルが続出し、調査することになった熱斗。水道局のシステムにプラグインすると、犯人ナビ・バブルマンは全世界のトイレの水を逆流させるという恐るべき計画を明かし、実体化して襲いかかってきた。

町中の電力供給のバランスが崩れる事件が発生。その犯人のフラッシュマンと戦ったロックマンはダメージを受け、代わりにメイルとロールがフラッシュマンのもとへ向かうが、ロールがデリートされそうになってしまう。

熱斗たちはよかよか温泉へやってきた。そこで熱斗は、土産物屋の白泉たま子とメタルマンにバトルを仕掛けられ、応じることにした。しかし、いいところで邪魔が入り、バトルは途中で取りやめとなる。

旧WWWのカレーショップ・マハ一番がニホンに戻ってきた。大喜びで食べに行く熱斗。そこにはネットバトラーとしてではなくカレー職人として生きていくという決意をしたデカオの姿があった。一方、ネオWWWの砂山は次の作戦の為に秋原町のガス施設にデザートマンを送りこみ、なにやら企んでいた。ガスが止まってカレーの仕込みが出来ない、ということで原因究明に乗り出したデカオたちは、奪われたガスを追いデザートマンと対決する。

町ではボウリングが大流行。サイバーワールドで活躍する謎のボウラー・ボウルマンは、現実世界でボウリングをしたくなり、謎の男の手で実体化してもらう。そして、町のあらゆる建物をピンに見立てて破壊し始めた。

データを養分にして花を咲かせるナビ・プラントマンにより、サイバーワールドは謎のツタと花に乗っ取られ、ロールもとらわれた。その頃、名人に呼ばれて帰国したヒノケンは、プラントマンと戦うロックマンを救う。

オープン前の科学歴史ランドのシステムチェックを頼まれた熱斗はプラグインするが、それは敵のわなだった。実体化したビーストマンに襲われるRロックマンは、周りが鏡という特殊な状況のためうまく戦えない。

打倒熱斗を誓って修行を積んでいたデカオが帰国したが、ネットセイバーとしての仕事が大切な熱斗は、彼とのバトルをやめてしまう。事情を知ったデカオとガッツマンは、今回の敵・バーナーマンを倒そうと考える。

アニマルファームのパンダのダンパが病気にかかってしまった。パンダの故郷・チョイナに行けば伝説の薬剤師が特効薬を調合してくれるという話を聞いた熱斗はチョイナへと飛ぶ。伝説の薬剤師を捜し、山岳地帯へ分け入る熱斗。なぜか山道には様々な電子トラップが仕掛けられていた。苦労の末、山の頂上に辿り着いた熱斗はジャスミンと再会する。伝説の薬剤師とはジャスミンの祖父であり師匠でもあるカルダモンのことだったのだ。

ダークチップの影響が町じゅうに広がりつつあった。ダークチップを使ったナビは、とても強い力を得ることができるが、その後暴走してオペレーターの手から離れ行方不明になってしまうというのだ。

ディメンショナルエリアを利用した金庫破り事件が発生。謎の男からの命令によって、シェードマンがバーナーマンにレアメタルを盗み出させていたのだ。そんななか、町にディメンショナルエリアが張られてしまった。

キングランドに留学中のやいとから呼び出され、熱斗、メイルらは赴く。そこでやいとは、自分が企画したゲーム「ストロベリープリンセス」の主役のプリンセスが行方不明なので捜し出してほしいと熱斗に頼む。

やいとがプロデュースするナビのドレスアップチップ・デザインコンテスト。大賞に輝いたのは何とナルシー・ヒデの作品ピンクバニーだ。これを機に悪事から足を洗い芸術に生きる！と決心したナルシーはネオWWWに辞表を叩きつけ、受賞式に赴くがそこで応募資格が小学生限定だったと判明、会場を追い出されてしまう。逆恨みのナルシーはビデオマンを使い、ガブゴン社のゲームキャラにウサギ耳をつける、という嫌がらせを始めた。熱斗とロックマンはやいとに頼まれ事件解決にあたるのだが…

テスラの誕生日が近づいてきていた。犬飼たちはプレゼントを用意するがテスラはお気に召さない様子。こうなったら自分で自分のバースデイプレゼントを手に入れてやるわ、とテスラはある作戦を練りはじめる。そしてネオWWWのアステロイドが街で実体化するという事件が連日のように発生。だが不思議なことに熱斗が駆けつけクロスフュージョンして戦おうとすると相手は何もせずに逃走してしまうのだ。ネオWWWの狙いが何なのか掴めない熱斗たち。果たしてテスラの誕生日当日、何が起きるのか？

共同でクロスフュージョン研究所を建設することになったシャーロとクリームランド。国境付近のその土地へお忍びで視察に訪れたクリームランドのプライド王女はそこでライカと出会う。そこにアステロイド・エアーマンが侵入、ライカとプライドはサーチマンとナイトマンで対抗するが、エアーマンは実体化し研究所を破壊し始めた。電波妨害により救援も呼べない状況となり、ライカとプライドはＲエアーマンに追われて雪原を彷徨う。二人が行方不明だと連絡を受けた熱斗は必死で捜索するが…

熱斗とロックマンは自動車博物館で案内嬢プログラム・ルートと出会う。ルートはかつては車のオートパイロットシステムを司るプログラムとして開発されたのだが、システムは実用化されず今は博物館のナビ役を勤めているという。その夜、博物館のシステムがアステロイド・ブライトマンに乗っ取られ、街中の車が勝手に動き始めた。名人の車もコントロールがきかなくなるが、同乗していた熱斗の元にルートが助けを求めてくる。

シャーロ国の軍事基地で、航空管制システム・コントロールXが破壊された。犯人のシャドーマンは世界中のコントロールXを破壊していた。シャーロ国のネットセイバーナビ・サーチマンは、犯人を追って来日する。

頻繁に起きるアステロイド事件に疲れ気味の熱斗。デカオはそんな熱斗の助けになりたいと思い、科学省の祐一朗の元を訪ね、自分もガッツマンとクロスフュージョンさせて欲しいと願う。が、取り合ってもらえずがっかりのデカオ。そこに通りがかった名人が自分の研究室へとデカオを誘い、自分の研究によるクロスフュージョンを試してみないかと持ちかけてきた。だが実験の直前、恐竜ランドで事件発生との連絡が入り、デカオとメイルは現場へ向かう。

ダークチップ製造工場を突き止めよとの指令を受けた熱斗は、捜査の途中で同じくチップ工場を捜していた炎山と出会う。ゆりこを追い詰める炎山だが、すんでのところで工場を爆発し、逃げられてしまった。

アメロッパで、システム侵入事件が発生。犯人を追う炎山とブルースは、刑務所から出所したばかりのネット犯罪者、ラットとアステロイド・ドリルマンが事件を起こしていることを突き止める。侵入方法について調べを進める炎山は、ネットワーク社会の黎明期である二十年前、同じ手口で銀行のシステムを荒らした人物がいると知る。ラットとその人物とのつながりを求めてネット刑務所を訪れた炎山は、当時の事件にカーネルという名のナビが関わっていることを聞かされ驚く。

打倒ロックマンを目指しジャワイ島で相変わらず修行中のデカオは、骨董屋で偶然手に入れたカードリーダー型の機械を使うとガッツマンがパワーアップすることを知り、熱斗とロックマンにバトルを挑む。

ネット警察が作成したネオWWWの手配書…そこにはテスラの年齢が誤って記載されていた。それを知ったテスラは大激怒、ネット警察への報復作戦を練る。一方その頃、警察主催のロボットバトル大会が開かれることになり、燃次がイベント演出用の花火を担当することになった。そしてイベント当日、最新型のロボット30（サーティ）が暴走、会場はパニックとなる。30に乗り込んでいたのはテスラだった。熱斗と燃次は何とかして30を止めようとするのだが…

シータワーの世界物産展にやってきた熱斗はそこで出店していたたま子と出会い、早速メタルマンとバトルを始める。しかし、そこにダークチップの影響で暴走したビーストマンが現れ、ロックマンを攻撃してきた。

秋原町に突如シェードマンが現れ、街を破壊しはじめた。過去、レーザーマンによって倒されたはずなのに何故、といぶかしがる熱斗たち。祐一朗は時空の歪みが発生した影響ではないかと推測する。クロスフュージョンしてシェードマンと戦う熱斗と炎山、そして二人を助けるゆりこ。祐一朗は時空の歪みの謎を解明するため、ロックマンとブルースを過去のサイバーワールドへ送り込むことを提案する。

サーチマンのオペレーター・ライカがニホンにやってきた。ライカはシャーロ国のネットセイバーだが、ナビと同様、熱斗とはそりが合わないようだ。そんな時、ダークロイド・ビデオマンによる事件が映画館で発生する。

シェードマンとバブルマンが過去の世界へ飛んだことで歴史は一変した。今や世界はダークロイドの支配下にあった。ロックマンはシェードマンの行動を阻止しようと、二十年前のサイバーワールドへ向かうが熱斗との通信は途絶えてしまう。ロックマンはシェードマンを追う途中でカーネル、そしてカーネルのオペレーター、バレルと出会う。未来を救うためシェードマンと戦うロックマンとカーネル。だが、シェードマンに傷つけられたロックマンの体に異変が起きる。

ディンゴの幼なじみの少女シャンカが秋原美術館を訪れていた。展示中のトーテムポールはかつてディンゴの村でトーテム様と呼ばれ守り神としてまつられていた。何百年も前に盗まれ永く所在が不明だったのだが最近になって発見され返却されることになってシャンカが受け取りに来たのだ。そんな事情を知らないディンゴはトーテム様を取り返そうと美術館に忍び込む。そして時を同じくして何故かナルシー・ヒデがトーテム様を狙い美術館を襲撃。熱斗たちは奪われたトーテム様を追う。

ダークチップを求めてデザートマンがネット警察に侵入し、捕獲された。シェードマンはデザートマンを連れ戻すためフラッシュマンを派遣するが、ブルースとロックマンに撃退され、シェードマンは謎の男に助けを請う。

再びニホンにやって来たジャスミン。アニマルファームで元気になったパンダのダンパを見て喜ぶジャスミンだが、そこにケガをしたイルカが保護されてきて、イルカの看病にあたることに。イルカを傷つけていた犯人はネオWWWの犬飼だった。イルカを操ってダークチップ密輸の道具にしていたのだ。熱斗とジャスミンはデカオ、マハの協力を得てその企みを止めようとするが、犬飼はビーストマンと馬之助を使って反撃してきた。

メイルに引っ張られ秋原コンベンションセンターに来た熱斗。そこでは「世界のセレブご愛用品展覧会」なるイベントが開催されていた。イベント内の催し、ミス・ティアラコンテストに出場するというメイルだが、そこに女装したガウスが乱入、更には色綾まどい、賞品欲しさで参加を決めた舟子、会場警備に来た真辺も加わってコンテストは波乱の予感。そしてテスラもまた、黄金のティアラを狙い変装してエントリーしてきた。会場にいたチャーリーはテスラの正体を見抜くのだが…

デンサン商店街のネットバトル大会で城戸舟子とアクアマンが優勝を射止めた｡舟子は関わる者全てを不幸に巻き込むという悪運少女として知られている｡アクアマンは、舟子を助ける必要に迫られ火力発電所に侵入した。

自分の手で仲間たちをデリートする、という悪夢を見たというロックマン。心配になった熱斗はロックマンを科学省で検査してもらうことにする。科学省にはメイルたちも来ていた。ロールやアイスマンが昨夜何者かに襲われ、デリート寸前の姿で発見されたというのだ。ロックマンの検査結果は異常なしと聞き安心する熱斗だが、その後のロックマンに不審な行動が見られるようになる。「熱斗のため」という大義名分で悪事を働くようになったのだ。ロックマンの悪事はエスカレートし、遂には警察に逮捕される事態となる。

ディメンショナルコンバーターの研究のため、超エネルギーの世界的権威、Dr.リーガルが科学省に招かれた。リーガルの手で修復されたDCにロックマンとブルースがプラグインした途端、DCが作動する。

温泉部の活動として大地獄谷温泉へやってきた熱斗たち。そんななか、地熱発電所の電脳空間に侵入者ありとの報告があり、炎山もまたネットセイバーの任務で大地獄谷温泉へと赴き、犯人はバーナーマンだと判明する。

突然熱斗をたずねてきたやいと。自分が主催するパーティーのために花火を打ち上げたいというので熱斗は燃次を紹介する。キングランドのパーティー会場にはデカオ、 ディンゴ、ヒノケンもカレー作り要員として連れて来られていた。だがそこへロックマン抹殺を命じられたクラウドマンとブリザードマンが乱入、会場に猛吹雪を巻き起こし 熱斗達を凍えさせてしまう。熱斗はロックマンでクラウドマン達を倒そうとするが、システムが氷に覆われプラグイン不可能となっていた。

サイバーワールドで事件が連続して発生。事件を追う熱斗と炎山は、犯人がロックマンそっくりの偽ナビだと知って驚く。ロックマンが憎いビデオマンがひそかに録画したロックマンの姿を利用し、悪事を働いていたのだ。

ロックマンと親しげなメディの様子に心穏やかでないロール。メイルの方は、ジャスミンが熱斗と仲良くしているのを見ても、単なる友達でしょ、と気にしていなかったのだがアネッタがやって来て、このままでは取られちゃうわよ、とメイルを焚きつけ最近流行の占い師、安藤ロメダのもとへ連れて行く。恋占いを得意とするロメダにはアステロイド・スターマンがついていた。大きな予言で世間をあっと言わせたいと望むロメダにスターマンはある事件を起こす事を提案する。

ダークチップ密売組織を追う熱斗たちは、監禁されていた少女・アネッタを救出。熱斗と炎山に無邪気に懐くアネッタだが、実はネビュラの手先だった。彼女は過去のある一件で炎山を恨み、復讐を誓っていたのだ。

犬飼とビーストマンが科学省を襲撃、ディメンショナルジェネレーターを破壊してしまった。その日は日食による影響で海外からディメンショナルエリアをはることが不可能。全て計算済みの襲撃計画だったのだ。ナルシーとビデオマンはその間にウイルスを巨大・実体化して街を襲うがクロスフュージョンの出来ない熱斗にはなす術も無い。そんな時、マハ一番ダッシュにDr.ワイリーが現れる。ワイリーはネオWWWの悪行に対抗するいい案があるとマハ・ジャラマたちに持ちかけてきた。

熱斗と炎山はDr.リーガルのアジトに駆けつけた。そこでなぜかディメンショナルエリアが発生し、ウイルスたちがリーガルを攻撃し始める。それはリーガルの裏切りに逆上したシェードマンの襲撃だった。

軌道エレベーターの見学にやって来た熱斗とメイル。その頃ネオWWWは軌道エレベーターの乗っ取りを決行、展望室にいた熱斗はトイレの中に閉じ込められてしまう。管制室を占拠した砂山と西古は人工衛星を地上に落とし、世界に恐怖と混乱を巻き起こそうとしていた。メイルの活躍で熱斗はなんとか脱出に成功。熱斗とメイルはクロスフュージョンしてＲフラッシュマン、Ｒデザートマンと戦う。

ネビュラに狙われているというウェアブルコンピュータのファッションデザイナー、イブ・モレシャンのショーの警護を引き受ける熱斗。しかし、イブはすでに誘拐され、ゆりこと入れ替わった後だった。

サイバーワールド内にダークロイドが次々と出現、対応に追われる熱斗とロックマンだが実体化したコスモマンとの戦いに破れ、シンクロチップが壊れてしまう。シンクロチップを直してもらうには、シャーロに出張中の祐一朗の所へ行かなければならない、ということで熱斗はチャーリーのヘリで祐一朗のいるクロスフュージョン研究所へ。だがそこにもダークロイドが現れ破壊活動を開始、熱斗の行く手を阻む。

ダークロイドに乗っ取られた巨大な掘削（くっさく）機械・エクスカベーターがシャーロを襲う。街を破壊しながら進む機械を止めるため、ライカの他、新たなクロスフュージョンメンバーが出動。熱斗はシンクロチップの修復が終わるまで待機しているしかない。そんな時、クロスフュージョン研究所内にダーク・ミヤビが侵入、シンクロチップを奪って逃走する。ミヤビを追う熱斗だが、ミヤビはシャドーマンを使い、ロックマンにバトルを仕掛けてきた。

ロックマン抹殺の依頼を遂行しようと暗躍するダーク・ミヤビ。だが、ミヤビの前にゆりこが現れミヤビの行動を阻止しようとする。ミヤビは立ち寄ったマハ一番ダッシュで熱斗と遭遇。仕事人のプライドにかけロックマンをデリートすると宣言するミヤビだが熱斗はデューオの紋章を持つ仲間としてミヤビに接する。その頃街では銀行強盗が多発、犯人はアステロイド・ソードマンを得たミヤビの同業者だった。実体化したソードマンに苦戦するCFロックマンを見つめるミヤビの前にワイリーが現れる。

祐一朗の発案で、クロスフュージョンメンバーによる合宿が行なわれることになった。場所はひと気の無い静かな浜辺。海で遊びまくり、夜は花火や肝試しに興じる熱斗たち。合宿にはなぜかやいととアネッタも参加、マハ一番の面々はその横に海の家を出店、さらにはまりこ率いる温泉部も合流して大騒ぎとなる。この合宿にどんな意味があるのか、ひとり悩む名人だが…

南アメロッパ・ジャングル奥地の遺跡でデューオの紋章と同じものが記された石版が発見された。調査に向かった炎山は遺跡の中にディメンショナルエリアによく似たバリアが張られていると知り驚く。炎山の報告を受けた祐一朗は熱斗、チャーリー、ジャスミン、燃次を南アメロッパに呼び寄せる。クロスフュージョンして遺跡内部へと進入する熱斗たちの前に出現したのはスラーのような姿をしたナビの映像だった。

ネオWWW壊滅以来、行方のわからなくなってたテスラとガウス。そんな時マハ一番ダッシュにガウスが駆けこんで来た。ダークロックマンに監禁されているテスラを救出してほしいというガウス。居合わせたエレキ伯爵はガウスの言動を不審に思うが、熱斗はテスラを助けに行くことに同意。チャーリーや燃次、ディンゴたちと共にダークロイドのアジトに乗り込む。

仕事を終えたチャーリーが自分の部屋に戻るとそこにはテスラが居座っていた。ダークロックマンへ仕返ししたいと言い張るテスラ。その頃、ゆりこは何者かに呼び出され、無人の工場跡地へ向かっていた。そこに現れたのはダークロックマンとコスモマン。ダークロックマン達はゆりこの紋章を狙いディメンショナルエリアを張って攻撃してきた。ゆりこはニードルマンとクロスフュージョンして応戦するが、二対一では流石に苦しい戦いとなる。

世界各地にアステロイドが蔓延、人々を襲いはじめた。熱斗たちはクロスフュージョンして戦うが、その数は増えるばかりだ。対策を練っていた科学省にカーネルから通信が入る。スラーを倒さなければアステロイドは増え続けるというのだ。ロックマン、ブルース、サーチマンは、スラーと応戦中だと言うカーネルのもとへ駆けつける。だがスラーの力はあまりにも強大だった。

デューオの彗星の在り処が判明し、熱斗とロックマンはアメロッパの時空タワーへと向かった。そこにリーガルが現れ、時空タワーのシステムを乗っ取ってしまう。リーガルの目的はデューオのテクノロジーを手に入れることだったのだ。ダークロックマンを過去へ向かわせ、デューオの彗星にアクセスしようとするリーガル。それを阻止するため、ロックマン、ブルース、サーチマンは過去のサイバーワールドへと飛ぶ。ダークロックマンと対峙するロックマンだが…。

デューオの彗星は地球抹殺プログラムを発動させた。それを止めるにはデューオの紋章13個を集めなくてはならない。だがバレルは既に死亡しており回収は不可能だ。熱斗と炎山は、バレルの紋章の手がかりになるものはないかとバレルが生前住んでいたマンションを訪れる。その部屋で二人はドクターワイリーと出会う。過去の出来事を語るワイリー。バレルは未来のために、命も顧みず熱斗達のいる現代へと飛ぼうとしていた。

過去からバレルがやってきたことでデューオの紋章をすべて揃えたクロスフュージョンメンバーたちは、地球消滅を止めるべく紋章の力でデューオの彗星へと向かう。そこへ、すでにすべての紋章を奪い、デューオの力を掌握したかに見えたドクターリーガルが立ちはだかるが、デューオは彼を一蹴し、地球消滅を実行してしまう。しかしデューオの、ロックマン達ネットナビと熱斗達人間の友情が理解できず困惑する姿を見たバレルは、地球を復活させるべく、デューオに驚くべき提案をする。

ロックマンのもとに赤ん坊の姿をしたナビが迷い込んできた。なりゆきでその赤ん坊ナビの面倒を見ることになったロックマン。そんなある日、現実世界に姿の見えない巨大な怪物が出現、２体いるとおぼしきその怪物はデンサンタウンに現れ街を破壊し始めた。祐一朗は、その怪物を電脳世界から来た存在だと推測し電脳獣と名づける。

クロスフュージョンして電脳獣と戦う熱斗たち。電脳獣はサイバーワールドへ移動しインターネットシティ内で暴れ回る。

熱斗はロックマンをプラグイン、電脳獣に立ち向かうロックマンだが全く歯が立たない。その時、ロックマンにしがみついていた赤ん坊ナビがロックマンの身体に異変を起こさせた･･･！

科学省とIPCに同時にアタックが仕掛けられたという連絡が入り、現場へと急ぐロックマン、サーチマン、ブルース。赤ん坊ナビはロールに預けられるが、赤ん坊ナビはロックマンにしか懐かず泣くばかりで困り果てるロールたち。科学省のサイバーワールドに現れたのはスパークマン、IPCに現れたのはプラントマンだった。

驚くロックマン達だが、スパークマンとプラントマンは獣の姿に変身し、ロックマンたちに襲い掛かってきた。

ナビの実体化の新しい可能性・コピーロイドの研究者・真琴は、何者かから暗号化された謎のプログラムを受け取る。昔のよしみで名人に暗号解読の協力を求める真琴。

プログラム解読には成功するが、真琴はそれを見るなり自分の研究室へ戻ってしまう。このプログラムを使えば失敗続きだったコピーロイド実験がうまくいく、と確信した真琴の前に、ゾアノロイド・パンクが出現した。報告を受け、現場に向かった熱斗達はコピーロイドを乗っ取って実体化したパンクと戦う。

一夜にして成長した赤ん坊ナビ・トリルに驚く熱斗達だが、トリルは相変わらずロックマンにべったりだ。そんな時、とある岬で幽霊船出没の報が入り、熱斗は調査に向かう。

幽霊が恐くて腰が引けるロックマンだが、トリルは興味津々。ロックマンはトリルの手前、思わず「幽霊なんか平気だ」と豪語してしまう。幽霊船を動かしていたのはゾアノロイド・フレイムマンだった。

やいとが秋原小学校に再度転入してきた。歓迎する熱斗たち。やいとはガブゴン社で試作中の巨大映像装置を披露しようと熱斗達を会社の開発ルームへと招く。

だが、未完成だった装置は暴走、熱斗はロックマンをプラグインして装置を停止させようとする。ロックマンたちはガブゴン社のセキュリティを破り、装置のコアを目指す。

その頃、ガブゴン社を中心とした広い範囲で原因不明の大規模な停電が発生していた。

ロックマン達の前にバブルマンが現れる。トリルをどこで見つけたのかと訊ねると、アメロッパ軍の古い軍事施設のサイバーワールドでだと言う。調査のため、アメロッパへと向かった炎山は、無人のはずの基地の中で一人の少女と出会う。一方ニホンのサイバーワールドでは、ナビの大量蒸発事件が発生していた。事件を追う熱斗とロックマンは犯人がゾアノロイド・ファラオマンだと突き止める。が、ゾアノファラオマンは攫ったナビを改造して自分の手下とし、ロックマンを襲わせる。

獣化したロックマンは、ゾアノロイドを倒した後も暴走をやめず、インターネットシティを破壊していく。熱斗の必死の呼びかけも届かず、愕然となる熱斗達。

ロールとグライドがマヒ攻撃で獣化ロックマンの動きをとめようとするが失敗、獣化ロックマンはサイバーワールドの奥へ潜り、行方がわからなくなってしまう。

落ち込む熱斗の前に謎の少女が現れた。少女は熱斗からトリルについて聞き出そうとする。

謎の少女が熱斗のクラスに転校してきた。たちまち男子の人気者となる少女。熱斗は少女から尚もトリルとロックマンの関係について問われ、戸惑う。

そして、インターネットシティ内ではナンバーマンが自分と瓜二つのナビと遭遇していた。もう一人のナンバーマンは、アクアマン達がロックマンに会いに行くと知り、本物のナンバーマンと入れ替ってロックマンに近づこうとする。二体のナンバーマンが鉢合わせし、バトルとなって驚くロール達だが…。

サイバーワールドの秘密基地で、傷ついたゾアノフリーズマンが迷いこんできているのを発見したアイスマン。ゾアノフリーズマンはアイスマンを追い払おうとするが心配したアイスマンはゾアノフリーズマンを介抱する。その頃、サイバーワールド内で、氷系のナビが何者かに襲われるという事件が連続発生する。捜査を進める熱斗とロックマンは、事件にゾアノロイドが絡んでいるのでは、と推測。そして、透からアイスマンが行方不明だという通信が入る。

深海調査艇での仕事を担当することになった祐一朗、名人について、海にやって来た熱斗とメイル。だがその船のサイバーワールドにはトリルを狙い、ファルザーのゾアノロイド、ゲートマンが潜んでいた。さらには同じ目的でグレイガのゾアノクイックマンがコピーロイドで実体化し、船を直接攻撃してきた。クロスフュージョンして戦う熱斗。そしてゾアノゲートマンは深海艇のシステムを乗っ取り、艇内の祐一朗とメイルの命と引き換えに、トリルを渡せと要求してきた。

みたび獣化し、暴走したロックマンは深海艇のシステム内でゾアノゲートマンを追って暴れ回る。途方にくれる熱斗。そこにゾアノゲートマンを助けるため、新たなゾアノロイド・スワローマンが現れた。ゾアノスワローマンは獣化したロックマンの近くにいた少女ナビに気づき、怪しいと睨む。そのナビのオペレーター・アイリスを狙って実体化し、アイリスに襲いかかるゾアノスワローマン。熱斗はアイリスと共に船内を逃げまどう。そんな混乱の中、制御不能となった深海艇では祐一朗とメイルが助けを待っていた。

トリルはネット警察で保護されている、という情報を得たファルザー、グレイガ両陣営は、トリルを奪おうとゾアノロイドを次々とネット警察のサイバーワールドに送り込んできた。ネット警察で待機している炎山、デカオ、ディンゴ、メイル、そしてライカがそれを撃退する。だがネット警察の目的は、トリルを捜してくるであろう謎の少女ナビ、そしてアイリスを保護することだった。予想通り、少女ナビはネット警察のサイバーワールドに進入してくるが、グレイガ軍とファルザー軍の戦いの中、行方を晦ましてしまう。

トリルの居場所を突き止めたファルザー軍、グレイガ軍が、獣化ウイルスの大軍と共に襲撃してきた。ロックマン達はトリルを守るため戦う。祐一朗の作戦で、両軍をサイバーワールドの一角に閉じ込めることに成功したものの、グレイガ軍のゾアノダークマンはそこをかいくぐりトリルを狙ってきた。ゾアノダークマンは圧倒的な強さで攻撃、ピンチに陥るロックマン達だがアイリスのナビの力で危機を救われる。アイリスはビヨンダードについて、そしてトリルについて語り始める。

ビヨンダードへと通じる空間の裂け目に吸い込まれてしまった熱斗たち。ビヨンダード、そこは現実空間と電脳空間が交じり合った不思議な世界だった。実体化したウイルスに襲われそうになった熱斗を救ったのはバレル大佐だった。熱斗は再会を喜ぶが、バレルは熱斗とは初対面だとそっけない態度を取る。バレルと共に戦うカーネルも熱斗やロックマンの知るカーネルとは別存在らしく、その冷徹さに戸惑うロックマン。そこにゾアノスネークマンがトリルを狙って襲撃してきた。

熱斗達とはぐれ、廃墟と化したビヨンダードをゆく炎山とメイル。二人は荒野を走る貨物列車と遭遇、運転士の鉄国男とそのナビ、チャージマンと出会う。

国男の列車でとある町へと辿り着いた炎山たち。そこは鉄道網が極度に発達した一風変わった町だった。そこにグレイガ軍のゾアノジャンクマンが出現する。

線路を食らうゾアノジャンクマンは獣化ウイルスと共に町へ攻め込もうとしていた。炎山はブルースを実体化させ、食い止めようとするが…。

熱斗は皆とはぐれたまま、小さな漁村にやってくる。そこで獣化ウイルスに襲われていた少年コジローを実体化ロックマンで救う熱斗。村では料理上手な女性パクチーがコジローを助けてくれたお礼にと熱斗に御馳走を振舞ってくれた。明るい性格のパクチーだが、彼女にはつらい過去があった。パクチーがシェフをつとめていた豪華客船がゾアノロイドの襲撃で沈没し、生き残ったのはパクチーだけだったのだ。パクチーはナビのスラッシュマンと共にゾアノロイドへの復讐の機会を窺っていた。

熱斗達を捜してビヨンダードの山中をさ迷うライカとディンゴの前に、仙人のような風体の老人が現れる。風の声を聞くことができ、熱斗の居所も知っているという老人を信用したライカ達だが、案内されて来たのは温泉街アミータ。お金も無いのに食堂で大量の料理を注文し、温泉を楽しむ老人のペースに巻き込まれ、ディンゴとライカは散々な目に遭う。

そこに、アミータの町を牛耳るナルシーとビデオマンのコンビがやって来た。町の人を困らせるビデオマンをサーチマン、トマホークマンで撃退するライカとディンゴだが…。

熱斗達を捜して田舎町へ立ち寄った炎山とメイルは、穴掘り＆リサイクル業者の土太郎とプレスに会う。そこに裕福そうな女性ミリオネアが土太郎達を訪ねてきた。

ナビのグランドマン、ダストマンで硬い岩盤を掘削してみせる土太郎たちの腕を見込んで、岩山の奥にある宝を掘り出して欲しいと依頼してくるミリオネア。

喜んで引き受ける二人だったが、炎山はミリオネアの言動を不審に思い調査をはじめる。一方メイルは土太郎たちを手伝って岩山について来ていた。

パクチーの村で、再会した熱斗、ライカ、ディンゴ。カレーの材料を探しに山へ出かけたディンゴだが、湖の傍で潜水艦型のナビ・ダイブマンに襲われ獲物を横取りされてしまう。

ダイブマンを追って湖の城へ潜入したディンゴは、城の主クロヒゲとチロルがゾアノダークマンと手を結び、湖の水を我が物にして近隣の村を支配していることを知る。

さらにその城にはアイリスが幽閉されていた。アイリスを助け出したディンゴとトマホークマンは追ってきたチロルのナビ・サーカスマンと戦う。

ディメンショナルエリア研究所に来て欲しい、というアイリスの言葉に従い、パクチーの村を発つ事になった熱斗達。その道中、PETに祐一朗からの通信が入るがすぐに途絶。 現実世界ではゾアノロイドが侵攻を進めており、ネット警察では対応に追われていた。そしてビヨンダードではグレイガ軍のゾアノヤマトマンが大軍を引き連れ、トリルを狙って熱斗達に襲い掛かってきた。それぞれのナビを実体化させ、戦う熱斗達だが数には敵わず苦戦。そんな中、アイリスが攻撃を受け倒れてしまう。

ゾアノクラウドマン率いるファルザー軍がディメンショナルエリア研究所に総攻撃をかけてきた。実体化して戦うロックマン、ロール、トマホークマン。炎山とライカは研究所の防衛システムを稼動させファルザー軍の進撃を食い止めようとする。だがそこにファルザーが飛来、研究所は破壊されてしまう。ファルザーと戦うため、獣化するロックマン。ファルザーは巨大な鉤爪で獣化ロックマンを掴み、攫っていこうとする。

ワイリー研究所へと向かう熱斗たちの前にファルザー軍のゾアノカットマンが襲い掛かってきた。応戦するロックマン達だが、そこにキラーマンとそのオペレーター、ダーク・キリサキが現れゾアノカットマンをデリートする。キリサキの話によるとこの先にはファルザー軍が要塞を構えており、そこを撃破せねば先へ進むことは出来ないという。任務のため一人で進むというキリサキに熱斗は協力を申し出る。そのころ復讐に燃えるゾアノカットマンの弟たちはキリサキとキラーマンへの仇討ちのため、ある作戦を遂行する。

獣化因子に侵されたカーネルは今やグレイガ軍の戦士となり、戦果を挙げていた。ワイリー研究所を目指して進む熱斗たちは廃墟と化した都市でゾアノカーネルと遭遇する。

シンクロナイザーを奪取しようと執拗にトリルを狙うゾアノカーネル。戦うしかないロックマン達。さらにグレイガ自らもロックマン達の前に立ちはだかる。

そのころ、祐一朗は現実世界へ侵攻を進めるグレイガ、ファルザー両陣営のゾアノロイドに対抗するため、クロスフュージョンメンバーを集めていた。

グレイガとファルザーがぶつかり合う中、トリルはワイリーの手下となったクロヒゲとチロルに攫われてしまう。ロックマン達の実体化も限界となり、窮地に陥る熱斗達。

熱斗、炎山、ライカは危険も顧みずクロスフュージョンして戦うが両陣営の猛攻の前に倒れてしまう。

そして現実世界にフォッサアンビエンスが出現しはじめた。ビヨンダードのワイリーはトリルを使い、ある計画を実行に移そうとしていた。

グレイガとファルザーの対決に決着がついた瞬間、ワイリーはシンクロナイザーの力を発動させた。その結果誕生したのは、グレイガとファルザーが合体した超電脳獣・超電脳獣だ。超電脳獣は圧倒的な力でビヨンダードを破壊しはじめた。なす術も無い熱斗達。一方現実世界では、拡大を続けるフォッサアンビエンスの前にチャーリー達が集結していた。熱斗と通信し、状況を知った祐一朗は獣化因子を消滅させる方法を思いつくが、それにはトリルの力が不可欠だという。だがトリルの体はデータ分解が進んでいた。