西條拓巳は引きこもりがちのオタク少年。彼の住んでいる渋谷では今、ニュージェネと呼ばれる不可解な殺人事件が起こっていた…。ある日のこと、拓巳はチャット上で｢将軍｣と呼ばれる人物から、ある画像を見せられる。それは、十字架のような杭で磔にされている死体のグロ画像だった。拓巳にとって特別な響きの｢その目だれの目?｣という言葉を残して、将軍は退室していった。次の日の夜、拓巳は渋谷でその画像と同じ光景を目の当たりにする。そこには血まみれの女子高生が1人、佇んでいた…。

突然拓巳の前に現れた女子高生の名は咲畑梨深。2人は初めて話したはずなのに、梨深は拓巳の名前を知っているどころか、拓巳は昔からの友達だという。周囲もそれを疑う者はおらず、1人不思議に思う拓巳。そんな中、拓巳は知り合いになった優愛と初めてデートをする。優しい言葉をかけてくれる優愛に、拓巳は次第に心を開き始めていたが…。

渋谷での磔殺人事件を予告した｢将軍｣は拓巳の自作自演である―優愛のこの発言の真意を探るべく、拓巳は小学生の時に通っていた総合病院の精神科へ向かうが、結局何の手がかりもつかめない。自分で分かることはないかと、インターネットで事件のことを調べるうちに、事件を予言している歌を歌っているバンド｢ファンタズム｣に辿り着く。拓巳は仕方なくファンタズムのライブに乗り込むが…。

ニュージェネ第四の殺人事件が渋谷で起こり、事件現場には拓巳がよく心の中で呟く言葉、｢その目誰の目?｣というダイイングメッセージが残されていた。一連の事件は自分と関連性があるのかとますます恐怖を抱く拓巳だったが、ファンタズムのボーカル・FES(岸本あやせ)に言われた言葉―剣を見つければ救われる―を思い出し、拓巳はディソードと呼ばれる剣をなんとか手に入れるも、誤って折ってしまう。絶望の淵にたたされる拓巳だが、突如周りの人影がなくなり、車椅子の老人が現れた…。

『将軍』と出会い混乱している拓巳を救ったのは梨深だったが、拓巳はそれ以来梨深との接し方に戸惑い話しかけられずにいた。そんな中、優愛が再び拓巳の前に現れる。優愛は拓巳が多重人格で、拓巳の別人格がニュージェネ事件を起こしている、と拓巳に指摘。そんな話はでたらめだ…優愛を敵だと思った拓巳は必死で逃げるが、警察も追ってきて絶体絶命に。窮地を救ってくれたのはファンタズムのボーカル・FESのあやせだった。拓巳はあやせに、以前会った時に教えてくれたディソードのことを聞くと…

ニュージェネ第1の事件『集団ダイブ』の映像がネットに流出した。映像を見た拓巳は、その映像が将軍によって撮影されたものだと確信する。将軍への恐怖をより強く感じた拓巳は必死にディソードを手に入れる方法を探す内に、自分には｢妄想を現実に投影する｣力があるのではないかと思い始める。そんな時、グリムからニュージェネ第5の事件｢ノータリン｣が起こった事を突然知らされた拓巳は、被害者の名前を知って愕然とする…

大地震で感じた将軍への恐怖から梨深に助けを求める為に学校へと向かった拓巳の視界に、屋上から飛び降り自殺を図るあやせの姿が映る。｢花壇があったなら…｣と願う拓巳が目を開けると、そこにはなかったはずの花壇が現れ、おかげであやせは一命を取り留める。その後、クラスの話題は拓巳とあやせとの噂で持ち切り。その場を逃げ出した拓巳だが、街でぶつかった3人組の男達に殴られ、気を失ってしまう。意識を取り戻した拓巳の前には、なぜか転校生が立っていた…

セナと梢は、拓巳がディソードが見える“ギガロマニアックス”である事、ディソードは妄想の剣で、危機的状況に陥ると現れやすいことを拓巳に教えてくれた。さらに2人はギガロマニアックスの力を悪用する組織“希テクノロジー”が自分達を狙っていることも明らかにする。将軍と希テクノロジーとの関係性を知りたい拓巳は2人と襲撃に同行する事になる。希テクノロジーへの侵入に成功した3人を待ち伏せていたのは社長の野呂瀬だった…

倒したはずの野呂瀬は偽者だったが、ひとまず拓巳の生活は平穏を取り戻したかのようにみえた。拓巳は梨深・三住と共に入院しているあやせのお見舞いに行く。そこで拓巳は、あやせが過去に拷問を受けていたことを知る。病院からベースに帰るとセナが突然拓巳を襲ってきた。セナは、希テクノロジーが拓巳が小学生時代に作文に書いた公式を元に、ギガロマニアックスの力を人工的に作る装置｢ノアⅡ｣を開発したと告げ、その実験で母親と妹を失った憎しみを拓巳にぶつけてきたのだった。拓巳の危機を救ったのは、またしても…

七海の事が心配になった拓巳は梨深と実家に帰ろうとするが、あるはずの家はそこにはなかった。茫然とする拓巳に向かって梨深は拓巳が妄想の存在であると告げ、七海を救う為に拓巳の前から立ち去ってしまう。ベースに戻った拓巳は梨深の言葉にショックを受け、自らの存在に絶望する。一方、ニュージェネ事件の真相に迫る判と百瀬の元に諏訪から電話が入り、自分が拉致されたとを伝えられる。判は諏訪を助ける為、AH総合病院に向かうが、ニュージェネの真相を追う優愛もまたその後を追うのだった…

自らが妄想の存在である事を知った拓巳は自暴自棄になり、暴動の起こる渋谷の街を彷徨っていた。そこで拓巳は将軍と再会し、梨深が拓巳と七海を助ける為、野呂瀬の元に向かい、捕らわれた事を知る。将軍との会話で梨深と過ごした日々を思い返し、その大切さに気付いた拓巳は自分の力で梨深を助けに行く事を決意する。その時、渋谷の街に剣のような光を見た拓巳は、その光からディソードを手に入れ、ついにギガロマニアックスとして覚醒する。

諏訪との戦いを終えた拓巳は己の野望を暴走させ始めた野呂瀬の元へと向かう。そんな拓巳を待ち受けていたのは、なんと拓巳が愛するアニメヒロイン星来のリアルブートした姿だった。一方、地上ではノアⅡの力により出現した奇怪昆虫が渋谷の街を襲っていた。あやせ、優愛、七海たちはディソードで懸命に対抗し、セナ、梢との合流を果たす。ようやく野呂瀬の元に辿り着いた拓巳は、梨深を救う為、野呂瀬に戦いを挑むが、その圧倒的な精神攻撃の前になすすべなく、妄想の世界に飲み込まれていってしまう…